数据库安全性研究

论述了数据库安全的概念、数据库安全性的要求和数据库基本安全结构以及数据库安全性的实现方法,实现数据存储的安全保护和数据库加密。     

UniProt蛋白质数据库简介

UniProt(https://www.uniprot.org/)是国际知名蛋白质数据库,主要包括UniProtKB知识库、UniParc归档库和UniRef参考序列集三部分。UniProtKB知识库是UniProt的核心,除蛋白质序列数据外,还包括大量注释信息。UniProtKB知识库分Swiss-Prot和TrEMBL两个子库。Swiss-Prot子库中50多万条序列均由人工审阅和注释,而TrEMBL子库中1.4亿多条序列是由核酸序列数据库EMBL中的蛋白质编码序列翻译所得,并由计算机根据一定规则进行注释。UniParc归档库将存放于不同数据库中的同一个蛋白质归并到一个记录中以避免冗余,并赋予序列唯一性特定标识符。UniRef参考序列集按相似性程度将UniProtKB和UniParc中的序列分为UniRef100、UniRef90和UniRef50三个数据集。UniProt网站为用户提供了高效实用的高级检索系统和大量帮助文档。UniProt数据库每4周发布新版的同时也发布统计报表,用户可通过统计报表了解该数据库的数据量及更新情况、数据类别和物种分布等基本信息,查看常规注释信息、序列特征注释信息和数据库交叉链接等统计数据。UniProt是目前国际上序列数据最完整、注释信息最丰富的非冗余蛋白质序列数据库,自本世纪初创建以来,为生命科学领域提供了宝贵资源。     

生物信息学中的数据库技术

生物信息学是近年来发展最快的学科之一,各类生物信息数据库不断的涌现。随着生物分子数据量的迅速膨胀,数据结构日趋复杂,生物信息学对数据库技术提出了更高的要求。本文讨论了目前生物信息学中数据库技术的发展现状、面临的问题和未来趋势,主要包括数据库管理、数据库分析、数据库集成等。     

一种基于本体集成的生物医学数据库中语义映射维护方法研究

生物医学数据库到生物医学本体的语义映射是基于本体集成生物医学数据库系统的一个重要环节。而生物医学本体随着学科的发展不断演化,造成了集成系统不稳定。针对这个问题,本文在本体演化条件下,分析并发现了语义映射的变化规律,设计了对应的维护流程和维护方法,并通过计算维护收益率证明了该方法对映射的维护是有效性的,从而增强了集成系统在本体演化条件下的稳定性。     

利用C++ Builder实现肿瘤遗传信息数据库的查询和利用

利用C＋＋ Builder,Microsoft SQL Server 2000数据库和ADO控件构建了肿瘤遗传信息的查询系统。先在数据库中建立肿瘤的生物信息表,通过C＋＋ Builder编写代码,添加ADO控件及其属性设置实现数据库的访问和信息查询。     

生物多样性数据集成模式初探

本文以生物多样性研究发展现状的分析为基础,为生物多样性保护政策的制定提供可靠的数据支持为目标,通过对国内外几个著名的生物多样性数据库建设情况的分析,从相关学者的需求出发,提出了设计一个多层次多角度并带有一定人工智能的生物多样性集成数据库的构想。该系统基于都柏林核心(Dublin Core)的数据规范,并符合基于开放文献预研的元数据互操作协议(The Open Archixles Initiative Protocol for Metadata Hatvesting,OAIPMH)的标准,是一个集文字、图件、图片、声音、影像为一体的,能够在网上和硬件载体(如光盘)上同时进行发布的分布式数据库平台。其网上数据库系统的子系统之间以及子系统和硬件载体之间可以通过元数据获取的开放档案倡议协议互相交换数据。     

系统发育信息学及网络资源

系统发育信息学是近年来形成的新的学科方向,是系统学研究领域的一个新兴生长点。系统发育信息学是存贮、管理、注释、开发和加工系统树及其相关生物学信息的交叉学科。它的方法是基于计算机和网络技术,包括大型系统树及其相关生物学数据库的建立,系统树数据库网络的构架,系统树的可视化显示,小系统树的联合与超树的建立、用户查询、搜索和下载等,最终目的是要建立一个囊括地球上所有生物的系统树及其相关信息的数据库,将各种生物在树上精确定位,并进一步通过对系统发育信息的查询、搜索、联合与分析,从中获取生命进化的知识和进行生物学的预测。目前可用的系统发育网络资源主要有CIPRes和系统发育软件(PhylogenyPrograms)网站,已建立的系统发育信息学数据库包括TreeBASE,TreeofLife,Species2000,NCBITaxonomy数据库等。     

幽门螺杆菌感染与胃癌相关基因的筛选及预后分析

目的通过分析幽门螺杆菌感染胃黏膜组织和胃癌细胞系后的差异基因变化,并在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和肿瘤基因芯片(Oncomine)数据库进行验证,探究幽门螺杆菌导致胃癌发生、发展的分子机制。方法分析基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库幽门螺杆菌感染相关芯片集GSE5081与GSE70394,绘制维恩图查找幽门螺杆菌感染后共同上调的差异基因。对共同上调的差异基因进行功能富集分析。通过TCGA和Oncomine数据库验证差异基因在胃癌中的表达。利用Kaplan-Meier Plotter数据库和GEPIA数据库分析差异基因表达高低与胃癌患者预后是否存在相关性。结果通过差异基因筛选和维恩分析,两个芯片集共有21个共同上调差异基因。GO分析发现共同上调差异基因主要富集在对细菌来源分子的反应、趋化因子CXCR受体结合、中性粒细胞趋化作用等相关的基因功能上;KEGG通路主要富集在癌症通路、TNF信号通路、趋化因子信号通路等。STRING以及PPI数据库分析发现21个基因中PRDM1、IL10、NRP1、BIRC3、GNG13、CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL8基因存在有网络关系,属于关键枢纽基因。通过TCGA和Oncomine数据库筛选及验证,发现在胃癌组织中NRP1、CXCL1、CXCL8基因明显上调,结果差异有统计学意义(TCGA数据库中,三者P值均小于0.05,Oncomine数据库中,NRP1:t=4.607,P0.01;CXCL1:t=5.854,P0.01;CXCL8:t=5.316,P0.01)。在Kaplan-Meier Plotter数据库(210615-at芯片:P0.01;210510-s-at芯片:P0.01;212298-at芯片:P0.01)以及GEPIA数据库(P0.01)两个数据库中,NRP1的高表达均与胃癌的预后负相关。结论不同的数据库均显示NRP1、CXCL1、CXCL8三个基因与幽门螺杆菌感染相关,同时在胃癌中高表达,并且NRP1的高表达与胃癌的不良预后相关,这些结果为进一步探究幽门螺杆菌导致胃癌发生、发展的分子机制提供了重要基础。     

绒山羊分子生物学数据库的设计与构建

结合国内外对绒山羊的分子生物学研究,利用已有的遗传多态、基因序列和结构、功能等方 面的数据,以计算机网络为载体,参考国际通用数据库的格式,建立一个简洁、友好、通用而且专用 性强的绒山羊分子生物学数据库。该数据库主要由文献索引库,基因组学库及绒山羊知识库组成。 数据库的建立为绒山羊的分子生物学研究提供一个良好的数据平台,为从事绒山羊遗传多态、遗传 进化、分子育种、绒毛生长机理等方面的理论和应用研究的工作者提供方便和帮助,并为探索其他 草食家畜分子生物学数据库的构建积累经验。     

一种基于本体集成的生物医学数据库中语义映射维护方法研究

生物医学数据库到生物医学本体的语义映射是基于本体集成生物医学数据库系统的一个重要环节.而生物医学本体随着学科的发展不断演化,造成了集成系统不稳定.针对这个问题,本文在本体演化条件下,分析并发现了语义映射的变化规律,设计了对应的维护流程和维护方法,并通过计算维护收益率证明了该方法对映射的维护是有效性的,从而增强了集成系统在本体演化条件下的稳定性.     

农业生物信息数据库发展现状及应用

农业生物信息数据库是农业科学研究者的基础工具,利用数据库中的大量信息,便于进行农业生物的改良与保护。本文介绍了农业生物信息数据库的发展状况及其应用,并讨论了目前农业生物信息数据库存在的问题。     

蛋白质- 配体相互作用信息数据库研究进展

研究蛋白质和配体相互作用的结构和亲和力,不仅有助于了解蛋白质的功能,而且对药物研发以及药物作用机制的研究,也具有十 分重要的意义。目前,人们通过人工检索和半自动检索的方式,从文献和蛋白质数据库（Protein Data Bank,PDB）中获得了许多蛋白质- 配体亲和力信息和生物相关配体信息,并构建了许多蛋白质-配体相互作用的信息数据库。对3 个蛋白质-配体亲和力数据库和6 个蛋白质 晶体结构-配体生物相关性数据库进行介绍,并对其主要应用进行简述,希望能为实现高效准确地筛选和设计药物提供一定的帮助。     

基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。     

中文生物医学文献信息数据库分析

本文从生物医学数据库用户角度,浅析了中文生物医学文献信息服务的特点和数据库建库的一些要求。     

IBM PC机上的核酸顺序数据库及其检索方法

我们在微型电脑IBM PC机上开发了一个核酸顺序数据库及其管理和分析系统。该库数据丰富且能更新,管理和分析软件系统功能强,结构设计合理、灵活,检索和管理比较方便。本文介绍了该库的作用及其各种检索方法。分析程序系统NASA(Nucleic Acid Sequence Analysis)将另文发表。     

中国盖类资源数据库管理信息系统的建立与应用

本文阐明了建立在兽类资源管理系统的意义,然后详细介绍了系统的设计目标,数据结构及系统软件的设计,介绍了标本,物种分布名录及文献库管理的功能,并对本系统创建及应用的物种,地名代码体系作了介绍。