鼻咽癌转录组学研究的现状与进展

转录组学是一门在整体水平上研究某一时刻某一细胞中基因全部转录本种类、结构和功能及转录调控规律的学科,它为研究鼻咽癌不同发病阶段的分子机理和调控网络提供全新的手段.现简要介绍鼻咽癌不同发病阶段相关易感/抑瘤基因的分离鉴定及其功能研究,各阶段基因转录谱和转录调控网络的构建等方面的研究现状和进展.     

转录组学技术在急性肾损伤中的应用进展

急性肾损伤(acute kidney injury,AKI)是一种常见的临床危重症,发病机制复杂,缺乏有效的防治策略.近年来,转录组测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术已广泛应用于AKI分子机制的研究,加深了对AKI亚型和病理生理过程的认知.与常规的全转录组测序(bulk RNA sequencin...     

微生物转录组学技术研究进展

随着分子生物技术的不断进步,转录组学技术已广泛应用于生物基因表达水平的研究。近年来,针对微生物转录组学的研究技术也在不断发展。在基因层面上,由片段RNA与微生物样本进行互补验证,发展到直接对全长RNA进行测序得到序列信息;在空间上,由传统群体转录组发展到空间、单细胞以及表观等层面的研究。随着转录组学技术在微生物研究领域中的应用,相应的缺陷也逐渐显现并不断被完善。本文主要是对微生物研究方面传统的和新型的转录组学技术进行了总结归纳,为微生物转录组学研究提供参考。     

款冬花不同发育阶段的代谢组学和比较转录组学分析

以不同发育阶段款冬花（发育初期、中期、中后期、解封期及花朵期）为对象,基于核磁共振的代谢组学技术,分析其次生代谢物种类及含量的合成累积规律,并进行高通量转录组学测序,从差异表达的基因中寻找次生代谢物生物合成的关联酶基因。代谢组学分析发现,款冬花不同发育阶段的次生代谢物代谢组成明显不同,苯丙素类成分在发育初期至中后期含量较高,之后逐渐降低;黄酮类成分（芦丁、山奈酚）在发育的各个阶段含量均有波动,但总体变化不大。转录组学分析结果显示,与苯丙素类成分生物合成相关的酶基因（COMT、HCT）,随着花蕾的发育表达量逐渐降低;与黄酮类成分合成相关的酶基因（FLS、F3H、DFR）,其表达量在不同阶段变化不大。转录组测序中的相关酶基因表达量同次生代谢物成分的变化趋势基本一致。本文采用的代谢组学和转录组学结合的方式,对款冬花的次生代谢物累积规律进行分析,为今后款冬花次生代谢物的生物合成调控研究奠定了基础。     

基于转录组学和代谢组学联合分析草珊瑚萜类化合物生物合成的组织特异性分布

本研究旨在探究草珊瑚叶和根中萜类化合物的组织特异性分布差异,解析其药效品质差异形成的分子机制。采用液相色谱-质谱联用技术(liquid chromatography-mass spectrometry, LC-MS)和Illumina HiSeq^TM高通量测序技术获得草珊瑚[Sarcandra glabra (thunb) naka]叶和根的代谢组学和转录组学数据。代谢组学结果表明参与叶和根中萜类合成的差异代谢物有50个,包括法尼西基半胱氨酸、甘油醛-3-磷酸、甲羟戊酸-5-磷酸等。转录学结果表明差异代谢酶基因有57条,包括ACTC、HMGCR、MVK、DXS与KS等,并预测了MYB、C2H2、AP2/ERF-ERF等7个转录因子参与调控草珊瑚不同组织部位中萜类的合成和积累差异。实时荧光定量PCR (quantitative real-time polymerase chain reaction, qRT-PCR)结果显示,随机选取的8个参与萜类合成的酶基因在草珊瑚不同组织部位中的表达趋势与转录组学测序结果一致。本研究有助于阐明草珊瑚叶和根临床疗效差异形成的分子机制,同时为草珊瑚的资源开发利用奠定基础。     

空间转录物组学技术进展及其在神经科学领域中的应用

空间转录物组学是在单细胞RNA测序技术基础上实现细胞空间位置信息测定的组学技术。该技术克服了单细胞转录物组学在单细胞分离建库过程中丢失细胞在组织中空间信息的问题,可同时提供研究对象的转录物组数据信息和在组织中的空间位置信息。空间转录物组学技术对研究细胞谱系的发生过程、细胞间的调控机制和相互作用等具有重要作用,是组学技术研究的重要发展方向和热点。近年来,空间转录物组学技术发展迅速,新的检测方法不断产生,检测灵敏度、分辨率和检测通量等技术指标不断提升。本文根据获取空间信息的原理不同,将较为常用的空间转录物组学技术进行了分类,总结了各类方法的检测原理、代表性技术手段及其相应的技术指标。随后,从脑细胞类型区分与细胞层图谱构建、神经系统相关疾病特征分析与标志物研究两个方面举例论述了空间转录物组学技术在神经科学中的应用。最后,对空间转录物组学技术目前存在的问题进行了总结,并对其未来的发展方向进行了展望。     

整合转录组学数据的代谢网络研究进展

高通量测序技术的快速发展催生了涵盖各层次细胞生命活动的组学数据,如转录组学数据、蛋白质组学数据和互作组学数据等。同时,全基因组代谢网络模型在不断完善和增多。整合组学数据,对生物细胞的代谢网络进行更深入的模拟分析成为目前微生物系统生物学研究的热点。目前整合转录组学数据进行全基因组代谢网络分析的方法主要以流量平衡分析(FBA)为基础,通过辨识不同条件下基因表达的变化,进而优化目标函数以得到相应的流量分布或代谢模型。本文对整合转录组学数据的FBA分析方法进行总结和比较,并详细阐述了不同方法的优缺点,为分析特定问题选择合适的方法提供参考。     

时空转录组研究进展

时空异质性是造成不同组织功能差异的关键因素,在细胞命运调控过程中发挥重要作用。时空转录组(stRNA-seq)是一项将定量转录组与高分辨率组织成像相结合的新兴组学技术。它将表达数据锚定到目标器官或组织的物理图上,并以无偏见的生物信息学方式对组织切片和细胞层进行分子表征,反映特定细胞内基因的时空异质性表达丰度。受益于高通量测序技术的快速发展,时空转录组为探究各类细胞基因表达的时空异质性提供了新的实验思路和方法。该文介绍了时空转录组的原理和发展进程,以及不同时空转录组的技术特点和优劣,总结了时空转录组在动物、植物和微生物中的应用,可为今后系统开展时空转录组研究提供理论参考。     

基于新一代高通量测序的环境微生物转录组学研究进展

环境微生物转录组学是一门新兴学科,它以复杂环境样品中的微生物mRNA为研究对象,利用近年兴起的RNA-Seq高通量测序技术,在整体水平上对环境微生物的基因表达水平和调控规律进行研究.本文概述了环境微生物转录组研究从样品的采集保存、RNA提取、mRNA的富集、cDNA合成直到高通量测序及数据分析的基本流程.总结了该技术面临的主要瓶颈:环境样品mRNA含量低、腐植酸等干扰杂质多、rRNA去除程度有限.针对RNA的提取、纯化以及mRNA的富集这些重点步骤,详细阐述了近年来在提高mRNA的得率与纯度上的方法学进展.重点介绍了高通量测序数据的处理及分析方法,从测序数据的质量控制、序列组装、rRNA的鉴定及去除、功能基因注释及分类到差异表达基因的鉴定.最后总结了近年来环境微生物转录组学在新基因的发现、不同环境条件下微生物的基因表达及调控规律研究、有机物的代谢路径分析等3个主要研究领域的广泛应用.随着测序技术及生物信息学分析工具的发展进步,环境微生物转录组学将具有更广阔的应用前景.     

空间转录组技术研究进展

空间转录组技术旨在对细胞的基因表达进行定量测量,同时提供细胞在组织空间的具体位置信息.与传统的转录组技术相比,空间转录组技术能获得细胞在组织生理环境下真实的基因表达特征,以及与微环境的关系,进一步推进对正常和病理状态下细胞特性的理解.近年来,空间转录组技术的发展取得了重要的进展,检测的细胞通量、转录本数量和质量不断提高...     

神经内科硕士研究生临床和科研能力的培养

临床医学硕士研究生阶段是培养临床和科研思维能力的重要阶段,从某种意义上说是人生和医疗生涯的关键时期。神经内科硕士研究生不仅应该具有一定的临床工作能力,还应具有一定的科研能力。临床工作能力培养包括临床基本功的培训,基本理论的加强和基本技能的培养,临床思维能力的培养及医患沟通能力的培养等多个方面。科研能力包括文献阅读能力、科研思维能力和论文写作能力等。这样,硕士研究生毕业后不仅能够诊治神经内科常见病和多发病,会思考临床工作中的问题,更重要的是能想办法探索和解决这些问题。这也是硕士研究生和本科生的本质区别。因此,研究生阶段是医学生涯一个重要的里程碑,临床和科研能力的培养对个人未来的发展具有十分重要的意义。     

医学研究生急救技能掌握情况的初步调查

目的了解医学研究生对急救技能的掌握晴况和对培训的态度。方法对我校2008-2011年入学的458名医学研究生急救技能掌握情况进行调查,并对4项技术（徒手心肺复苏、止血、包扎、固定与搬运）进行技能考核。发放调查问卷,了解对急救技能培训的需求情况。结果医学研究生急救技能掌握普遍较差,4项技术平均合格率为27．3％;心肺复苏技能培训合格率为55．6％。92．3％的医学研究生认为急救技能非常重要,89．5％希望定期得到急救技能培训。结论医学研究生急救知识与技能掌握较差,应定期对他们进行急救技能培训。     

不同海拔饲育的麦洼牦牛肺脏组织转录组学分析

为了探讨牦牛适应高海拔低氧环境的基因表达特征与规律,对在高海拔（3 560 m）和低海拔地区（478 m）饲育4个月的2.5~3岁健康雄性麦洼牦牛肺组织进行转录组测序。转录组测序采用Illumina高通量测序平台(HiSeqTM2500/4000)进行,并以qRT-PCR验证差异表达基因的表达量。结果显示,高海拔组牦牛肺脏转录组平均每个测序样本得到约5.76亿条Clean Reads,低海拔组牦牛中得到约6.10亿条Clean Reads,比对到参考基因组上的Reads数分别占91.74%和91.28%以上,共发现了2 047个新转录本。低海拔组与高海拔组牦牛肺脏组织之间共有199个差异表达基因,其中含89个差异上调表达基因和110个差异下调表达基因。所得差异表达基因富集在297个GO条目和146个KEGG通路中,包含62个低氧适应相关的GO条目和35个低氧适应相关代谢通路。其中低氧适应相关GO条目在生物过程、细胞组成和分子功能三种类别中占比最多的分别为细胞粘附、蛋白复合物和钙离子结合。低氧适应相关KEGG通路中占比最多的为肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,其次为低氧诱导因子1(HIF-1)信号通路。qRT-PCR验证结果显示,Ⅱ类人类白细胞抗原α链(HLA-DOA、HLA-DRA)、补体因子 (C2)和甘露糖结合凝集素相关丝氨酸蛋白酶1（MASP1）基因的表达量变化与转录组测序结果相符。本研究为全局和深入理解牦牛肺组织转录本表达对高海拔低氧的响应提供了有价值的切入点。     

专业护理硕士研究生临床实践模式指标初步构建

目的:了解护理专家对专业学位护理研究生临床实践的观点,旨在构建出一套合理的专业学位护理硕士研究生临床实践的问卷,为进一步调查专业学位护理硕士研究生临床实践奠定基础。方法:通过文献回顾,理论分析的方法自制问卷,自制问卷经专家函询后进行修正,各个条目经信度和效度检验。结果:回收的数据经SPSS17.0信度和效度检验后,每组专家的内容效度在0.741~1.000之间,问卷整体的内容效度(CVI)为0.951,问卷的信度为0.926。结论:最终形成的临床实践模式指标的问卷,可以用于专业学位护理研究生临床实践的现场发放。     

Integrated Metabolomics and Transcriptomics Analyses Reveal Metabolic Landscape in Neuronal Cells during JEV Infection

Virologica Sinica - Japanese encephalitis virus (JEV) is a leading cause of viral encephalitis in endemic regions of Asia. The neurotropism of JEV and its high-efficiency replication in neurons are...     

医学研究生灾难医学知识的初步调查及对策

目的了解医学研究生对灾难医学相关知识的认知情况。方法通过发放调查问卷,对我校2008-2011年入学的458名医学研究生进行灾难医学相关知识调查分析。结果医学研究生对灾难医学的基本概念、基本急救技术、灾后心理援助以及传染病的预防及处理相关知识掌握较好,但对灾难伤员的检伤分类、灾难医学管理相关知识掌握明显不足。结论医学研究生掌握灾难医学相关知识已明显提高,但仍存在不足,应加强医学研究生急救技能培训、开设灾难医学选修课,以提高我国灾难医学救援整体水平。     

乙型肝炎病毒表面抗原对细胞脂质合成作用的研究

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)合成的蛋白调节细胞脂质代谢的研究不断被报道,但乙型肝炎病毒表面抗原(hepatitis B virus surface antigen,HBsAg)与脂质代谢的相互调控研究较少,且机制尚不明确。本研究通过对细胞转录组学的分析,揭示HBsAg对脂质代谢的调控机制。选用稳定表达HBsAg的细胞系HepG2-S-G2与其对照细胞系HepG2-neo-F4进行转录组学分析。利用定量聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)、蛋白质印迹法(Western blot,WB)分别检测重要差异基因OXCT1和CYP4F3在mRNA水平和蛋白水平的表达差异。为验证HBsAg促进脂质合成上调的表型,对两种细胞系进行油红O染色并检测细胞脂肪酸、总胆固醇水平。进一步对稳定转染HBV的细胞系HepG2.2.15进行降脂处理,以观察细胞上清液中HBsAg与脂质合成之间是否存在相互调控。结果显示,参与脂质代谢的差异基因发生显著变化,提示HBsAg引起了宿主细胞脂质合成途径的上调和消耗途径下调。定量PCR结果显示,相对于HepG2-neo-F4细胞,HepG2-S-G2细胞的3-酮酸辅酶A转移酶1(3-oxoacid CoA-transferase 1,OXCT1)mRNA水平升高约9倍,与转录组测序结果基本一致;CYP4F3基因在HepG2-S-G2细胞中转录相对下调。 WB结果显示,OXCT1和CYP4F3蛋白表达均出现相应的显著上调或下调,并且趋势与转录组分析一致。油红O染色以及细胞脂肪酸、总胆固醇水平检测结果证实HepG2-S-G2细胞中脂滴更明显,且游离脂肪酸和总胆固醇均显著升高。降脂处理结果显示细胞上清液中HBsAg显著降低。上述结果表明,HBsAg可上调脂质代谢、促进脂质合成,提示降脂可能成为抑制HBsAg的潜在有效途径。     

医药类高等院校生物物理课程建设的思考

医用生物物理学是研究生命物质的物理性质,生命过程的物理和物理化学规律以及物理因素对生物系统作用机制的科学,是物理学和生物学相结合而产生的一门边缘学科。在促进物理学和生命科学进步方面都显现出强大的生命力和推动力。基于医用生物物理学发展和我校学科建设发展的现实需要,本文讨论了我校建设医用生物物理学必修课或者选修课的必要性,并从本课程和学校学生特点两个方面考虑,对该课程建设的内容进行了初步的整合。旨在对教学内容进行整合、优化,增加一些新概念、新知识及前沿动态,把新旧知识联系到了一起,教会学生如何应用基础知识解决问题的方法以及缓解目前学时少、内容多这一矛盾。