逆转录-聚合酶链反应快速检测柯萨奇B病毒

在柯萨奇B3病毒RNA5＇端非编码区选择并合成引物,用RT－PCR对我省苍山县23份无菌性脑炎患者的粪便标本进行检测,并与常规病毒分离、培养、鉴定进行了平行比较。两种检测结果基本一致。     

用于聚合酶链式反应(PCR)引物设计的计算机程序

 本文报道了两个用于PCR引物设计的计算机程序PCRDESN和PCRDESNA。PCRDESN程序主要从以下4个方面评价用户自己设计的一对引物的质量:(1)引物内的碱基反向重复或发夹结构,(2)两个引物之间的碱基互补配对,(3)两个引物之间的同源性,(4)引物的碱基组成及特点和T_m值计算。通过用多例文献发表的及本院有关实验室提供的引物对序列的验证,确定了程序的运算参数,证明该程序能较好地检验引物对的质量和解释某些PCR实验失败的原因。PCRDESNA程序采用逐级优化的方法和比PCRDESN所选用的更严紧的引物选择参数对用户提供的核酸序列进行快速检索,以确定所有可能的和合适的引物对。     

逆转录-聚合酶链反应快速检测柯萨奇B病毒

在柯萨奇B3病毒RNA5＇端非编码区选择并合成引物,用RT－PCR对我省苍山县23份无菌性脑炎患者的粪便标本进行检测,并与常规病毒分离、培养、鉴定进行了平行比较。两种检测结果基本一致。     

逆转录-聚合酶链式反应检测果树RNA病毒

为调查主要果树携带苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)、苹果茎沟病毒(ASGV)、苹果茎痘病毒(ASPV)和李属坏死环斑病毒(PNRSV)的情况,以指示植物为试材,优化了四种病毒的逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测体系.使用该优化体系检测了苹果树、樱桃树、桃树中携带上述四种病毒的情况.结果:建立了特异性强、灵敏度高、成本低的RT-PCR检测体系;同时又证明主要果树被这几种病毒单独感染和复合感染的程度均较高.     

戊型肝炎病毒通用性PCR引物的设计及其基因分型的研究

针对戊型肝炎病毒(HEV)基因分型尚无统一标准的现状,本研究通过分析GenBank中现有的82株HEV基因组全序列,设计一组HEV通用性PCR引物(HEVuPrimer)用于扩增不同基因型HEV可测序长片段,分别基于全基因序列、HEVuPrimer扩增序列和较常用的MXJ引物扩增序列对82株HEV进行基因分型,再以HEVuPrimer扩增1～4型HEV参考株和HEVIg M抗体阳性的临床标本,进行HEV基因分型的研究。研究结果表明HE-VuPrimer扩增区段与全基因序列对82株HEV的基因分型结果完全一致;HEVuPrimer与HEV序列的匹配程度明显高于MXJ引物,且HEVuPrimer区段的基因分型结果较MXJ区段的更为准确。HEVuPrimer可同时扩增出不同基因型HEV基因片段。124份临床标本中,60份测出特异性HEV RNA,阳性率为48.4%,基因分型结果均为4型HEV,但分属于4个不同的基因亚型,核苷酸同源性为80.0%～99.9%,其中有6例近期分离的HEV毒株形成一新的基因亚型。因此,基于HEVuPrimer扩增区段的HEV基因分型方法具有较高的可靠性和可信度,为建立统一、可行的HEV基...     

广东省实验小鼠自然感染鼠诺如病毒的调查

目的了解广东省实验小鼠自然感染小鼠诺如病毒（murine norovirus,MNV）的情况。方法随机抽取广东省7个繁育设施的小鼠206只,应用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法检测其感染MNV的情况。结果共检测小鼠盲肠内容物206份,阳性样本为77份,阳性率为37.38%。3个设施的小鼠感染MNV,各品系小鼠易感性差异无显著。结论证实广东省小鼠存在MNV感染,部分设施小鼠MNV感染率很高,需加强动物的饲养管理。RT-PCR方法可以应用于MNV感染检测。     

基于具有多茎环特征GA-SVM的人类pre-miRNA的预测研究

MicroRNA（miRNA）是一类长度约为21 nt的非编码RNA,在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用. 现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre miRNA.为进一步提高对pre miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,新引用了一类多茎环生物学特征,将遗传算法（GA）与支持向量机（SVM）结合以进行特征选择,同时优化SVM分类器模型参数（c,g）,并对数据集的不平衡性进行处理,构造出新的分类器.本文采用人类pre miRNA作为研究数据集,通过5折交叉验证,实验结果显示,新的分类器能够有效地提高预测精度.     

吸血诱导的埃及伊蚊海口株后期胰蛋白酶基因测序及与美国株同源性比较

应用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）技术从吸血后24 h埃及伊蚊海口株总RNA中扩增出了后期胰蛋白酶编码区cDNA序列。采用自动DNA分析仪进行序列分析,并与已知埃及伊蚊美国株后期胰蛋白酶基因及推导的氨基酸序列进行了同源性比较。结果表明：埃及伊蚊海口株后期胰蛋白酶基因序列与美国株同源性达98%,有11个碱基发生变异;氨基酸同源性达99%,仅有3个氨基酸发生变异,但与催化位点密切相关的氨基酸及N末端氨基酸序列完全一致。以上结果显示,埃及伊蚊胰蛋白酶不同地理株间存在微小的差异。     

原核细胞mRNA差异显示技术的引物设计

由于原核细胞mRNA3'端不存在ploy(A)结构,因而原核细胞DDRT-PCR引物设计不同于真核细胞。尽管不能根据oligo(dT)设计引物,但利用全基因中高度分散重复的短序列或回文序列却能有效克服mRNA分子结构的影响,最大限度地扩增全长cDNA;并且这2种引物设计方法还可以提高RNA指纹图谱的重复性,降低反应的假阳性,从而为原核细胞DDRT-PCR引物设计提供新的思路。     

Detection of Flaviviruses by Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction with the Universal Primer Set

Using a universal primer set designed to match the sequence of the NS1 gene of flaviviruses, the virus RNA of dengue (DEN), Japanese encephalitis (JEV), powassan and langat of Flaviviridae were successfully amplified by polymerase chain reaction (PCR) via cDNA; and with different internal primers, the serotypes of the dengue viruses were identified. Of the 78 clinically diagnosed dengue fever patients, 18 patients were positive for DEN 1, 48 patients for DEN 2 and 8 patients concurrently infected with DEN 4. Of the 52 patients admitted with Japanese encephalitis (JE), 45 were determined to be JEV infections. By nested PCR, we completed the identification of flaviviruses within 2 days. The results show that seven primers have a potential value for rapid clinical diagnosis of flavivirus infections.     

减毒活疫苗中逆转录酶活性检测

逆转录酶 (RT)是目前发现的所有逆转录病毒的一个重要标志 ,凡是逆转录病毒均携带逆转录酶 ,逆转录酶活性的测定可以反映出制品中是否有逆转录病毒的污染 ,不受病毒基因序列的影响。采用PCR法进行逆转录酶活性检测方法 ,以整个生活周期中无DNA过程的MS2RNA为模板 ,设计一对引物 ,在逆转录系统中加入待检样品 ,经过RT PCR扩增后 ,放大检测对象物进行观察 ,从而了解制品中是否存在逆转录酶的污染 ,继而间接推测其是否污染逆转录病毒。对不同生物制品厂家生产的减毒活疫苗的逆转录酶活性进行检测 ,发现在一些疫苗里有逆转录酶活性阳性。     

FD耐热逆转录酶的部分酶学性质研究

ＦＤ耐热逆转录酶（ＦＤ－ＴＲＴ）来自一株栖热杆菌菌株．通过ＲＴ－ＰＣＲ方法,论文对ＦＤ－ＴＲＴ的部分酶学性质进行了研究．ＦＤ耐热逆转录酶能耐受９５℃的高温,最适反应温度在６５～７５℃左右,这时ＲＮＡ的高级结构能解开,可以提高逆转录反应的效率;同时引物和ＲＮＡ模板识别的专一性强,可大大提高逆转录的特异性．实验表明ＦＤ－ＴＲＴ逆转录反应的最适条件为：２５ｍｍｏｌ／ＬＴｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ８．８,１５ｍｍｏｌ／Ｌ（ＮＨ４）２ＳＯ４,１００μｇ／ｍｌ明胶,５００μｍｏｌ／ＬｄＮＴＰｓ,２５ｐｍｏｌ逆转录引物,１ｍｍｏｌ／ＬＭｎＣｌ２,２ＵＦＤ耐热逆转录酶,反应在６５～７０℃下进行．在上述条件下,用ＲＴ－ＰＣＲ可检出少于５ｐｇ外周血总ＲＮＡ中特异的α珠蛋白ｍＲＮＡ．     

等位基因特异性引物PCR技术及其应用研究

目的：研究建立等位基因特异性引物PCR技术体系,并将其应用于基因单核苷酸多态性研究工作。方法：通过美国国家生物信息中心(NCBI)的genBank获取基因序列及其相应位点的SNP信息。利用Primer5．0软件设计引物,并经NCBI的Blast2．0软件检验其特异性。结果：建立了单一等位基因特异性引物PCR(SASP—PCR)与嵌套式等位基因特异性引物PCR(NASP-PCR)两种技术,并应用于β2肾上腺素受体及内皮源性一氧化氮合酶基因单核苷酸多态性的研究,证实该技术的稳定性和优越性。结论：等位基因特异性引物PCR技术是一种更为简便、特异性较高、费用少的、便于推广的SNP检测方法,特别是在群体基因单核苷酸多态性研究中更有优势。