随机序列八肽库的构建及其在双杂交系统中的应用

目的:构建一个随机序列八肽库并从中寻找非天然的具有药用价值的多肽。方法:利用基因工程技术构建随机序列八肽库,首先设计并合成了含8个密码子的随机寡核苷酸链,摸索了变性温度与时间、复性温度与时间、延伸温度与时间以及循环数后利用PCR扩增了这一片段,并解决了片段回收、连接等步骤,最后比较了不同的转化方法,采用最简便高效的TSS法转化大肠杆菌建立了随机序列八肽库。结果:利用作者所建立的随机序列八肽库应用于酵母双杂交系统并从中筛选到了一段感兴趣的多肽。结论:随机序列八肽库构建成功并且具有应用价值。     

NASBA(依赖核酸序列的扩增)及其在病毒检测中的应用

NASBA(nucleic acid sequence based amplification)即依赖核酸序列的扩增技术,是一种扩增RNA的新技术,是由一对引物介导的、连续均一的、体外特异核苷酸序列等温扩增的酶促反应过程。反应在42℃进行,可以在2h左右将模板RNA扩增约109~12倍,不需特殊的仪器。NASBA已经广泛应用于细菌、病毒等多种病原微生物的检测,就NASBA的技术原理及其在病毒检测中的应用作一综述。     

亚洲棉GAE6-3A上游序列的分离及其在烟草中的表达

根据E6基因保守域设计引物 ,PCR扩增出亚洲棉 (GossypiumarboreumL .)GAE6基因长约 40 0bp片段 ,序列分析表明该片段与海岛棉 (G .barbadense)E6基因同源性达 96 .8%。进一步合成 2个反向引物协助进行PCR 96孔板筛库分离到亚洲棉GAE6 3A克隆。酶切鉴定其插入片段长约 8.0kb ,序列测定及分析结果表明其上游长约 1.5kb。将GAE6 3A上游序列克隆至含有内含子的GUS基因前 ,构建了植物表达载体。三亲杂交后农杆菌介导转化烟草 ,组织化学分析显示GUS基因在转基因烟草植株的根、茎、叶的表皮 (包括表皮毛 )及维管组织表达较强     

基于SVR和CAR的多维时间序列分析及其在生态学中的应用

基于支持向量回归（SVR）并融合带受控项的自回归模型（CAR）,建立了一种既反映样本集动态特征又体现环境因子影响的非线性多维时间序列分析预测方法（SVR-CAR）。用一步预测法对两个生态学样本集的预测结果表明,SVR-CAR在所有参比模型中预测精度最高,并具结构风险最小、非线性、避免过拟合、泛化推广能力优异等诸多优点。SVR-CAR在生态学、农业科学、经济学等多维时间序列预测领域有较广泛的应用前景。     

花椒cpDNA trnL-F间隔区序列的特征及其在混淆品鉴别中的应用

目的:通过分析花椒cpDNA trnL-F间隔区序列特点,探讨该序列在花椒与其混淆品鉴别中的意义.方法:对花椒及其混淆品进行cpDNA trnL-F间隔区序列比较研究.结果:花椒cpDNA trnL-F间隔区序列为349bp、AT百分比为62.1%.尽管花椒的果实在外部形态,物理特性上与混淆品差异较小,但在cpDNA trnL-F间隔区序列上却存在着显著而稳定的差异.该序列在属以下的分类阶元中同源性极高,可达100%.结论:根据cpDNA trnL -F间隔区碱基序列的差异,能有效地鉴别花椒及其属以上分类阶元的混淆品.     

一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用

二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用．虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异．许多遗传疾病是由短串联重复序列的长度扩张导致的,尤其是亨廷顿病等多种神经系统疾病．然而,现在几乎没有工具能够利用二代测序检测长度大于测序读长的短串联重复序列变异．为了突破这一限制,我们开发了一个全新的方法,该方法基于双末端二代测序辨识短串联重复序列长度变异,并可估计其扩张长度,将其应用于一项基于全外显子组测序的运动神经元疾病临床研究中,成功地鉴定出致病的短串联重复序列长度扩张．该方法首次原创性地利用测序读长覆盖深度特征来解决短串联重复序列变异检测问题,在人类遗传疾病研究中具有广泛的应用价值,并且对于其他二代测序分析方法的开发具有启发性意义．     

蛋白质-RNA序列结构界面偏好性及用于对接打分统计势的构建

本文对来自PDB (Protein Data Bank)数据库的蛋白质-RNA复合物结构构建了非冗余非核糖体数据库(694个结构),并对此数据库统计了蛋白质和RNA序列及二级结构的界面偏好性.结果发现,蛋白质β折叠、3₁₀-helix和RNA未配对核苷酸,尤其是未配对中空间排列不规整的核苷酸,具有显著的界面偏好性.据此,对二级结构进行归类,建立了考虑序列和二级结构信息的60×12氨基酸-核苷酸成对偏好势,并将其作为打分函数用于蛋白质-RNA对接中近天然结构的筛选.结果表明,该60×12统计势的打分成功率为65.77%,优于考虑蛋白质或RNA二级结构信息的统计势,及我们小组之前在251个结构上构建的60×8^*统计势.该工作有助于加深对蛋白质-RNA特异性识别的理解,可推动复合物结构预测的进展.     

多标记物法在心力衰竭风险评估中的应用

心力衰竭的发生发展涉及多条生理病理通路,选择不同通路中的多个生物标记物能够提高对心力衰竭风险评估的准确性。总结了心 力衰竭发生发展过程中与心肌损伤、内皮功能障碍、神经激素紊乱、炎症反应、氧化应激过程相关的生物标记物,基于多标记物评价方法 的数学模型及多标记物法在心力衰竭和药物心脏毒性风险评估中的应用。     

一种构建新型T载体的简便方法及应用

T载体能够用于PCR产物的快速克隆且易于操作。以常用的克隆载体pGEM-3zf(+)为出发材料,将其进行改造为通用的T载体。通过一步反向PCR方法在该载体中插入带有Xcm I酶切位点的一段序列,在Xcm I酶的切割下产生两端含有T核苷酸的线型核苷酸序列,最终获得用于克隆PCR产物的T载体。外源基因xdh克隆试验表明该载体构建成功,此载体完全可以用于PCR产物的基因克隆试验,为相关载体的改造提供了思路。     

心音信号的分析方法及其应用

心音信号包含了关于人体丰富的病理信息,其分析与研究为心血管疾病的诊断提供了很重要的临床依据.本文探讨了心音信号分析的研究现状,及其短时傅立叶变换(STFT),小波变换(WT),Hilbert-Huang变换在心音信号分析中的应用以及需要解决的理论问题,并运用PhysioBank数据库中的ECG数据,将Hilbert变换运用于ECG信号的分析中,结合MATLAB软件,做出了较为理想的瞬时频率图.     

rhBNP 在心力衰竭合并肾功能不全中的应用前景

心力衰竭同时合并肾功能不全或肾功能恶化,也称为心肾综合征,是临床心血管疾病的终末阶段,患者的死亡率及再住院率较高。重组人脑利钠肽是利用重组DNA技术制成的人脑利钠肽,与内源性脑利钠肽具有相同的药理作用:扩张血管,降低右房压力及肺毛细血管楔压,减轻心脏负荷,可以选择性扩张冠状动脉,增加冠状动脉的血流量;通过激活心肌细胞内c GMP依赖的蛋白激酶PKG-1,产生细胞应激性保护,降低心肌耗氧量;抑制RAAS及SNS,抑制反射性心动过速和血管收缩,无正性肌力作用和正性心率作用,抑制心脏重塑。重组人脑利钠肽作用于肾脏可以改善肾脏血流灌注,提高肾小球滤过率。虽然重组人脑利钠肽治疗心力衰竭取得了很好地效果,但其对心力衰竭患者肾功能的影响仍存在争议。重组人脑利钠肽具有多重活性且不良反应少,已被许多专家视为很有应用前景的新药。     

NT-ProBNP Levels in Saliva and Its Clinical Relevance to Heart Failure

Background

Current blood based diagnostic assays to detect heart failure (HF) have large intra-individual and inter-individual variations which have made it difficult to determine whether the changes in the analyte levels reflect an actual change in disease activity. Human saliva mirrors the body’s health and well being and ∼20% of proteins that are present in blood are also found in saliva. Saliva has numerous advantages over blood as a diagnostic fluid which allows for a non-invasive, simple, and safe sample collection. The aim of our study was to develop an immunoassay to detect NT-proBNP in saliva and to determine if there is a correlation with blood levels.

Methods

Saliva samples were collected from healthy volunteers (n = 40) who had no underlying heart conditions and HF patients (n = 45) at rest. Samples were stored at −80°C until analysis. A customised homogeneous sandwich AlphaLISA^(R) immunoassay was used to quantify NT-proBNP levels in saliva.

Results

Our NT-proBNP immunoassay was validated against a commercial Roche assay on plasma samples collected from HF patients (n = 37) and the correlation was r² = 0.78 (p<0.01, y = 1.705× +1910.8). The median salivary NT-proBNP levels in the healthy and HF participants were <16 pg/mL and 76.8 pg/mL, respectively. The salivary NT-proBNP immunoassay showed a clinical sensitivity of 82.2% and specificity of 100%, positive predictive value of 100% and negative predictive value of 83.3%, with an overall diagnostic accuracy of 90.6%.

Conclusion

We have firstly demonstrated that NT-proBNP can be detected in saliva and that the levels were higher in heart failure patients compared with healthy control subjects. Further studies will be needed to demonstrate the clinical relevance of salivary NT-proBNP in unselected, previously undiagnosed populations.     

信号肽及其在蛋白质表达中的应用

分子生物学研究已进入后基因组时代,其中心任务是更多地关注基因组表达的蛋白质的结构和功能。由于基因功能最终通过其表达产物——蛋白质来实现,因此,要了解基因组全部功能活动,最终也必须回到蛋白质上。另外,在菌株、培养和发酵等逐渐成熟的条件下,构建高效的表达载体以提高外源蛋白质的表达量是降低工业化生产成本的关键。随着研究的深入,发现信号肽对蛋白质的定位有着非常重要的作用,使得信号肽的研究不仅具有重要的理论意义,而且也具有潜在的应用价值。就信号肽的结构和功能,信号肽的捕获方法及其在原核表达系统和真核表达系统中表达外源蛋白质的应用做一些介绍。     

Chaotic Signatures of Heart Rate Variability and Its Power Spectrum in Health,Aging and Heart Failure

A paradox regarding the classic power spectral analysis of heart rate variability (HRV) is whether the characteristic high- (HF) and low-frequency (LF) spectral peaks represent stochastic or chaotic phenomena. Resolution of this fundamental issue is key to unraveling the mechanisms of HRV, which is critical to its proper use as a noninvasive marker for cardiac mortality risk assessment and stratification in congestive heart failure (CHF) and other cardiac dysfunctions. However, conventional techniques of nonlinear time series analysis generally lack sufficient sensitivity, specificity and robustness to discriminate chaos from random noise, much less quantify the chaos level. Here, we apply a ‘litmus test’ for heartbeat chaos based on a novel noise titration assay which affords a robust, specific, time-resolved and quantitative measure of the relative chaos level. Noise titration of running short-segment Holter tachograms from healthy subjects revealed circadian-dependent (or sleep/wake-dependent) heartbeat chaos that was linked to the HF component (respiratory sinus arrhythmia). The relative ‘HF chaos’ levels were similar in young and elderly subjects despite proportional age-related decreases in HF and LF power. In contrast, the near-regular heartbeat in CHF patients was primarily nonchaotic except punctuated by undetected ectopic beats and other abnormal beats, causing transient chaos. Such profound circadian-, age- and CHF-dependent changes in the chaotic and spectral characteristics of HRV were accompanied by little changes in approximate entropy, a measure of signal irregularity. The salient chaotic signatures of HRV in these subject groups reveal distinct autonomic, cardiac, respiratory and circadian/sleep-wake mechanisms that distinguish health and aging from CHF.     

国内外心力衰竭治疗质量评价的研究现状

心力衰竭是世界主要的公共卫生问题之一,庞大的心力衰竭患者消耗着大量的医疗资源。近几十年,世界各国专家越来越关注心力衰竭的治疗质量,评价治疗质量已成为医疗体制改革的一项措施。通过总结国内外心力衰竭治疗质量评价的组织机构、评价指标、治疗质量改善项目及有关评价研究,探讨我国心力衰竭治疗质量评价与国外的差距,针对出现的问题,提出相应的建议,为改善我国心力衰竭的治疗质量提供新思路。