上饶早梨道地性农家种遗传多样性与亲缘关系的荧光AFLP分子标记分析

为了探讨上饶县花厅镇和田墩镇这两个相邻乡镇上饶早梨道地性农家种的遗传多样性与亲缘关系,采用6对Eco RⅠ/MseⅠ引物组合对其20个样本进行荧光AFLP分子标记分析。结果表明,上饶早梨2个道地性农家种20个样本6对引物组合扩增的平均位点数为84.83,平均多态性位点数为23.83,平均多态性百分率为28.09%。上饶早梨2个道地性农家种20个样本6对引物组合扩增位点的平均观测等位基因数Na为1.280 9,平均有效等位基因数Ne为1.207 6,平均Nie's基因多样度H为0.114 9,平均香农信息指数Ⅰ为0.166 1,遗传多样性水平较低。上饶早梨2个道地性农家种20个样品的遗传相似系数为0.748 5~1.000 0,平均值为0.890 6,个体间相似度较高。通过UPGMA聚类分析,上饶早梨2个道地性农家种20个样本被分为两大类。第Ⅰ类包括"花厅六月雪"和"花厅黄皮消",第Ⅱ类包括"田墩六月雪",表明上饶县花厅镇和田墩镇这两个相邻乡镇上饶早梨的道地性农家种("六月雪")虽然具有相似的遗传物质基础,但也存在明显的种植地差异。根据6对Eco RⅠ/MseⅠ引物组合扩增位点的特异性,并依据其扩增模式图进行编码组合,构建了上饶早梨2个道地性农家种20个样本的DNA分子指纹图谱,可以用于上饶早梨各种植地农家种分子水平上的鉴定。     

上饶早梨离体保存库再生苗遗传稳定性的同工酶分析

为了检测上饶早梨离体保存库中不同再生苗的遗传稳定性,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对其20个样本进行多酚氧化酶(PPO)同工酶、超氧化物歧化酶(SOD)同工酶、淀粉酶同工酶、过氧化物酶(POD)同工酶、酯酶(EST)同工酶、过氧化氢酶(CAT)同工酶和蛋白酶同工酶分析。结果表明,20个样品的POD同工酶、EST同工酶和蛋白酶同工酶均只有一条带;20个样品的CAT同工酶均出现两条带;PPO同工酶在20个样品中出现6条带;SOD同工酶在20个样品中出现5条带;淀粉酶同工酶在20个样品中出现4条带。利用popgene软件计算出POD同工酶、EST同工酶、蛋白酶同工酶、CAT同工酶、PPO同工酶、SOD同工酶和淀粉酶同工酶的多态性百分率分别为0%、0%、0%、0%、83.33%、60%和100%。使用NTsys 2.1软件计算PPO同工酶、SOD同工酶和淀粉酶同工酶酶带的遗传相似系数,并用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。结果表明,3个同工酶的聚类结果一致,20个样本分为两大组,一组包括"花厅六月雪"和"花厅黄皮消"两个主栽品种,另一组只包括"田墩六月雪"一个主栽品种。3个主栽品种内的样本所有同工酶酶带结果一致且遗传相似系数均为1.000 0,说明3个主栽品种内样本的遗传稳定性高,无遗传变异。本试验结果表明,上饶早梨离体保存库的建立具有较强的可靠性和可行性。     

32个柿主栽品种SSR图谱构建及遗传变异分析

以32份柿主栽品种为试验材料,利用SSR标记技术构建其指纹图谱并进行遗传多样性分析。从78对候选引物中筛选出20对多态性高、稳定性好的引物作为核心引物,构建柿主栽品种SSR指纹图谱。结果显示:(1)20对引物在32份材料中共扩增出183条多态性条带,每对引物扩增出3～20条不等,平均每对引物扩增出9.15条,多态性比率为81.3%。各个位点的杂合度在0.410 3～0.914 3之间,平均为0.702 7。(2)8对引物在12个品种上具有特征带型,采用5对引物进行组合鉴定即可将32个柿品种完全区分开。(3)依据SSR带型特征,对每对引物生成的不同带型直接编号,简化柿SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA指纹图谱,结果表明,核心引物组合法比特征谱带法更适用于构建中国柿主栽品种DNA指纹图谱。(4)根据系统聚类分析将32个柿主栽品种分为两大类,品种间的亲缘关系与地理来源具有一定的相关性。     

甘薯SRAP指纹图谱构建及遗传多样性分析

[目的]利用分子标记SRAP技术,构建22个甘薯品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。[方法]从49对SRAP引物中筛选了11对引物进行PCR扩增。[结果]共扩增出98条带,多态性条带74条,多态性比率为75.5%,平均每对引物扩增8.91条带。利用引物Me2-em3和Me3-em7,构建了22个甘薯品种的指纹图谱。聚类结果显示,在阈值为15.5时可将22个甘薯品种被分为7类。[结论]地理来源相同的甘薯品种和具有同一亲本的甘薯品种聚在了一起。     

基于ISSR标记的62个朱顶红品种的遗传关系分析及指纹图谱构建

采用ISSR标记方法分析了62个朱顶红(Hippeastrum spp.)品种(包含60个引自荷兰的品种和2个苏州本地品种)的遗传多样性,并采用UPGMA法对62个朱顶红品种进行聚类分析.在此基础上,通过特异性条带的比较及筛选,采用黑白方格示意图法构建了供试品种的ISSR指纹图谱.扩增结果显示:用11条引物从62个朱顶红品种的基因组DNA中共扩增出118条带,其中多态性条带109条,多态性条带百分率达92.4％,有5条引物扩增条带的多态性条带百分率达100.0％.62个品种间的遗传相似系数变幅较大,为0.371 4～0.842 9,表明各品种间存在丰富的遗传变异和遗传多样性.聚类分析结果显示:在遗传相似系数0.63处62个品种被分为7组,多数形态相似的品种被聚在一起;其中形态相似的白色单瓣品种间遗传相似系数较高(约0.8),大多聚在一起,表明它们同源性较高;而2个苏州本地品种间遗传相似系数最高(0.842 9),表明它们可能具有同一来源.品种‘小红星’在引物UBC873扩增图谱的450 bp处有1条特异性条带,而品种‘精灵’在引物UBC835扩增图谱的3 000 bp处有1条特异缺失条带,这2条特异性条带可分别用于品种‘小红星’和‘精灵’的鉴定.基于引物UBC835和UBC873的ISSR扩增条带组合构建了供试的62个朱顶红品种的ISSR指纹图谱,采用这一指纹图谱可对供试的所有朱顶红品种进行鉴定.     

莲藕品种DNA指纹图谱的绘制

采用RAPD技术对14个莲藕品种进行遗传多态性分析,用5个Operon引物和80个SBS的RAPD引物进行筛选,从中选出来自SBS的RAPD-C13和RAPD-D15扩增出的8条多态性条带,绘制了14个品种的DNA指纹图谱,在该图谱中每个品种均有各自特异的DNA指纹。     

甘蓝型特高含油量油菜种质资源及主栽品种指纹图谱构建

本研究选择特高含油量资源7份,与中国各油菜主产区具有代表性的主栽品种16份,利用SSR多引物组合法开展指纹图谱构建研究。选择多态丰富、图谱清晰稳定且来自不同连锁群的引物28对,对所有材料进行指纹图谱分析,共获SSR指纹条带302条,其中多态性条带为279条,每引物所获条带6-16条,平均10.79条,平均多态率92. 38%,通过指纹图谱将所有材料有效地区别开来。用非加权类平均法（UPGAM）聚类分析显示：高油材料之间以及高油材料与主栽品种之间遗传距离均有较大差异,在遗传距离0.171处可将23份材料分成9个类群,其中7份高油材料分处4个类群,遗传距离差异显著;而其他8份主栽品种被分别聚类在另外5个类群中;所有材料间皆具有丰富的遗传多样性,其中高油材料与主栽品种间遗传差异更大。     

大豆种质资源SRAP分子标记中的引物筛选

以113个大豆栽培品种和20个野生品种为材料,从288对引物组合中筛选出12对多态性丰富、条带清晰、可重复性好的SRAP引物组合。用筛选出的12对引物组合对大豆品种进行PCR扩增,获得了带型丰富和清晰可辨的DNA的PAGE指纹图谱;共扩增出251条谱带,其中多态性条带220条,多态性谱带比率为87.6%,平均每个引物扩增出18.3条谱带。结果显示,所筛选出的12对引物组合可以有效的应用于大豆种质资源的SRAP分析。     

牛鞭草品种EST-SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

为探讨牛鞭草(Hemarthria spp.)品种间的遗传多样性,从86对EST-SSR引物中筛选出8对引物对牛鞭草属6个品种进行指纹图谱的构建及遗传多样性分析。结果表明,8对EST-SSR引物对牛鞭草属6个品种共扩增出193条清晰条带,多态性条带161条,多态性比例为83.4%。每条引物的多态信息含量(PIC)为0.480~0.695,平均为0.602。UPGMA聚类分析表明,牛鞭草属6个品种在相似系数为0.652处可分为两大类群。8对EST-SSR引物均能将6个品种完全区分开,以3对EST-SSR引物扩增的电泳图谱为基础,建立了牛鞭草属6个品种的指纹图谱标准模式图,每个品种都有唯一的指纹图谱。牛鞭草属6个品种的平均Nei’s基因多样性指数为0.333,平均Shannon信息指数为0.496,品种间的相似系数介于0.399~0.782之间。可见,牛鞭草属植物品种的遗传多样性较丰富,种间差异明显。     

8份广西产绞股蓝种质的RAPD引物筛选及其遗传多样性分析

本研究的目的在于筛选合适的RAPD随机引物,应用RAPD技术对药用植物绞股蓝进行遗传多样性分析,并构建DNA指纹图谱。研究结果表明,我们利用生物信息学方法挑选出的20条引物中有19条引物的扩增条带清晰且多态性好;在清晰稳定出现的354条带中,294条具有多态性;其中有3条引物的扩增条带可清楚区分绞股蓝与混淆品种乌蔹莓,可建立其DNA指纹图谱。按UPGMA法进行聚类分析,计算其遗传相似系数,结果显示,8份绞股蓝供试材料聚为两类,聚类结果与其地理区域远近和生长环境一致。本研究中筛选出的19条引物适用于绞股蓝遗传多样性分析,且获得的DNA指纹图谱可用于鉴别绞股蓝。     

40个黄皮品种的ISSR分析

采用ISSR-PCR分子标记技术对40个黄皮品种的遗传多样性进行分析。从96条ISSR引物中筛选出15条引物用于PCR扩增,共扩增出165条带,其中多态性条带100条,多态性比率为60.6%。应用SPSS软件计算各品种间的Jaccard相似系数介于0.714~1.000,UPGMA法将40个品种分成5组。     

基于引物“随机组合”构建观赏桃SSR指纹图谱

近年来,我国观赏桃新品种日渐繁多、名称混乱、市场难以监管,同时用以区分品种的SSR指纹图谱的构建方法在研究界无统一的科学标准,尤其是构成最终引物组合的核心引物的确定,具体操作流程层出不穷、五花八门。为探索筛选SSR指纹图谱核心引物的科学方法,同时构建观赏桃SSR指纹图谱,该研究选用35对已报道的SSR引物对22份观赏桃种质进行试验。结果表明:通过PCR扩增与分析,多态性较高的8对引物——候选引物总共扩增出31个多态性条带,变幅为3~5个,PIC值变幅为0.458~0.668,MI值变幅为1.374~3.340。采用"随机组合"法对8对引物进行C_8~1、C_8~2、C_8~3…依次分析,得到区分能力最强的3种不同的最少引物组合方式——候选组合,并能区分出18份种质,从中发现区分能力最强的3种引物组合方式并不都是由引物PIC值、alleles数量或MI值等多态性指标最高的引物组成,而是由互补性最强的引物组成。选用组合内各引物多态性条带总数最多的组合方式"4-3"(BPPCT001+BPPCT015a+BPPCT017+BPPCT025)为22份观赏桃种质构建了指纹图谱。基于此,通过常规多态性指标筛选候选引物可以确定出单对引物鉴别能力最强的少量引物;通过"随机组合"筛选候选组合可以进一步确定出引物之间互补性最强的几种组合方式;根据组合内各引物的多态性条带总数确定最终核心引物可以确定出可扩容性最大的引物组合。该研究最终建立了候选引物——候选组合——核心引物组合"三步法"确定SSR指纹图谱核心引物组合的科学方法,不仅为22份供试观赏桃种质构建了SSR指纹图谱,也为其它作物SSR指纹图谱的构建提供了新的思路。     

基于ISSR标记的烤烟种质遗传多样性研究

利用ISSR标记分析了24份代表性烤烟种质的遗传多样性。从100个ISSR引物中筛选出10个引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳可以检测到208条稳定的条带,片段大小介于200~2 400 bp之间,条带数在7~37条之间;扩增片段中多态性带141条,平均多态性比率(PPB)为67.79%。 通过UPGMA聚类分析,24个烤烟品种分为5类,最大一类有12个材料,主要衍生于Coker319。品种间遗传相似指数(GS)范围为0.66~0.85,表明其遗传多样性较低,需要拓宽烤烟种质的遗传基础。同时,利用2个多态性好的ISSR引物可以将这24份烤烟材料区分开,每个品种都有各自独特的指纹图谱,表明ISSR标记适于烟草品种鉴定和遗传多样性研究。     

猕猴桃SCoT遗传多样性分析及指纹图谱的构建

利用SCoT标记对32个猕猴桃品种进行了遗传多样性分析。从47个SCoT引物中筛选了11个引物进行PCR扩增,共扩增出185个条带,其中多态性条带180个,多态性比率为97.30%。各引物Nei's基因多样性指数（H）平均为0.238 4,Shannon's信息指数（I）平均为0.377 8。利用UPGMA构建32份猕猴桃种质资源的聚类树状图。在遗传相似系数为0.78处可将32个猕猴桃品种分为5组,聚类结果与形态学分类基本一致。利用4条引物扩增的16个多态性位点构建了32个猕猴桃品种的DNA指纹图谱,可以将32个猕猴桃品种区分并准确鉴定。     

黄瓜育成品种"春玉"RAPD指纹图谱分析

从300条随机引物中筛选出能稳定扩增的26个引物．对黄瓜育成品种“春玉”等21个实验材料进行扩增,在扩增出的173条谱带中,多态性带有80条,比例为46．24％。“春玉”在用引物E13扩增时有特异缺失条带,大小为400bp,可作为特征性指纹图谱,为其产权保护提供分子依据。利用各材料的DNA指纹可将不同参试材料鉴别出来。同时利用MEGA软件进行UPGMA聚类分析,将参试材料在相似系数0．706处分为4个组群。     

应用SRAP标记绘制88份南瓜属种质资源DNA指纹图谱

为了给南瓜属种质资源鉴定和分类提供分子生物学依据,本研究采用SRAP分子标记技术与DNAMAN指纹图谱绘制软件对88份南瓜属种质资源(包含美洲南瓜、中国南瓜、印度南瓜)进行分子指纹图谱绘制。结果表明:35对SRAP多态性引物共扩增出499条清晰条带,其中多态性条带438条,多态性条带比率高达87.8%。根据扩增出的条带成功绘制出88份南瓜属种质资源的DNA指纹图谱,每一份种质都具有其独特的分子身份证,使得每份种质均可被区别开来。其中,多态性最好的引物是E5EM8,可以同时绘制72份南瓜属种质资源的指纹图谱。所有供试材料用5对多态性SRAP引物即可全部区别开来。研究表明,SRAP分子标记技术可成功地绘制南瓜属种质资源DNA指纹图谱。本研究对南瓜属种质资源鉴别、分子数据库构建及品种权保护具有较重要的意义。     

沙梨8个栽培品种的DNA指纹鉴定

利用RAPD标记技术,对8个沙梨(Pyrus pyrifolia)主栽品种进行RAPD分析。结果显示,从33个10碱基随机引物中筛选出了2个多态性高的引物S2075和S1296,扩增位点分别为11个和10个,以此为基础建立了8个品种的DNA指纹图谱;根据这2个引物中任何一个的扩增图谱均可以将这8个品种区分。研究结果为沙梨品种的区别与鉴定提供了一种有效方法。     

19个枇杷杂交新品种(系)的SSR鉴定和指纹图谱构建

为探究枇杷(Eriobotryajaponica)杂交品种真实性和DNA指纹图谱,对新育成的19个枇杷杂交品种(系)进行SSR标记鉴定分析。结果表明,从已发表的89对SSR引物中筛选出扩增条带清晰稳定的多态性引物19对,在24份枇杷材料中共扩增到83条带,每对引物平均扩增4.37条,PIC值为0.234～0.983,平均为0.764。经12对具有父本特征带多态性引物鉴定, 19个杂交新品种(系)全部为真杂种,真杂种率为100%。UPGMA聚类分析表明,19个杂交新品种(系)的遗传相似系数为0.728～0.969,与杂交亲本‘新白2号’和‘贵妃’聚为同一个大类,并可细分为4个亚类,红肉与白肉的枇杷品种(系)间无明显划分。同时利用8对多态性SSR引物组合,构建了19个枇杷杂交新品种(系)的分子指纹图谱。这为枇杷品种鉴定、新品种权保护和杂交育种提供重要参考依据。     

中国鸭茅主栽品种DNA指纹图谱构建

利用SSR标记和SCoT标记构建了我国主栽的21个鸭茅品种的DNA指纹图谱。从180对SSR引物和80个SCoT引物中,筛选出多态性高、谱带清晰的SSR引物和SCoT引物各24个。24对SSR引物在供试材料中共检测到186个条带,其中多态性条带为175个,品种特异条带6个,平均多态性比率94.03%,多态性信息量均值0.845,Shannon指数变幅0.4479~0.6549,基因多样性指数变幅0.2946~0.4633,可鉴别的品种数2~21个;利用24个SCoT引物在供试材料中共检测到321个条带,其中多态性条带为249个,品种特异条带6个,平均多态性比率76.33%,多态性信息量均值0.907,Shannon指数变幅0.2588~0.6329,基因多样性指数变幅0.1695~0.4451,可鉴别的品种数1~21个;5对SSR引物和5个SCoT引物在10个品种上具有唯一特征谱带,最终综合各项指标筛选出5个引物(A01E14、A01K14、B03E14、D02K13和SCoT23)上的37个条带用于鸭茅品种DNA指纹图谱构建,数据库中每个品种均具有唯一DNA指纹编码,构建的DNA指纹数据可用于鸭茅品种真伪鉴定,为品种权保护提供了科学依据。     

洋桔梗品种遗传多样性的AFLP分析

该研究以洋桔梗(Eustoma grandiflorum)2个品种‘玛丽艾基粉色’和‘圣剑白底紫边’为试材,提取叶片DNA,经过EcoRⅠ/MseⅠ双酶切、连接、预扩增、选择性扩增,建立了洋桔梗的AFLP最佳反应体系;并以64个常用引物组合进行扩增,得到154个多态性条带,从中筛选出扩增条带较多且多态性较好的4个引物组合(E-ACA/M-CTC,E-ACC/M-CAC,E-AGC/M-CTT,E-ACT/M-CAG),其多态位点百分率均值为24.36%。利用上述4个引物组合,以最佳反应体系为基础,构建了7个常见洋桔梗品种的AFLP指纹图谱,统计7个品种各4个引物组合在1 000~300bp区间7个区段的扩增条带,并将各个品种的AFLP指纹图谱转换成各品种4组7位数构成的28位特异数字指纹,极大地方便了种质比较及鉴定;7个品种间的遗传相似系数介于0.683 5~0.860 8之间,平均值为0.774 6。研究结果为进一步进行洋桔梗的种质研究及利用奠定了基础。