宗地花猪和从江香猪ADRP基因多态性及生物信息学分析

为研究宗地花猪和从江香猪ADRP基因的单核苷酸多态性,为选种选育提供理论参考,试验以宗地花猪和从江香猪为对象,构建DNA池,采用PCR产物测序法对ADRP基因8个外显子进行单核苷酸多态性检测,并利用生物信息学方法对ADRP基因编码产物进行结构功能预测。结果显示,在两个猪种ADRP基因中筛查到5个SNPs,分别是T37C、T140C、G777A、A1061G、A1117G,其中T37C位于非编码区内,T140C和A1061G为同义突变,G777A(Val→Ile)和A1117G(Asn→Ser)为错义突变;突变前后ADRP基因m RNA二级结构、编码蛋白二级结构及三级结构均发生了变化。研究结果表明,宗地花猪和从江香猪ADRP基因具有较高的遗传多样性,可为猪种的选育和创新提供参考。     

贵州宗地花猪的GDF9基因多态性及生物信息学分析

以贵州宗地花猪和贵州从江香猪2个地方猪种为研究对象,构建基因组DNA池,扩增GDF9基因第1外显子和第2外显子序列,采用直接测序法对2个品种的GDF9基因进行单核苷酸多态性进行检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对GDF9基因m RNA二级结构、蛋白质二级结构的影响。结果表明,在2个品种中共检测到T~(997)A、C~(1009)T、T~(1014)C、G~(1137)T和A~(1196)T 5个SNPs位点,其全位于第二外显子上。T~(997)A、C~(1009)T和A~(1196)T均为错义突变。T~(997)A导致编码的苯丙氨酸(Phe)变为异亮氨酸(Ile)、C~(1009)T导致编码的亮氨酸(Leu)变为苯丙氨酸(Phe)、A~(1196)T导致编码的赖氨酸(Lys)变为甲硫氨酸(Met)。SNPs位点对于GDF9基因的m RNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响。     

白洗猪不同组织FTO基因的表达研究

为了探究FTO基因在白洗猪不同组织器官中的m RNA差异表达情况,本研究以10月龄贵州白洗猪为研究对象,采用RT-PCR方法对试验猪只9个组织进行试验。结果表明:10月龄白洗猪9个组织中FTO基因m RNA均有表达,且表达量有所差异,总体上说,白洗猪FTO基因m RNA的表达丰度由大到小为脾肾心小肠肺肌肉大肠肝胃。表明FTO在10月龄白洗猪中为多组织表达肉质关联基因,可为优质白洗猪的选育提供遗传背景参考。     

贵州从江香猪FoxO4、PRKAA1基因在不同组织中的表达分析

为研究FoxO4、PRKAA1基因在从江香猪不同组织中的表达情况,本实验采用实时荧光定量PCR技术,检测FoxO4、PRKAA1基因的mRNA表达量,分析FoxO4、PRKAA1在贵州从江香猪不同组织的差异表达。结果显示,FoxO4基因mRNA在从江香猪所检测的9个组织样中均有表达,其中在脂肪组织中表达量最高,且差异极显著(p0.01),在背最长肌组织中表达量最低;PRKAA1基因mRNA在从江香猪所检测的9个组织样中也均有表达,其中在肺组织中表达量最高,且差异极显著(p0.01),在脂肪组织中表达量次之,在背最长肌组织中表达量最低。FoxO4、PRKAA1基因可能在肌内脂肪(IMF)沉积中发挥重要作用,为进一步研究FoxO4、PRKAA1的功能奠定基础。     

西藏小型猪IGF-1基因在不同生长发育阶段和不同组织器官中的差异表达

目的测定西藏小型猪的IGF-1基因在不同年龄阶段、不同组织中的表达分布情况,为未来的研究提供基础数据。方法采用实时荧光定量PCR技术,以GAPDH基因为内参照,检测了IGF-1基因在西藏小型猪不同组织和不同生长阶段间的表达变化。结果 (1)IGF-1基因表达的时序性研究表明在0、0.25、0.5、1、2岁时肌肉组织的表达量最低,在0、0.25、0.5岁时皮肤组织中表达量最高,在0.1、2、3岁时肝组织的表达量最高。(2)IGF-1基因在在7个不同组织中均有表达,0.25岁时其在表达丰度由高到低依次为:皮肤、肺、肝、肾、脾、心脏和肌肉。且在皮肤中的表达量最高且极显著高于其他各组织(P0.01)。同时在不同年龄阶段的表达中,IGF-1基因0.25岁时在各组织中的表达均达到峰值。结论西藏小型猪的IGF-1基因的表达呈现出明显的时空特异性。     

猪Musclin基因的组织表达特征及其与生脂基因的相关性分析

根据人、大鼠、小鼠Musclin基因序列设计引物,从大白猪肌肉组织提取总mRNA, R T-PCR扩增猪Musclin cDNA;利用半定量(Semi Quantitative, SQ) RT-PCR检测猪Musclin mRNA在不同组织、以及不同生长阶段和不同品种猪脂肪与肌肉组织中的表达量,研究不同品种猪皮下脂肪组织Musclin基因与脂肪酸合成酶(FAS)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ (PP ARγ)、甘油三酯水解酶(TGH)基因mRNA表达量的相关性.结果表明:猪Musclin基因片段与其他物种的同源性达59%以上, 该基因在内脏脂肪和皮下脂肪表达丰度最高,脾脏表达量最低(P<0.05);随月龄增长猪肌肉和皮下脂肪组织中Musclin mRNA表达量呈显著下降( P<0.05) ;瘦肉型猪肌肉和皮下组织Musclin mRNA表达显著高于脂肪型猪(P<0.05);皮下脂肪组织中该基因mRNA表达与FAS、PPARγ分别呈显著负相关和正相关(P<0.05),与TGH相关性不显著 (P>0.05).因此,猪Musclin基因除在肌肉中表达外,在脂肪等其他组织也能表达 ;该基因的表达与猪生长阶段、品种有关,且与生脂基因FAS、PPARγ密切相关.推测该基因可能在脂代谢中起到一定的作用 [动物学报 54(3):453-459,2008].     

绵羊睾丸发育相关基因在不同组织中的表达差异

本研究旨在筛选与绵羊睾丸发育的相关基因,检测其在绵羊同品种不同组织及不同品种睾丸组织中表达水平的差异,从而为研究这些基因在绵羊睾丸发育中的作用提供科学依据.以阿勒泰羊和巴什拜羊为材料,采用RT-qPCR技术探究其差异性表达.结果 显示,筛选出的基因DGCR6L、DDX24、ATP1A4、GPS2、PITRM1、KIF20B和Artn在阿勒泰羊附睾组织中高度表达,在巴什拜羊上除了GPS2和Artn在睾丸上高度表达,其余5个基因均在附睾组织中表达量最高.初步证明7个基因影响绵羊睾丸发育,对提高公羊繁殖力、为睾丸发育不完全综合征等疾病的遗传机制提供数据参考,同时为牛羊等优秀种公畜的早期选育提供参考依据.     

PPARγ与c/EBPα基因在苏太猪不同组织中的表达水平探究

为探究PPARγ与c/EBPα基因在苏太猪不同组织中的表达与脂肪沉积的关系,本实验以10月龄苏太猪为研究对象,运用实时荧光定量PCR (q RT-PCR)技术检测PPARγ与c/EBPα基因mRNA在苏太猪心、肝、脾、肺、肾、胃、背最长肌和皮下脂肪8个组织中的表达水平。结果表明,PPARγ与c/EBPα基因在苏太猪的8个组织中均有不同程度的表达,其中,PPARγ基因在苏太猪脾脏组织中的表达量最高,皮下脂肪中的表达水平仅次于脾;以背最长肌中PPARγ基因的相对表达量作对比,背最长肌与脾、肺和皮下脂肪的相对表达差异极显著(p<0.01),其余为差异不显著(p>0.05),表达量高低顺序为脾>皮下脂肪>肺>心>胃>肾>肝>背最长肌;c/EBPα基因在苏太猪的皮下脂肪的表达量最高,以背最长肌中c/EBPα基因的相对表达量作对比,在肝、脾、皮下脂肪组织中表达差异极显著(p<0.01),肺的相对表达差异显著(p<0.05),其余组织中差异不显著(p>0.05),表达量的高低顺序为皮下脂肪>肝>脾>肺>肾>心>胃>背最长肌。两基因在各组织中表达趋势趋于一致。试验结果表明PPARγ和c/EBPα基因可能对猪脂肪沉积有重要影响。     

人HTR1E基因在不同细胞系和多种组织中的表达及其功能

人的HTR1E基因是五羟色胺受体（HTR）家族中的一员．这个家族里面的基因都和精神分裂症、抑郁症以及人的自杀活动有关．但是对于其具体的作用机制目前研究不多．采用实时定量PCR方法分析了HTR1E基因在各个组织和不同细胞系中的表达情况．亚细胞定位发现HTR1E位于细胞膜上,萤光素酶实验分析确定HTR1E可以抑制原癌基因erbB2启动子的转录活性．这些研究结果为进一步研究HTR1E基因在疾病发生中的作用奠定了一定的基础．     

piwi基因在宫颈癌组织中的表达

目的本研究旨在探讨piwill、piwil3和piwil4在宫颈癌组织与宫颈正常组织中的差异性表达,为进一步确定其在肿瘤发生发展中的作用奠定基础。方法根据已知的3条基因序列设计合成3对特异性引物,利用RTPCR检测9对宫颈癌组织及癌旁正常组织的piwill、piwil3和piwil4 mRNA水平,并以β-actin基因为标准进行对比。结果宫颈癌组织piwill、piwil3和piwil4的表达水平明显高于正常组织。结论piwill、piwil3和piwil4在宫颈癌中的表达提示其可能参与了宫颈癌的发生发展过程。     

PERV在猪外周血白细胞DNA和组织mRNA中的表达及其差异性分析

为了解我国家猪猪内源性逆转录病毒(PERV)生物学的基本特征,为评价应用猪器官、组织、细胞进行猪-人间跨种移植的生物安全性提供理论基础.本文采用PCR方法调查12个家猪品系外周血白细胞DNA基因组PERV的生物学特征,并应用SS-SSCP、RFLP-PCR方法分析PERV基因片段的差异性及采用RT-PCR方法和半定量方法分析2个品系小型猪13种组织PERV表达的差异.结果表明12个品系猪外周血白细胞DNA基因组普遍存在PERV-A、-B基因序列,未发现单链构象多态性;部分品系猪PERV env基因序列片段存在限制性片段长度多态性.分析2个品系13种组织均表达PERV-A、-B、-C,肾、淋巴结、肝为高表达器官,胰腺和脑组织为低表达器官,PERV-C mRNA丰度明显低于PERV-A、-B mRNA.PERV env存在限制性片段长度多态性、PERVA存在碱基缺失和错配的现象,有可能在猪异种移植中构成PERV感染的潜在危险性,这是在猪异种移植过程中值得高度关注的问题.     

PERV在猪外周血白细胞DNA和组织mRNA中的表达及其差异性分析

为了解我国家猪猪内源性逆转录病毒(PERV)生物学的基本特征,为评价应用猪器官、组织、细胞进行猪一人间跨种移植的生物安全性提供理论基础。本文采用PCR方法调查12个家猪品系外周血白细胞DNA基因组PERV的生物学特征,并应用SS-SSCP、RFLP-PCR方法分析PERV基因片段的差异性及采用RT-PCR方法和半定量方法分析2个品系小型猪13种组织PERV表达的差异。结果表明12个品系猪外周血白细胞DNA基因组普遍存在PERV-A、-B基因序列,未发现单链构象多态性;部分品系猪PER Venv基因序列片段存在限制性片段长度多态性。分析2个品系13种组织均表达PERV-A、-B、-C,肾、淋巴结、肝为高表达器官,胰腺和脑组织为低表达器官,PERV-C mRNA丰度明显低于PERV-A、-B mRNA。PERV env存在限制性片段长度多态性、PERV-A存在碱基缺失和错配的现象,有可能在猪异种移植中构成PERV感染的潜在危险性,这是在猪异种移植过程中值得高度关注的问题。     

池蝶蚌Sox2 基因在不同组织及不同月龄精巢中的表达

Sox 基因家族在胚胎发育过程和性别分化中起重要作用, 为研究池蝶蚌中Sox 基因的功能, 以人SRY基因HMG-box 保守区的序列设计简并引物, 以雌、雄池蝶蚌基因组DNA 和精巢cDNA 为模板进行扩增, 获得了2 个不完全相同的序列, 分别为DNA-HMG1、DNA-HMG2 和cDNA-HMG, 长度均为220 bp, 编码73个氨基酸。与人等物种Sox1、Sox2、Sox3 及Sox14 有很高的同源性, 雌雄个体之间没有序列差异性。采用RACE-PCR 扩增获得了池蝶蚌性腺Sox2 部分cDNA 片段, 长度为1774 bp, 该序列核苷酸与欧洲帽贝的SoxB和人类的Sox2 的同源性最高; 在部分开放阅读框249 个氨基酸残基中, 具有Sox 家族典型的HMG-box 结构域, 与人类、小鼠、原鸡和斑马鱼等Sox2 的HMG-box 同源性为98%。为了解该基因在各组织中的表达情况,采用实时荧光定量PCR 方法分析了外套膜、闭壳肌、鳃、肠、肝、肾、精巢和卵巢在内的8 种组织hs-Sox2的表达情况, 结果显示, hs-Sox2 基因在8 种组织中均有表达, 其中在肾脏中的表达量最高, 其次是肠与闭壳肌, 在雄性性腺中的表达量明显高于雌性性腺, 在肝脏中的表达量最低; 为了解hs-Sox2 在不同性腺发育时期的表达情况, 采用实时荧光定量PCR 方法分析了5 个不同月龄的精巢组织中hs-Sox2 的表达情况, 结果显示在39 月龄性腺的表达量最高, 其次是16 月龄性腺, 63 月龄蚌中的表达量最少。以上结果表明, hs-Sox2 基因可能参与了池蝶蚌精巢的发育及功能的维持。       

WNT6基因在原发性骨肉瘤组织中的表达及其临床意义

目的:骨肉瘤是最常见的恶性骨肿瘤之一,好发于青少年,致残致死率高.因此,骨肉瘤的早期诊断、治疗及其发病原因和机制已成为现阶段骨肉瘤研究领域的主要方向之一.通过观察WNT6在骨肉瘤组织中的表达,探讨其在原发性骨肉瘤发生发展中的可能作用机制,为以WNT6为指标对原发性骨肉瘤的诊断和以WNT6为靶点进行原发性骨肉瘤生物学治疗提供理论依据.方法:收集70例原发性骨肉瘤、28例骨样骨瘤和25例骨软骨瘤标本的存档蜡块,应用SP免疫组织化学染色法检测组织中WNT6蛋白的表达情况,并应用统计学处理数据分析其与骨肉瘤临床病理参数及预后的关系.结果:WNT6在原发性骨肉瘤、骨样骨瘤和骨软骨瘤组织中的阳性表达率分别为90.00 ％(63/70)、14.29 ％(4/28)和12.00 ％(3/25).骨样骨瘤组织WNT6阳性表达率与骨软骨瘤组织相比差异无统计学意义(P＞0.05);原发性骨肉瘤组织WNT6阳性表达率明显高于骨样骨瘤组织和骨软骨瘤组织,差异均有统计学意义(均P＜0.05).WNT6在骨肉瘤组织中的表达与Enneking分期、肺转移和预后呈正相关关系.结论:WNT6在原发性骨肉瘤中的表达明显上调,WNT6表达与骨肉瘤的Enneking分期、年龄、肺转移等相关,同时WNT6高表达患者生存率降低,对骨肉瘤的诊断和预后评估具有重要价值,并在临床可能成为一个诊断原发性骨肉瘤的检测指标,为骨肉瘤的生物学治疗提供新的靶点.     

抑癌基因PTEN在胰腺癌组织中的表达及其意义

目的研究胰腺癌组织中PTEN蛋白及PTEN mRNA的表达及其临床病理意义.方法常规石蜡包埋切片SABC免疫组化法和原位杂交技术检测26例胰腺癌、12例癌旁组织及8例正常胰腺组织中PTEN蛋白和PTEN mRNA表达情况,同时结合病人的临床病理资料进行分析.结果 26例胰腺癌、12例癌旁组织及8例正常胰腺组织中,正常胰腺组织及癌旁组织PTEN蛋白阳性16例(75%),阳性物质位于胰腺腺细胞及胰岛细胞的胞质中,胰腺癌PTEN蛋白阳性10例,PTEN蛋白表达于癌细胞胞质,阳性率(38.4%)与正常组织存在显著差异(P<0.01).淋巴结未转移病例PTEN阳性率与淋巴结转移病例的阳性表达率无显著差异(P>0.05).PTEN mRNA表达结果与PTEN蛋白基本一致,胰腺癌PTEN mRNA阳性12例,阳性率(46.2%).结论 PTEN表达与胰腺癌临床病理特征和生物学行为存在密切关系.可能与胰腺癌的发生、发展及预后有关.     

红花玉兰MwAG基因在花发育不同时期的表达

MwAG基因是调控红花玉兰(Magnolia wufengensis)雌雄蕊发育的关键转录因子。采用半定量RT-PCR、Northern blot杂交和实时荧光定量PCR技术检测了MwAG基因在红花玉兰花芽形态分化几个关键时期表达的组织特异性和表达水平的变化。研究结果表明, MwAG基因仅在红花玉兰雌雄蕊中表达, 而在幼叶、外轮花被和内轮花被中不表达。在花器官形态分化过程中, MwAG基因在雌雄蕊原基分化期和雌雄蕊成熟期均维持在一个较高的水平, 且在雄蕊中的表达波峰早于雌蕊, 这与雌雄蕊形态分化的时间基本吻合; 在花芽分化早期, 相同大小的花芽, 瓣数越多, MwAG基因在雌雄蕊中的表达量越低, 其结果与不同瓣数雌雄蕊分化的时间一致, 即瓣数越多, 雌雄蕊分化越晚。     

miR-335在肿瘤组织中的表达及其预测靶基因的生物信息学分析

目的:分析miR-335在多种肿瘤组织与癌旁组织中的表达,预测其靶基因并进行相关生物信息学分析,为进一步研究miR-335在肿瘤中的调控机制提供理论基础。方法:分析miR-335的保守性及在多个肿瘤组织中的表达;预测miR-335靶基因,并使用DAIVID对miR-335靶基因进行生物信息学分析。结果:miR-335序列高度保守,在肝癌、肺癌、乳腺癌、肝内胆管癌、脂肪肉瘤中表达下调(P<0.05)。预测miR-335靶基因共34个,靶基因集合功能富集于细胞迁移、凋亡、转录调控,以及蛋白质分子连接、细胞骨架组成等生物学过程和分子功能(P<0.05);主要参与了轴突向导和黏着斑信号通路、黑素瘤疾病信号通路及TGF-β信号通路(P<0.05)。结论:miR-335在多种肿瘤中表达异常,且涉及多个生物学过程和信号转导通路,与肿瘤的发生发展密切相关。     

猪I-FABP基因的分子克隆与组织特异性表达分析

小肠型脂肪酸结合蛋白对长链脂肪酸具有高度的亲和力,参与脂肪酸的吸收和细胞内转运。利用cDNA末端快速扩增（RACE）技术并结合同源克隆策略,克隆到了编码猪小肠型脂肪酸结合蛋白基因（I-FABP）的全长cDNA序列（GenBank接受号：AY960624）,并对系统发育关系等进行了生物信息学分析。猪I-FABP基因的cDNA序列全长614 bp,其中包括399bp的开放式读码框（ORF）,43bp的5’末端非编码区（5’URT）和172bp的3’末端非编码区（3’URT）,编码132个氨基酸残基蛋白,在氨基酸水半上与其他物种的I-FABP具有高度的同源性。以邻接法（Neigbor-Joining,NJ）所构建的系统发育关系表明,猪I-FABP与其他物种的,I-FABP属于同一类群,且与人的遗传距离最近。Northern杂交和半定量RT—PCR分析发现,猪I-FABP在猪体组织中出现约620bp大小的转录本,且在猪体组织中广泛存在,但在小肠组织中表达量最为丰富。     

Myf-6基因在不同猪种中的PCR-RFLP遗传多态性及其遗传效应分析

作为生肌调节因子家族的一个成员,Myf-6基因在肌形成的过程中发挥着重要的作用。实验采用PCR-RFLP技术分析了Myf-6基因在12个中外猪种及部分杂交群体中的分布情况,并分析了Myf-6基因对肌纤维、胴体品质、胴体等级性状和肉质性状的遗传效应。结果表明：Myf-6基因内含子1内的Ava I酶切位点多态性不丰富,多数中国地方猪种群体中A等位基因已经完全固定,B等位基因仅以较低的频率存在于外种猪或含外种猪血缘的杂交群体中。尽管没有检测到BB纯合个体,但AB杂合子的平均瘦肉率为50.344 %,极显著地高于AA纯合子的45.875 %(P<0.01)。AB杂合子的眼肌面积为27.097 cm2,极显著地大于AA纯合子的22.572 cm2(P<0.01)。AB杂合子的皮脂率（39.889 %）极显著地低于AA纯合子（44.503 %）(P<0.01)。上述结果说明本次试验群体中的B等位基因具有增加胴体瘦肉率和眼肌面积,降低胴体脂肪含量从而改善胴体品质的遗传效应。此外,Myf-6基因对肌纤维生长性状、FOM肉脂仪测定的胴体等级性状以及肉质性状等都没有显著影响(P>0.05)。