贵州白山羊LEPR基因多态性

为探究LEPR基因多态性的遗传特性,本研究以贵州白山羊为试验材料,运用DNA池结合直接测序方法进行LEPR基因的SNPs位点的筛选,继而对LEPR基因RNA的二级结构以及其所编码蛋白质的二级结构和三级结构进行生物信息分析。结果表明,在试验群体LEPR基因中共发现4个SNPs,分别为exon4-G246A(Asp-Asn)、exon8-C39T(同义突变)、intron8-G59A(内含子突变)和exon18-C94T(Ser-Leu)。经生物信息学软件分析表明,exon4-G246A(Asp-Asn)和exon18-C94T(Ser-Leu)位点突变前后的等位基因频率、LEPR m RNA的二级结构、LEPR蛋白质二级结构和三级结构均有改变。     

贵州山羊品种DQA1基因第3外显子遗传变异分析

目的:通过筛选3个贵州地方山羊种DQA1基因Exon3的SNPs位点并做相应的遗传变异分析,为今后山羊抗病育种及地方山羊品种的选育提供理论依据。方法:采用构建品种DNA池与直接测序的方法,对三个贵州地方山羊种群共514只个体的DQA1基因外显子3进行遗传变异分析。结果:在3个山羊品种中共筛选得到4个SNPs,G71A(同义突变)、T100C(Asn→Ser)、G202A(Pro→Leu)、A223G(Met→Thr)。生物信息学分析发现,G202A位点变异虽未引起mRNA二级结构的变化,但最小自由能降低,结构稳定性增强;DQA1基因Exon3的不同基因型的蛋白质二级结构中均不含有α螺旋。结论:三个贵州地方山羊种DQA1基因外显子3中含有较丰富的多态性,G202A位点变异在mRNA二级结构及蛋白质二级结构中与其他基因型具有较明显的差异。     

贵州黑山羊、贵州白山羊TFB1M基因第7外显子SNP研究

目的:研究TFB1M基因编码区多态性,筛选出对山羊肉质有显著影响的SNPs位点,以期为山羊品种选种选育提供科学依据。方法:采用DNA池结合PCR直接测序技术分析TFB1M基因在贵州本地山羊的多态性,估算等位基因频率,利用在线软件分析TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白二级、三级结构。结果:在TFB1M基因中筛选到2个SNPs:A76G和T221G,其中A76G为同义突变;T221G错义突变,导致编码的半胱氨酸(Cys)变为甘氨酸(Gly)。RNA二级结构最小自由能改变,贵州黑山羊RNA二级结构稳定性增强。贵州黑山羊β折叠链增加1%,α螺旋增加4%,混乱度也上升1%。β转角减少4,α螺旋增加6,自由卷曲减少3,延伸链增加1。结论:SNPs位点对TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白结构均有影响。     

威宁绵羊GHR基因多态性分析

为了更好地保护和开发利用威宁绵羊这一优良地方品种,本试验利用威宁绵羊构建DNA池,设计8对引物扩增威宁绵羊GHR基因外显子及部分内含子序列。将PCR产物纯化并进行双向测序,通过DNAStar和BLAST等生物软件分析确定SNP位点。利用生物信息学软件分析SNPs对GHR基因的m RNA二级结构的影响、生长激素受体二级和三级结构的改变。结果表明,在扩增的GHR基因中筛选到4个SNPs:Exon1-C~(112)T、Exon4-C~7T、Exon8-A~(27)T、Intron4-C~(27)T,其中Exon8-A~(27)T为错义突变,导致编码的异亮氨酸(Ile)变为苯丙氨酸(Phe);Exon1-C~(112)T和Exon4-C~7T位点对其编码的氨基酸没有影响,是同义突变;Intron4-C~(27)T在内含子区,不参与氨基酸编码。本研究将为更好地保护和开发利用威宁绵羊提供一些参考。     

贵州白山羊和贵州黑山羊DRB1基因第3外显子遗传变异分析

为研究贵州黑山羊、贵州白山羊MHC-DRB1基因遗传机制,试验运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对MHC-DRB1基因第三外显子区域进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。经序列对比发现9个SNPs位点,其中A~(8858)G(ILe-Val)、G~(8969)A(Gly-Ser)、G~(8978)A(Glu-Lys)、T~(9094)G(Asp-Glu)4个单核苷酸突变,导致所编码氨基酸发生改变,其它5个位点均属于同义突变。进一步分析发现,A~(8858)G、C~(8974)T、T~(9094)G、C~(9100)T、G~(9124)A突变位点导致m RNA二级结构的变化,A~(8858)G以及T~(9094)G对蛋白质二级结构影响最大。     

威宁绵羊和贵州半细毛羊STAT5b基因部分外显子SNP研究

为给贵州本地绵羊选种选育提供更好的科学依据,本试验利用威宁绵羊和贵州半细毛羊构建DNA池,设计4对引物扩增其STAT5b基因部分外显子及内含子序列。PCR产物经纯化后进行双向测序。利用DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对STAT5b基因RNA二级结构、STAT5b蛋白二级及三级结构的影响。结果表明,在扩增的STAT5b基因中筛选到6个SNPs:exon5-G12A、exon8-G56A、exon8-C104T、intron2-A3164C、intron4-C1026T和intron5-T3323C,其中exon8-G56A为错义突变,导致编码的谷氨酸(Glu)变为赖氨酸(Lys);exon5-G12A和exon8-C104T多态位点均未改变氨基酸的编码,为同义突变;intron2-A3164C、intron4-C1026T和intron5-T3323C均在内含子区,不参与氨基酸编码。     

三穗鸭DRD4基因多态性及生物信息学分析

本实验以三穗鸭为材料,采用PCR扩增并采用直接测序技术对三穗鸭DRD4基因进行SNP多态位点检测,共筛查出4个SNP位点:exon2-C12406T、exon3-A13144G、intron2-C12777T、intron2-T12789C。其中exon2-C12406T、exon3-A13144G位点突变为同义突变。对DRD4进行生物信息学分析表明,突变前后的等位基因频率估算有差异,但其m RNA二级结构预测,蛋白质二级、三级结构预测分析均无差异。     

贵州地方山羊DRA基因Exon5的多态性分析

本研究通过构建3个贵州地方山羊品种的DNA池,并对其MHC-DRA基因第5外显子进行SNPs位点的筛选和生物信息学分析,以丰富山羊抗病育种的基础理论资料。分析发现,在3个山羊品种的DRA基因Exon5中发现两个共同突变位点,分别是C~(172)T和T~(176)G,而贵州白山羊中多一个突变位点G~(205)A;生物信息学分析发现,C~(172)T和G~(205)A位点均引起RNA二级结构和最小自由能的改变。结果表明贵州地方山羊DRA基因具有较丰富的遗传多样性。     

贵州白山羊GOLA-DQA1基因多态性及生物信息学分析

目的:通过筛选贵州白山羊GOLA-DQA1基因SNPs位点,为进一步研究MHC基因多态性与山羊免疫性状的相关性提供依据。方法:选取同一生长环境中的贵州白山羊母羊157只构建品种DNA池并进行测序,结合SNPs位点测序峰高比值估算等位基因频率,利用软件对不同基因型的RNA和蛋白质二级结构进行预测。结果:在贵州白山羊DQA1基因发现6个SNPs位点G+2930A(同义突变)、T+2959C(Asn→Ser)、G+3061A(Pro→Leu)、A+3082G(Me→Thr)、C+3463A(Trp→Cys)、C+3525T(Arg→His)。生物信息学分析发现,C+3463A变异位点使RNA二级结构更加稳定;A+3082G变异导致自由能增加,稳定性降低。蛋白质结构预测发现除A+3082G基因型与原序列具有相同的二级结构外,其他基因型均引起蛋白质二级结构的改变。结论:贵州白山羊GOLA-DQA1基因具有丰富的多态性,但SNPs位点等位基因频率差异较大。     

贵州地方山羊CAST基因外显子6、7和8的多态性分析

为分析山羊CAST基因的多态性,筛选出对山羊肉质性状有显著影响的SNPs位点,本研究以黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,构建DNA池,采用PCR产物直接测序法对2个品种山羊该基因的外显子6、7和8进行单核苷酸多态性检测,估算各SNPs等位基因频率,并利用在线软件预测突变前后的m RNA二级结构及理化特性。结果显示,所设计引物的扩增片段发现1个同义突变,位于外显子8中的T81C。利用生物信息学软件对外显子8中的T81C位点进行分析,结果表明这个SNPs位点导致编码的m RNA二级结构以及理化特性的改变。     

高山美利奴羊INHA基因多态性生物信息学分析及与产羔数关联分析

本研究旨在研究高山美利奴羊INHA基因外显子多态性及其与产羔数的相关性。本实验通过比对高山美利奴羊全基因组测序结果中不同个体INHA外显子,分析高山美利奴羊INHA基因的单核苷酸多态性,应用生物信息学软件分析高山美利奴羊INHA基因突变前后不同等位基因的m RNA二级结构、蛋白质的二级结构及三级结构。通过上述分析,将引起高山美利奴羊INHA编码氨基酸变化的位点作为该基因的特异性候选位点,通过直接测序法分析高山美利奴羊特异性候选位点INHA基因多态性,并分析其与产羔数的相关性。结果发现,高山美利奴羊INHA基因外显子区域存在3个SNPs,分别为T206A (Met→Lys)、T387A(Thr→Thr)、G900A (Pro→Pro);INHA基因3个SNPS都改变了RNA的最小自由能以及二级结构,错义突变T206A (Met→Lys)引起蛋白质二级结构和三级结构的改变;高山美利奴羊INHA基因T206A突变表现出3种基因型分别命名为TT、TA、AA,基因型与产羔数关联分析发现TT、TA基因型个体的产羔数极显著高于TT基因型个体(p<0.01)。本研究初步表明INHA基因是影响高山美利奴羊产羔数的一个主效基因。     

贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子SNP研究

[目的]研究3种贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子的多态性以及进行该基因多态性生物信息学分析,以期筛选出适合的突变位点,研究其与山羊生长性状关联性影响。[方法]以3种贵州地方山羊品种为试验材料构建DNA池,结合直接测序技术筛选H-FABP基因SNPs,并利用在线软件分析H-FABP基因RNA二级结构及其蛋白二、三级结构。[结果]仅在黔北麻羊和贵州白山羊H-FABP基因第3外显子处分别筛选到T120A和G152C两个SNPs,其中exon3-T120A为导致编码氨基酸发生的Phe→Ile改变的错义突变,而exon3-G152C为苏氨酸(Thr)的同义突变。[结论]exon3-T120A位点影响黔北麻羊H-FABP基因RNA二级结构,最小自由能由-189.40 kcal/mol变为-190.00 kcal/mol,其蛋白二级结构无规则卷曲由49变为48,延伸链由36变为37,exon3-G152C位点仅影响贵州白山羊RNA二级结构,最小自由能变为-185.40 kcal/mol。     

贵州地方山羊ADIPOQ基因外显子1和3多态性研究

为分析山羊ADIPOQ基因的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的SNPs位点,本研究以黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,构建池DNA,采用PCR产物直接测序法对2个品种山羊该基因的外显子1和3进行单核苷酸多态性检测,估算各SNPs等位基因频率,并利用在线软件预测不同基因型的m RNA二级结构。结果显示,4对引物扩增片段均存在多态性,共发现5个单碱基突变,分别位于内含子1中的C109G,外显子3中的A730G、G1055A、A1691T和A2244G。利用生物信息学软件对外显子3中的A1691T、A2244G进行分析,结果表明2个SNPs位点均导致编码的m RNA二级结构发生改变。表明ADIPOQ基因在黔北麻羊和贵州黑山羊群体中存在较高的遗传多样性,ADIPOQ位点有望丰富两个山羊品种繁殖性状的研究内容。     

贵州地方黄牛IGF-1基因多态性及生物信息学分析

为分析黄牛IGF-1基因多态性,筛选出对贵州本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州关岭牛、思南牛、威宁牛和黎平牛为试验对象,构建DNA混池,PCR扩增IGF-1基因所有外显子及部分内含子,采用直接测序法检测IGF-1基因多态性,利用生物信息学软件对IGF-1基因进行分析。结果表明:在贵州4个地方牛群体种中,共筛选出3个SNPS,分别为Intron2-A5123G、Exon3-G56419A、Intron3-C56464A,Exon3-G56419A属于同义突变。其中2个SNPS (Intron2-A5123G, Intron3-C56464A)为4个牛种所共有,而Exon3-G56419A突变仅存在黎平牛中。生物信息学分析表明,牛IGF-1编码蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,相对分子质量为16 937.68,理论等电点为9.36,且突变前后IGF-1基因m RNA二级结构发生改变,自由能升高,稳定性降低。研究结果显示,4个牛种IGF-1基因具有较高的遗传多样性,可为贵州地方牛种的保种选育提供参考。     

黔北麻羊DRB1基因Exon3遗传变异分析

本研究采用构建193只黔北麻羊DNA池并对其PCR结果直接测序和生物信息学分析的方法对MHC-DRB1基因的第三外显子进行遗传变异分析,旨在获得黔北麻羊MHC-DRB1基因的多态性,为MHC基因在山羊的抗病育种研究中提供基础资料。分析结果得到DRB1基因Exon3中共7个SNPs,分别为A~9G(Ile→Val)、G~(120)A(Gly→Ger)、C~(125)T、G~(140)A、T~(245)G(Asp→Glu)、C~(251)T、G~(275)A。生物信息学分析得到各突变位点均引起RNA二级结构的改变,各错义突变位点均引起蛋白质二级结构的改变,但并未引起抗原表位改变。     

从江香猪MC4R基因多态性及生物信息学分析

[目的]旨在对3个群体猪MC4R基因进行SNPs筛选,为从江香猪选种选育提供一定的理论基础。[方法]以从江香猪作为研究对象,野猪×从江香猪二元杂交猪和杜×大×长外三元杂交猪作为对照,构建品种DNA池,PCR扩增MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列,采用直接测序法对3个群体的MC4R基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对MC4R基因mRNA二级结构和蛋白质二级结构的影响。[结果]在3个群体中共检测出10个SNPs位点,其中,C860T、G1392A和G1577A位于第2外显子区;G1699A、T1702A、A1870C、G1875A、C2025T、G2073A和A2111T位于3’非编码区序列。C860T为同义突变,G1392A和G1577A为错义突变,分别导致了精氨酸变为组氨酸、天冬氨酸变为天冬酰胺。经分析软件预测,处于第二外显子中的3个SNPs位点对MC4R基因的mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定的影响。[结论]DNA池结合测序技术检测到MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列共10个SNPs。     

宗地花猪和从江香猪ADRP基因多态性及生物信息学分析

为研究宗地花猪和从江香猪ADRP基因的单核苷酸多态性,为选种选育提供理论参考,试验以宗地花猪和从江香猪为对象,构建DNA池,采用PCR产物测序法对ADRP基因8个外显子进行单核苷酸多态性检测,并利用生物信息学方法对ADRP基因编码产物进行结构功能预测。结果显示,在两个猪种ADRP基因中筛查到5个SNPs,分别是T37C、T140C、G777A、A1061G、A1117G,其中T37C位于非编码区内,T140C和A1061G为同义突变,G777A(Val→Ile)和A1117G(Asn→Ser)为错义突变;突变前后ADRP基因m RNA二级结构、编码蛋白二级结构及三级结构均发生了变化。研究结果表明,宗地花猪和从江香猪ADRP基因具有较高的遗传多样性,可为猪种的选育和创新提供参考。     

贵州宗地花猪的GDF9基因多态性及生物信息学分析

以贵州宗地花猪和贵州从江香猪2个地方猪种为研究对象,构建基因组DNA池,扩增GDF9基因第1外显子和第2外显子序列,采用直接测序法对2个品种的GDF9基因进行单核苷酸多态性进行检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对GDF9基因m RNA二级结构、蛋白质二级结构的影响。结果表明,在2个品种中共检测到T~(997)A、C~(1009)T、T~(1014)C、G~(1137)T和A~(1196)T 5个SNPs位点,其全位于第二外显子上。T~(997)A、C~(1009)T和A~(1196)T均为错义突变。T~(997)A导致编码的苯丙氨酸(Phe)变为异亮氨酸(Ile)、C~(1009)T导致编码的亮氨酸(Leu)变为苯丙氨酸(Phe)、A~(1196)T导致编码的赖氨酸(Lys)变为甲硫氨酸(Met)。SNPs位点对于GDF9基因的m RNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响。     

江口萝卜猪FABPs主要家族基因SNPs筛选及生物信息学分析

以江口萝卜猪为试验材料构建DNA池,采用直接测序技术对猪L-FABP、I-FABP、H-FABP、A-FABP基因进行SNPs快速筛查,共检测出7个SNPs,分别为intron1-T1745C、exon2-T125C、exon2-A131C、exon2-C153A、exon2-A65T、exon2-G40A、intron3-C65T。其中intron1-T1745C、intron3-C65T位于内含子上;exon2-T125C、exon2-C153A为同义突变;exon2-A131C、exon2-A65T、exon2-G40A为错义突变,分别使编码氨基酸发生Glu→Ala、Lys→Met、Glu→Lys的改变,对其进行生物信息学分析表明,突变前后的等位基因频率估算,mR NA二级结构预测,蛋白质二级、三级结构预测分析均有差异。     

贵州地方山羊RBP4基因多态性及生物信息学分析

[目的]对贵州黑山羊和黔北麻羊进行RBP4基因多态位点的筛选,为从分子水平探究RBP4基因对动物繁殖性能的调控机制提供理论依据。[方法]采用DNA混池结合直接测序法分析RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中的单核苷酸多态性,利用生物信息学软件分析SNP位点对RBP4基因mRNA二级结构的影响。[结果]RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中均存在4-T214C突变位点,且为同义突变。生物信息学分析结果表明,外显子4-T214C突变导致RBP4基因mRNA二级结构发生变化,自由能降低,结构稳定性增大。[结论]在贵州黑山羊和黔北麻羊中检测到RBP4基因外显子4的1个SNP位点,该突变位点影响了RBP4基因mRNA的二级结构。