核酸恒温扩增技术研究进展

核酸恒温扩增技术在生命科学研究及相关诸多领域已经得到了广泛应用。我们对核酸恒温扩增技术的最新进展作一简要综述,包括环介导恒温扩增、链替代扩增、依赖核酸序列的扩增、滚环扩增、切口酶核酸恒温扩增、依赖解旋酶的恒温扩增、转录依赖的扩增、杂交捕获法、转录介导的扩增等的原理、优缺点及应用。     

RNA实时荧光核酸恒温扩增检测技术检测解脲脲原体的Meta分析

目的 评估RNA实时荧光核酸恒温扩增（simultaneous amplification and testing,SAT）检测技术检测泌尿生殖道拭子及尿液样本中解脲脲原体（Ureaplasma urealyticum,UU）阳性率。方法 检索中国学术期刊全文数据库（CNKI）、万方数据库、维普数据库、PubMed、ScienceDirect和Cochrane图书馆等,收集有关探讨实时荧光核酸恒温扩增检测UU阳性率的所有文献,检索起止时间为1990年1月至2018年8月。拟定入选标准和排除标准,2名研究者分别独立进行文献资料提取及文献质量评估,采用Stata 13.0软件进行Meta分析。结果 共检索出57篇文献,依据入选标准和排除标准,纳入了21篇文献进行分析,包含了33 176例尿液及拭子样本量,所有标本均运用实时荧光核酸恒温扩增对检测样本进行UU检测。Meta分析结果显示,实时荧光核酸恒温扩增检测UU阳性率的汇总检出率（95％CI）为0.44（0.39‒0.49）。结论 实时荧光核酸恒温扩增检测UU具有快速、灵敏的特点,具有很好的判断预后效果,适合临床实验室泌尿生殖道患者UU检测,值得临床进一步推广应用。     

实时荧光核酸恒温扩增技术在检测分泌物中MRSA的应用

目的 对实时荧光核酸恒温扩增技术（simultaneous amplification and testing method,SAT）检测创面分泌物中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）核酸试剂盒（RNA恒温扩增）应用进行评价。方法 收集我院临床各科室于2016年12月至2017年1月送至检验科微生物室347份分泌物标本,分别用实时恒温扩增技术和ChromID MRSA产色平板筛选MRSA。当SAT法和MRSA培养结果不相符时,进行冻存的备用标本PCR扩增、第三方测序,以MRSA培养结果加PCR测序结果作为本次试验“扩大金标准”,计算SAT的灵敏度、特异性、阳性预测值、阴性预测值,并进行相应的统计学分析。结果 以ChromID MRSA产色平板筛选加PCR测序作为“扩大金标准”,SAT法检测MRSA的敏感度为90.91%、特异度为99.40%、阳性预测值为83.33%、阴性预测值为99.40%,对MRSA的最低检出下线为102拷贝/mL,Kappa系数为0.85。结论 SAT技术在检测分泌物中MRSA具有很高的灵敏度、特异性,而且准确、可靠,与传统的细菌培养相比耗时短,为MRSA的实验室诊断提供新的检测方法。     

食源性病毒核酸恒温检测技术研究进展

食源性病毒已成为全球引发食品安全事件的重要病原,对新型检测技术的不断发展提出了严峻的挑战.早期PCR技术在病原检测领域中的应用,推动了对食源性病毒的全面认识.近年来核酸恒温检测技术发展迅速,包括环介导等温扩增技术、重组酶聚合酶扩增技术、核酸序列依赖性扩增技术、链置换扩增技术、滚环扩增技术等,在抗复杂基质干扰、装备要求低...     

核酸体外扩增技术

核酸体外扩增是分子生物学研究的基础。随着生物技术的发展 ,出现了越来越多的核酸体外扩增技术。根据其特点可分为两类 :一类是靶核酸的直接扩增 ,如聚合酶链式反应、链替代扩增、连接酶链式反应、核酸依赖的扩增、Qβ复制、转录介导的扩增和滚环扩增等 ;另一类是信号放大扩增 ,如支链DNA、侵染探针等。就现有的核酸扩增技术的原理、特点及应用进行介绍。     

环介导恒温扩增技术快速检测溶藻弧菌

溶藻弧菌是中国南部水产养殖业中弧菌病的最主要病原菌,其快速检测具有重要意义.根据溶藻弧菌外膜蛋白OmpK基因序列,设计一套引物,通过条件优化.成功建立了针对致病性溶藻弧菌的环介导恒温扩增检测技术(loop-mediated isothennal amplification.LAMP).应用LAMP技术,在65℃温育1 h的条件下扩增溶藻弧菌基因组DNA.琼脂糖凝胶电泳得到特异性梯度条带.该研究建立的LAMP法特异性检出致病性溶藻弧菌,其检测下限比PCR法低一个数量级,相当于n(cell)=38/mL的菌液浓度,灵敏度更高.综合分析表明,LAMP技术是快速、简易、实地诊断溶藻弧菌的理想工具.     

DNA环介导恒温扩增技术快速检测霍乱弧菌

霍乱弧菌是一种重要的食源性致病菌,主要引起急性肠道传染病,其快速检测具有重要意义。根据霍乱弧菌的mdh管家基因序列,设计2对特异性检测引物,利用DNA环介导恒温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP),经反应体系优化,成功建立了霍乱弧菌的LAMP快速检测方法。该方法最佳反应温度为65℃,60min完成检测,对培养菌的检测限为25CFU/mL,污染食品中霍乱弧菌的检测限为32CFU/g。对33株同种或近源细菌进行LAMP检测,仅霍乱弧菌得到阳性扩增。LAMP方法实践应用结果表明,对1057份虾、蟹、牡蛎、肉类、人腹泻物等样本进行检测,共检出85份阳性,与国际标准(ISO TS21872-1-2007)检测结果的符合率为100%。结果表明,本研究建立的霍乱弧菌LAMP检测方法特异性强、灵敏度高、操作简便,有利于霍乱弧菌疫情的监测。     

实时荧光核酸恒温扩增技术和液体培养法检测解脲脲原体的比较

目的:对实时荧光核酸恒温扩增技术(SAT)和液体培养法检测解脲脲体(UU)的结果进行评估,以选择更为快速、准确、实用的临床检测方法.方法:共采集180例疑似泌尿生殖道感染患者的尿液及2份拭子样本,一份拭子样本用液体培养,另一份拭子和尿液样本用 SAT 检测.结果:液体培养和尿液 SAT 检测阳性率均为61.1%,拭子SAT 检测阳性率为63.3%,其中16例拭子培养和拭子 SAT 检测结果不一致,18例拭子培养和尿液 SAT 结果不一致,但与拭子培养比较,拭子和尿液 SAT 结果均无统计学意义(P>0.05,kappa>0.75).结论:SAT 检测 UU 可以尿液为样本,检测效能与液体培养和拭子 SAT 基本相当,但尿液 SAT 法取样方便,检测快速,适临床实验室对 UU 的检测.     

等温核酸扩增技术在病原体检测中的应用

近年来,新型传染病相继爆发,如严重急性呼吸综合征（severe acute respiratory syndrome,SARS）、H7N9禽流感等,严重威胁着人类健康和社会、经济的可持续发展,同时给传染病的防控带来了严峻挑战。病原体检测是传染病防控的重要环节,越来越多的新技术被应用其中。等温核酸扩增技术作为一种快速、灵敏度高的病原体检测技术,已取得了长足发展。对等温核酸扩增技术的原理、重要特性及其在病原体检测中的应用进展进行了较为全面的综述,以期为这一技术的推广和应用提供重要参考。     

一种新的高效快速核酸恒温扩增方法--LAMP法

介绍一种新式恒温核酸扩增方法LAMP(Loop—Mediated Isothermal Amplification)法,其原理是采用四条特异引物及一种具有链置换活性的DNA聚合酶,在65℃左右对核酸进行扩增。短时间扩增效率可达到10^9-10^10个拷贝。LAMP法具有高特异性、高效性、快速、廉价、易检测等特点。预计在临床诊断、食品卫生检疫及微阵列基因芯片的开发上将有广阔的应用前景。     

用于新型冠状病毒检测的核酸等温扩增技术研究进展

核酸检测作为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)筛查诊断和病情监测的主要手段,在疫情防控中发挥了重要作用。虽然实时荧光定量PCR被认为是新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的金标准,但其依赖荧光定量PCR仪且扩增检测时间较长,难以实现现场快速检测。因此许多基于核酸等温扩增的SARS-CoV-2检测方法相继诞生。等温扩增对仪器温控要求不高,通过与微流控芯片和可视化检测技术结合,可进一步简化操作、降低成本,为SARS-CoV-2现场快速筛查提供有力的技术支撑。本文围绕已报道的SARS-CoV-2等温扩增检测方法原理、检测性能及优缺点进行探讨,为进一步发展SARS-CoV-2现场快速检测平台提供参考。     

转基因植物核酸检测策略与体外扩增技术研究进展

转基因生物(Genetically modified organisms,GMOs)特别是转基因作物的商品化应用在世界范围内迅猛发展,在推动农业、医药和工业等领域的飞速发展的同时也逐步吸引越来越多公众注意力,生物安全问题成为突出的争论话题.转基因作物及其产品的快速准确检测成为社会发展的急切需求,转基因技术的多样化也要求检测策略和检测技术的不断改进.系统综述针对各种作物转基因技术和转基因产品的检测策略和技术,全面比较各种技术的特点和适用范围,并对目前面临的问题和发展趋势进行分析.     

核酸等温扩增技术在微生物快速检测中的研究进展

等温扩增技术在近20多年,得到了快速发展,依靠其等温反应的优势正逐渐取代传统的体外扩增技术聚合酶链式反应(Ploymerase chain reaction,PCR),其已经在临床医学、检验医学、分子生物学、基因组学、食品安全等不同领域中的发挥着重要作用,特别是在致病菌、病毒等微生物的检测中。将选取10余种关注度较高的等温扩增技术,主要针对其反应原理、优缺点以及发展应用等方面进行简要概述和对比,最后展望了等温扩增技术未来的发展趋势,以期对相关研究领域的发展起到积极的促进作用。     

体外核酸快速扩增技术的发展和不断创新

利用聚合酶链式反应(PCR)进行的核酸体外扩增是1983年开始发展起来的一项革命性技术,目前已被广泛运用于现代化的农业和医学以及食品工业等领域,特别是在人类认知基因和基因组的过程中,体外核酸扩增技术做出了卓越的贡献。最初,体外核酸扩增技术主要是利用耐高温的DNA聚合酶(Taq酶),这样就使核酸的体外扩增反应可以在热循环中进行。但因需要使用昂贵的设备和消耗大量的电力,其成本和应用范围都受到一定的限制。之后,恒温体外核酸扩增悄然兴起,这改变了传统扩增技术的局限性,使核酸的体外扩增更加简单和方便。重组酶介导扩增(RAA)法是一种最新型的恒温体外核酸扩增技术,该系统的显著优点在于它在常温下就能实现DNA解链并快速扩增(15~30min完成),反应快速、专一性好、灵敏度高,还可用于定时定量的结果分析。     

用重组酶介导扩增技术快速扩增核酸

体外核酸快速扩增技术是一种可使微量核酸在体外高效快速扩增的技术, 自问世以来, 被广泛应用于分子生物学、医学和法理鉴定等领域, 并被不断改进, 以使其功能和适应性更为广泛. 重组酶介导扩增法是在现有体外核酸扩增原理的基础上发展起来的恒温体外快速扩增核酸技术. RAA法利用重组酶、单链结合蛋白和DNA聚合酶代替了传统PCR的热循环解链过程, 实现了在37℃恒温下的核酸快速扩增, 无需特殊的辅助仪器, 对操作人员的要求也不高, 具备简单、节能、便携、快速等特点, 有望在不远的将来取代传统的热循环PCR反应.     

基于核酸等温扩增的病原微生物微流控检测技术

病原微生物的快速检测对疫情的预防控制至关重要。基于PCR的病原微生物核酸检测方法克服了传统病原微生物培养方法耗时长、免疫学检测存在窗口期等问题,已成为目前最主要的病原微生物筛查方法。然而,对精确控温热循环仪的依赖却严重限制了其在资源匮乏地区的应用。虽然基于核酸等温扩增的病原微生物检测方法可摆脱对高精度温控设备的依赖,但仍需要进行样本核酸分离提取、扩增与检测等步骤。近年来,微流控技术与核酸等温扩增技术相结合,诞生了多种病原微生物等温扩增微流控检测技术。该技术通过设计芯片结构、优化进样模式及检测方式,实现了病原微生物核酸提取、扩增与检测一体化,并具备多重检测、定量检测等功能,具有对仪器依赖度小、对操作人员要求不高、样本量需求小和自动化程度高等优点,适合于在多种环境下的病原微生物快速检测。本文从核酸等温扩增原理、进样方式、检测方式等方面对核酸等温扩增病原微生物微流控检测技术进行了综述,以期为病原微生物的快速筛查提供更多的方案思路,提升公共卫生领域对传染性疾病的防控能力。     

PCR增强剂在核酸体外扩增检测技术的研究进展

在各种高致病性病原体、禽流感病毒、食源性微生物等引起的疾病随时大规模流行的背景下,利用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）技术对第一例或第一波病例的快速实验室诊断显得尤为重要,同时发展出多种以PCR技术为基础的检测技术以便更加快速、高通量、敏感地对疾病进行诊断、预防或预测。然而,在实际病原体检测中,常常出现灵敏度低、准确性差的结果。PCR增强剂是在PCR及PCR衍生技术中添加的一类物质,其可从产率、特异性、灵敏度等方面提高核酸扩增性能,从而优化核酸检测,解决病原体检测的应用瓶颈,为第一例病原体检出节约宝贵的时间。结合以PCR为基础的核酸体外扩增检测技术对PCR增强剂在其中的应用、优缺点、作用机理进行介绍,以期为病原体核酸检测的实际应用提供一些参考。     

恒温扩增HPV检测技术应用于子宫颈癌筛查的效果评价研究

为了评价人乳头状瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)恒温DNA扩增检测技术用于高危型HPV检测和宫颈癌早期及癌前病变筛查的准确性和可行性。本研究于2016年6月至8月,在我国内蒙古地区招募2 774例30-64岁有性生活史的妇女进行宫颈癌筛查;采用薄层液基细胞学技术完成细胞学诊断。采用恒温DNA扩增HPV检测技术(Isomega)和第二代杂交捕获技术(Hybrid Capture 2,HC2)平行检测宫颈标本;对于Isomega检测为HPV16/HPV18阳性的标本和两种方法检测不一致的标本,使用线性探针法(INNO-LiPA)进行分型验证。以病理诊断为金标准,评价Isomega用于筛查宫颈上皮内瘤变(Cervical Intraepithelial Neoplasia,CIN)2级及以上患者的灵敏度和特异度。结果表明,Isomega与HC2检测高危型HPV的总一致率为92.72%(Kappa=0.74),阳性一致率为86.78%,阴性一致率为93.77%;以INNO-LiPA分型结果为标准,Isomega检出HPV16和HPV18的准确率分别为96.97%和86.11%。以病理诊断为金标准,Isomega筛查CIN2+的灵敏度和特异度分别为87.76%和82.94%。Isomega能准确检测HPV16、HPV18和其他高危型别HPV,有较高的筛查灵敏度和特异度。     

多酶恒温扩增核酸试纸条法快速检测肺炎支原体方法的建立及应用

【背景】肺炎支原体是导致儿童和青少年呼吸道感染的重要病原体,长期以来由于其临床表现不特异而容易错过最佳治疗时期。【目的】结合多酶恒温扩增(multienzyme isothermal rapid amplification,MIRA)技术和核酸试纸条建立一种快速检测肺炎支原体的方法。【方法】以肺炎支原体社区获得性肺炎呼吸窘迫综合征(community acquired respiratory distress syndrome, CARDS)毒素编码基因为靶基因设计引物和探针,对反应体系的温度、时间等进行优化,评估其敏感性,通过检测肺炎支原体和其余7种病原体分析其特异性,并对35份临床样本进行验证。【结果】MIRA核酸试纸条法在37℃条件下,15 min内便可完成对肺炎支原体的检测,最低检出限为10 copies/μL;除肺炎支原体外,其余7种病原体均不能扩增,特异性较好。以实时荧光PCR检测为标准,MIRA核酸试纸条法对35份临床样本检测后的诊断特异度为100.00%、灵敏度为96.15%、阴性预测值为90.00%、阳性预测值为100.00%。【结论】本研究建立了MIRA核酸试纸条法...