中国部分家养山羊mtDNA D环区遗传多样性与进化

对我国10个家养山羊品种140只个体的mtDNA D-loop区进行测序分析, 测得结果: 整个D-loop区为 1 211~1 213 bp, 共检测到84种单倍型, 171个多态位点。其中核苷酸多样性(Nucleotide diversity, Pi)为: 0.02063 ± 0.00225, 单倍型多样性(Haplotype gene diversity, Hd)为: 0.988 ± 0.003, 平均核苷酸差异数(Average number of nucleotide differences) k为: 24.896。表明我国家养山羊品种遗传多样性丰富。通过构建NJ网络进化树, 得出中国家养山羊主要分为两大支系, 并且其中一支与角骨羊(Capra aegagrus)聚在一起, 而旋角野山羊(Capra fal-coneri)单独聚为一支, 说明角骨羊对中国家养山羊贡献较大。     

中国山羊mtDNA D-loop遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了中国9个山羊品种（板角山羊、成都麻羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、马头山羊、陕南白山羊、黄淮山羊和雷州山羊）共计128个个体的mtDNA D-loop全序列。结果表明：山羊mtDNA D-loop全序列长度为1212-1213bp,检测到102个变异位点,约占分析位点总数的8．42％,可变位点中转换占99个,颠换2个,1个转换/颠换共存;界定了92种单倍型,有78种为各品种独享单倍型,另外14种为群体内或群体间共享单倍型。9个山羊品种单倍型多样度为0．9333-1．0000,核苷酸多样度为0．7062％-1．8265％,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据92种mtDNA单倍型构建了中国山羊的NJ分子系统树,聚类表明,中国山羊mtDNA D-loop序列单倍型分为支系A和支系B两大类。支系A包括75种单倍型,代表95个样本,占总数的74．22％;支系B包括17种单倍型,代表33个样本,占总数的25．78％,说明中国山羊存在支系A和支系B两大母系起源。对中国山羊mtDNA D-loop的支系A和支系B进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu的Fs中性检验,分析表明,支系A的分布曲线呈单峰形,Fs值为-24．6491,P值为0．0000,显著偏离中性,表明山羊支系A曾经历群体扩张;支系B呈近似双峰分布,Fs值为-3．3947,P值为0．0980,中性检验差异不显著,表明山羊支系B没有经历群体扩张,群体大小保持相对稳定。山羊支系B可能起源于中国。     

7个地方山羊品种遗传多样性及遗传结构分析

检测了7个地方山羊群体在15个微卫星位点的遗传多样性和遗传结构,旨为地方山羊群体的保护利用奠定基础。采集燕山绒山羊、辽宁绒山羊、承德无角山羊、济宁青山羊、太行山羊、武安山羊血液样品及内蒙古绒山羊的耳组织,利用微卫星方法分析遗传多样性及遗传结构。结果表明,7个山羊群体的平均有效等位基因数为4.235 8、平均期望杂合度为0.718 8、平均多态信息含量为0.706 8,均具有高度的遗传多样性;总群体平均近交系数为0.088 3,平均遗传分化系数为0.544 2,平均基因流为0.209 4。武安山羊和承德无角山羊的遗传距离最近,太行山羊和燕山绒山羊的遗传距离最远。系统进化树聚类分析表明,燕山绒山羊与辽宁绒山羊聚为一类,济宁青山羊、承德无角山羊、武安山羊、内蒙古绒山羊和太行山羊聚为一类。综上,7个地方山羊群体遗传多样性丰富,群体间遗传分化程度大,基因交流少,受近交程度影响小,具有较高的利用价值和潜力。     

华东地区地方鸡品种mtDNA控制区遗传多样性

为了探明我国华东地区地方鸡品种的遗传多样性和群体遗传结构,追溯其母系起源和进化过程,利用PCR技术扩增了11个地方鸡品种的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)序列,并结合NCBI数据库中已发表的红色原鸡(Gallus gallus)D-loop区全序列,分析了它们的遗传多样性与亲缘关系,构建了11个品种与红色原鸡系统发生邻接树。结果表明:11个地方品种mtDNA D-loop区全长为1,231或1,232 bp,其中1,231 bp的序列有196条,1,232 bp的序列有123条,经过比对发现,两者在859 bp处存在单碱基缺失。11个地方品种319个个体共计检测到变异位点37个,总体单倍型多样度核苷酸多样度和平均核苷酸差异分别为0.901±0.009、0.00573±0.000001和6.833。按照鸡mtDNA单倍型分类通用标准,共包含35种单倍型,可以分为A、B、C和E共4个分支(单倍型群),分别包括11、10、9和5个单倍型。中介网络图中11个鸡品种也很明显地分成了4个支系,分别含有100、118、47和54条序列。系统发育树分为4个大枝,海南亚种(G.gallus jabouillei)自成一枝;C单倍型群与4个亚种的红色原鸡聚为一枝;E单倍型群与2个亚种红色原鸡聚为一枝;A和B单倍型群只与滇南亚种(G.gallus spadiceus)聚为一枝。11个品种中,除了狼山和丝羽乌骨鸡2个标准化品种外,都有很高的遗传多样性,可开发选择潜力很大。没有发现线粒体品种特异性DNA序列。华东地区地方品种至少有4个母系起源,部分品种可能受到了欧美高产品系的渗入。     

基于cytb基因分析帕米尔盘羊和新疆地方家绵羊的系统发育

[目的]研究帕米尔盘羊对新疆地方家绵羊是否有遗传贡献。[方法]测定了盘羊、家绵羊75个体的细胞色素b基因全序列,分析其遗传多样性,计算不同群体间遗传距离,进而构建系统发生树。[结果]新疆地方绵羊中检测到43个多态位点,定义为23个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.889±0.00102,核苷酸多样度(Pi)为0.521%。新疆地方家绵羊群体可分为4个支系(A、B、C和D),其中支系D首次在新疆多浪羊群体中被检测到。[结论]系统发育分析表明,新疆绵羊有多个母系起源或经过多次驯化,摩弗伦羊是绵羊母系祖先之一。     

新疆罗布羊群体遗传多样性及系统进化分析

[目的]新疆罗布羊群体遗传变异与起源分化的研究,可为罗布羊品种形成、保护和种质特性研究利用提供理论基础。[方法]利用7个微卫星(SSR)位点及mt DNA D-loop环序列分析了新疆尉犁地区120头罗布羊群体遗传多样性,及与其它新疆南部地方羊种与中国绵羊的三大母系:藏羊、蒙古羊和哈萨克羊,三个野羊种:羱羊、摩佛伦羊、盘羊和亚洲型A型、欧洲型B型的母系遗传距离与进化关系。[结果]罗布羊群体平均等位基因数(K)、观察杂合度(HO)、期望杂合度(HE)、多态信息含量(PIC)分别为8.86、0.711、0.791和0.769;发现BM143位点存在罗布羊群体HW不平衡现象。罗布羊分成A系、B系和C系3个进化系,B系进化支与欧洲B型和多浪羊遗传距离较近,聚为一类;C系进化支先与巴音布鲁克羊聚为一支,然后和A进化支聚成一类,再与新疆其它地方羊种及蒙古羊、藏羊、亚洲型A型聚为一类。三个支系中B支系与摩佛伦羊(O.musmon)的关系较近。[结论]新疆尉犁地区罗布羊群体遗传多样性丰富,具有较高育种价值;群体微卫星BM143位点存在的HW不平衡现象;罗布羊有3个进化系,聚类分析结果初步认为罗布羊是由中东经蒙古高原到达新疆,后来与新疆南部地方羊种混杂的品种。     

山羊群体遗传多样性的微卫星分析

为了保护和合理利用我国地方山羊品种遗传资源提供理论基础,本研究利用国际农粮组织和国际家畜研究所推荐的10对微卫星引物,结合荧光标记PCR,检测了中国9个地方山羊品种和1个引进山羊品种的遗传多样性。所研究的10个品种中7个呈现出高度多态,3个呈现出中度多态。并共检测到119个等位基因,有效等位基因数在1.4641~9.2911之间,座位平均杂合度在0.2618~0.7672之间,品种平均杂合度在0.5196~0.7024之间,其中SRCRSP23位点和河西绒山羊(HXR)平均杂合度最高。聚类关系(NJ和UPGMA)和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。     

家牦牛线粒体DNA(mtDNA)遗传多样性及其分类

通过分析包括我国10个家牦牛品种(类群)在内共296个样本的mtDNA控制(D-loop)区部分序列的遗传变异,对我国家牦牛的遗传多样性、遗传分化、聚类关系和分类进行了研究.所测序列经比对后,共检测到61个变异位点,定义了77种单倍型.分析显示青海环湖牦牛的单倍型多样性最高,达0.9848±0.0403,而巴州牦牛单倍型多样性最低,为0.8000±0.0825;核苷酸多样性方面,斯布牦牛存在最为丰富的核苷酸序列变异,核苷酸多样性值为0.022582±0.011767,而巴州牦牛仅为0.006856±0.002476,表明我国家牦牛品种(类群)遗传多样性水平存在较大差异.总体上,我国家牦牛单倍型多样性、核苷酸多样性分别为0.9251±0.0095和0.015265±0.007757,呈现出丰富的遗传多样性.聚类分析显示我国家牦牛存在两个聚类簇--斯布牦牛独立为一类;其余9个品种(类群)聚为一类,表明家牦牛品种(类群)间遗传距离与地理分布无明显相关.分子变异分析(AMOVA)显示九龙、嘉黎、斯布牦牛构成的组与其余7个家牦牛品种(类群)构成的组之间存在极显著的遗传分化(?CT=0.05285,P<0.01),且其品种间/组内遗传分化不显著(?SC=0.00648,P>0.05),支持依据遗传分化程度将我国家牦牛划分为两大类型.AMOVA支持的分组在品种(类群)组成上与蔡立的研究结果相符,首次为我国家牦牛划分为横断高山型和青藏高原型两种类型提供了源自分子遗传学的证据.     

中国荷斯坦牛和鲁西黄牛mtDNAD-loop序列多态性分析

为了从母系遗传角度深入阐明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛的群体遗传多样性以及起源进化,本研究采用PCR测序法测定了9头中国荷斯坦牛和11头鲁西黄牛的线粒体DNA D-loop区的部分序列,并经剪切后进行生物信息学软件分析.结果表明,20个个体D-loop区共711 bp,共检测到19种单倍型和50个多态位点.核苷酸多样性(Pi)为0.021 33±0.004 54,单倍型多样性(Hd)为0.994±0.019,平均核苷酸差异数(k)为15.146 20.构建的NJ网络进化树共分为两大支系,其中部分鲁西黄牛与瘤牛聚为一支,而中国荷斯坦牛和部分鲁西黄牛与普通黄牛聚为一支.说明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体遗传多样性均较高;鲁西黄牛同时含有瘤牛和普通黄牛的血统,而中国荷斯坦牛只含有普通黄牛的血统.     

四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

河南地方山羊品种的遗传多样性

采用18个微卫星位点对河南省5个地方山羊品种（牛腿山羊、槐山羊、河南奶山羊、太行黑山羊和伏牛白山羊）的遗传多样性进行了评价.结果表明：18个微卫星位点在5个山羊品种均为高度多态;5个山羊品种的多态信息含量、群体杂合度、有效等位基因数值较高,说明其遗传多样性和各品种内的遗传变异比较丰富;聚类分析显示,牛腿山羊与太行黑山羊的关系较近,与河南奶山羊的关系较远.群体遗传分化系数和群体遗传距离表明,河南省地方山羊的变异主要存在于品种内,品种间的变异相对较小.结合5个山羊品种的实际生态地理分布,提出了避免近交,并有选择地进行品种间杂交的保种模式.     

褐马鸡圈养种群的mtDNA控制区多态性

褐马鸡(Crossoptilon mantchuricum)是我国特有的濒危鸟类,国家一级保护动物。为了保护褐马鸡的种质资源,从分子水平上评价褐马鸡的遗传多样性,对山西省庞泉沟自然保护区、太原市动物园的褐马鸡种群20个个体,线粒体DNA D-loop区全序列进行了克隆和测定,使用Clustal X、DnaSP4.0、Mega3.1等生物信息学软件,对全部20条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样性和单倍型多样性;比较了两个种群的遗传变异,初步探讨了褐马鸡种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明:20条褐马鸡线粒体DNA D-loop区全序列长度在1236 1237bp之间,其中A、T、G和C 4种核苷酸的平均含量分别为31.0%、26.8%、27.5%和14.8%,A+T含量(57.8%)高于G+C含量(42.3%)。排除1处核苷酸的插入或缺失后,共检测出26个突变位点,占分析序列总长度的2.1%,其中包括25处单一多态位点和1处简约信息位点。20个个体检测出13个单倍型,其中11个个体具有独特的单倍型,2个共享单倍型。褐马鸡两个种群的单倍型多样性(h)为0.911 0.933,核苷酸多样性(π)为0.002 0.003,单倍型间的遗传距离为0.003 0.002。根据单倍型构建了褐马鸡两个种群的NJ分子系统树。聚类表明,2个种群的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。揭示褐马鸡具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,种群的遗传变异较低;两个种群单倍型间的遗传距离较近,遗传多样性参数接近,统计分析无显著差异,两个种群尚未表现出明显的遗传分化,且两个种群间有基因流存在。     

柴达木山羊群体遗传结构及系统地位的研究

采用简单随机抽样法对柴达木山羊群体进行了遗传检测,从毛色、外型特征、体尺、血液蛋白与DNA多态性等5个方面进行了群体遗传结构分析,并探索了其系统地位.结果表明:(1)毛色和形态特征的平均表型异质度分别为0.3419、0.5207;(2)血液蛋白在6个基因座上具有多态性,平均基因座杂合度为0.2584;(3)DNA-RAPD标记表现丰富的多样性,基因多样度为0.4085～0.5318.通过对柴达木山羊与国内其他山羊的系统聚类,初步探索了该山羊群体的形成及所属,这些都表明柴达木山羊是一个比较古老的未经较高强度选育的地方山羊品种,其基因资源是我国山羊遗传资源中宝贵的一部分.     

福建省家鸭的遗传多样性及其与野鸭的亲缘关系

为了探讨福建省家鸭的遗传多样性和品种进化, 本研究测定了福建省4个地方家鸭品种的32个个体和野生斑嘴鸭(Anas zonorhyncha) 8个个体的线粒体DNA D-loop区667 bp序列, 分析了这4个家鸭品种的遗传多态性及品种进化。结果显示4个家鸭D-loop区序列的A、G、C、T碱基平均含量分别为25.5%, 15.2%, 33.5%, 25.8%。确定了8种单倍型, 其中Hap2(与GenBank中的A7一致)为家鸭的主体单倍型, 平均单倍型多样度为0.75202, 平均核苷酸多样度为0.21%。4个品种中金定鸭单倍型多样度、核苷酸多样度最高。4个品种之间的Kimura双参数遗传距离为0.00094–0.00395, 其中连城白鸭和金定鸭之间遗传距离最大。结合GenBank上已发表的绿头鸭(A. platyrhynchos)和斑嘴鸭序列, 共有30种单倍型, 共同构建系统发生树和网络关系图, 结果表明4个家鸭品种单一地起源于绿头鸭。     

基于COI基因分析盘羊、塔什库尔干羊的遗传多样性和系统进化

[目的]从线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subumitⅠ,COI)基因水平探讨盘羊对家绵羊有无遗传贡献,了解盘羊和塔什库尔干羊遗传多样性和系统进化。[方法]采用粪便DNA提取法、PCR和测序方法对3只盘羊和68只塔什库尔干羊共71个样品的线粒体COI基因全序列进行分析。[结果]塔什库尔干羊单倍型多样度为0.890±0.001 1,核苷酸多样性为0.00421,表明塔什库尔干羊遗传多样性较为丰富;系统发育分析表明,塔什库尔干羊有4个母系起源,分别是A、B、C和E世系。[结论]欧洲摩弗伦羊对塔什库尔干羊世系B有遗传贡献,基于线粒体COI基因分析,尚未发现盘羊对塔什库尔干羊有遗传贡献的分子证据。     

鹅喉羚线粒体D-loop和Cytb序列遗传多样性分析

[目的]为了探讨新疆天山野生动物园17只鹅喉羚的遗传多样性、亲缘关系和群体来源。[方法]对这些鹅喉羚线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cytb)基因序列进行了PCR扩增和测序,分别计算了群体单倍型多样度(H)和核苷酸多样性(Pi)以及个体间的遗传距离,并构建了单倍型NJ(Neighbor-Joining)聚类图。[结果]D-loop区和Cytb分别获得了978bp和543bp的基因片段,D-loop区识别出11个单倍型,Cytb区识别出3个单倍型;D-loop和Cytb的单倍型多样度(H)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.863、0.01028和0.330、0.00077;个体之间最大遗传距离为0.024,最小遗传距离为0.001;17只鹅喉羚分别聚为2个分支。[结论]该鹅喉羚群体D-loop区多态性较丰富,在野外可能来自两个不同的群体。     

贵州地方山羊品种的RAPD分析

用180条引物对黔东南小香羊、贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊4个贵州地方山羊品种(种群),以及南江黄羊和波尔山羊进行RAPD分析,其中27条引物扩增出多态性图谱。这27条引物共扩增出281条带,多态带为115条,平均多态频率为40．92％(范围20％～80％);每条引物平均扩增条带为10．41条(范围4～16条);扩增带分子量在210～2800bp。贵州白山羊与贵州黑山羊之间的遗传距离指数(0．0605)最小,而波尔山羊与其他品种之间的遗传距离指数(0．1059～0．1488)最大。NJ法聚类结果显示,贵州白山羊与贵州黑山羊间的亲缘关系最近,其次为黔北麻羊,而黔东南小香羊与其他3个贵州地方品种的亲缘关系较南江黄羊还远。分析表明,黔东南小香羊在遗传上为一独立的品种;而贵州地方山羊品种间具有较近的亲缘关系,遗传变异较小,具有较高的遗传稳定性。     

我国水牛地方品种线粒体D-loop区遗传变异与起源分化

测定了我国24个地方水牛品种和2个引进水牛品种共311个个体的线粒体DNA D-Loop区序列.结果表明我国水牛遗传多样性非常丰富,共检测到256个突变位点,132种单倍型,单倍型多样度Hd为0.9288.构建的NJ系统树表明中国水牛都属于沼泽型,并且主要为2个母系起源,分别命名为SA支系和SB支系,所研究的每个地方水牛群体中2个支系都存在.SB支系中还存在两个分化也比较明显的小分支,称为SBI和SBII.所有单倍型中,H2单倍型出现频率最高,且只在24个地方品种中存在,说明H2单倍型是我国地方水牛特有的标志单倍型,也是一种古老的单倍型.中国水牛应是在本土独立驯化的.     

小口白甲鱼都柳江种群mtDNA D环的序列变异及遗传多样性

采用PCR结合DNA测序技术,测定分析了易危鱼类小口白甲鱼(Onychostoma lini)都柳江种群36个个体mtDNA D环约470bp序列的变异及遗传多样性。结果表明,在36个个体中,该序列的长度为469～475bp,其碱基组成为A+T的平均含量(68.4%)高于G+C(31.6%)。共检测到25个多态位点,其中转换19个、颠换6个。核苷酸多样性(π)为0.00575,平均核苷酸差异数(K)为2.695。36个个体分属5个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.260,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.026。5个单倍型构建的UPGMA系统树聚为2个分支。目前小口白甲鱼都柳江种群mtDNA D环序列存在着较丰富的变异和遗传多样性。     

多浪羊mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析

以多浪羊为研究对象,分析绵羊线粒体D-loop区的遗传多样性,为研究多浪羊的起源和进化历史奠定基础。结果显示,多浪羊线粒体DNA D-loop序列长度为945~1 039 bp,A、T、G和C含量分别为29.4%、27.7%、17.7%和25.1%,其中A+T为57.1%,G+C为42.8%。研究获得了26种单倍型,56个多态位点,其中单一多态位点42个,简约信息位点14个。平均核苷酸差异数k为5.289,核苷酸多样度Pi为0.02 415,核苷酸多样度较低,说明多浪羊的遗传多样性贫乏,应采取重点措施予以保护。另外研究发现多浪羊经历过群体扩张,其母系起源除A、B和C世系外,可能存在D或E世系。