中外六个猪种FUT1基因多态性研究

目的对6个中外猪种共245头猪的FUT1基因进行了研究。方法采用PCR-RFLP技术。结果与结论Hin6I位点上,大白猪、长白猪、杜洛克猪3个外来猪种均存在多态,且以敏感型（GG型和AG型）居多;山西黑猪、太原花猪、马身猪3个本地猪种的所有检测样品都表现为GG型。     

猪Nramp1基因外显子2的SNP位点筛选及生物信息学分析

本研究采用DNA混合池扩增并进行直接测序的方法,对3个引进猪种和3个地方猪种Nramp1基因外显子2的SNP位点进行筛选,并通过生物信息学软件对该基因的m RNA二级结构、蛋白质二级结构和功能进行预测。结果在2个引进猪种(大白猪,长白猪)和3个地方猪种(八眉猪,蕨麻猪,烟台黑猪)中共检测到2个SNP位点,分别为T~(62)C和A~(92)G,而在杜洛克猪中未检测到SNP位点。生物信息学分析结果表明,T~(62)C和A~(92)G位点均降低了RNA二级结构的稳定性,Nramp1基因可能在转录和信号转导过程中发挥着重要作用。本研究结果丰富了猪Nramp1基因库,为进一步研究Nramp1基因功能和筛选抗病育种相关SNP位点提供理论参考。     

贵州地方黄牛IGF-1基因多态性及生物信息学分析

为分析黄牛IGF-1基因多态性,筛选出对贵州本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州关岭牛、思南牛、威宁牛和黎平牛为试验对象,构建DNA混池,PCR扩增IGF-1基因所有外显子及部分内含子,采用直接测序法检测IGF-1基因多态性,利用生物信息学软件对IGF-1基因进行分析。结果表明:在贵州4个地方牛群体种中,共筛选出3个SNPS,分别为Intron2-A5123G、Exon3-G56419A、Intron3-C56464A,Exon3-G56419A属于同义突变。其中2个SNPS (Intron2-A5123G, Intron3-C56464A)为4个牛种所共有,而Exon3-G56419A突变仅存在黎平牛中。生物信息学分析表明,牛IGF-1编码蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,相对分子质量为16 937.68,理论等电点为9.36,且突变前后IGF-1基因m RNA二级结构发生改变,自由能升高,稳定性降低。研究结果显示,4个牛种IGF-1基因具有较高的遗传多样性,可为贵州地方牛种的保种选育提供参考。     

4个猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

目的:为研究SLA与抗病育种和经济性状的关系提供理论依据。方法:采用限制性内切酶HaeⅢ对大白猪、长白猪、杜洛克猪和马身猪SLA-DQB基因外显子2的273bp扩增产物多态性进行分析。结果:共检测到A,B,C和E等4个等位基因和AA、BB、AB、AC、AE等5种基因型。在大猪和马身猪中,A等位基因频率较高,分别为0.528和0.587;在长白猪中,检测到3个等位基因A、B和E,频率分别为0.611、0.278和0.111;而在杜洛克中,仅存在B等位基因。适合性检验表明,大白猪和杜洛克猪在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。结论:SLA-DQB基因外显子2多态性在4个猪种具有明显差别。     

贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子SNP研究

[目的]研究3种贵州地方山羊品种H-FABP基因第3外显子的多态性以及进行该基因多态性生物信息学分析,以期筛选出适合的突变位点,研究其与山羊生长性状关联性影响。[方法]以3种贵州地方山羊品种为试验材料构建DNA池,结合直接测序技术筛选H-FABP基因SNPs,并利用在线软件分析H-FABP基因RNA二级结构及其蛋白二、三级结构。[结果]仅在黔北麻羊和贵州白山羊H-FABP基因第3外显子处分别筛选到T120A和G152C两个SNPs,其中exon3-T120A为导致编码氨基酸发生的Phe→Ile改变的错义突变,而exon3-G152C为苏氨酸(Thr)的同义突变。[结论]exon3-T120A位点影响黔北麻羊H-FABP基因RNA二级结构,最小自由能由-189.40 kcal/mol变为-190.00 kcal/mol,其蛋白二级结构无规则卷曲由49变为48,延伸链由36变为37,exon3-G152C位点仅影响贵州白山羊RNA二级结构,最小自由能变为-185.40 kcal/mol。     

中国阿昌族九个STR基因位点遗传多态性研究

采集云南阿昌族100个无关个体血样,研究该民族9个STR位点和Amelogenin基因位点,采用四色荧光标记STR基因扫描技术,同时检测96个样品,建立云南阿昌族9个STR位点的基因频率数据库,共检测出69种等位基因,其频率分布在0．0050－0．6100,166种基因型,其基因型频率分布在0．0100－0．3900,平均H为0．7381,累积DP为0．9999999,EPP为0．9999989,9个STR位点基因型分布符合Handy-Weiberg平衡定律,为建立我国不同民族STR基因数据奠定了基础,将在人类学,法医学和民族学领域发挥重要的应用价值。     

中国4个少数民族中SDF1多态性研究

研究与HIV 1感染相关的基质细胞衍生因子 (SDF1)等位基因突变频率和多态性在中国 4个少数民族的分布特征。应用PCR/ RFLP等方法检测回族 (5 7例 )、鄂伦春族 (71例 )、蒙古族 (30例 )及锡伯族 (2 6例 )共 184个个体中SDF1 -3’A基因突变频率。结果得出中国 4个民族中SDF1- 3’A基因的基因频率分别为 :蒙古族为 38 3%,锡伯族为 2 3 .1%,回族为 2 0 .2 %,鄂伦春族为 10 .6 %。中国 4个少数民族中SDF1- 3’A等位基因频率存在较大的差异 (χ2 =37 .82 6 ,P<0.01) , 提示这 4 个民族的遗传结构存在着一定的差异。 本研究 为评估中国不同民族对 HIV-1 的易感性及艾滋病的流行病学研究提供了基本数据。     

建鲤GHR基因多态性及与增重相关的SNP位点的筛选

生长激素是调控动物生长的关键因子,它通过与膜蛋白生长激素受体结合后发挥作用,因此生长激素受体基因的变异对动物生长有着重要的影响。实验根据已分离的4个建鲤jlGHRs基因,通过测定来自6尾建鲤的序列,共找到38个SNP位点。使用PCR-RFLP方法检测了353尾建鲤在其中5个SNP位点(1a内含子3 A43G、1a外显子8 A361G、1b外显子8 C12T、2a外显子8 A555G和2b外显子8 A315G)的基因型,分析了不同基因型与生长性状的相关性。结果表明5个位点均与增重显性相关;1a内含子3 A43G还与体高/体长和体厚/体长显性相关;1b外显子8 C12T与体高/体长和尾柄高/尾柄长显性相关;1a外显子8 A361G和2a外显子8 A555G也与尾柄高/尾柄长显性相关。数据分析还显示增重标记个数富集4个以上的个体明显比标记少的个体生长快,在选育群中增重标记数有2个的个体最多占30%,而增重标记数4个以上的只占14%,说明存在着较大的选育空间。实验筛选的5个位点可以作为建鲤分子育种的有效标记。     

中风易感性与候选基因SNP位点关联研究

脑中风是严重危害我国中老年人身体健康的主要疾病之一,对中风相关基因单核苷酸多态性位点在人群中分布情况的研究将有助于深入认识中风发病机制及提高防治能力。该研究用寡核苷酸芯片方法检测了8个多态性位点与中风易感性之间的关联。结果发现:寡核苷酸芯片技术作为一种很好的基因分型方法,具有高通量、平行性、微量化、自动化和快速灵敏等的特点,适用于大规模基因分型平台的建立;实验初步发现与中风易感性相关的有血管紧张素原(AGT)基因M235T(OR=3.437,CI=1.211,9.709),载脂蛋白E(APOE)基因cys158arg (OR=9.434,1.686-83.3),亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T(OR=2.591,1.002-6.711),血管紧张素ⅡⅠ型受体(AT1R)基因A1166C(OR=0.213,0.057-0.799)。     

贵州4个蓝莓品种的海拔适应性研究

为了探讨蓝莓对贵州山林环境的适应特性,选择贵州低海拔(800 m)、中海拔(1100 m)和高海拔(2000 m) 3个区域栽培的兔眼蓝莓Vaccinium ashei‘灿烂’、‘圆蓝’和高丛蓝莓V. corymbosum‘蓝雨’、‘莱克西’等4 个品种,测定分析其叶片和果实的相关生理指标。结果表明,4 个品种的丙二醛(MDA)含量和过氧化氢酶(CAT)活性均随海拔升高呈显著下降趋势,叶片相对电导率、过氧化物酶(POD)活性、超氧化物歧化酶(SOD)活性和总叶绿素含量则随海拔上升呈显著增加趋势;而在相同海拔区域中,‘灿烂’的叶片相对电导率和MDA 含量是4 个品种中最低的;其SOD 活性则在各海拔区域中是最高。在蓝莓果实品质方面,高海拔地区的VC 含量以‘莱克西’为最高,‘灿烂’最低,低海拔和中海拔地区则以‘圆蓝’为最高,‘蓝雨’最低;花青素含量依次为‘圆蓝’＞‘灿烂’＞‘莱克西’＞‘蓝雨’,蓝莓果实单重表现为‘莱克西’＞‘灿烂’＞‘圆蓝’＞‘蓝雨’,均具有一定的规律性;‘圆蓝’的糖酸比在低、中海拔区均为最高,在高海拔区则以‘灿烂’为最高。以上说明4 个蓝莓品种在贵州不同海拔地区中抗性指标和叶绿素的变化表现出一定的抗逆境能力,是对环境的适应性表现;其中,‘灿烂’的适应性最好,果粒较大,在高海拔区糖酸比最高;‘圆蓝’的适应性弱于‘灿烂’和‘莱克西’,果粒较小,糖酸比在中低海拔区域最高,适口性最好,VC 和花青素含量最高。     

四个牦牛品种MC1R基因部分序列的多态性研究

为探索4个牦牛品种MC1R基因多态性的相关信息,选取甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛、大通牦牛4个品种共408头个体为研究对象,采用PCR-SSCP方法分析牦牛MC1R基因部分序列的基因多态性。结果表明,与GenBank中牛MCIR基因序列(登录号:AF445641.1)比对发现,该扩增片段在3 891 bp处发生C→G的突变,在3 912 bp处发生T→C的突变,共发现CC、DD、EE、CD、CE和DE 6种基因型。4个牦牛品种中CD、CE和DE 3种基因型在青海高原牦牛和大通牦牛中占主要优势,这3种基因型频率总和在青海高原牦牛和大通牦牛群体中分别是0.778和0.781。DD和CD两基因型是甘南牦牛群里中的优势基因型,其基因型频率分别是0.351和0.328。天祝白牦牛中优势基因型是DD,其基因型频率是0.500。D等位基因是4个地方品种牦牛中的优势等位基因。4个地方品种在该基因座上都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。青海高原牦牛和大通牦牛两个群体处于高度多态(PIC>0.5),甘南牦牛和天祝白牦牛处于中度多态(0.25相似文献   

SNP与Hbb基因多态性的关联性

目的从单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）水平探索小鼠生化标记基因Hbb多态性的形成机理。方法从DNA、RNA和蛋白多肽3个方面分析研究Hbb基因的多态性。结果基因组DNA中有4个SNP位点与Hbbd/s多态性相关：分别为外显子1中的2个T（G）,外显子2中的G（A）和外显子3中的A（G）;RNA水平有4个SNP位点与Hbbd/s多态性相关：分别对应为外显子1中的2个T（G）,外显子2中的G（A）和外显子3中的A（G）;蛋白多肽水平第13、20和139位氨基酸残基,即Cys/Gly、Ser/Ala和Thr/Ala间的转换与Hbb/s多态性相关,分别对应于外显子1中的2个T（G）和外显子3中的A（G）。结论第13、20和139位氨基酸残基,即Cys/Gly、Ser/Ala和Thr/Ala间的转换可能是Hbbd/s多态性的形成原因。     

两个国内小型猪品种GH基因部分序列的多态性分析

目的对西藏小型猪和广西巴马小型猪生长激素基因（GH基因）部分序列的多态性进行分析。方法采用内切酶ApaI和Hin6I对西藏小型猪（108头）和广西巴马小型猪（132头）GH基因-119 bp～＋486 bp之间的区域进行PCR-RFLPs分析。结果 （1）从ApaI酶切产生的结果来看,ApaI酶切产生A（449 bp＋101 bp＋55bp）,B（316 bp＋133 bp＋101 bp＋55 bp）两种等位基因。等位基因A的频率高于等位基因B,等位基因A为优势基因。AA基因型频率高于AB和BB基因型频率;（2）从Hin6I酶切产生的结果来看,Hin6I酶切产生G1（605bp）、G2（498 bp＋107 bp）、G3（449 bp＋156 bp）、G4（449 bp＋107 bp＋49 bp）四种等位基因。等位基因G4的频率高于等位基因G1、G2、G3。等位基因G1频率很低。基因型G2G3、G2G4、G3G4、G4G4的频率较高。（3）由酶切产生的基因和基因型多态性,发现西藏小型猪与广西巴马小型猪在该基因部分序列差异不显著（P〉0.05）。结论国内的优质实验用小型猪,如西藏小型猪和广西巴马小型猪等位基因A频率均较高。     

尼罗罗非鱼ghrelin基因的多态性及其与生长性状相关SNP位点的筛选

为了研究尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长激素促分泌素基因(ghrelin)的多态性及其与生长的相关性, 研究以两个尼罗罗非鱼群体(快长群体和基础群体)的DNA样本各40份为模板, 通过PCR扩增和测序获得ghrelin基因序列。通过Dnasp v5和MEGA 5.0分析序列多态性、筛选有效SNP 位点; 采用Snapshot法对两个群体子代ghrelin基因中SNP位点进行基因分型, 然后分析SNP位点基因型与生长性状的相关性。结果表明, 快长群体ghrelin基因中的单核苷酸变异位点数(S)比基础群体要少, 而核苷酸多态性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)要略高于基础群体。共筛得3个有效SNP 位点(S1、S2和S3), 均分布于第1个内含子中。遗传结构分析表明, 3个SNP 位点在两个群体的子代中均为低度多态性位点(PIC0.25), 但处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05);快长群体子代中3个SNP 位点的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数均小于基础群体子代的相应值, 3个SNP 位点的遗传多样性参数、基因型和基因频率在同一群体中高度一致, SNP 位点之间完全连锁。两个群体子代中3个SNP 位点处的优势基因型相同, 但快长群体子代中优势基因型频率要明显大于基础群体子代中相应基因型频率。对两个群体子代的生长性状与SNP基因型进行关联性分析的结果表明,尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)在不同基因型中存在显著差异(S1:GG AG, S2:TT AT, S3:AA AT)(P0.05)。D1双倍型(S1:GG, S2:TT, S3:AA)所对应的尼罗罗非鱼个体的多项生长指标(体重、体长、体高、头长和尾柄高等)显著高于D2双倍型(S1:AG, S2:AT, S3:AT)。以上结果表明, 尼罗罗非鱼ghrelin基因3个SNP 位点完全连锁, D1双倍型与快长性状密切相关, 可作为尼罗罗非鱼分子标记辅助育种的候选标记。     

猪Mx1基因第14外显子多态性分析及新突变位点的 发现

采用PCR-RFLP方法对国内外7个猪种Mx1基因第14外显子的多态性进行分析, 共检测到3个等位基因, 6种基因型。其中杜洛克中仅存在AA基因型, 苏太猪中存在全部基因型, 只有在梅山猪和具有梅山猪血统的苏太猪中出现基因型BB。所有猪种中, 只有在地方猪种和培育猪种中出现等位基因B, 所有猪种除松辽黑猪外均以A为优势等位基因。卡方检验结果表明, 不同猪种间基因型分布差异较大, 梅山猪和松辽黑猪与其他所有猪种的基因型频率差异极显著(P＜0.01) , 苏太猪与除皮特兰猪外的所有猪种的基因型频率差异也极显著(P＜0.01) , 淮猪与杜洛克和约克夏这两个国外猪种基因型频率差异不显著(P＞0.05), 而与皮特兰和其他地方猪种的基因型频率均存在极显著差异(P＜0.01) 。通过测序在扩增片段中新发现了3种类型的碱基突变, 前2个分别导致了Thr和Glu向Ala和Arg的替换, 最后一个突变不引起氨基酸的变化, 且后两个突变位点为BB基因型所特有。     

贵州黑山羊、贵州白山羊TFB1M基因第7外显子SNP研究

目的:研究TFB1M基因编码区多态性,筛选出对山羊肉质有显著影响的SNPs位点,以期为山羊品种选种选育提供科学依据。方法:采用DNA池结合PCR直接测序技术分析TFB1M基因在贵州本地山羊的多态性,估算等位基因频率,利用在线软件分析TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白二级、三级结构。结果:在TFB1M基因中筛选到2个SNPs:A76G和T221G,其中A76G为同义突变;T221G错义突变,导致编码的半胱氨酸(Cys)变为甘氨酸(Gly)。RNA二级结构最小自由能改变,贵州黑山羊RNA二级结构稳定性增强。贵州黑山羊β折叠链增加1%,α螺旋增加4%,混乱度也上升1%。β转角减少4,α螺旋增加6,自由卷曲减少3,延伸链增加1。结论:SNPs位点对TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白结构均有影响。     

我国6个地方绵羊品种微卫星DNA多态性研究

利用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术研究了我国蒙古羊、乌珠穆沁羊、哈萨克羊、阿勒泰羊、滩羊和藏绵羊 6个地方绵羊品种 17个微卫星标记的多态性 ,以探讨其遗传多样性、起源分化及群体间的遗传亲缘关系。结果表明微卫星标记不同位点间遗传多样性差异极显著 (P <0 0 1) ,群体间多态信息含量 (PIC)、近交程度 (Fis)和观察杂合度 (Obs .Het)差异不显著 ,但基因多样性 (genediversity)和期望杂合度 (Exp .Het)差异显著 (P <0 0 5 )。所研究的我国 6个地方绵羊品种与欧洲品种具有相似的遗传多样性 ,但具有较高的近交系数。个体和群体的聚类分析结果提示我国地方绵羊品种可能起源于两类祖先。群体间的聚类分析结果还表明 ,蒙古羊与乌珠穆沁羊分化不明显且具有较近的遗传亲缘关系 ,蒙古羊与藏绵羊间分化明显且具有较远的遗传亲缘关系。滩羊、阿勒泰羊以及藏绵羊间也具有较近的遗传亲缘关系。所研究的我国 6个地方绵羊品种的遗传分化 (Fst)与西班牙绵羊品种接近 ,但明显小于欧洲其他绵羊品种     

猪CD4基因多态性及生物信息学分析

本研究利用PCR-RFLP方法检测猪CD4基因部分外显子区的单核苷酸多态性,分析CD4基因SNPs之间的连锁不平衡程度,并采用生物信息学软件预测SNPs对CD4蛋白的潜在影响,为猪的抗病育种研究提供相应的分子标记。研究表明,大白猪CD4基因外显子4、6和7都存在一个突变位点,分别可使CD4蛋白T80S、P290L和M348I发生改变;每个SNP位点都有三种基因型,多态信息含量均处于中等多态(0.25PIC0.5)。三个SNPs呈强连锁不平衡状态(r~20.8),而且仅构成两种主要单倍型CTC和GCG型(两者的频率占99%以上)。经序列预测分析可知,两种CD4单倍型纯合子的理化性质和二级结构存在差异,但三个错义突变是否能影响猪CD4蛋白的功能需进一步研究。     

利用DHPLC研究我国几个地方绵羊品种黑素细胞刺激素受体基因单核苷酸多态性

利用测序及变性高效液相色谱(DHPLC)研究了蒙古羊、哈萨克羊、滩羊和藏绵羊黑素细胞刺激素受体（MSHR）基因单核苷酸多态性（SNP）。结果表明,在扩增片断长度为415bp范围内存在一个T317C突变,DHPLC可检测到该突变并被证明是一种高通量且简便的筛选方法。通过两次DHPLC可确定两个杂合子和一个纯合子,第一次DHPLC可迅速检测出由于形成异源双链而呈肩峰的杂合子（TC）,但不能区分两个均呈单峰的纯合子（TT或CC）。第二次DHPLC将未知纯合子与已知序列的纯合子混合后进行,通过判定单峰或肩峰即可推断未知纯合子的基因型。所研究的4个绵羊群体在该突变位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。蒙古羊与哈萨克羊较近的遗传亲缘关系以及滩羊与藏绵羊较近的遗传亲缘关系与线粒体DNA的研究结果一致。     

贵州三个地方猪种的系统发育分析

采用PCR产物直接测序方法首次测定贵州3个地方猪种(白洗猪、从江香猪、黔北黑猪)共计57个个体线粒体DNA控制区的全序列,将它们与GenBank上已知的25个国内外猪种一起计算遗传距离,并构建系统发育树。结果表明,3个贵州地方猪种mtDNA D-loop区的序列长度为1 254-1 314 bp之间,贵州地方猪种遗传距离在0.002 9-0.007 2之间,白洗猪与黔北黑猪、从江香猪之间的距离最大,均为0.007 2。系统发育分析的结果支持中国家猪分别有南北两个母系起源的观点,且各地方猪种之间可能有基因交流。