扁豆过敏原Len c 3蛋白B细胞抗原表位预测及同源建模

目的:通过应用生物信息学软件模拟、分析预测扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构、性质及B细胞抗原表位,为探索基于扁豆过敏原Len c 3抗原表位的改造提供依据。方法:从Uniprot蛋白质数据库中得到扁豆过敏原Len c 3的氨基酸序列,通过生物信息学软件Swiss-Model及Swiss-PdbViewer 4.0模拟和分析扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构,使用DNAStar软件对其B细胞抗原表位进行模拟、分析预测。结果:扁豆过敏原Len c 3蛋白为疏水性蛋白,在氨基酸残基第7-26位有一跨膜区,Ramachandran图评估扁豆过敏原Len c 3蛋白的三维结构显示其空间构象稳定,Len c 3蛋白潜在的B细胞抗原表位为35-36,48-50,66-71,87-90。结论:本研究通过对扁豆过敏原Len c 3蛋白进行生物信息学分析获得了该过敏原的结构、性质及潜在的B细胞抗原表位,为进一步了解和掌握扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构功能以及抗原性改造、单克隆抗体制备、表位疫苗设计等提供重要的线索。     

扁豆过敏原LenC3蛋白B细胞抗原表位预测及同源建模

目的：通过应用生物信息学软件模拟、分析预测扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构、性质及B 细胞抗原表位, 为探索基于扁豆过敏原Len c 3 抗原表位的改造提供依据。方法：从Uniprot 蛋白质数据库中得到扁豆过敏原Len c 3的氨基酸序列,通过生物信息学软件Swiss-Model及Swiss-PdbViewer 4.0 模拟和分析扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构,使用DNAStar软件对其B细胞抗原表位进行模拟、分析预测。结果：扁豆过敏原Len c 3蛋白为疏水性蛋白,在氨基酸残基第7-26 位有一跨膜区,Ramachandran 图评估扁豆过敏原Len c 3蛋白的三维结构显示其空间构象稳定,Len c 3蛋白潜在的B细胞抗原表位为35-36,48-50,66-71,87-90。结论：本研究通过对扁豆过敏原Len c 3蛋白进行生物信息学分析获得了该过敏原的结构、性质及潜在的B 细胞抗原表位,为进一步了解和掌握扁豆过敏原Len c 3蛋白的结构功能以及抗原性改造、单克隆抗体制备、表位疫苗设计等提供重要的线索。     

人巨细胞病毒M抗原表位保守氨基酸突变的分析

为确定人巨细胞病毒M抗原表位MAD的关键氨基酸残基, 以MAD多肽序列为基础, 分别将保守氨基酸残基单一突变为甘氨酸残基, 构建各自突变体, 然后与人源Fc的N端融合, 通过原核表达载体pET32-Fc表达融合蛋白MAD-Fc, 经protein A柱亲和纯化得到各突变体纯品。通过ELISA及Western blotting方法验证各突变体特异结合羊抗HCMV多抗间的差异, 从而确定表位关键氨基酸残基。结果显示, 将MAD中的谷氨酰胺残基单突变为甘氨酸残基后, MADQ-G结合羊抗HCMV多抗活性大大降低, 差异显著; 而其他氨基酸残基单突变时, 对MAD活性影响程度很小。由此得出结论: MAD结合羊抗HCMV多抗的活性与谷氨酰胺残基有关。     

鹅细小病毒结构蛋白B细胞线性抗原表位的鉴定

为了对鹅细小病毒结构蛋白B细胞线性抗原表位进行进一步定位,设计了16个覆盖结构蛋白各抗原表位区的长约30个氨基酸残基的重叠短肽,并进行了融合表达。用攻毒10周龄鹅血清对这16个融合蛋白进行蛋白质印迹分析,检测结果表明,VP蛋白线性抗原表位位于35-81、111-161、423-453、462-491、531-577、616-669和678-732氨基酸区域。     

具脱敏作用但减少IgE产生能力的DerfⅡ衍生物的开发

朝日啤酒公司和东京大学医学部讲师奥平博一小组成功地开发出降低壁虱主要变应原之一DerfⅡ IgE产生能力的衍生物C/8119S。用人末梢血的离体实验和小鼠的体内实验确认IgE产生能力的下降及脱敏效果。如果实用化,就能应用于脱敏疗法(很少引起过敏性休克)。该成果在95年11月28～30日福冈市召开的日本免疫学会上发表。     

A型肉毒毒素表位多肽免疫和人源噬茵体单链抗体文库的构建

采用表位合成多肽免疫获得编码人源抗体的基因材料,抗体轻重链可变区基因通过剪接重叠延伸(SOE)技术进行组装后,亚克隆入噬菌体粒中构建免疫库。以重组制备的A型肉毒毒素保护性抗原为配体筛选结合子,ELISA鉴定,获得具有较高抗原结合力的噬菌体克隆,进行基因测序和家族定位分析。结果显示,表位合成多肽免疫,成功构建了库容大于10^8的重组抗体库。体外3轮免疫淘筛,筛选到人源A型肉毒抗毒素克隆,基因结构分析表明,其中ScFvB17全长750bp,可编码250个氨基酸残基：VH属于VH4家族,369bp,编码123个氨基酸残基;Vκ属于κ链Ⅱ家族,336bp,编码112个氨基酸残基。基因的同源分析表明,这是一株特异的单链抗体新基因。     

传染性法氏囊病病毒五个抗原表位短肽的鉴定与序列分析

以5株传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)单克隆抗体HNF1、HNF7、B34、2B1和2G8作为筛选分子,对噬菌体展示12肽库进行3轮"吸附-洗脱-扩增"淘洗,从每株单克隆抗体筛选到的噬菌斑中随机挑取12个单克隆蓝色噬菌斑,合计60个,用间接ELISA检测,A值大于1.00;用竞争抑制ELISA分析,单克隆抗体和IBDV抗原均能竞争抑制筛选12肽与固相包被单克隆抗体的反应,抑制率大于40%,表明在该12肽内含有IBDV抗原表位。选取35个单克隆噬菌斑,测定噬菌体gIII部分基因的核苷酸序列,确定了这5个含有不同IBDV抗原表位12肽的核苷酸和氨基酸序列。进一步将其与GenBank中IBDV基因组编码蛋白的氨基酸序列进行比较,发现2B1筛选肽有4个连续氨基酸残基Leu-Ala-Ser-Pro与IBDV基因组A片段编码多聚蛋白的第536-599氨基酸残基一致,推测2B1为线性表位;而HNF1、HNF7、B34和2G8筛选肽均没找到有3个以上连续氨基酸残基与IBDV蛋白序列相同之处,推测可能是构象依赖性表位。     

传染性法氏囊病病毒五个抗原表位短肽的鉴定与序列分析

以5株传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)单克隆抗体HNF1、HNF7、B34、2B1和2G8作为筛选分子,对噬菌体展示12肽库进行3轮"吸附-洗脱-扩增"淘洗,从每株单克隆抗体筛选到的噬菌斑中随机挑取12个单克隆蓝色噬菌斑,合计60个,用间接ELISA检测,A值大于1.00;用竞争抑制ELISA分析,单克隆抗体和IBDV抗原均能竞争抑制筛选12肽与固相包被单克隆抗体的反应,抑制率大于40%,表明在该12肽内含有IBDV抗原表位.选取35个单克隆噬菌斑,测定噬菌体gⅢ部分基因的核苷酸序列,确定了这5个含有不同IBDV抗原表位12肽的核苷酸和氨基酸序列.进一步将其与GenBank中IBDV基因组编码蛋白的氨基酸序列进行比较,发现2B1筛选肽有4个连续氨基酸残基Leu-Ala-Ser-Pro与IBDV基因组A片段编码多聚蛋白的第536-599氨基酸残基一致,推测2B1为线性表位;而HNF1、HNF7、B34和2G8筛选肽均没找到有3个以上连续氨基酸残基与IBDV蛋白序列相同之处,推测可能是构象依赖性表位.     

苦荞过敏蛋白TBW17基因克隆及其抗原表位分析

基于苦荞转录组数据,采用RT-PCR技术克隆到1条苦荞过敏原蛋白基因的cDNA序列TBW17,并采用生物信息学方法对其编码蛋白进行了结构分析和抗原表位分析。结果表明,TBW17含有1个480 bp的开放阅读框,编码159个氨基酸,其氨基酸序列与多种植物过敏原蛋白同源性达52.20%~97.48%,蛋白家族分类显示其归为过敏蛋白中常见的Bet v1家族。抗原表位预测分析表明,该编码蛋白的T细胞表位位于91~99位,而B细胞表位位于第9~17、45~53和59~66位。以上结果为进一步对苦荞过敏原蛋白的检测和致敏机制研究提供了一定的理论基础。     

结核分枝杆菌抗原Rv2389的T细胞表位的生物信息学分析

目的:分析结核分枝杆菌(MTB)抗原Rv2389的T细胞表位,确定和筛选优势表位,为研制更加有效的诊断标志物,和更安全、高效的表位疫苗奠定基础。方法:应用在线预测软件IEDB和SYFPEITHI对MTB抗原Rv2389的T细胞表位进行预测,并与ESAT-6相比较;采用SOPMA Sever软件预测其编码蛋白的二级结构;用Ex PASy在线软件预测Rv2389的三级结构,综合分析Rv2389的T细胞抗原决定簇。结果:经软件分析,Rv2389多肽预测分值普遍高于ESAT-6,Rv2389分值较高的T细胞表位区域氨基酸位于35~43、85~93、107~126和184~200。MTB抗原Rv2389蛋白无规则卷曲占71.89%,β折叠占5.53%,主要覆盖的氨基酸区域位14~23,51~67,72~112,117~127和134~212。说明这些肽段存在潜在的抗原表位优势区域的可能性;三级结构预测显示,85~93位氨基酸和107~126位氨基酸暴露于蛋白表面,是最有可能的抗原表位。结论:经生物信息学软件预测MTB抗原Rv2389有2个T细胞优势表位,即85~93位和107~126位氨基酸。     

一种苦荞主要过敏原基因cDNA的克隆及序列分析

为了获得苦荞中主要过敏原的cDNA和由此推导的蛋白质序列 ,分析其结构特点 ,以苦荞幼根根尖为材料 ,提取总RNA并反转录mRNA为cDNA第一链 .通过RT PCR、3′RACE、基因克隆及序列测定 ,获得一种苦荞主要过敏蛋白基因的cDNA片段 (GenBank登录号为AY0 4 4918) .该cDNA片段由 76 8bp组成 ,包括 3′端非编码区 180个bp ,开放阅读框 5 88bp .可编码一个由 195个氨基酸残基组成的功能蛋白及一个终止密码 .苦荞主要过敏原基因与甜荞 2 2kD过敏蛋白、豆球类蛋白的核苷酸序列分别有 95 %和 93%的同源性 .其推导的氨基酸序列与甜荞球蛋白、刀豆蛋白、甜橙柠檬素分别有 93%、83%和 5 7%的同源性 .该过敏蛋白 183～ 188位氨基酸残基KEEEKE在多数不同过敏原中均存在 ,推测可能为其中的抗原决定簇序列     

埃及伊蚊表皮结构蛋白AaCPR100A的抗原表位的生物信息学预测

【目的】预测埃及伊蚊Aedes aegypti表皮结构蛋白AaCPR100A的抗原表位。【方法】通过DNAStar 8的Protean软件对埃及伊蚊表皮结构蛋白AACPR100A的二级结构和亲疏水性、表面可及性、柔韧性等特性进行分析,预测其潜在的B细胞抗原表位和潜在的T细胞抗原表位。【结果】AaCPR100A蛋白的二级结构以转角和不规则卷曲为主,表面可及性、柔韧性较强,存在7个潜在的B细胞抗原表位,位于18-29、32-42、47-82、87-98、111-178、194-248氨基酸残基或其附近,同时有11个潜在的T细胞抗原表位,位于20-24、35-39、44-48、51-53、79-82、103-106、109-112、146-148、150-152、185-203、224-235氨基酸残基或其附近。【结论】AaCPR100A蛋白潜在的B细胞抗原表位有7个,潜在的T细胞抗原表位有11个,综合后有3个潜在抗原表位,预测结果将为进一步研究AaCPR100A蛋白的免疫学特性和功能奠定基础,并为蚊虫的控制提供潜在的靶标。     

白念珠菌细胞壁蛋白Csp37抗原表位预测

目的预测白念珠菌细胞壁蛋白Csp37的抗原表位,分析其作为疫苗靶点的免疫原性。方法采用生物信息学方法对Csp37蛋白的抗原表位进行预测,利用ProtParam网络服务器分析蛋白基本理化性质,SignaIP 3.0预测信号肽,TMHMM软件预测跨膜区,GOR4在线分析蛋白二级结构,DNAStar预测分析亲水性、可塑性、表面可及性和氨基酸抗原指数,使用在线工具ABCPred预测B细胞抗原表位,Syfpeithi预测T细胞抗原表位。最后,综合分析B细胞和T细胞共有抗原表位。结果预测白念珠菌细胞壁蛋白Csp37的B细胞表位9个和T细胞表位8个,以及共有的优势抗原表位5个,共同优势区域为:45-48,76-78,153-158,222-225,303-305位氨基酸。结论白念珠菌细胞壁蛋白Csp37含有丰富的抗原表位,具有诱导细胞免疫应答和体液免疫应答的潜能,可以作为疫苗研究的新靶点。     

在抗原提示细胞MHC识别部位置换1个氨基酸能减少过敏原的免疫原性

东京大学农学生命科学研究科应用生命化学专攻教授上野川修一等认为,只置换食品中的致敏蛋白的1个氨基酸残基就能减少免疫原性。特别指定免疫系启动时重要的(抗原提示细胞识别的抗原部位)的氨基酸残基后,利用酵母的基因重组生产置换了其氨基酸残基的蛋白,免疫给小鼠,不能产     

基于分子动力学模拟与分子对接技术的CD47抗原表位预测

本文采用分子模拟技术预测CD47抗体的抗原结合表位及氨基酸残基理化性质,为下一步的抗体结构优化提供参考。使用Discovery Studio对CD47抗体C47B222、C47B161、B6H12.2进行同源建模,并对其结构合理性进行评估与分析。使用GROMACS进行分子动力学模拟,深入分析抗体结构的稳定性以及抗体互补性决定区(complementarity determining region, CDR)中柔性较高的氨基酸区域。最后利用ZDock方法将抗体与抗原分子进行刚性对接,分析抗原结合表位。结果显示,成功构建了CD47抗体C47B222、C47B161、B6H12.2的三维结构,并较为准确地预测了其与抗原的结合表位。该研究通过分子模拟技术,成功分析了CD47抗体C47B222、C47B161、B6H12.2的理化性质与抗原结合表位,为进一步改造和优化抗体结构奠定了理论基础。     

我国四株狂犬病毒糖蛋白基因序列分析和位点比较

测定我国人用狂犬疫苗株 (aG)、减毒株 (CTN 181)及两株街毒糖蛋白 (GP)基因cDNA的核苷酸序列及推导氨基酸序列。结果两株街毒仅相差两个碱基和一个氨基酸残基 ;两株街毒与CTN的同源性 (85.9% )高于aG株 (81.9% ) ;聚类分析将街毒和固定毒分为两支。比较GP嗜神经位点的氨基酸序列与蛇神经毒素同AChR结合部位高度同源。被认为决定毒力的 333位Arg ,CTN发生了Q替换 ,其它毒株均为Arg333。所比较的毒株均存在 319位糖基化位点 ,此外 37位糖基化位点也相对保守 ;GP两个主要抗原表位 ,GⅡ的氨基酸构成完全一致 ,GⅢ只在一些减毒株中发生与毒力密切相关碱基的替换。     

我国四株狂犬病毒糖蛋白基因序列分析和位点比较

测定我国人用狂犬疫苗株(aG)、减毒株(CTN-181)及两株街毒 糖蛋白(GP)基因cDNA的核苷酸序列及推导氨基酸序列。结果两株街毒仅相差两个碱基和一个氨基酸残基;两株街毒与CTN的同源性(85.9%)高于aG株(81.9%);聚类分析将街毒和固定毒分为两支。比较GP嗜神经位点的氨基酸序列与蛇神经毒素同AChR结合部位高度同源。被认为决定毒力的333位Arg,CTN发生了Q替换,其它毒株均为Arg333。所比较的毒株均存在319位糖基化位点,此外37位糖基化位点也相对保守;GP两个主要抗原表位,GⅡ的氨基酸构成完全一致,GⅢ只在一些减毒株中发生与毒力密切相关碱基的替换。     

尘螨变应原Der f 9、Der p 9和Blo t 9结构与功能的比较研究

使用多种生物信息学工具来预测、比较尘螨变应原Der f 9、Der p 9和Blo t 9的一级、二级、三级结构及抗原表位,找出3种蛋白结构及功能的异同。Der f 9、Der p 9和Blo t 9氨基酸序列一致性为82.07%,都含有3个胰蛋白酶活性位点氨基酸及2个功能结构区特异性序列;二级和三级结构中都由α-螺旋、β-折叠和无规卷曲组成;活性位点氨基酸在三级结构中完全重合,并相互靠近构成蛋白酶的活性中心;主要潜在抗原表位区域都为5个,并在第47-49aa和200-203aa区域出现了重合,但表位重合区的氨基酸种类不完全相同。应用生物信息方法预测和比较了Der f 9、Der p 9和Blo t 9结构与抗原方面的信息,为进一步研究变应原第9组分的生物学功能、疫苗研制奠定了基础。     

腺病毒55型抗原表位分析及评价

目的:筛选腺病毒55型(Ad55)抗原表位,为研制腺病毒免疫诊断试剂提供基础。方法:采用生物信息学方法预测Ad55六邻体、纤突的B细胞抗原表位;利用大肠杆菌优势密码子获得相应基因,插入载体pBVIL-1克隆表达后获得重组Ad55表位抗原;用临床疑似腺病毒呼吸道感染患者血清对重组Ad55表位抗原活性进行检测,用ROC曲线分析重组Ad55抗原的诊断意义;采用ClustalX软件进行多序列比较。结果:Ad55六邻体含有6个主要抗原表位,纤突含有2个主要抗原表位;采用退火延伸法获得上述8种表位基因,片段长度为90~180 bp;获得上述8种重组基因工程抗原,相对分子质量为18×103~21×103;血清学检测的ROC曲线分析显示,270~320、410~460和135~165氨基酸残基抗原表位的AUC面积超过0.75,具有一定的诊断意义(P0.05);序列比较结果显示,上述3种抗原表位与腺病毒11型序列高度同源,与3型存在较大差异。结论:获得了3个Ad55主要抗原,对研制通用性呼吸道传播腺病毒免疫诊断试剂具有一定的意义。     

SARS 冠状病毒 S 蛋白受体结合结构域的表达及其表位作图

严重急性呼吸综合征 (SARS) 是一种新出现的人类传染病,该病的病原是 SARS 冠状病毒 (SARS-CoV). S 蛋白是 SARS 冠状病毒的一种主要结构蛋白,它在病毒与宿主细胞受体结合以及诱导机体产生中和抗体中起重要作用 . 研究表明 S 蛋白与受体结合的核心区域为第 318 ~ 510 氨基酸残基的片段 . 首先克隆并用 pGEX-6p-1 载体融合表达了该受体结合结构域,并且通过蛋白质印迹分析表明,该受体结合结构域融合蛋白能被 SARS 康复患者血清和 S 蛋白特异的单克隆抗体所识别 . 为了对这一区域进行抗原表位作图,进一步设计了一套 23 个覆盖受体结合结构域的长 16 个氨基酸残基的部分重叠短肽,并进行了 GST 融合表达 . 用免疫动物血清和单克隆抗体 D3D1 对 23 个融合蛋白进行蛋白质印迹和 ELISA 免疫反应性分析,结果鉴定出两个抗原表位 SRBD3(F334PSVYAWERKKISNCV349) 和表位 D3D1 (K447LRPFERDI455). 其结果对进一步分析 S 蛋白结构与功能以及诊断试剂和基因工程疫苗的研究有一定意义 .