蛋白质结构预测的理论方法及阶段

一直以来,蛋白质结构预测都是人们研究的焦点,综述了蛋白质结构预测的几种理论方法和不同阶段。     

利用穗粒结构对水稻产量的拟合及预测

文章首先讨论了模型的拟合效果和预测效果的区别,给出了相应的估算方法,同时也讨论了抽样观测值大小对预测精度的影响,并结合实例说明如何从一组模型中选择一预测效果最好的模型．对1992年中国水稻研究所富阳实验基地和绍兴县测产样本点的数据,得到预测效果较好的模型为：产量预测值=理论产量 线性纠正估计,其中线性纠正的形式对两组数据略有不同．     

细菌sRNA基因及其靶标预测研究进展

摘要：细菌sRNA是一类长度在40～500 nt之间的非编码RNA,主要以不完全碱基配对方式与靶标mRNA5′端相互作用进而发挥其生物学功能。鉴于预测方法可以为细菌sRNA及其靶标的实验发现提供指导,因此,细菌sRNA与靶标预测研究受到了广泛重视。文章首先将sRNA预测方法分为3类,分别是基于比较基因组学的预测方法、基于转录单元的预测方法和基于机器学习的预测方法;其次,将sRNA靶标预测方法分为2类,分别是序列比较方法与基于RNA二级结构的预测方法;最后对各类方法的原理、核心思想、优点和局限性进行了分析,并探讨了进一步的发展方向。     

东亚飞蝗Locustamigratoriamanilensis(Meyen)预测预报研究进展

本文对东亚飞蝗的分布及为害进行了简要介绍 ,并对其预测预报研究进展作了全面的总结 ,最后对今后预测预报工作进行了展望。本文认为今后对东亚飞蝗的预测预报分析应紧密结合环境条件的变化 ,应用空间相关分析方法对种群发生规律进行探讨 ,并利用时空分析的结果进行种群空间分布的估计与预测。系统科学理论与技术的应用将会进一步完善现行的东亚飞蝗预测预报方法 ,对我国东亚飞蝗的测报工作产生积极的影响。     

蛋白质结构预测研究进展

蛋白质结构预测是生物信息学当前的主要挑战之一.按照蛋白质结构预测对PDB数据 库信息的依赖程度,可以将其划分成两类:模板依赖模型和从头预测方法.其中模板依赖模 型又可以分为同源模型与穿线法.本文介绍了各种预测方法主要步骤,分析了制约各种方法 的瓶颈,及其研究进展.同源模型所取得的结构精度较高,但其对模板依赖性强;用于低同 源性的穿线法是模板依赖的模型重要的研究方向;从头预测法中统计学函数与物理函数的综 合使用取得了很好的效果,但是对于超过150个残基的片段,依然是巨大的挑战.     

用模式识别方法预测膜蛋白RC、BR和RH的二级结构

膜蛋白的结构预测在目前比较困难.本文利用已建立的模式识别方法预测了三个典型的膜蛋白RC,BR和RH的二级结构,预测结果与实验资料的符合率与该方法用于球蛋白时的结果相仿,是成功的.本文进一步完善了模式识别预测蛋白质二级结构的方法.建立了针对球蛋白二级结构预测的多分类方法,预测精度大于60%.事实证明这是一种较好的结构预测方法,鉴于目前国内外运用模式识别方法进行结构预测研究的还不多见,我们拟进一步发展完善这一方法.     

气候变化对我国红松要地理分布影响的研究

在红松林地理分布规律研究的基础上,应用地理信息系统ＩＤＲＩＳＩ和专门计算机软件－生态信息系统ＧＲＥＥＮ,找出适宜红松林分布的地理气候参数区间,并以此确定了红松式适宜分布区,在此基础上,根据全球气候预测模型ＧＣＭ。预测的２０３０年的气候变化结果,就气候变化对我国红松林地理分布的影响进行了预测。结果表明：到２０３０年的气候变化结果,就气候变化对我国红松林地理分布的可能影响进行了预测。结果表明：到２０３     

蛋白质二级结构预测服务器PSRSM

蛋白质二级结构预测是蛋白质结构研究的一个重要环节,大量的新预测方法被提出的同时,也不断有新的蛋白质二级结构预测服务器出现。试验选取7种目前常用的蛋白质二级结构预测服务器:PSRSM、SPOT-1D、MUFOLD、Spider3、RaptorX,Psipred和Jpred4,对它们进行了使用方法的介绍和预测效果的评估。随机选取了PDB在2018年8月至11月份发布的180条蛋白质作为测试集,评估角度为:Q3、Sov、边界识别率、内部识别率、转角C识别率,折叠E识别率和螺旋H识别率七种角度。上述服务器180条测试数据的Q3结果分别为:89.96%、88.18%、86.74%、85.77%、83.61%,79.72%和78.29%。结果表明PSRSM的预测结果最好。180条测试集中,以同源性30%,40%,70%分类的实验结果中,PSRSM的Q3结果分别为:89.49%、90.53%、89.87%,均优于其他服务器。实验结果表明,蛋白质二级结构预测可从结合多种深度学习方法以及使用大数据训练模型方向做进一步的研究。     

一般增长曲线模型中的条件最优预测

研究了线性约束条件下的一般增长曲线模型中一类线性可预测变量和Φ-线性可预测变量的最优预测问题,分别得到了条件最优线性无偏预测和条件最优Φ-线性无偏预测,并证明了它们在几乎处处意义下的唯一性.     

B细胞表位预测方法研究进展

B细胞抗原表位预测方法的研究对基础免疫学的研究及实际应用有着重要的意义。本文归纳了理论预测B细胞表位的常用方法,并对目前预测B细胞表位方法存在的问题进行了分析。     

辽西地区春播期间水分状况预测的研究

运用方差分析原理,对喀左试验区３０余年春播期间降水资料进行了分析,结果发现该期间的降水量存在着１４年及１０年变化周期,在此基础上,对试验区１９９２－２０００年春播期间和降水量进行了预测,经过１９９２年和１９９３年实际验证,预测值与实测值基本吻合,相对误差＜９％,根据降水是预测和秋收后土层有效储水量,给出了春播时期土壤水分预测数学模型,并讨论了适于春播条件的土壤分指标。     

神经网络在蛋白质二级结构预测中的应用

介绍了蛋白质二级结构预测的研究意义,讨论了用在蛋白质二级结构预测方面的神经网络设计问题,并且较详尽地评述了近些年来用神经网络方法在蛋白质二级结构预测中的主要工作进展情况,展望了蛋白质结构预测的前景。     

SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测

通过对有关SARS—Cov文献的调研,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗,对SARS—CoV(BJ01)重新进行了基因预测和功能推测。比较12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣,选用Heuristic models、Gene Identification、ZCURVE—CoV和ORF FINDER4种较好的方法来预测基因,然后运用AT—Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则,同时搜索转录调控序列,以提高基因预测的准确性。共预测出34个ORF,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的13个,得到21个大于50个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质,运用ProtParam分析它们的物理化学特征,用SignaIP分析蛋白是否有信号肽,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体,以提高基因功能推测的可靠性。根据4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别,将21个可能的新基因按出现可能性分为4类。同时对结果进行了讨论。     

拓扑预测阀值ξi的确定及广西八角丰歉年预测

本文将灰色系统理论中拓扑预测的阀值ξi从一常量延伸为一变量,使拓扑预测的功能得到拓广,并利用拓广后的方法对广西八角产量的大小年作了预测,并获得较高的精度。     

斜纹夜蛾发生期预测预报的探讨——有效积温预测法

根据斜纹夜蛾发育起点温度和有效积温,探讨了斜纹夜蛾发生期预测方法。结果表明,田间斜纹夜蛾发生高峰期与预测的日期基本吻合。     

蛋白质结构预测进展

蛋白质的序列决定结构,结构决定功能。新一代准确的蛋白质结构预测工具为结构生物学、结构生物信息学、药物研发和生命科学等许多领域带来了全新的机遇与挑战,单链蛋白质结构预测的准确率达到与试验方法相媲美的水平。本综述概述了蛋白质结构预测领域的理论基础、发展历程与最新进展,讨论了大量预测的蛋白质结构和基于人工智能的方法如何影响实验结构生物学,最后,分析了当前蛋白质结构预测领域仍未解决的问题以及未来的研究方向。     

非正态分布预测模型误差的估计

提出了模型预测误差在其分布为非正态分布时的区间估计方法,研究了模型预测误差的估计问题,给出了应用实例.     

昆虫种群动态时空回归预测方法及应用研究

根据昆虫种群内个体空间相互作用的特点,提出分析昆虫种群时空相关的三维相关图方法及种群动态预测的时空混合回归模型,对马尾松毛虫幼虫密切分布的预测采用了时空自回归加空趋势面的形式,预测的马尾松毛虫幼虫的平均密度和实测的平均密度在时空变化的趋势上是完全一致的,而且预测结果给出了马尾松毛虫的幼虫密度分布的图形形式,给防治决策提供了方便。     

B细胞表位的计算机预测

B细胞表位预测对于多种免疫学研究是必不可少的重要工具.本文概括了计算机预测B细胞表位的现状,汇总了多种表位预测工具及其原理和应用,介绍了一些用于建立与评价预测工具的数据库和数据集,对各类预测工具和数据库的特点和网址进行整理列表.另外,还分析了B细胞表位预测领域存在的问题,并对其未来发展提出了建议.     

30年来我国棉铃虫预测预报的进展

在棉铃虫Helicoverpaarmigera（Huber）综合治理中,预测预报具有十分重要的作用。我国的棉铃虫预测预报事业,长期以来受到国家和各级政府的重视,拨出专款支持其发展。可为全国和各生态区的棉铃虫治理,提供重要的虫情和信息资料。1我国棉铃虫预测预报体系农业部设农作物病虫测报站,负责全国主要农作物病虫测报和测报管理工作。1980～1992年,农业部在全国重点棉区设立了37个棉铃虫区域性测报站。1992年后,扩大至70多个。连同各省、地、县设立的一般性棉铃虫测报站,以及在县级以下设立的乡、镇、村的棉铃虫测报点、查虫员,形成了一个…