利用优化的反向PCR策略高效构建多位点突变体

蛋白质的突变体是研究其结构和功能的基础,文中旨在建立一种高效、快捷的多位点突变体构建方法。当要突变4个及以上相邻的氨基酸残基时,设计两长两短(长引物Ⅰ/Ⅰ、短引物Ⅱ/Ⅱ) 4条引物:长引物包含突变位点,且突变碱基数≤20 bp,短引物不包含突变位点;两条引物的GC含量≤80%、退火温度之差≤40℃,分别以Ⅰ/Ⅱ和Ⅰ/Ⅱ两对引物和模板进行两组反向PCR扩增。扩增后各体系均可得到含有突变位点的非甲基化线性质粒,且以Ⅰ/Ⅱ和Ⅰ/Ⅱ为引物扩增得到的两组线性质粒的断开位点分布在突变位点两侧。用DpnⅠ酶切回收后等摩尔比混合的PCR产物除去甲基化模板,再进行一轮变性和退火处理,两组线性质粒在95℃变性后互相以来自对方的单链DNA为模板退火形成开环质粒,转化大肠杆菌感受态细胞即可得到包含突变位点的转化子。结果表明,该方法可同时突变4–11个连续氨基酸残基(8–20 bp,将大幅简化多位点突变体的构建,从而进一步提高蛋白质结构和功能研究的效率。     

一种快速构建基因多个点突变体方法的建立

蛋白质内部多个位点的翻译后修饰在基因的功能调节过程中发挥重要作用,基因的点突变体在其结构和功能研究中发挥非常关键的作用,因此,高效、快速构建基因的多个点突变体在基因的功能研究中意义重大．本研究在建立了对目的基因进行高效准确的单点突变方法的基础上,以SRrp53点突变体的构建为例,设计了新型的以反向PCR为基础的多个点突变的实验流程,获得的多位点突变体质粒经测序后均与预期相符,将测序正确的多位点突变体质粒转染293T细胞后,均表达了分子质量正确的蛋白质．以上结果表明,该实验设计方案能够高效、方便地用于基因多个点突变体的构建,为进一步研究它们的分子功能打下了基础．     

改进的反向PCR技术克隆转移基因的旁侧序列

对传统的反向PCR技术作了一些改进：用巢式PCR扩增含量极少的靶序列;PCR反应体系中加入5%的甲酰胺以减少非特异性扩增.结果表明,改进的反向PCR体系是克隆人基因组已知片段旁侧序列的高度灵敏、高度特异的方法.     

PCR－SSCP技术在基因点突变检测中的几种策略

ＰＣＲ－ＳＳＣＰ技术在基因点突变检测中的几种策略王吉伟,罗赛群（湖南医科大学分子生物学研究中心,长沙４１００７８）关键词ＰＣＲ－ＳＳＣＰ,点突变检测基因点突变的检测对于分子种群生物学的研究、遗传性疾病预测及分子水平的临床诊断等颇具实用价值。在众多的测...     

优化重叠PCR法进行单链抗体基因扩增和点突变

利用重叠PCR技术扩增单链抗体基因或位点突变是抗体文库构建或稳定表达的关键和难点,国内外文献未见其方法学的系统报道.以不同VH、VL和Linker基因为拼接模板进行重叠PCR,针对影响重叠PCR扩增的拼接类型,引物设计,反应条件等进行优化.结果表明两段重叠连接比三段更容易实现,且扩增效果好;引物的互补序列长度一般应大于15 bp,且在18～24 bp 时扩增效果最好;退火温度在52～60℃,Mg2+浓度在1.5～2.5 mM时对拼接的效果影响较小;直接或间接使用拼接模板均可以实现重叠PCR的扩增.利用优化策略,首次构建了抗除虫菊酯的scFv基因文库并引入抗XAC糖蛋白scFv基因的点突变,为除虫菊酯抗体文库构建和抗XAC重组抗体的稳定表达奠定了基础.     

一种检测细胞微量点突变的方法——等位基因特异的PCR

为了灵敏、方便地检测出细胞群体中含量极低的点突变,利用一β珠蛋白基因簇Gγ -202 C→G突变的杂合细胞株,优化传统的等位基因特异PCR的反应条件,以定量的PCR产物为模板,在含5%甲酰胺的体系中用半巢式的等位基因特异引物进行扩增.结果表明,该方法灵敏可靠,可快速检测到细胞群体中低于0.025%的点突变.     

利用反向PCR方法扩增细菌热激蛋白HSP60基因

利用PCR简并引物扩增出HSP6 0基因中一段约 6 0 0bp的核心片段 ,将该核心片段标记为探针 ,与基因组DNA进行Southern杂交 ,选择出适宜的限制性内切酶 ,以便消化基因组DNA得到大小合适的、含有HSP6 0基因的酶切片段。将酶切片段自身环化后作为模板进行反向PCR ,引物的延伸方向自核心片段出发延环化分子向未知序列区进行 ,可扩增出核心区上下游的序列。应用该方法 ,扩增并测定了寓齿双歧杆菌 (Bifidobacteriumdenticolens)DSM1 0 1 0 5 T、奇异双歧杆菌 (Bifidobacteriuminopinatum)DSM1 0 1 0 7T 和阴道加德纳氏菌 (Gard nerellavaginalis)ATCC1 40 1 8T 的HSP6 0全基因序列及青春双歧杆菌 (Bifidobacteriumadolescentis)JCM1 2 75 T98%以上的HSP6 0全基因序列。结果表明 ,反向PCR方法可有效的扩增细菌HSP6 0基因     

高灵敏度电化学发光PCR方法检测基因点突变研究

近年来发展了一种用于定量检测基因点突变的电化学发光PCR方法。该法采用三联吡啶钌标记的上游引物和生物素标记的下游引物对待测基因进行PCR扩增;随后,采用特定的限制性内切酶对扩增产物进行酶切,由于野生型样品和突变型样品间存在酶切位点的变化,其中只有一种基因型样品能被切断;通过生物素与链霉亲和素包被的磁珠连接,将生物素标记的DNA片段收集到样品池中;进行电化学发光检测,通过所得信号的有无可以判断其基因型。我们分别将该法用于Presenilin-1基因和H-ras癌基因的点突变检测,结果均可明显区分突变型样品和野生型样品。该法具有灵敏、快速、简便、安全等优点,是一种实用的基因点突变检测方法。     

猪雌激素受体基因（ESR）点突变的PCR－SSCP检测

雌激素受体基因(ESR)是控制猪高产仔数的主效基因之一,具有明显的基因效应:BB型比AA型母猪胎总产仔数和产活仔数分别高出1.40～3.37和0.63～3.58头,是目前商品猪育种和生产中重点检测的主要基因之一。常规采用PCR－RFLPs方法区分该基因由点突变造成的3种不同的基因型。本研究建立1种基于PCR的SSCP(single－stranded conformation polymorphism)方法对猪ESR该位置的点突变进行检测,具有操作简便、灵敏度高和不需要酶切等优点,可以在育种实践中广泛应用。 Abstract:ESR is a major gene controlling litter size in swine.The sows of BB genotype produce 1.40～3.37 more piglets of the total number born and 1.07～2.40 piglets of the number born alive respectively comparing with those of AA genotype.ESR has been one of the widely detected genes in pig breeding and production.Usually the point mutation of ESR gene was detected by PCR-RFLP approach.The present study established a novel method based on PCR-SSCP,with the advantage of easy maniputation,high sensitivity and no necessity for restriction enzyme digestion.This method may be applied for commercial detection of the point mutation of ESR gene in swine breeding.     

A novel PCR strategy for high-efficiency, automated site-directed mutagenesis

We have developed a novel three-primer, one-step PCR-based method for site-directed mutagenesis. This method takes advantage of the fact that template plasmid DNA cannot be efficiently denatured at its reannealing temperature (T_ra), which is otherwise a troublesome problem in regular PCR. Two flanking primers and one mutagenic primer with different melting temperatures (T_m) are used together in a single PCR tube continuously without any intervention. A single-stranded mutagenic DNA (smDNA) is synthesized utilizing the high T_m mutagenic primer at a high annealing temperature, which prevents the priming of the low T_m primers (i.e. the two flanking primers). A megaprimer is then produced using this smDNA as the template at a denaturing temperature that prevents wild-type template DNA activity. The desired mutant DNA is then obtained by cycling again through these first two steps, resulting in a mutagenic efficiency of 100% in all tested cases. This highly automated method not only eliminates the necessity of any intermediate manipulation and accomplishes the mutagenesis process in a single round of PCR but, most notably, enables complete success of mutagenesis. This novel method is also both cost and time efficient and fully automated.     

基于重叠延伸PCR法的定点突变技术

目的:建立一种高效而经济的定点突变方法。方法:采用重叠延伸PCR定点突变技术,引物设计时引入目的突变,以前两次PCR产物为模板,进行第三次PCR,即可获得突变后的目的DNA片段。将此片段连入pMDTM18-T载体后测序验证突变结果。结果:DNA测序表明,待突变位点已由ATTGG突变为ATTTT。结论:成功实现了目的位点的定点突变,重叠延伸PCR法是一种高效且经济的定点突变方法。     

改进重叠延伸法引入DNA定点突变的新方法

目的：改进重叠延伸PCR法,实现一种引入DNA定点突变的准确简便方法。方法：通过应用不同的扩增酶和反应体系,以重叠延伸PCR的方法产生引入突变位点的DNA片断,然后再亚克隆到载体中。该文以人cyclin D1启动子的NF-κB位点（-39/-30）为例。结果：通过DNA测序证明定点突变成功引入。一次引入4个突变碱基。突变引入率为100%。     

快捷的定点突变效率近100%的大引物PCR方法

报道了一种新的PCR突变方法,它不需要纯化大引物或设计特别的旁侧引物．利用一个诱变引物和两个测序引物(T_m≤58℃)作为旁侧引物．第一轮PCR产物12.5 μl直接加入到50 μl的第二轮PCR反应体系作为模板和大引物,在开始第二轮PCR反应时,增加在68℃退火温度下进行10个循环的不对称PCR,这一步骤大大提高了通过600 bp或800 bp大引物所导致的突变效率．结果表明,该方法的产物能够达到高保真、97%～98%的突变效率和高产率．     

部分扩增与双片段连接相结合制作长基因定点突变

重叠延伸PCR是基因定点突变的主要方法,但是以该方法制作长基因定点突变时,往往遇到难以获得第二轮PCR产物或容易引入新的非预期突变等问题。此时,可先以重叠延伸PCR扩增含突变位点的部分基因片段,再将其连入适当载体获得重组质粒。若该扩增片段两侧的酶切位点在质粒载体上不单一,则可采用双片段连接法构建完整质粒。以制作视网膜母细胞瘤基因S780E定点突变为例,直接以重叠延伸PCR扩增全长基因时未能得到理想的目标产物。故先扩增含点突变的F3片段,再将其与源自原始质粒的F2片段一起连入含F1片段的质粒载体而构建完整质粒。两个筛选出的重组质粒经序列检测完全符合目标突变序列特征,验证了该方案的可行性。该方法作为重叠延伸PCR的补充,可为许多长基因定点突变提供解决方案。