DNA双螺旋模型的建立过程

1953年,两位年轻的科学家——美国的沃森(J.D.Watson)和英国的克里克(F.H.C.Crick)发现了DNA双螺旋结构,这一发现是20世纪生物学的伟大成就之一,有人甚至认为,“在整个生物学史上比之双螺旋的发现,几乎没有更为决定性的突破。”(见迈尔:《生物学思想的发展》第843页)     

“DNA分子双螺旋结构”模型的制作

利用生活中的简易材料,师生共同制作“DNA分子双螺旋结构”模型．在亲身体验中理解DNA分子的组成和结构等知识难点,激发学生的学习热情,培养其动手能力,提高课堂教学效果。     

DNA进化马尔可夫过程模型的评价与推广

本文对ＤＮＡ序列进化过程中核苷酸替代的随机模型进行了评价,对替代速率在时间和空间上不恒定的情形进行了考察和推广。Ｌａｎａｖｅ等（１９８４）曾提出一个模型,宣称对替代的模式未做任何假定,但事实上我们证明它假定替代过程是可逆的。运用２－ｐ、４－ｐ和６－ｐ模型进行的计算表明替代速度在位点间的差异会造成估计的替代数严重偏低,并且替代数越大,偏差也越大。替代模式在位点间的差异也会造成估计值偏低,但偏差不严重     

电离辐射诱导DNA链断裂的动力学研究

通过测试γ射线辐照下超螺旋ｐＢＲ３２２ ＤＮＡ分子单链断裂（ＳＳＢ）,双链剂量效应,得到ＳＳＢ、αＤＳＢ产额与ＤＮＡ现含一定浓度甘露醇的ＤＮＡ溶液体系中,Ｇ（ＳＳＢ）、Ｇ（αＤＳＢ）的例数与ｃ（ＤＮＡ）的倒数成线性关系,并以二级动力学描述了ＤＮＡ和甘露醇分子对．ＯＨ的竞争反应,得到．ＯＨ引起ＳＳαＤＳＢ的速率常数及其效率。     

自制教具“DNA双螺旋结构模型”简介

介绍了一种简单制做DNA双螺旋结构模型的方法,有利于学生更好地了解DNA双螺旋结构的特点和DNA作为遗传物质的特性,激发学生学习的兴趣.     

抗癌药ADM与DNA嵌插复合物的模型化研究

通过对高效抗癌药阿霉素(Adriamycin)与三碱基片段理论DNA受体的嵌插相互作用的快速能量最小化计算,其中包括阿霉素以三种嵌插方式,与两种核酸受体(d(C—GC)和d(T—AT)的相互作用,以理论上论证了大沟平行嵌入方式,即Pigram-Fuller-Hamilton模型为能量最优模型,讨论了非嵌插相互作用在ADM—DNA(3bp)体系最优构象选择上的主导作用,同时,说明了阿霉素的嵌插选择性依赖于嵌插方式.     

用简易材料制作DNA双螺旋结构模型

介绍一种以彩纸和纸盒等简易材料,制作教学用DNA双螺旋结构模型过程.该方法具有用材简单和制作方便的特点,便于在中学教学中推广.学生在制作DNA双螺旋结构模型时,可体验动手制作的过程,深入理解DNA分子双螺旋结构的特点,并了解分工协作的重要性.     

超螺旋DNA的碱变构研究

对超螺旋ＤＮＡ（ＤＮＡＩ）的碱处理产物进行了琼脂糖凝胶电泳,氯化铯－溴化惭锭密度梯度超离心分析,紫外吸收光谱分析和电镜观察,实验结果表明超螺旋ＤＮＡ在碱性环境中的结构改变发生在很窄的ＰＨ范围内（ＰＨ１２．８８－１３．００）。超过ＰＨ临界点的ＣｓＣｌ－ＥＢ密度梯度超离心听高密度区形成稳定的区带。用透射电镜的观察表明碱变构的超螺旋ｐＢＲ３２２ＤＮＡ具有高电子密度并呈中空颗粒状,以上事实表明,ＤＮＡ在高     

基于一种紧束缚模型的DNA电性质分析

DNA的电学性质关系到生命信息静态的存储和动态的释放,因此一直备受关注。在一种紧束缚模型的基础上,研究了DNA的电传输性质,并分析了DNA的导电性的生物意义。在特定的传导距离下,可以利用导电性来分辨基因所在的编码区。     

DNA的振动—内激发—转子模型

本文全面考察了DNA分子链的各种运动自由度,从B型DNA的双螺旋结构出发,建立了DNA的振动动-内激发-转子模型,并由此给出了相应的哈密顿函数、运动方程和孤子解,较为全面地阐明了DNA的动力学特性．     

Strand separation in negatively supercoiled DNA

We consider Benham’s model for strand separation in negatively supercoiled circular DNA, and study denaturation as function of the linking difference density κ<0. We propose a statistical version of this model, based on bayesian segmentation methods of current use in bioinformatics; this leads to new algorithms with priors adapted to supercoiled DNA, taking into account the random nature of the free energies needed to denature base pairs.     

He—Ne激光引起DNA突变的量子模式

根据Lǒwdin提出,在DNA分子中,碱基对之间的氢键体系X—H…y中存在一个对称的双势阱。本文研究了DNA分子受He-Ne激光影响后,使质子在双势阱小的隧道效应极大增加,从而引起了对于激光育种有实用意义的DNA突变。并且提出了He-Ne激光促使DNA突变的量子模式。     

A Statistical Approach to Identify Ancient Template DNA

One of the key problems in the study of ancient DNA is that of authenticating sequences obtained from PCR amplifications of highly degraded samples. Contamination of ancient samples and postmortem damage to endogenous DNA templates are the major obstacles facing researchers in this task. In particular, the authentication of sequences obtained from ancient human remains is thought by many to be rather challenging. We propose a novel approach, based on the c statistic, that can be employed to help identify the sequence motif of an endogenous template, based on a sample of sequences that reflect the nucleotide composition of individual template molecules obtained from ancient tissues (such as cloned products from a PCR amplification). The c statistic exploits as information the most common form of postmortem damage observed among clone sequences in ancient DNA studies, namely, lesion-induced substitutions caused by cytosine deamination events. Analyses of simulated sets of templates with miscoding lesions and real sets of clone sequences from the literature indicate that the c-based approach is highly effective in identifying endogenous sequence motifs, even when they are not present among the sampled clones. The proposed approach is likely to be of general use to researchers working with DNA from ancient tissues, particularly from human remains, where authentication of results has been most challenging. [Reviewing Editor: Dr. Magnus Nordborg]     

DNA多分子缩合理论模型

在多分子缩合的实验研究基础上,本文以Tanford的递次结合模型为基础,建立了DNA多分子缩合的理论模型.此模型描述了缩合粒子的多分子结合特性,并预测缩合粒子的聚合数分布.模型的理论分布与作者用电镜获得的统计实验分布符合一致.同时,由于一组参量可同时拟合两种不同DNA长度的复曲面分布曲线,因而从理论上阐明缩合粒子的尺度独立于DNA的分子量.此外,还以高斯分布对复曲面的聚合数分布进行了模拟与比较.     

一种快速有效纯化DNA序列分析模板的方法

介绍一种ＤＮＡ序列分析模板的快速、有效的纯化方法。该法对ＤＮＡ模板的回收率可达９５％以上。多次测序结果表明,此法与其他常规纯化方法相比,具有简便、快速、有效、可靠等优点,其测序结果电泳带清晰,无模糊带及“鬼带”出现,重复性及稳定性较好。     

DNA水平自然选择作用的检测

上个世纪60年代,Kimura提出的“中性进化”假说使经典的达尔文自然选择学说遭遇了前所未有的挑战。但新近的研究表明：在DNA水平,越来越多的证据支持“自然选择”的进化理论。这些研究成果得益于近年来大量群体和基因组DNA数据的积累,以及理论群体遗传学的发展。在DNA水平检测选择作用是否存在的方法包括两大类：种内多态性检验和种间差异度检验。前者以Tajima(1989)提出的D检验为代表,后者大都基于“中性条件下,种内与种间进化速率一致”的原理。这些方法以中性假说作为零假设,结合统计检验方法分析DNA数据,被称为“中性检验”。这些方法对于解决一些有关进化的基础理论问题和人类遗传学及生物信息学的深入研究都具有重要意义。本文介绍几个应用广泛的检测方法,以使国内的读者了解它们的基本思路和操作方法。     

中国鸟类的DNA分类及系统发育研究概述

鸟类分类是鸟类学其他研究领域的基础,近年来分子技术的发展,以及计算机技术的应用为鸟类分类学和鸟类系统演化研究提供了新的研究手段,给传统的系统分类研究带来了新的机遇.Tautz等于2002年首先提出运用DNA序列作为生物分类系统的主要平台,即DNA分类学(DNA Taxonomy).而Hebert等于2003年则首次提出了DNA条形码(DNA Barcoding)的概念,并对其物种分类和鉴定意义予以肯定,建议利用线粒体细胞色素C氧化酶亚单位Ⅰ(COI)的特定区段来做DNA条形编码的基础.在鸟类DNA分类方面,国内学者应用线粒体基因Cut b,COI,c-mos,c-myc,12s rRNA,16s rRNA,ND2,ND3,CR,RAG-1以及核基因myoglobin introⅡ等不同片段对很多类群进行了分类探讨和系统发育研究.但是主要集中在鸡形目及雀形目鸟类.中国是鸟类多样性极其丰富的国家,近年来很多亚种、种及以上分类阶元依然存在问题,因此,中国鸟类物种的分类地位、系统发育与演化关系等依然有很多问题等待深入研究.目前国内基于COI的鸟类分类及系统发育研究有了一些报道,但是真正的DNA条形码工作尚需继续、深入地开展.     

DNA拓扑异构酶Ⅰ生物学活性的比较研究

测定了3T3细胞、人和大鼠一些组织中DNA拓扑异构酶Ⅰ的活性;估计了核酸内切酶对拓扑酶Ⅰ松弛活性测定的干扰程度;发现增殖组织全细胞抽提液中酶比活高于正常分化组织,而且在异常增殖组织中酶比活的增高更为显著。     

Estimation of hominoid phylogeny from a DNA hybridization data set

Summary Analysis of the expanded data set of Sibley and Ahlquist (1987) on primate phylogeny using a maximum likelihood mixed model analysis of variance method shows that there is significant evidence for resolving theHomo-Pan-Gorilla trifurcation in favor of aHomo-Pan clade. The resulting tree is close to that estimated by Sibley and Ahlquist (1984). The mixed model can be used to test a number of hypotheses about the existence of components of variance and the linearity of the relationship between branch length and expected distance. No evidence is found that there is a variance component for extract, or for the individual from which the extract was taken. A variance component for experiment does seem to exist, presumably arising as a result of error of measurement of the common standard from which all values in the same experiment were substracted. There is significant evidence that the relationship between total branch length between species and their expected distances is nonlinear, or else that the measurement error on larger distances is greater than on smaller ones. Allowing for the nonlinearity might cause one to infer the time of distant common ancestors as less remote than the measured hybridization values would imply if used directly.