银染RD-PCR方法分离基因片段

从正常培养的SH-SY5Y细胞中提取总RNA,经oligo(dT)纤维素柱纯化分离出mRNA,然后以oligo(dT18)为锚定引物反转录生成单链cDNA再以此为模板合成DNA的第二条链;将双链DNA经Sau3AI酶切之后,接上接头,经通用引物和选择性引物进行扩增;采用5%非变性PAGE胶电泳分离后,用银染的方法显示DNA条带;在直视下回收DNA带,经过扩增后克隆入pMD18-T载体中并鉴定。结果建立了非放射性同位素的银染RD-PCR方法,用于分离基因片段。     

芯片杂交中核酸靶样品的制备优化

样品来源、基因含量、检测方法和分析目的的不同,采用的核酸分离、扩增和标记方法各异。核酸样品制备条件的优化处理主要包括核改的单链化处理,片段化和标记方法。根据具体情况选用合适的处理方法,可显提高基因芯片检测的特异性和重现性。     

利用基因芯片对一高保守基因进行肿瘤相关分析

本对大规模人类cDNA测序过程中获得的一条高保守基因进行了初步功能研究,生物信息学研究发现该基因在人类、小鼠、果蝇、拟南芥和裂殖酶母中都有很高的保守性,其他分析预测该基因可能具有肿瘤相关性。RT－PCR分析表明,该基因在成人和胎儿组织中广泛谱表达。利用基因芯片分析该基因在7例肝癌、5例胰腺癌、2例喉癌和2例肺癌中表达情况,结果证实了该基因的肿瘤相关性,并且提示该基因在不同类型中可能处于不同的地位。     

基因芯片技术在新基因发现中的应用

基因芯片技术是20世纪90年代中期在生命科学领域中发展起来的一种分子生物学新兴技术,是多学科的交叉融合。简要概述了基因芯片技术的产生、原理、特点、制作方法和类型,及其在新基因发现中的应用。     

基因芯片制备方法研究进展

基因芯片是融微电子学、生命科学和物理学为一体的技术,目前广泛应用于疾病的基因诊断、基因表达研究、基因组研究、发现新基因以及病原体的诊断,具有广阔的应用前景。基因芯片的制备主要可分为原位合成、合成后交联二种方法。本文综述了基因芯片的制备方法分析了各自的优缺点。     

应用RD-PCR技术制备HIV基因芯片探针

利用限制性显示 (RD PCR)技术快速分离HIV 1基因片段制备DNA芯片探针 .以Sau3AⅠ酶切HIV基因 ,得到许多大小适合芯片的限制性酶切片段 .然后在片段两端接上接头 ,根据酶切位点、接头的序列设计通用引物 .在该通用引物的 3′端分别延伸一个碱基后 ,通过引物间的两两组合 ,将PCR反应分成 10个亚组 .纯化各组PCR产物 ,克隆到T载体上 .阳性克隆经鉴定、扩大培养后提取质粒 .以质粒为模板扩增靶片段并进行序列分析 .每个亚型得到了十几个 10 0～ 10 0 0bp的HIV基因片段 .研究表明 ,RD PCR技术是一种有效的快速制备基因芯片探针的方法     

斑茅两个看家基因片段的克隆及其在基因芯片中的应用

根据已发表的同源基因序列,利用RT-PCR技术分离了斑茅(Erianthus arundinaceus)的GAPDH和APRT两个看家基因片段,用它们作为cDNA芯片阳性参照,以未经聚乙二醇(PEG)胁迫处理的斑茅叶片为对照,和PEG胁迫的4组材料同cDNA芯片进行杂交分析。杂交结果显示,GAPDH杂交的Cy5与Cy3平均信噪比(Signal/Noise,S/N)分别为56.12和60.8,APRT杂交的Cy5与Cy3平均信噪比分别为51.06和47.25,信噪比均很高;同时两个看家基因的杂交都显示出极强的信号,其中GAPDH的杂交信号值大于10000,APRT也在8000以上,杂交结果可靠。分析了PEG胁迫4个时段BADH与两个看家基因的表达,BADH的表达有明显变化,而看家基因表达均较稳定。上述结果表明所克隆的两个看家基因在斑茅中表达量高,且PEG胁迫下表达较为稳定,是基因芯片理想的阳性参照。     

基因芯片技术在病毒学研究中的应用现状

随着科学技术的迅猛发展,生命科学研究正由结构基因组时代逐渐转向功能基因组时代.到目前为止,已有600多株病毒、100多种细菌和真菌的全基因组被破译,人类和多种动植物基因组计划也相继完成.现有的大量的基因组信息为研究不同基因在生命过程中所扮演的角色提供了可能.但是由于传统的技术已不能适应处理如此巨大信息的需要,建立新型研究分析方法显得尤为迫切.被美国科学促进会列为1998年度自然科学领域十大进展之一的基因芯片技术正是在这种需求下得到了飞速发展.     

用基因芯片结合荧光差异显示—PCR筛选和识别胃腺癌转移相关的基因

使用来源于同一个胃腺癌病人的原发灶RF－1（ATCC编号：CRL－1864）和转移灶RF－48细胞系（ATCC编号,CRL－1863）作为研究肿瘤转移分子机制的模型,RF－1（实验组）和RF－48（对照组）的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5两种荧光染料分别标记到两种细胞的cDNA上,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片（双点4096条基因）进行杂交与扫描,重复2次实验,利用计算机数据处理判断基因是否在上述两种细胞中有表达差异,共筛选出差异表达的基因共138条,其中81条在RF－48细胞中表达明显上调,57条在RF－48细胞中表达显著下调,同时也通过荧光差异显示－PCR（FDD－PCR）技术,克服了45个涉及胃腺癌转移相关基因,包括未被发现的基因3个,在两种筛选方法中都存在差异表达的基因共有7条,对部分可能与肿瘤志移机制有关的差异表达基因的作用进行了分析和讨论,基因芯片技术可高通量,大规模地研究基因表达水平,FDD－PCR技术可克隆出未发现的新基因,二者结合,初步筛选出与转移相关的基因,有助于揭示胃腺癌转移的分子机制。     

基因芯片技术筛选家蝇抗菌肽相关基因

用生物学软件对GenBank中部分昆虫抗菌肽基因编码区保守域设计探针, 用直接点样法将探针点印在特制玻片上构建寡核苷酸(Oligonucleotide, oligo)探针微阵列; 提取诱导后24 h的家蝇三龄幼虫脂肪体总RNA, 逆转录成cDNA并标记上荧光标记物Cy3, 与构建的oligo探针微阵列杂交, 经洗片、扫描处理后进行数据分析。结果在两次重复实验中均检测到有效杂交信号的基因点有15个(不包括阳性对照基因), 为进一步发现其新基因提供了依据。     

纯化探针降低基因芯片杂交结果的背景

研究探针的纯化对基因芯片杂交结果的影响。将乙醇沉淀的探针和用DNA纯化试剂盒纯化的探针分别与基因芯片交,在同等条件下进行杂交后清洗和芯片扫描检测。结果表明,纯化的探针与基因芯片杂交结果的背景低,而未纯化的探针背景强,阳性信号界限比较模糊。运用基因芯片进行基因表达谱研究,要求杂交检测的结果必须低背景。探针的纯化是影响芯片杂交结果的一个重要因素。     

一种高密度基因芯片的优化方法

基因芯片 (ｇｅｎｅｃｈｉｐ) ,又称ＤＮＡ微阵列(ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ) ,是分子生物学和微电子、微机械学科交叉的产物。基因芯片技术将生命科学研究中所涉及的许多不连续的分析过程 ,如探针制备、杂交反应和检测分析等 ,通过采用微电子、微机械等工艺集成到芯片中 ,使之连续化、集成化和微型化。这一技术的成熟和应用将在新世纪里给遗传研究、疾病诊断和治疗、新药发现和环境保护等生命科学相关领域带来一场革命。本文探讨高密度基因芯片的优化技术。1　高密度基因芯片高密度基因芯片是由大量ＤＮＡ或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵…     

基因芯片技术与基因表达谱研究

基因芯片技术是近年来出现的分子生物学与微电子技术相结合的最新DNA分析检测技术,该技术将成为信息科学与生命科学之间的联系纽带,为后基因组时代基因功能的分析提供一种最重要的技术手段,目前基因芯片技术已在基因表达谱等研究中得到广泛应用。     

高密度基因芯片探针布局方法

为了提高基因芯片制备质量和检测的准确性,提出两种基因芯片布局方法,一是分子印章凸点优化布局方法,另一种是基于探针杂交解链温度的梯度场布局方法。利用上述两种方法对所设计的高密度基因芯片进行控针布局实验,结果表明,第一种方法能够使制备基因芯片的分子印章上凸点均匀分布,解决误压印问题,从而提高基因芯片的制备质量;而第二种方法能够使基因芯片上的探针按照杂交解链温度有序地组织起来,从而提高基因芯片对碱基错配的辨别力。     

Coupling gene chip analyses and rat genetic variances in identifying potential target genes that may contribute to neuropathic allodynia development

Genetic factors and nerve injury-induced changes of gene expression in sensory neurons are potential contributors to tactile allodynia, a neuropathic pain state manifested as hypersensitivity to innocuous mechanical stimulation. To uncover genes relevant to neuropathic allodynia, we analyzed gene expression profiles in dorsal root ganglia (DRG) of spinal nerve-ligated Harlan and Holtzman Sprague Dawley rats, strains with different susceptibilities to neuropathic allodynia. Using Affymetrix gene chips, we identified genes showing differential basal-level expression in these strains without injury-induced regulation. Of more than 8000 genes analyzed, less than 180 genes in each strain were regulated after injury, and 19-22% of that was regulated in a strain-specific manner. Importantly, we identified functionally related genes that were co-regulated post injury in one or both strains. In situ hybridization and real-time PCR analyses of a subset of identified genes confirmed the patterns of the microarray data, and the former also demonstrated that injury-induced changes occurred, not only in neurons, but also in non-neuronal cells. Together, our studies provide a global view of injury plasticity in DRG of these rat stains and support a plasticity-based mechanism mediating variations in allodynia susceptibility, thus providing a source for further characterization of neuropathic pain-relevant genes and potential pathways.     

Kras gene codon 12 mutation detection enabled by gold nanoparticles conducted in a nanobioarray chip

This study employs a nanobioarray (NBA) chip for multiple biodetection of single base pair mutations at the Kras gene codon 12. To distinguish between the mutant and wild-type target DNAs, current bioarray methods use high-temperature hybridization of the targets to the allele-specific probes. However, these techniques need prior temperature optimization and become harder to implement in the case of the detection of multiple mutations. We aimed to detect these mutations at a single temperature (room temperature), enabled by the use of gold nanoparticles (AuNPs) on the bioarray created within nanofluidic channels. In this method, a low amount of target oligonucleotides (5 fmol) and polymerase chain reaction (PCR) products (300 pg) were first loaded on the AuNP surface, and then these AuNP-bound targets were introduced into the channels of a polydimethylsiloxane (PDMS) glass chip. The targets hybridized to their complementary probes at the intersection of the target channels to the pre-printed oligonucleotide probe lines on the glass surface, creating a bioarray. Using this technique, fast and high-throughput multiple discrimination of the Kras gene codon 12 were achieved at room temperature using the NBA chip, and the specificity of the method was proved to be as high as that with the temperature stringency method.     

基因芯片技术及其在肿瘤基因组学中的应用

基因芯片又称DNA微阵列,分为cDNA微阵列和寡聚核苷酸微阵列。DNA微阵列技术是探索基因组功能的一种强有力工具。扼要介绍基因芯片、表达谱芯片技术和原理,以及基因芯片技术在肿瘤基因组学中的应用。     

乳腺癌基因芯片数据使用探讨

随着生命科学的迅猛发展,生物信息量的急剧增加,大量基因芯片的实验数据是公开发布在Internet网上的,尤其是学术机构在发表论文时所使用的实验数据都可以免费提供给研究人员下载使用。如何能有效地、正确地利用这些数据资源,特别是在利用数据验证算法、训练模型等问题的研究中,查询和使用基因芯片数据库网上资源便显得非常重要。对与乳腺癌基因芯片有关的数据库的数据查询及使用进行研究和探讨。     

Heterozygous disruption of Flk-1 receptor leads to myocardial ischaemia reperfusion injury in mice: application of affymetrix gene chip analysis

This study addresses an important clinical issue by identifying potential candidates of vascular endothelial growth factor (VEGF) signalling through the Flk-1 receptor that trigger cardioprotective signals under ischaemic stress. Isolated working mouse hearts of both wild-type (WT) and Flk-1(+/-) were subjected to global ischaemia (I) for 30 min. followed by 2 hrs of reperfusion (R). Flk-1(+/-) myocardium displayed almost 50% reduction in Flk-1 mRNA as examined by quantitative real-time RT-PCR at the baseline level. Flk-1(+/-) mouse hearts displayed reduction in left ventricular functional recovery throughout reperfusion (dp/dt 605 versus 884), after 2 hrs (P<0.05). Coronary (1.9 versus 2.4 ml) and aortic flow (AF) (0.16 versus 1.2 ml) were reduced in Flk-1(+/-) after 2 hrs of reperfusion. In addition, increased infarct size (38.4%versus 28.41%, P<0.05) and apoptotic cardiomyocytes (495 versus 213) were observed in Flk-1(+/-) knockout (KO) mice. We also examined whether ischaemic preconditioning (PC), a novel method to induce cardioprotection against ischaemia reperfusion injury, through stimulating the VEGF signalling pathway might function in Flk-1(+/-) mice. We found that knocking down Flk-1 resulted in significant reduction in the cardioprotective effect by PC compared to WT. Affymetrix gene chip analysis demonstrated down-regulation of important genes after IR and preconditioning followed by ischaemia reperfusion in Flk-1(+/-) mice compared to WT. To get insight into the underlying molecular pathways involved in ischaemic PC, we determined the distinct and overlapping biological processes using Ingenuity pathway analysis tool. Independent evidence at the mRNA level supporting the Affymetrix results were validated using real-time RT-PCR for selected down-regulated genes, which are thought to play important roles in cardioprotection after ischaemic insult. In summary, our data indicated for the first time that ischaemic PC modifies genomic responses in heterozygous VEGFR-2/Flk-1 KO mice and abolishes its cardioprotective effect on ischaemic myocardium.