大麻品种遗传多样性的AFLP分析

利用POPGENE 3.2软件对13个不同来源的大麻群体进行遗传多样性分析。结果显示:云南地区的大麻群体具有最高的遗传多样性水平(PPB=88.82%,He=0.3000,I=0.4571),其次为黑龙江群体(PPB=75.66%,He=0.2572,I=0.3897)。13个大麻群体的多态位点百分率(PPB)为92.11%,Nei’s总遗传多样性(Ht)为0.3837,Shannon’s信息指数I=0.5374。群体内遗传多样性(Hs)为0.1640,群体间的遗传分化系数(Gst)为0.5725,总的遗传变异中有57.25%发生在群体间,42.75%发生在群体内。根据Nei’s(1978)的方法计算了13个大麻群体间的遗传距离和遗传一致度。结果显示:各群体间的遗传一致度在0.6556～0.9258之间,其中四川群体和广西群体间具有最高的遗传一致度(0.9258);云南群体与贵州群体和四川群体间遗传一致度分别为0.9196、0.9173。所有群体中甘肃群体和山西群体遗传一致度最低为0.6556,说明大麻种内具有较大的遗传变异。     

用AFLP技术分析四川核桃资源的遗传多样性

 利用AFLP分子标记技术, 运用EcoRⅠ/MseⅠ双酶切组合, 选用多态性高、分辨力强的4对选择性扩增引物组合E32/M48、E33/M61、E35/M61、E33/M62分别对四川省3个野生核桃(Juglans regia)种群和1个野生铁核桃(J. sigillata)种群共46个样品进行遗传多样性分析、居群遗传结构分析及种属关系探讨。结果表明: 1)共扩增出244个遗传位点, 其中146个多态位点, 多态率为59.84%; 核桃群体组和铁核桃群体的多态性百分率分别为55.33%和52.05%, 两个物种遗传多态性水平相当; 核桃群体组所检出的位点平均有效等位基因数Ae、Nei’s基因多样度H、平均Shannon信息指数I分别为1.322 9、0.190 8和0.286 3, 而铁核桃群体分别为1.339 9、0.196 1和0.289 8, 铁核桃群体遗传多样性水平略高于核桃群体。2)群体间特异带及群体间共有带占总扩增带数的15.16%, 其中铁核桃群体特异谱带最多, 群体特异谱带揭示了群体间的遗传差异及相似性。3) Shannon信息指数(I)、Nei’s基因多样性指数(H)和分子方差分析(AMOVA)表明核桃遗传多样性在群体间和群体内的分布分别为14.36%和85.64%、12.6%和87.4%、11.07%和88.93%, 表明群体内的遗传多样性大于群体间的遗传多样性; 核桃群体组与铁核桃群体的变异主要存在于群体组内, 组间的遗传变异仅占总变异的9.35%, 两者间的遗传分化系数Gst为0.093 5, 与AMOVA分析结果一致。4) 4个群体的Nei’s遗传距离在0.038 2～0.069 2之间, 遗传一致度在0.933 2～0.962 5之间, 表现出较高的遗传相似性; 运用Nei’s遗传一致度对供试种群进行了UPGMA聚类, 结果表明核桃的3个群体优先聚类, 大渡河流域群体与甘南地区群体聚类最近。AFLP所检测出的结果既是核桃与铁核桃生物学特性的反映, 又是其各自生态学特性的反映, 该研究结果对核桃种质资源的保护和育种提供一定的理论依据。     

111份大薯种质资源遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP分子标记方法对收集于6省不同地区的111份大薯种质资源进行遗传多样性分析。筛选到的8个AFLP引物组合扩增到1291个位点,其中1286个是多态性位点。利用多态性信息含量(PIC)、标记指数(MI)和解析强度(RP)分析不同引物组合的标记效率,获得引物的PIC平均值为0.22,MI平均值为35.67,RP平均值为50.50,表明引物扩增位点的高多态性和对大薯种质资源具有强辨别能力,其中引物E-AAC/CAG-M(PIC 0.24、MI 38.56、RP 56.35)具有较高的标记效率。111份大薯种质的遗传相似系数(GS)在0.30~0.82之间,平均为0.58,表明大薯种质资源的遗传相似性较低。采用UPGMA对大薯种质进行聚类分析,遗传相似系数在0.54时,111份材料被划分为4个类群和3个单独的分支,不同地区来源的大薯材料在聚类图中没有明显界限。     

辽东湾斑海豹遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP标记技术对辽东湾斑海豹的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物对斑海豹3个群体(按不同采样年份分类)43个个体扩增共得到241个位点,3个群体内的多态位点比例为80.45%～95.85%,总多态位点比例为99.59%。群体的香农(Shannon)多样性指数为0.3817～0.4716,群体间的遗传距离在0.1742～0.4023之间。2007年群体的多态位点比例、Shannon多样性指数均高于2006年群体,2005年群体处于中等水平。用NTSYS软件进行个体聚类及UPGMA方法构建的群体系统树,发现3个群体的个体基本随机聚到一起,界限不十分明显,说明3年的群体差异不明显,甚至可以认为它们是混合群体。结果表明,斑海豹群体遗传多样性水平较低,遗传结构趋于简单化,且存在较强的基因交流。     

利用AFLP标记鉴定小豆种质遗传多样性

利用11对AFLP引物对106份小豆种质的基因组DNA进行扩增,共扩增出603条清晰可辨的带型,其中208条具有多态性,比例为34．5％,平均每对引物扩增出18．9条多态性带。基于AFLP标记,把106份小豆种质聚类划分为4个组群,该组群的划分与小豆的生态地域性存在一定的相关性。     

兰属14种植物遗传多样性RAPD及AFLP分析

用RAPD和AFLP技术分析了14种兰属植物的遗传多样性.RAPD筛选出12个随机引物和AFLP 3对选择性引物组合均扩增出了丰富的多态性片段.分析结果按UPGMA类平均法进行聚类,所得到的RAPD和AFLP聚类结果基本一致,显示建兰与墨兰,寒兰与峨眉春蕙以及大雪兰与独占春之间的亲缘关系最近.     

红豆杉种质资源遗传多样性的AFLP分析

目的：通过对5份红豆杉种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性。方法：采用扩增片段长度多态性（AFLP）标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选了32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析了红豆杉种质间的相似度,构建了遗传系统进化树。结果：（1）SDS法提取的红豆杉基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;（2）从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;（3）构建了红豆杉AFLP指纹图谱,将5个红豆杉种质全部区分开来;（4）通过构建进化树,把5个种质分成3类。结论：红豆杉种质资源有丰富的遗传多样性。     

硬核资源遗传多样性的AFLP分析

为了解云南省硬核[Scleropyrum wallichianum（Wight et Arn.）Arn.]的遗传多样性,采用AFLP标记分析了7个居群84份种质材料的遗传变异。结果表明,从64对引物组合中挑选出多态性较好的引物8对,共扩增出1 728条带,其中多态性条带1 388条,多态性百分率为80.14%。硬核在物种水平的多样性指数分别为Na=1.416,Ne=1.179,H=0.137,I=0.225,在居群水平上分别为H=0.111,I=0.175;在遗传相似性系数为0.52时,这些种质材料可分为3组,其中易武居群具有丰富的遗传变异,大部分的遗传变异存在于居群内,而在0.05置信区间内居群间遗传变异仅为11.5%;居群间的遗传距离和地理距离无显著相关性（r=0.0323,P=0.5820）。因此,硬核资源可采用就地和迁地保护策略,以增加其遗传多样性。     

野生鸭茅种质遗传多样性的AFLP分析

本文应用扩增片段长度多态性（AFLP）技术,从64个引物对中筛选出9个,分别对37份鸭茅种质进行扩增,共得到400条清晰条带。其中多态性带336条,平均多态位点水平为84.0%,表现出较高的多态性。利用NTSYS-pc软件计算种质间的遗传距离,变化范围为0.0692～0.4214。用UPGMA方法进行聚类分析,在遗传相似系数为0.81水平上37份鸭茅种质可分为8个类群。用EIGEN方法进行主坐标分析,建立种质间相互关系的二维图。各种质在二维图中的分布与UPGMA聚类基本吻合。从分子水平分析,鸭茅遗传变异与染色体倍性和地理分布密切相关。     

都支杜鹃遗传多样性的ISSR分析

通过ISSR分子标记对都支杜鹃(Rhododendron shanii)5个居群114个个体的遗传多样性进行了分析。8个引物共检测到69个位点,其中多态位点36个,多态位点百分率 （P） 为52.17%;物种水平的Shannon多样性指数（I）为0.2536,Nei指数（H）为0.1659;居群水平的P、I和H分别平均为32.46%、0.1955和0.1344;Nei’s基因分化系数GST=0.1845,基因流Nm=2.2104;遗传结构的AMOVA分析显示,总的遗传变异中88.3%存在于居群内,11.7%存在于居群间;PCA分析和Splite Tree构建的NJ树均显示居群间分化小;遗传距离与地理距离显著相关。较强的基因流、多年生木本及异交与分布区狭窄等可能是导致都支杜鹃遗传多样性较低的主要原因。目前该种的保护应以就地保护为主,尤其要注意对大居群的保护。     

省沽油群体遗传多样性的AFLP分析

利用4对AFLP引物对来自安徽石台、湖北大悟和河南桐柏的3个省沽油群体进行遗传多样性分析,共扩增出489条带,其中多态性条带460条,多态性百分比为93.99%。不同群体Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)变化范围分别为0.1920～0.2046和0.2937～0.3151,其中湖北大悟群体遗传多样性最高。物种水平和种群水平的H分别为0.2190和0.1964,群体内变异占总变异的89.68%,表明省沽油遗传变异主要存在于各群体内部。3个群体的平均遗传距离为0.0292,UPGMA聚类分析结果说明省沽油各群体间亲缘关系较近并和地域具有相关性。建议省沽油的遗传资源保护应以种内遗传多样性的保护为主。     

利用AFLP标记分析皮燕麦种质资源遗传多样性

用20对AFLP引物对来自于国内外的177份皮燕麦(Avena.sativa L.)资源进行遗传多样性分析,共获得976条清晰条带,其中多态性条带为185条,不同引物的多态性百分率为9.3%～35.9%,平均为19.0%。不同来源组群的Shannon-Weaver多样性指数变化范围为0.19～0.3412,西欧材料最高,其次是北欧(0.3269)、日本(0.3072)、东欧(0.2949)、北美(0.2904)、黑龙江最低。主坐标和UPGMA聚类分析结果基本相同,并与地理来源有很高的一致性。全部材料总体上可分为两类,其中一类全部为国内资源,另一类包含所有国外、内蒙古和青海的材料。国内与国外材料分布相对集中,这表明国内与国外材料亲缘关系较远,交流不是很广泛。而国内不同来源的材料相互交错分布,表明国内皮燕麦资源交流充分,多样性不是很丰富,应加强国外皮燕麦的引种工作。     

利用SSR标记分析云南、西藏和新疆小麦的遗传多样性

用185对SSR引物对52份中国西部特有小麦的遗传多样性进行了研究分析。在31份云南小麦材料中,共检测到488个等位变异,每一个SSR引物可检测到1至9个等位变异,平均为2.64个;平均PIC值为0.2764。在15份西藏小麦材料中,共检测到472个等位变异,每个引物可扩增出1到8个等位变异,平均为2.55个;平均PIC值为0.3082。在6份新疆小麦材料中,共检测到308个等位变异,每一个SSR引物可检测1到5个等位变异,平均为1.66个;平均PIC值为0.1944。185对SSR引物在云南、西藏和新疆小麦的21条染色体、7个部分同源群和3个染色体组上检测到的等位位点的多态性存在明显差异。云南、西藏和新疆小麦均以3B染色体较高,而1D染色体最低;在7个部分同源群中,均以第三部分同源群最高,第六部分同源群最低;在A、B和D染色体组上,均以B染色体组最高,D染色体组最低,A染色体组居中。利用185对SSR引物计算了云南、西藏和新疆小麦群体内及其群体间的遗传距离(GD)和平均遗传距离,结果显示,西藏小麦和云南小麦群体内的平均遗传距离要高于新疆小麦,而云南小麦和西藏小麦间的平均遗传距离低于两者与新疆小麦的平均遗传距离。聚类分析结果也表明,云南小麦和西藏小麦的亲缘关系较近,但两者与新疆小麦的亲缘关系相对较远。     

中国石榴栽培群体遗传多样性的荧光AFLP分析

以中国山东、安徽、陕西、河南、云南和新疆6个栽培石榴群体的85个品种类型为试材,利用荧光标记AFLP对中国石榴群体遗传多样性进行了研究。结果表明：8对引物组合在种级水平扩增的多态性位点数范围从135～185个不等,平均为158.25个,多态位点百分比范围为62.5%～86.11%,平均为73.26%,说明中国石榴品种遗传多样性较为丰富;石榴品种种级水平遗传多样性大于群体水平,6个群体的遗传多样性依次为河南群体〉新疆群体〉陕西群体〉安徽群体〉山东群体〉云南群体,并且具有显著性差异;群体间的遗传分化系数GST为0.2018,说明石榴遗传变异主要存在群体内,群体间的遗传变异占总变异的20.18%,根据基因分化系数,测得的基因流Nm为1.9027,说明中国石榴群体间存在适当的基因交流;UPGMA聚类分析结果表明,同一群体的大部分品种都聚在一起,但同时存在部分基因交流。所有遗传参数表明,中国石榴栽培品种遗传多样性较为丰富,其中河南群体遗传多样性显著高于其他群体,在中国石榴品种选育中具有更为广阔的应用前景。     

应用AFLP技术对不同山羊种群进行遗传多样性检测的方法初探

7种不同山羊品种或种群的基因组DNA经限制性内切酶酶切 ,连接特异性接头 ,用 5条人工设计的与接头序列相识别的AFLP选择性引物 ,进行AFLP -PCR扩增 ,以琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果。不同山羊种群基因组DNA的扩增结果具有差异。从而得出结论 :AFLP技术是一种适宜于山羊的遗传检测方法。     

硬核资源遗传多样性的AFLP分析（英文）

为了解云南省硬核[Scleropyrum wallichianum (Wight et Arn.) Arn.]的遗传多样性,采用AFLP标记分析了7个居群84份种质材料的遗传变异。结果表明,从64对引物组合中挑选出多态性较好的引物8对,共扩增出1 728条带,其中多态性条带1 388条,多态性百分率为80.14%。硬核在物种水平的多样性指数分别为Na=1.416, Ne=1.179, H=0.137, I=0.225,在居群水平上分别为H=0.111,I=0.175;在遗传相似性系数为0.52时,这些种质材料可分为3组,其中易武居群具有丰富的遗传变异,大部分的遗传变异存在于居群内,而在0.05置信区间内居群间遗传变异仅为11.5%;居群间的遗传距离和地理距离无显著相关性(r=0.0323, P=0.5820)。因此,硬核资源可采用就地和迁地保护策略,以增加其遗传多样性。     

中国二化螟不同地理种群的AFLP遗传分析

利用AFLP标记对中国11省13个二化螟Chilo suppressalis(Walker)地理种群进行遗传多态性分析,以揭示不同区域种群间遗传分化,为建立较准确的二化螟发生区划及区域治理对策提供新的依据。选取3对引物,共扩增出445个位点,其中多态性位点数为386,多态性比率为86.8%。种群间分化系数(Gst)为0.74,基因流仅为0.176;13个地理种群间遗传一致度较高,均大于0.67。遗传距离聚类分析表明,二化螟13个地理种群可区分为4类,其中淮北平原类(赣榆、阜宁、阜南)、东南山区类(鄞县、闽侯)、荆湘川类(荆州、邵阳、德阳)三类种群分别具有较一致的地理气候特征或相对较近的距离。研究还表明,与其他测试种群的遗传距离普遍较大、相对孤立的地理种群,其聚类结果有一定的随机性,因此,取样点较多、且样点分布较均匀的聚类分析结果才有较高可信度。     

51个春兰(Cymbidium goeringii)品种的AFLP遗传多样性分析

为了揭示春兰品种的遗传多样性和亲缘关系,为春兰种质资源的有效利用和开发提供依据,采用AFLP技术对51个春兰品种进行了遗传多样性分析,经筛选得到了8对条带清晰、多态性高的引物,共扩增出1315条DNA片段,其中多态性条带为1217条,平均1对引物扩增条带164条,多态性带152条,多态性位点频率为92.5%,表明春兰品种具有丰富的遗传多态性。49个品种含有特有带。51个品种间遗传相似系数变化范围为0.501~0.716,聚类分析表明,51个春兰品种共分为5个类群,来自同一地区的品种并没有聚在一起,表明春兰品种的遗传背景混乱。AFLP分子标记技术能有效地分析春兰品种的遗传多样性和亲缘关系。     

琴叶风吹楠资源遗传多样性的AFLP分析

为研究濒危植物琴叶风吹楠(Horsfieldia pandurifolia)的遗传多样性,利用AFLP分子标记技术,对采自云南省西双版纳州、临沧市的8个居群共56份琴叶风吹楠样品进行了分析。结果表明,琴叶风吹楠在物种水平的多态性较高,多态性百分率为75.16%;在居群水平,平均多态性百分率为36.20%;AMOVA分析表明,琴叶风吹楠的遗传变异主要存在于居群内(75.45%),而居群间的变异仅为24.55%;mantel检验结果表明,地理距离和遗传距离存在不显著的正相关(r=0.119 7, P=0.321 0);基于遗传相似性系数,对8个居群进行了UPGMA聚类分析,在遗传相似性系数0.951处可将8个居群聚为3组。这些为琴叶风吹楠的保护和开发利用提供了理论依据,并提出了保护建议。