北京地区人冠状病毒NL63 N和E蛋白基因序列及生物信息学分析

为了解北京地区新近发现的新型冠状病毒-人冠状病毒NL63(Human coronavirus NL63,HCoV-NL63)的N和E蛋白编码基因的特征,从经RT-PCR检测阳性的临床标本中扩增得到的HCoV-NL63 N蛋白和E蛋白编码基因序列,分别克隆至pCF-T和pUCm-T载体中并进行测序,同时运用生物信息学的方法,对北京HCoV-NL63阳性标本BJ8081 N和E蛋白编码基因的核苷酸和氨基酸序列与HCoV-NL63原型株及其他几种冠状病毒的N和E蛋白编码基因的核苷酸和氨基酸序列进行比较分析和种系进化分析;用SOPMA方法对BJ8081 N和E蛋白的二级结构进行了预测分析,并对N和E蛋白的其他生物学特性进行了预测分析.经序列比对分析发现,BJ8081 N蛋白氨基酸序列在78～85肽段(FYYLGTGP)内与所比较的其他冠状病毒N蛋白相应位置的氨基酸序列完全相同,提示此区段可能为包括HCoV-NL63在内的所有冠状病毒N蛋白的保守区域.在BJ8081 N蛋白氨基酸序列的100～121肽段可能是和基因组RNA相结合的位置;在BJ8081 E蛋白的15～37位氨基酸可能是E蛋白的跨膜区域.研究对BJ8081 N蛋白和E蛋白的编码基因序列进行了测定和生物信息学分析,为今后对HCoV-NL63的进一步深入研究奠定了基础.     

美洲大蠊水解氨基酸含量测定及营养评价

采用酸水解法,测定美洲大蠊中氨基酸的种类和含量,并对其进行营养评价。结果表明:美洲大蠊含有17种氨基酸(色氨酸被水解破坏而未检出),总氨基酸质量分数为43.14%,其中药效氨基酸占总量的55.43%,呈味氨基酸占总量的20.28%,其氨基酸配比较为合理:E/(E+N)=0.35,E/N=0.55,与WHO/FAO提出的参考蛋白模式接近。美洲大蠊中氨基酸种类齐全,含量丰富,富含必需氨基酸和药效氨基酸,具有很高的食用、药用价值,有较好的开发潜力。     

猪瘟病毒强弱毒株和野毒株E2全基因序列测定及比较分析

为了比较猪瘟病毒 (HCV)野毒株、疫苗株及标准株之间E2基因抗原区域的差异 ,采用RT PCR扩增了HCV石门株、兔化弱毒疫苗株、野毒 0 3及 0 7株的囊膜糖蛋白E2 (gp55)全基因的cDNA片段 ,分别克隆于pGEM T载体中并对其进行了核苷酸序列测定及氨基酸序列的推导 ,同时进行了同源性比较及E2结构与功能的分析。所测 4株HCVE2基因的长度均为1 2 73bp,所编码的氨基酸序列均包括部分信号肽序列和完整的跨膜区序列 ,共由 381个氨基酸组成 ;4个毒株E2蛋白N末端的 683位至 690位信号肽序列 (WLLLVTGA)和C末端 1 0 30～1 0 63位跨膜区均为保守序列 ,而且具疏水性 ;N末端抗原功能区中 ,4个E2蛋白与其它所比较序列在位于第 753位至 759位氨基酸处 ,均有一段保守序列RYLASLH ,无一氨基酸发生变异 ,为亲水性 ,在整个E2蛋白抗原谱中抗原性峰值为最高 ,推测对抗原性产生起重要作用 ;4个E2蛋白的氨基酸序列中均含有 1 5个半胱氨酸 (Cys)残基 ,其数量及位置与国外五株HCV(Brescia ,C ,Alfort.ALD和GPE)完全一致。表明…     

不同年份生产的乙型脑炎减毒活疫苗SA14-14-2基因稳定性研究

为了研究不同年份生产的乙型脑炎减毒活疫苗病毒E蛋白基因稳定性,从分子水平控制乙型脑炎减毒活疫苗质量,确保疫苗安全性,本研究分析了不同年份生产的乙脑活疫苗病毒E蛋白基因核苷酸序列及编码的氨基酸序列,并与该疫苗原始种子、主种子、工作种子、乙脑病毒强、弱毒株进行比较。结果显示不同年份生产的乙脑活疫苗病毒E蛋白基因核苷酸序列与其原始种子、主种子、工作种子和基因库中登录的乙脑病毒弱毒株SA14-14-2的相应序列完全一致,与乙脑病毒强毒株SA14的E蛋白氨基酸序列比较有9个位点氨基酸发生了改变。不同年份生产的乙脑活疫苗病毒E蛋白基因稳定性表明该疫苗质量稳定、安全。     

我国四株狂犬病毒M和P基因序列分析和所编码蛋白的分析

为了解我国狂犬病毒M、P基因序列和结构特点,用RT-PCR方法获得目的基因片段,测定核苷酸序列后,计算机分析核苷酸和氨基酸序列及其功能区位点结构。结果显示四株病毒M基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.9%～99.5%和93.1%～99%,四株狂犬病毒M蛋白上调节病毒RNA转录和复制功能的第58位氨基酸残基均为谷氨酰胺残基(E),与特异性细胞蛋白WW区域作用的PPxY结构序列均为PPEY保守序列;四株病毒P基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.6%～99.8%和87.2%～99%,P蛋白与胞浆动力蛋白轻链LC8相互作用的序列位于143～148位氨基酸残基,均为DKSTQT,四株病毒P基因与L蛋白、N蛋白作用位点序列显示未发生影响其生物学功能的变异。研究结果证实了这两种蛋白结构在病毒致病性中起重要作用的推论。     

鹿源BVDV基因E_0蛋白特性分析

以DNAStar5.01软件,对鹿源BVDV基因E0蛋白特性进行了分析。结果表明E0蛋白由227个残基构成,等电点为7.61。E0蛋白中有与地衣类植物核苷酸酶的保守区域相似序列,维持催化活性所必需的氨基酸残基区域在28-40和71-89处,催化活性的氨基酸为His30、His79,且该序列高度保守。E0蛋白氨基酸亲水性与抗原性指数成平行相关,BVDV各毒株间非常相似,亲水性与抗原性指数都较高的区域有8-16,23-29,59-67,70-81,96-109,114-122,127-134,137-143,165-172,186-198和213-221,适合研制亚单位基因工程疫苗。     

我国新分离森林脑炎病毒E基因特征分析

为了解分离自黑龙江省大兴安岭林区全沟硬蜱中的DXAL-5、12、13、16、18,21共6株森林脑炎(TBE)病毒E蛋白基因特征并确定病毒基因型,应用RT-PCR技术对6株病毒E蛋白基因进行体外扩增、克隆、测序.结果发现,6株病毒E蛋白基因的核苷酸序列长均为1 488 bp,推导的氨基酸序列长均为496 aa.与TBE参考毒株E蛋白基因进行比较,这6株病毒与远东亚型同源性最高,其次是西伯利亚亚型,与欧洲亚型同源性最差;在决定亚型特征的氨基酸位点多数属于TBE病毒远东亚型.E蛋白基因推导的氨基酸种系发生树分析表明,6株病毒均在远东亚型分枝内.因此就E蛋白基因而言,DXAL-5、12、13、16、18、21株均属于TBE病毒的远东亚型.新分离毒株与Senzhang株同源性较高,种系发生关系也比较接近,推测疫苗株对新分离毒株仍具有很好的保护作用.但是在E蛋白的A、B和C抗原决定区内,6株病毒均有不同程度的氨基酸改变,这些突变有可能影响E蛋白的功能.     

流行性乙型脑炎病毒减毒株SA14-14-2E基因稳定性研究

为研究乙脑病毒减毒株SA14-14-2 E蛋白基因稳定性,将乙脑病毒减毒株SA14-14-2在原代地鼠肾细胞(PHK)上传至18代,应用RT-PCR分别扩增PHK6代、PHK7代、PHK8代、PHK13代、PHK18代E蛋白基因并测序后,与Genebank中乙脑病毒减毒株SA14-14-2(D90195)进行比较分析。PHK6、PHK7、PHK8代病毒与D90195 E蛋白核苷酸和氨基酸序列完全相同。PHK13、PHK18代病毒与D90195E蛋白核苷酸序列同源性分别为99.8%、99.7%,与D90195E蛋白氨基酸序列同源性分别为99.6%、99.4%。各代次病毒E蛋白与减毒相关氨基酸未发生改变,同时所有突变的氨基酸均非SA14原有的,故不是恢复性突变。结果表明乙脑病毒减毒株SA14-14-2的遗传学特性稳定,从分子水平证明乙脑病毒减毒株SA14-14-2及其生产的疫苗具有安全性。     

组培苗鲜罗汉果与干罗汉果营养成分的分析和比较

对组培苗鲜罗汉果与干罗汉果提取物的营养成分进行分析和比较研究,分别测定了蛋白质、脂肪、总糖、碳水化合物、灰分、矿质元素、维生素E和氨基酸含量。结果表明:组培苗鲜罗汉果和干罗汉果蛋白质含量分别为22.23%、19.8%,氨基酸总量分别为12.51%、8.36%,其中人体必需氨基酸占氨基酸总量分别为38.13%、36.36%,矿质元素含量分别为1081mg/100g、1089mg/100g,维生素E含量分别为0.183mg/100g、0.589mg/100g。组培苗鲜罗汉果的蛋白质、氨基酸含量比组培苗干罗汉果分别高2.43%、4.15%,碳水化合物、维生素E含量组培苗干罗汉果比组培苗鲜罗汉果分别高2.44%、0.406mg/100g,矿质元素、粗脂肪、总糖、灰分等含量两者不存在明显差异。     

珠子参地上部分氨基酸测定及营养评价

对珠子参茎、叶、花的氨基酸组成与含量进行测定和营养评价分析。结果表明,珠子参茎、叶、花中均含有17种常见氨基酸,氨基酸总量分别为3.73%,14.80%和8.72%;珠子参的茎中必需氨基酸与总氨基酸的比值(E/T)为0.39,必需氨基酸与非必需氨基酸的比值(E/N)为0.64,叶中E/T为0.41,E/N为0.71,花中E/T为0.39,E/N为0.63,氨基酸配比较为合理;珠子参茎、叶、花中蛋氨酸+胱氨酸均为第一限制氨基酸;珠子参茎、叶、花中均含有γ-氨基丁酸,含量分别为0.12%,0.26%和0.16%,叶片中γ-氨基丁酸的含量最高。     

珠子参地上部分氨基酸测定及营养评价

对珠子参茎、叶、花的氨基酸组成与含量进行测定和营养评价分析.结果表明,珠子参茎、叶、花中均含有17种常见氨基酸,氨基酸总量分别为3.73％,14.80％和8.72％;珠子参的茎中必需氨基酸与总氨基酸的比值(E/T)为0.39,必需氨基酸与非必需氨基酸的比值(E/N)为0.64,叶中E/T为0.41,E/N为o.71,花中E/T为0.39,E/N为0.63,氨基酸配比较为合理;珠子参茎、叶、花中蛋氨酸+胱氨酸均为第一限制氨基酸;珠子参茎、叶、花中均含有γ-氨基丁酸,含量分别为0.12％,0.26％和0.16％,叶片中γ-氨基丁酸的含量最高.     

SARS冠状病毒E、M基因序列比较及B细胞抗原表位预测

为了比较SARS冠状病毒分离株E、M基因序列及氨基酸序列之间的差异,分析E、M蛋白的可能B细胞抗原表位。利用Lasergene软件包中的Editseq将E、M基因从SARS-CoV全基因序列中截取出,再翻译成氨基酸序列,用Clustal X软件分析它们之间的异同,然后利用Protean软件进行氨基酸序列分析,预测E、M蛋白的B细胞抗原表位。结果证明SAPS-CoV的E、M基因序列相当保守,变异甚少,并分别预测出E、M蛋白有2段和7段可能为B细胞抗原表位。     

猪瘟病毒囊膜糖蛋白E2中和表位的定位及其免疫反应性分析

猪瘟病毒(CSFV)囊膜结构糖蛋白E2(gp55)是激发保护性免疫应答的主要抗原蛋白。E^ms和E2与细胞表面受体的相互作用介导病毒对细胞的感染过程。采用抗CSFV中和性单克隆抗体c24／10,淘选噬菌体展示的12肽随机肽库,结合噬菌体拟位免疫反应性分析结果,对CSFV E2蛋白中和表位进行定位。结果表明：F2蛋白的SPTTLR基序(832～837位氨基酸)构成CSFV特异性线性中和表位,基序的第一、二、三位氨基酸是表位与单克隆抗体c24／10结合所必需的氨基酸,也是表位的关键性氨基酸。     

氨基酸-山梨醇输液的研制

本文报导利用卵清蛋白(提取过溶菌酶)经酸水解,通过离子交换树脂纯化等工艺,添加损失的色氨酸,配制成氨基酸—山梨醇输液,其氨基酸配比同卵清蛋白模式的氨基酸配比相符合,此模式是一个理想的模式必需氨基酸同非必需氨基酸之比是1:1,E(必需氨基酸)/T(总氮量)=3.2,我们产品E:N=1:1,E/T=3.15。可作高营养液之用。经临床验证疗效较好,安全可靠,无副作用,为江苏省生产氨基酸注射液闯开一条新路。     

铁皮石斛Csl基因家族生物信息学及表达分析

通过分析铁皮石斛类纤维素合成酶(cellulase synthase-like, Csl)的氨基酸序列特征,挖掘与多糖合成相关的Csl基因,从而为参与多糖代谢的铁皮石斛Csl蛋白的后续研究提供有力参考。本研究在生物信息学层面,对铁皮石斛21条完整Csl蛋白序列的理化性质、导肽、信号肽、疏水性/亲水性、跨膜结构域、蛋白质高级结构及功能域等进行预测分析,并与拟南芥的Csl蛋白进行了同源比对并构建系统进化树。结果表明,CslD2a/b/c、CslD4、CslG3b为酸性蛋白,其余为碱性蛋白;Leu、Ser、Ala、Phe、Val和Ille等氨基酸是铁皮石斛Csl蛋白的主要氨基酸;铁皮石斛Csl蛋白具有明显的疏水区和亲水区,都存在跨膜结构。蛋白质二级结构的主要元件是α-螺旋、无规则卷曲和延伸链。与拟南芥的进化分析显示,铁皮石斛Csl蛋白基因被分为3大分支,CslA和CslC归为一支,CslB/E/G/H归为一支,CslD归为一支。本研究系统分析了铁皮石斛Csl蛋白的序列特征,可为今后深入研究该蛋白在铁皮石斛多糖代谢上的功能提供参考。     

鼠曲草的氨基酸含量的测定及营养评价

用氨基酸分析仪测定了鼠曲草中各种氨基酸的组成,并对其进行营养评价。结果表明,鼠曲草样品(茎、花)经酸水解 处理,含有苏氨酸、缬氨酸、蛋氨酸、苯丙氨酸、异亮氨酸、亮氨酸和赖氨酸等17种氨基酸,茎中总氨基酸质量分数为18.25%、花 中为14.44%;其中包含人体必需的8种氨基酸,配比合理:E/(E+N)=0.38(茎)或0.37(花),E/N=0.62(茎)或0.59(花), 与WHO/FAO提出的E/(E+N)应为0.4左右,E/N应为0.6左右的参考蛋白质模式接近,说明鼠曲草在医学和营养学上都 有很高的研究价值,值得大力开发利用。     

绿盲蝽核受体基因AlE75D的克隆和性质分析

【目的】克隆绿盲蝽Apolygus lucorum核受体基因E75D全长,明确其表达谱,并获得该基因的重组蛋白及制备其单克隆抗体。【方法】利用RACE法克隆绿盲蝽核受体基因Al E75D全长;qRTPCR法分析绿盲蝽不同日龄成虫(1-16 d)及7日龄雌成虫6种组织(脂肪体、飞行肌、卵巢、马氏管、中肠和表皮)中该基因的mRNA相对表达水平;利用NdeⅠ和XbaⅠ双酶切含有目的基因的p MD18-T载体后进行亚克隆,再利用IPTG诱导的重组质粒进行特异性表达重组蛋白,通过GST琼脂糖亲和层析和分子筛层析纯化靶蛋白;最后通过小鼠免疫、细胞融合及腹水制备重组蛋白的单克隆抗体,Western blot验证该抗体的特异性。【结果】从绿盲蝽中克隆获得蜕皮激素核受体基因Al E75D(Gen Bank登录号:KX912700),其开放阅读框长1 911 bp,编码636个氨基酸,预测分子量为75.68 k D;该基因编码蛋白具有E75D的典型特征,由A/B域(23 aa)、D域(85 aa)、E域(190aa)和F域(338 aa)组成,但缺失C域;绿盲蝽Al E75D的氨基酸序列与半翅目蝽科的豆荚草盲蝽Lygus hesperus的E75D序列一致性最高(为98%)。Al E75D在整个绿盲蝽成虫期均有表达,在7日龄雌成虫中达到峰值;此外,Al E75D在雌成虫6个供试组织中也均有表达,并在脂肪体及卵巢中高表达。双酶切后的重组克隆载体可成功亚克隆到p Czn1载体上,IPTG可成功诱导p Czn1-Al E75D重组质粒特异性表达一个约75 k D的蛋白。用Ni-NTA琼脂糖树脂凝胶纯化重组蛋白,以纯化的重组蛋白为抗原,获得了一株能稳定传代并分泌抗Al E75D蛋白单克隆抗体的细胞株,该单克隆抗体可与绿盲蝽总蛋白及Al E75D重组蛋白特异性结合。【结论】Al E75D在绿盲蝽体内的表达谱表现出发育阶段特异性和组织特异性;本研究获得的其重组蛋白的单克隆抗体具有高特异性。结果为进一步在蛋白水平上分析该基因的功能奠定基础。     

大肠杆菌EscI蛋白C-末端多肽诱导巨噬细胞炎性体应答

摘要:【目的】分析E.coli的EscI蛋白C-末端多肽诱导巨噬细胞NLRC4炎性体应答情况。【方法】以含有E.coli的EscI蛋白C-末端氨基酸序列的多肽为材料,通过体外导入小鼠腹腔巨噬细胞,分析细胞的应答情况。【结果】利用脂多糖预先刺激后,含有EscI蛋白C-末端15个氨基酸的多肽能够明显地激活细胞内NLRC4炎性体应答,细胞内半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶1 被激活,细胞发生pyroptosis,细胞培养上清中IL-1β和IL-18的含量增加(P＜0.05)。通过优化刺激条件发现,以多肽/脂质体为70 μg/μL的比例导入细胞并孵育4 h时,IL-1β的分泌量最高。【结论】含有E.coli的EscI蛋白C-末端15个氨基酸的多肽能够明显地诱导巨噬细胞NLRC4炎性体应答。     

药用美洲大蠊氨基酸和维生素含量分析

以人工饲养条件下不同发育阶段的美洲大蠊Periplaneta americana为材料,测定了其氨基酸和维生素的含量。结果表明,美洲大蠊各虫态均含有18种氨基酸,氨基酸总量为23. 27%～29. 44%,人体必需氨基酸含量占44. 04%～49. 55%,优于联合国粮农组织/世界卫生组织推荐的40%的标准,属于优质蛋白质资源。与成虫期相比,若虫期氨基酸含量较高,色氨酸、谷氨酸、丙氨酸、天门冬氨酸和甘氨酸较为丰富。所检测的5种维生素中,维生素E含量最高,刚蜕皮成虫及雌成虫含量均超过12 mg·kg^-1。美洲大蠊相关产品促睡眠、抗氧化功能可能与其富含色氨酸、谷氨酸和维生素E有关。     

中国长白山乌苏里蝮蛇金属蛋白酶解整合蛋白Ussurin基因克隆和序列分析

采用Clontech链转换建库试剂盒,建立了中国长白山乌苏里蝮蛇毒腺cDNA文库,从中克隆了金属蛋白酶/解整合蛋白Ussurin,并进行了序列分析。结果显示,Ussurin开框读码序列由1434bp组成,编码478个氨基酸。由核苷酸顺序推导的氨基酸序列可以看出,Ussurin最初的翻译产物是酶原前体;依次含有18氨基酸组成的信号肽,171氨基酸组成的酶原区和由289氨基酸组成的Ussurin（200氨基酸组成的金属蛋白酶结构域、16氨基酸组成的间隔区和73氨基酸组成的解整合蛋白结构域）。Ussurin的金属蛋白酶结构域含有3对二硫键;解整合蛋白结构域含有6对二硫键和特征性RGD(精氨酸甘氨酸天冬氨酸)结构。其基因序列和结构域组成与GenBank中蛇毒金属蛋白酶/解整合蛋白呈现高度同源性属于P-Ⅱ。氨基酸序列blast比对发现,酶原区和解整链蛋白结构域呈现极高的同源性,而金属蛋白酶结构域却出现了极高的变异,推测这些变异结构区是为了适应不同的底物、不同受体或同一受体的不同结构域。