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1.
植物几丁质酶的结构,基因及其表达 总被引:18,自引:0,他引:18
几丁质酶按其蛋白氨基酸序列结构的特征及同源性可分为六类,即:ClassⅠ-Ⅵ。ClassI在蛋白氨基酸结构上包括三个功能区域,N-端是富含半胱氨酸的几丁质结合工,约40个氨基酸;C-端是酶的催化区,也是酶的主要功能区域,约300个氨基酸;二者通过一个多变的交联区连接在一起。ClassⅡ仅具有类似于ClassⅠ的酶催化区域,而没有几丁质结构区和交联区。ClassⅢ几丁质酶在氨基酸序列上与ClassⅠ 相似文献
2.
谷子(Setaria italica)叶绿体DNA 含有rbcL基因的3.0 kb Bgl Ⅱ+ XbaⅠ酶切片段被克隆到pBluescript SK (- )质粒载体上,并构建了该基因的限制性酶切图谱,测定了该基因的1990 bp 全序列。其中基因的编码区长1431 bp,共编码476 个氨基酸,推测其分子量为52679 D。其389 bp 的5′上游区含有类似于原核生物的- 10 box、- 35 box 和SD序列。其170 bp 3′下游区含有3 个茎环结构。对C4 植物和C3 植物中的rbcL基因序列进行比较,表明在编码区、启动区和3′下游区没有差别。由此认为C4 植物中rbcL基因的细胞特异性表达与其序列无关 相似文献
3.
应用简并RT-PCR及RACE技术,从高羊茅中克隆了1个Ⅰ类几丁质酶基因cDNA全长序列,命名为FaChit1.结果表明,该cDNA具有1个951 bp的完整编码框,编码316个氨基酸,其编码产物和其它植物的Ⅰ类几丁质酶在氨基酸序列上具有较高的同源性,包含典型的几丁质结合区、催化区以及脯氨酸、半胱氨酸富集的铰链区,但缺少定位到植物液泡所必须的C末端延伸区靶向信号.Northern杂交显示,FaChit1对真菌激发子有较强的响应,乙烯和干旱胁迫均能有效诱导FaChit1基因的表达,而对机械损伤处理的反应比较微弱,只在叶片中积累少量的mRNA. 相似文献
4.
应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从HCV感染者血清中扩增编码HCV病毒蛋白酶的NS2-NS3cDNA片段,在其5′和3′端分别引入EcoRⅠ和XbaⅠ限制性内切酶位点,定向克隆至真核表达载体pcDNA3,构建重组载体pcDNA-NS23,重组表达载体经限制性内切酶消化鉴定.用SP6和T7通用引物对目的基因片断进行序列分析.序列同源性分析结果表明,与HCV-J、HC-C2有高度的同源性,与HCV-1、HCV-J6、HCV-J8同源性差,提示所克隆的基因属HCVⅡ型.该区内重要的功能位点如Zn2+依赖性金属蛋白酶催化中心、丝氨酸蛋白酶催化中心等均高度保守 相似文献
5.
根据西伯利亚蓼抑制消减文库(SSH)中获得的几丁质酶(CHI)基因的部分序列,采用RACE技术克隆了具完整编码区的cDNA序列,基因全长1017bp,开放阅读框编码270个氨基酸。序列分析表明,该基因的编码蛋白(PsCHI1)以前体形式存在,N端分别有22个氨基酸的信号肽和35个氨基酸的几丁质结合域(CBD),C端199个氨基酸为催化区(CD),连接CBD与CD的14个氨基酸为可变交联区,成熟蛋白为不含信号肽部分,呈碱性,带正电荷。PsCHI1与所选其它植物classⅣCHI前体序列具有高度的同源性(53%-69%),而与classⅠ和classⅡCHI的氨基酸序列同源性较低,推测为植物classⅣCHI。根据日本水稻CHI晶体结构构建了PsCHI1三维分子模型,分析显示PsCHI1可以识别比classⅠ和classⅡCHI短的几丁质片段,并以其它植物CHI的已知结构域和功能为基础,确定PsCHI1具有能够水解真菌细胞壁的结构,推测其可能有抗病原微生物的功能。 相似文献
6.
MHC的class基因,可分为经典的class I和非经典的classI,后者称class Ib。clss I与β/β T细胞相关在细胞表面高密度表达,class Ib在细胞表面弱表达,其功能尚不清楚,class Ib的基因区域中含有一个grc区域,grc基因的rcc,ft,dw-3三组基因组成。 相似文献
7.
人免疫缺陷病毒1型TAT蛋白点突变对其反式激活作用的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
不同免疫缺陷病毒(HIV-1,HIV-2和SIV)的Tat均有3个高度保守的结构域:Cys富集域、核心域和碱性氨基酸富集域。用PCR定点突变法在HIV-1 Tat蛋白的这些区域引入单氨基酸或多氨基酸突变;构建了以HIV-1 LTR-158到+80区域为启动子,含有不同突变点的突变Tat基因表达质粒;以荧光酶基因为报告基因,瞬时共转染Jurkat细胞:分析不同氨基酸突变对Tat的反式激活作用的影响。 相似文献
8.
单纯疱疹病毒I型扩增子系列载体的构建 总被引:3,自引:0,他引:3
我们先前已报道了构建成一种能在HSV tsK株辅助下进行复制和包装,并表达β-半乳糖苷酶基因lacZ的HSV-1扩增子质粒pHSL,以及它的应用。该质料中依次含有HSV-1复制起点oriS序列及IE68启动子、lacZ基因、SV40polyA、HSV-1包装信号‘a’序列和大肠杆菌质粒骨架。然而,该质粒中的报告基因lacZ无法用简单的酶切方法卸载下来,继而装入目的基因。本研究在此基础上,新构建了一 相似文献
9.
豇豆几丁质酶N端序列测定及与其它植物的比较 总被引:2,自引:1,他引:2
通过自动 Edman降解程序 ,测定了经诱导、纯化的豇豆几丁质酶 N端 1 0个氨基酸的序列 ,并将该序列与其它植物几丁质酶 N端相应部分的氨基酸序列进行了比较分析。结果表明 ,该豇豆 ( Vigna sesquipedalis)几丁质酶 N端 1 0个氨基酸的序列为 EQCGSQAGGA,与 类几丁质酶同一部分同感序列同源性高达 1 0 0 % ;而与 、 及 类几丁质酶的相应序列均无同源性。结合考虑此酶的等电点 ( 8.3)及分子量 ( 33k D) ,可推测该豇豆几丁质酶属于 类几丁质酶。其 N端序列的高度保守性提示 ,该段序列可作为 类几丁质酶的一段主要特征序列 ,并可据其合成核酸探针 ,以分离、克隆其它 类几丁质酶编码基因。 相似文献
10.
不同免疫缺陷病毒(HIV-1,HIV-2和SIV)的Tat均有3个高度保守的结构域:Cys富集域、核心域和碱性氨基酸富集域,用PCR定点突变法在HIV-1Tat蛋白的这些区域引入单氨基酸或多氨基酸突变;构建了以HIV-1LTR-158到+8O区域为启动子,含有不同突变点的突变Tat基因表达质粒;以荧光酶基因为报告基因,瞬时共转染Jurkat细胞:分析不同氨基酸突变对Tat的反式激活作用的影响。结果发现,突变后的Tat蛋白的活性均极大地降低或丧失,表明这些序列内的氨基酸的确定性对Tat的活性至关重要。 相似文献
11.
一株Sanguibacter sp.C4产几丁质酶基因的克隆与表达 总被引:1,自引:0,他引:1
Chi58是Sanguibacter sp.strain C4产生的一种胞外几丁质酶。通过chiA的特异性PCR引物探测到菌株C4中存在几丁质酶,并将扩增到的几丁质酶基因片段(chiA-F)克隆、测序后,提交GenBank数据库进行同源性搜索。对从GenBank中获得的高同源性序列进行比对,并根据保守区域设计2对PCR引物进行嵌套PCR,扩增出Chi58基因的开放阅读框(ORF)。测序结果表明该酶的ORF由1692个核苷酸组成,编码563个氨基酸,在N端有23个氨基酸的信号肽,其成熟蛋白的分子量应为58.544kDa。对其推导氨基酸的序列分析表明Chi58与沙雷氏菌的几丁质酶(如徂)有高度同源性(88.9%-99.6%),其结构主要包括信号肽序列、PKD结构域和18家族糖苷水解酶结构域。将该基因克隆到pET32a(+)载体构建重组质粒pChi58,转入大肠杆菌BL-21(DE3)进行融合表达。经IPTG诱导后,可见分子量约81.1kDa的融合蛋白的表达。 相似文献
12.
测定了粘虫核型多角体病毒(Leucaniaseparatanuclearpolyhedrosisvirus,LsNPV)两个EcoRV片段的共1201bp序列,发现了一个714bp的开放阅读框(ORF),根据其与多种NPV多角体蛋白基因(ocu)同源性的比较和5'端典型的14bp保守序列,说明此ORF即为LsNPV的ocu基因。根据核苷酸序列预测的多角体蛋白有246个氨基酸,其中酸性和碱性氨基酸数相等,疏水氨基酸含量很高,氨基酸组成中以谷氨酸(Glu)含量最高,谷氨酰胺和半胱氨酸含量最低。编码区碱基同源性与MbNPV最高,为97.0%;氨基酸同源性与MbNPV最高,为97.5%。密码子偏爱选用以第三个碱基为嘧啶的密码子。二级结构分析表明,α-螺旋(H)和β-折叠(S)相等,β-转角含量是H和S含量之和。 相似文献
13.
序列同源性比较软件Blast的本地化实现及VB接口程序的编制 总被引:6,自引:1,他引:6
美国国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI)的Blast软件是进行核酸序列和蛋白质序列同源性比较的有力工具[1,2].通过访问NCBI的主页(http://www.ncbi.nlm.nih.gov)进行Blast同源性比较是常用的分析方法.然而在很多场合需要在脱机状态下使用Blast进行同源性比较,所以,Blast软件的本地化实现有其必要性.本文介绍实现Blast本地化过程的经验,同时用VisualBasic5.0(以下… 相似文献
14.
本文利用pAmy413质粒通过定点诱变技术,在α-淀粉酶基因的287和291位分别引入1个G和C,代替原来的T和G,构建成质粒pAmy413B,使成熟的α-淀粉酶N-端(7)Leu(8)Met变为(7)Arg(8)Ile。pAmy413Lα-淀粉酶信号序列因引入1个多酶切点接头而比pAmy413的29个氨基酸增加了13个氨基酸,创造了1个新的信号肽酶I识别窗口Ala-Gln-Ala↓Ser,利用计算机对该信号肽进行了二级结构分析。这两株突变株产酶能力分别为野生株(pAmy413)的3%和36%;胞外α-淀粉酶的分子量同于野生株;末端分析显示,成熟酶第一个氨基酸为Ala,表明信号肽酶I在野生型识别窗口Ala-Ala-Ala↓Ala处切割。结果还表明,B.licheniformisα-淀粉酶在B.subtilis中分泌作用属共翻译转移模型 相似文献
15.
以鸡传染性法氏囊病病毒内蒙古毒株(IBDV-NM)dsRNA为模板,用RT-PCR法扩增其主要寄主保护抗原VP2基因的全长cDNA,克隆于pUC19的XbaI/KpnI位点,进行了全序列分析。序列比较发现IBDV-NM毒株VP2基因与已报道的其它7个IBDVCJ801bkf、Cu1、PBG98、52/70、002—73、STC及VariantE毒株之间高度同源,其核苷酸序列的同源率为91.6%~96.2%,推测的氨基酸序列的同源率为96.2%~98.6%。IBDV-NM毒株VP2高变异区的第一个亲水区氨基酸序列与CJ801bkf、Cu1、PBG98、52/70、STC、002—73比较,有一个氨基酸差异,第二个亲水区氨基酸序列与上述6个毒株完全相同。而与VariantE比较,两个亲水区内各有两个氨基酸差异。此外,IBDV-NM毒株VP2具有强毒株所特有的7肽保守区:SWSASGS。这些结果表明,IBDV-NM毒株为标准血清Ⅰ型IBDV强毒株。 相似文献
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本文报道人疱疹病豢-6型(HHV-6)pSTY28DNA片段的序列测定。应用分子克隆、缺损突变体(Dcletionmutant)制备和序列测定等技术,完成了3.9kbHHV-6pSTY28DNA片段的全序列测定。经DNASIS核酸蛋白软件分析,该片段含有两个开读框架(ORF)核糖核苷酸还原酶(RIR)ORF有2414个核苷酸,可编码805个氨基酸;P41蛋白由1100个核苷酸组成。与其他疱疹病毒作氨基酸同源性比较,HHV-6RiR与人巨细胞病毒(HCMV)有高度同源性,最适记分(Optimizedscore)达459。实验结果支持Esftathiou提出的论点,HHV-6属于β-疱疹病毒。 相似文献
17.
本文利用pAmy413质粒通过定点诱变技术,在α-淀粉酶基因的287和291位分别引入1个G和C,代替原来的T和G,构建成质粒pAMY413B使成熟的α-淀粉酶N-端^7Leu^8Met变为^7Arg^8Ile,pAmy413Lα-淀粉酶信号序列因引入1个多酶切点接头而比pAmy413的29个氨基酸增加了13个氨基酸,创造了1个新的信号肽酶I识别窗口Ala-Gln-AlaSer,利用计算机对该信号 相似文献
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传染性法氏囊病病毒CJ-801bkf毒株VP2 cDNA基因结构的分析 总被引:2,自引:0,他引:2
以传染性法氏囊病病毒(IBDN)中国毒株CJ-801bkf的基因组A片段dsRMA为模板,经反向转录和PCR扩增,克隆了保护性抗原VP2cDNA基因。经Sanger法测序,确定了VP2cDNA基因有1484个核苷酸,推测了VP2氨基酸的顺序,与已报导的6株IBDV毒株CuI、PBG98、52/70、002-73、STC和VariantE的VP2区做了比较,证明:克隆的CJ-801bkfVP2cDNA基因是全长的,含有正确的起始密码子ATG;CJ-801bkf与毒株Cul和pBG98同源性最高;CJ-801bkfVP2高可变区内两个亲水区的氨基酸顺序与CuI、PBG98、52/70、002-73和STC完全相同;7肽区内第三个丝氨酸残基则变异为精氨酸。这些结果提示,中国CJ-801bkf毒株应属标准血清I型IBDV弱毒株。 相似文献
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家蚕核型多角体病毒gp64基因的克隆和全序列测定 总被引:2,自引:0,他引:2
:Bm NPV gp64 基因在杆状病毒分子生物学和杆状病毒表达系统研究中具有重要的作用,以AcMNPV gp64 基因为探针,杂交显示Bm NPV gp64 基因定位于其基因组Bam HI酶切的4 .2kb 和7-4kb 片段上,克隆阳性片段,重组质粒分别命名为pZDBM42 和pZDBM74 。对重组质粒进一步杂交,将片断更精确定位于0-45kb 片段、0-75kb 片断上和1-15kb 片断上,将三个片断DNA 进行序列分析,结果表明:Bm NPV 的gp64 基因的开放阅读框(ORF) 有1530 核苷酸,编码509 个氨基酸。序列同源性比较显示,Bm NPV gp64 基因和AcMNPVgp64 基因的核苷酸序列同源性达84-3 % ,氨基酸序列同源性达94-7 % 。Bm NPV gp64 基因C 端的信号肽序列和N 端的锚定序列对于Bm NPV 表达系统的改进具有重要的意义。 相似文献
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水稻几丁质酶基因RCH8创伤导转录及启动子功能分析 总被引:2,自引:0,他引:2
高等植物几丁质酶基因受病害侵染、真菌激发子、乙烯、机械创伤等诱导转录。我们已经测定过水稻Ⅰ类几丁质酶基因RCH8的DNA序列。为了研究水稻中与防卫反应有关的几丁质酶基因启动子的活怀、功能和表达调控。我们以RCH8几丁质酶基因保守的编码区序烈 探讨针,分别在创伤处理2-24h后提取水稻叶片的总RNA作Northern杂交,发现创伤处理6h可以检测到几丁质酶基因的表达,12h表达水平最高。合成了一个与 相似文献