植物几丁质酶的结构,基因及其表达

几丁质酶按其蛋白氨基酸序列结构的特征及同源性可分为六类,即：ＣｌａｓｓⅠ－Ⅵ。ＣｌａｓｓＩ在蛋白氨基酸结构上包括三个功能区域,Ｎ－端是富含半胱氨酸的几丁质结合工,约４０个氨基酸;Ｃ－端是酶的催化区,也是酶的主要功能区域,约３００个氨基酸;二者通过一个多变的交联区连接在一起。ＣｌａｓｓⅡ仅具有类似于ＣｌａｓｓⅠ的酶催化区域,而没有几丁质结构区和交联区。ＣｌａｓｓⅢ几丁质酶在氨基酸序列上与ＣｌａｓｓⅠ     

谷子核酮糖1,5—二磷酸羧化加氧酶大亚基基因的核苷酸序列

谷子（Ｓｅｔａｒｉａ ｉｔａｌｉｃａ）叶绿体ＤＮＡ 含有ｒｂｃＬ基因的３．０ ｋｂ Ｂｇｌ Ⅱ＋ ＸｂａⅠ酶切片段被克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ （－ ）质粒载体上,并构建了该基因的限制性酶切图谱,测定了该基因的１９９０ ｂｐ 全序列。其中基因的编码区长１４３１ ｂｐ,共编码４７６ 个氨基酸,推测其分子量为５２６７９ Ｄ。其３８９ ｂｐ 的５′上游区含有类似于原核生物的－ １０ ｂｏｘ、－ ３５ ｂｏｘ 和ＳＤ序列。其１７０ ｂｐ ３′下游区含有３ 个茎环结构。对Ｃ４ 植物和Ｃ３ 植物中的ｒｂｃＬ基因序列进行比较,表明在编码区、启动区和３′下游区没有差别。由此认为Ｃ４ 植物中ｒｂｃＬ基因的细胞特异性表达与其序列无关     

高羊茅FaChit1基因cDNA克隆及诱导表达

应用简并RT-PCR及RACE技术,从高羊茅中克隆了1个Ⅰ类几丁质酶基因cDNA全长序列,命名为FaChit1.结果表明,该cDNA具有1个951 bp的完整编码框,编码316个氨基酸,其编码产物和其它植物的Ⅰ类几丁质酶在氨基酸序列上具有较高的同源性,包含典型的几丁质结合区、催化区以及脯氨酸、半胱氨酸富集的铰链区,但缺少定位到植物液泡所必须的C末端延伸区靶向信号.Northern杂交显示,FaChit1对真菌激发子有较强的响应,乙烯和干旱胁迫均能有效诱导FaChit1基因的表达,而对机械损伤处理的反应比较微弱,只在叶片中积累少量的mRNA.     

HCV非结构蛋白(NS2/NS3)基因表达载体的构建及其一级结构分析

应用逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术,从ＨＣＶ感染者血清中扩增编码ＨＣＶ病毒蛋白酶的ＮＳ２－ＮＳ３ｃＤＮＡ片段,在其５′和３′端分别引入ＥｃｏＲⅠ和ＸｂａⅠ限制性内切酶位点,定向克隆至真核表达载体ｐｃＤＮＡ３,构建重组载体ｐｃＤＮＡ－ＮＳ２３,重组表达载体经限制性内切酶消化鉴定．用ＳＰ６和Ｔ７通用引物对目的基因片断进行序列分析．序列同源性分析结果表明,与ＨＣＶ－Ｊ、ＨＣ－Ｃ２有高度的同源性,与ＨＣＶ－１、ＨＣＶ－Ｊ６、ＨＣＶ－Ｊ８同源性差,提示所克隆的基因属ＨＣＶⅡ型．该区内重要的功能位点如Ｚｎ２＋依赖性金属蛋白酶催化中心、丝氨酸蛋白酶催化中心等均高度保守     

西伯利亚蓼几丁质酶基因Class Ⅳ的克隆及生物信息学分析

根据西伯利亚蓼抑制消减文库（SSH）中获得的几丁质酶（CHI）基因的部分序列,采用RACE技术克隆了具完整编码区的cDNA序列,基因全长1017bp,开放阅读框编码270个氨基酸。序列分析表明,该基因的编码蛋白（PsCHI1）以前体形式存在,N端分别有22个氨基酸的信号肽和35个氨基酸的几丁质结合域（CBD）,C端199个氨基酸为催化区（CD）,连接CBD与CD的14个氨基酸为可变交联区,成熟蛋白为不含信号肽部分,呈碱性,带正电荷。PsCHI1与所选其它植物classⅣCHI前体序列具有高度的同源性（53％-69％）,而与classⅠ和classⅡCHI的氨基酸序列同源性较低,推测为植物classⅣCHI。根据日本水稻CHI晶体结构构建了PsCHI1三维分子模型,分析显示PsCHI1可以识别比classⅠ和classⅡCHI短的几丁质片段,并以其它植物CHI的已知结构域和功能为基础,确定PsCHI1具有能够水解真菌细胞壁的结构,推测其可能有抗病原微生物的功能。     

MHC Class Ib grc—G／C基因的研究进展

ＭＨＣ的ｃｌａｓｓ基因,可分为经典的ｃｌａｓｓ Ｉ和非经典的ｃｌａｓｓＩ,后者称ｃｌａｓｓ Ｉｂ。ｃｌｓｓ Ｉ与β／β Ｔ细胞相关在细胞表面高密度表达,ｃｌａｓｓ Ｉｂ在细胞表面弱表达,其功能尚不清楚,ｃｌａｓｓ Ｉｂ的基因区域中含有一个ｇｒｃ区域,ｇｒｃ基因的ｒｃｃ,ｆｔ,ｄｗ－３三组基因组成。     

人免疫缺陷病毒1型TAT蛋白点突变对其反式激活作用的影响

不同免疫缺陷病毒（ＨＩＶ－１,ＨＩＶ－２和ＳＩＶ）的Ｔａｔ均有３个高度保守的结构域：Ｃｙｓ富集域、核心域和碱性氨基酸富集域。用ＰＣＲ定点突变法在ＨＩＶ－１ Ｔａｔ蛋白的这些区域引入单氨基酸或多氨基酸突变;构建了以ＨＩＶ－１ ＬＴＲ－１５８到＋８０区域为启动子,含有不同突变点的突变Ｔａｔ基因表达质粒;以荧光酶基因为报告基因,瞬时共转染Ｊｕｒｋａｔ细胞：分析不同氨基酸突变对Ｔａｔ的反式激活作用的影响。     

单纯疱疹病毒I型扩增子系列载体的构建

我们先前已报道了构建成一种能在ＨＳＶ ｔｓＫ株辅助下进行复制和包装,并表达β－半乳糖苷酶基因ｌａｃＺ的ＨＳＶ－１扩增子质粒ｐＨＳＬ,以及它的应用。该质料中依次含有ＨＳＶ－１复制起点ｏｒｉＳ序列及ＩＥ６８启动子、ｌａｃＺ基因、ＳＶ４０ｐｏｌｙＡ、ＨＳＶ－１包装信号‘ａ’序列和大肠杆菌质粒骨架。然而,该质粒中的报告基因ｌａｃＺ无法用简单的酶切方法卸载下来,继而装入目的基因。本研究在此基础上,新构建了一     

豇豆几丁质酶N端序列测定及与其它植物的比较

通过自动 Edman降解程序 ,测定了经诱导、纯化的豇豆几丁质酶 N端 1 0个氨基酸的序列 ,并将该序列与其它植物几丁质酶 N端相应部分的氨基酸序列进行了比较分析。结果表明 ,该豇豆 ( Vigna sesquipedalis)几丁质酶 N端 1 0个氨基酸的序列为 EQCGSQAGGA,与 类几丁质酶同一部分同感序列同源性高达 1 0 0 % ;而与 、 及 类几丁质酶的相应序列均无同源性。结合考虑此酶的等电点 ( 8.3)及分子量 ( 33k D) ,可推测该豇豆几丁质酶属于 类几丁质酶。其 N端序列的高度保守性提示 ,该段序列可作为 类几丁质酶的一段主要特征序列 ,并可据其合成核酸探针 ,以分离、克隆其它 类几丁质酶编码基因。     

人免疫缺陷病毒1型TAT蛋白点突变对其反式激活作用的影响

不同免疫缺陷病毒（ＨＩＶ－１,ＨＩＶ－２和ＳＩＶ）的Ｔａｔ均有３个高度保守的结构域：Ｃｙｓ富集域、核心域和碱性氨基酸富集域,用ＰＣＲ定点突变法在ＨＩＶ－１Ｔａｔ蛋白的这些区域引入单氨基酸或多氨基酸突变;构建了以ＨＩＶ－１ＬＴＲ－１５８到＋８Ｏ区域为启动子,含有不同突变点的突变Ｔａｔ基因表达质粒;以荧光酶基因为报告基因,瞬时共转染Ｊｕｒｋａｔ细胞：分析不同氨基酸突变对Ｔａｔ的反式激活作用的影响。结果发现,突变后的Ｔａｔ蛋白的活性均极大地降低或丧失,表明这些序列内的氨基酸的确定性对Ｔａｔ的活性至关重要。     

一株Sanguibacter sp.C4产几丁质酶基因的克隆与表达

Chi58是Sanguibacter sp．strain C4产生的一种胞外几丁质酶。通过chiA的特异性PCR引物探测到菌株C4中存在几丁质酶,并将扩增到的几丁质酶基因片段（chiA-F）克隆、测序后,提交GenBank数据库进行同源性搜索。对从GenBank中获得的高同源性序列进行比对,并根据保守区域设计2对PCR引物进行嵌套PCR,扩增出Chi58基因的开放阅读框（ORF）。测序结果表明该酶的ORF由1692个核苷酸组成,编码563个氨基酸,在N端有23个氨基酸的信号肽,其成熟蛋白的分子量应为58．544kDa。对其推导氨基酸的序列分析表明Chi58与沙雷氏菌的几丁质酶（如徂）有高度同源性（88．9％-99．6％）,其结构主要包括信号肽序列、PKD结构域和18家族糖苷水解酶结构域。将该基因克隆到pET32a（＋）载体构建重组质粒pChi58,转入大肠杆菌BL-21（DE3）进行融合表达。经IPTG诱导后,可见分子量约81．1kDa的融合蛋白的表达。     

粘虫核型多角体病毒多角体蛋白基因结构和序列的研究

测定了粘虫核型多角体病毒（Ｌｅｕｃａｎｉａｓｅｐａｒａｔａｎｕｃｌｅａｒｐｏｌｙｈｅｄｒｏｓｉｓｖｉｒｕｓ,ＬｓＮＰＶ）两个ＥｃｏＲＶ片段的共１２０１ｂｐ序列,发现了一个７１４ｂｐ的开放阅读框（ＯＲＦ）,根据其与多种ＮＰＶ多角体蛋白基因（ｏｃｕ）同源性的比较和５＇端典型的１４ｂｐ保守序列,说明此ＯＲＦ即为ＬｓＮＰＶ的ｏｃｕ基因。根据核苷酸序列预测的多角体蛋白有２４６个氨基酸,其中酸性和碱性氨基酸数相等,疏水氨基酸含量很高,氨基酸组成中以谷氨酸（Ｇｌｕ）含量最高,谷氨酰胺和半胱氨酸含量最低。编码区碱基同源性与ＭｂＮＰＶ最高,为９７．０％;氨基酸同源性与ＭｂＮＰＶ最高,为９７．５％。密码子偏爱选用以第三个碱基为嘧啶的密码子。二级结构分析表明,α－螺旋（Ｈ）和β－折叠（Ｓ）相等,β－转角含量是Ｈ和Ｓ含量之和。     

序列同源性比较软件Blast的本地化实现及VB接口程序的编制

美国国家生物技术信息中心（ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｆｏｒＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ,ＮＣＢＩ）的Ｂｌａｓｔ软件是进行核酸序列和蛋白质序列同源性比较的有力工具［１,２］．通过访问ＮＣＢＩ的主页（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）进行Ｂｌａｓｔ同源性比较是常用的分析方法．然而在很多场合需要在脱机状态下使用Ｂｌａｓｔ进行同源性比较,所以,Ｂｌａｓｔ软件的本地化实现有其必要性．本文介绍实现Ｂｌａｓｔ本地化过程的经验,同时用ＶｉｓｕａｌＢａｓｉｃ５．０（以下…     

信号肽C—端和成熟蛋白N—端氨基酸序列的变化时α—淀粉酶分泌作用的影响

本文利用ｐＡｍｙ４１３质粒通过定点诱变技术,在α－淀粉酶基因的２８７和２９１位分别引入１个Ｇ和Ｃ,代替原来的Ｔ和Ｇ,构建成质粒ｐＡｍｙ４１３Ｂ,使成熟的α－淀粉酶Ｎ－端（７）Ｌｅｕ（８）Ｍｅｔ变为（７）Ａｒｇ（８）Ｉｌｅ。ｐＡｍｙ４１３Ｌα－淀粉酶信号序列因引入１个多酶切点接头而比ｐＡｍｙ４１３的２９个氨基酸增加了１３个氨基酸,创造了１个新的信号肽酶Ｉ识别窗口Ａｌａ－Ｇｌｎ－Ａｌａ↓Ｓｅｒ,利用计算机对该信号肽进行了二级结构分析。这两株突变株产酶能力分别为野生株（ｐＡｍｙ４１３）的３％和３６％;胞外α－淀粉酶的分子量同于野生株;末端分析显示,成熟酶第一个氨基酸为Ａｌａ,表明信号肽酶Ｉ在野生型识别窗口Ａｌａ－Ａｌａ－Ａｌａ↓Ａｌａ处切割。结果还表明,Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓα－淀粉酶在Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ中分泌作用属共翻译转移模型     

鸡传染性法氏囊病病毒内蒙古毒株VP2基因的克隆和序列分析

以鸡传染性法氏囊病病毒内蒙古毒株（ＩＢＤＶ-ＮＭ）ｄｓＲＮＡ为模板,用ＲＴ-ＰＣＲ法扩增其主要寄主保护抗原ＶＰ２基因的全长ｃＤＮＡ,克隆于ｐＵＣ１９的ＸｂａＩ／ＫｐｎＩ位点,进行了全序列分析。序列比较发现ＩＢＤＶ-ＮＭ毒株ＶＰ２基因与已报道的其它７个ＩＢＤＶＣＪ８０１ｂｋｆ、Ｃｕ１、ＰＢＧ９８、５２／７０、００２—７３、ＳＴＣ及ＶａｒｉａｎｔＥ毒株之间高度同源,其核苷酸序列的同源率为９１.６％～９６．２％,推测的氨基酸序列的同源率为９６.２％～９８．６％。ＩＢＤＶ-ＮＭ毒株ＶＰ２高变异区的第一个亲水区氨基酸序列与ＣＪ８０１ｂｋｆ、Ｃｕ１、ＰＢＧ９８、５２／７０、ＳＴＣ、００２—７３比较,有一个氨基酸差异,第二个亲水区氨基酸序列与上述６个毒株完全相同。而与ＶａｒｉａｎｔＥ比较,两个亲水区内各有两个氨基酸差异。此外,ＩＢＤＶ-ＮＭ毒株ＶＰ２具有强毒株所特有的７肽保守区：ＳＷＳＡＳＧＳ。这些结果表明,ＩＢＤＶ-ＮＭ毒株为标准血清Ⅰ型ＩＢＤＶ强毒株。     

编码人疱疹病毒－6型核糖核苷酸还原酶和P41蛋白基因的克隆和序列测定

本文报道人疱疹病豢－６型（ＨＨＶ－６）ｐＳＴＹ２８ＤＮＡ片段的序列测定。应用分子克隆、缺损突变体（Ｄｃｌｅｔｉｏｎｍｕｔａｎｔ）制备和序列测定等技术,完成了３．９ｋｂＨＨＶ－６ｐＳＴＹ２８ＤＮＡ片段的全序列测定。经ＤＮＡＳＩＳ核酸蛋白软件分析,该片段含有两个开读框架（ＯＲＦ）核糖核苷酸还原酶（ＲＩＲ）ＯＲＦ有２４１４个核苷酸,可编码８０５个氨基酸;Ｐ４１蛋白由１１００个核苷酸组成。与其他疱疹病毒作氨基酸同源性比较,ＨＨＶ－６ＲｉＲ与人巨细胞病毒（ＨＣＭＶ）有高度同源性,最适记分（Ｏｐｔｉｍｉｚｅｄｓｃｏｒｅ）达４５９。实验结果支持Ｅｓｆｔａｔｈｉｏｕ提出的论点,ＨＨＶ－６属于β－疱疹病毒。     

信号肽C—端和成熟蛋白N—端氨基酸序列的变化对α—淀粉酶分泌作用…

本文利用ｐＡｍｙ４１３质粒通过定点诱变技术,在α－淀粉酶基因的２８７和２９１位分别引入１个Ｇ和Ｃ,代替原来的Ｔ和Ｇ,构建成质粒ｐＡＭＹ４１３Ｂ使成熟的α－淀粉酶Ｎ－端＾７Ｌｅｕ＾８Ｍｅｔ变为＾７Ａｒｇ＾８Ｉｌｅ,ｐＡｍｙ４１３Ｌα－淀粉酶信号序列因引入１个多酶切点接头而比ｐＡｍｙ４１３的２９个氨基酸增加了１３个氨基酸,创造了１个新的信号肽酶Ｉ识别窗口Ａｌａ－Ｇｌｎ－ＡｌａＳｅｒ,利用计算机对该信号     

传染性法氏囊病病毒CJ－801bkf毒株VP2 cDNA基因结构的分析

以传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＮ）中国毒株ＣＪ－８０１ｂｋｆ的基因组Ａ片段ｄｓＲＭＡ为模板,经反向转录和ＰＣＲ扩增,克隆了保护性抗原ＶＰ２ｃＤＮＡ基因。经Ｓａｎｇｅｒ法测序,确定了ＶＰ２ｃＤＮＡ基因有１４８４个核苷酸,推测了ＶＰ２氨基酸的顺序,与已报导的６株ＩＢＤＶ毒株ＣｕＩ、ＰＢＧ９８、５２／７０、００２－７３、ＳＴＣ和ＶａｒｉａｎｔＥ的ＶＰ２区做了比较,证明：克隆的ＣＪ－８０１ｂｋｆＶＰ２ｃＤＮＡ基因是全长的,含有正确的起始密码子ＡＴＧ;ＣＪ－８０１ｂｋｆ与毒株Ｃｕｌ和ｐＢＧ９８同源性最高;ＣＪ－８０１ｂｋｆＶＰ２高可变区内两个亲水区的氨基酸顺序与ＣｕＩ、ＰＢＧ９８、５２／７０、００２－７３和ＳＴＣ完全相同;７肽区内第三个丝氨酸残基则变异为精氨酸。这些结果提示,中国ＣＪ－８０１ｂｋｆ毒株应属标准血清Ｉ型ＩＢＤＶ弱毒株。     

家蚕核型多角体病毒gp64基因的克隆和全序列测定

：Ｂｍ ＮＰＶ ｇｐ６４ 基因在杆状病毒分子生物学和杆状病毒表达系统研究中具有重要的作用,以ＡｃＭＮＰＶ ｇｐ６４ 基因为探针,杂交显示Ｂｍ ＮＰＶ ｇｐ６４ 基因定位于其基因组Ｂａｍ ＨＩ酶切的４ ．２ｋｂ 和７－４ｋｂ 片段上,克隆阳性片段,重组质粒分别命名为ｐＺＤＢＭ４２ 和ｐＺＤＢＭ７４ 。对重组质粒进一步杂交,将片断更精确定位于０－４５ｋｂ 片段、０－７５ｋｂ 片断上和１－１５ｋｂ 片断上,将三个片断ＤＮＡ 进行序列分析,结果表明：Ｂｍ ＮＰＶ 的ｇｐ６４ 基因的开放阅读框（ＯＲＦ） 有１５３０ 核苷酸,编码５０９ 个氨基酸。序列同源性比较显示,Ｂｍ ＮＰＶ ｇｐ６４ 基因和ＡｃＭＮＰＶｇｐ６４ 基因的核苷酸序列同源性达８４－３ ％ ,氨基酸序列同源性达９４－７ ％ 。Ｂｍ ＮＰＶ ｇｐ６４ 基因Ｃ 端的信号肽序列和Ｎ 端的锚定序列对于Ｂｍ ＮＰＶ 表达系统的改进具有重要的意义。     

水稻几丁质酶基因RCH8创伤导转录及启动子功能分析

高等植物几丁质酶基因受病害侵染、真菌激发子、乙烯、机械创伤等诱导转录。我们已经测定过水稻Ⅰ类几丁质酶基因ＲＣＨ８的ＤＮＡ序列。为了研究水稻中与防卫反应有关的几丁质酶基因启动子的活怀、功能和表达调控。我们以ＲＣＨ８几丁质酶基因保守的编码区序烈 探讨针,分别在创伤处理２－２４ｈ后提取水稻叶片的总ＲＮＡ作Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交,发现创伤处理６ｈ可以检测到几丁质酶基因的表达,１２ｈ表达水平最高。合成了一个与