糙皮侧耳热胁迫背景下RT-qPCR内参基因的筛选

通过文献报道和对糙皮侧耳基因组进行搜索,得到14个候选基因。以40℃热胁迫不同时间（0, 1,2, 4, 8, 12 h）的菌丝作为材料,通过反转录得到的候选基因片段,进行实时荧光定量PCR筛选,使用geNorm、NormFinder、BestKeeper 3种软件对结果进行分析,筛选得到稳定的内参基因β肌动蛋白（β-actin）、假定蛋白（sar1）。此外,选取2种热应激反应基因Hsp9、Hsp90作为靶基因,分别以筛选得到的稳定、不稳定基因以及多个内参基因作为内参进行分析,结果显示选用多个内参基因时能够缩小不同基因作为内参导致的结果差异。     

斑地锦RT-qPCR内参基因的筛选

实时荧光定量PCR(RT-qPCR)的前提条件之一是具有合适的内参基因。为筛选斑地锦(Euphorbia maculata)合适的RT-qPCR内参基因,该文利用同源克隆法克隆斑地锦GAPDH、EF-1α、act、UBQ、TUB-α、eIF-4A、CYP等基因片段,RT-qPCR检测7个候选内参基因在斑地锦不同生长期根、茎、叶和果实中的表达情况,并用geNorm、NormFinder和BestKeeper等生物学软件对各候选基因表达稳定性进行评价。结果表明:(1)克隆的GAPDH、EF-1α、act、UBQ、TUB-α、eIF-4A、CYP基因片段为729、808、753、422、233、656、313 bp,分别编码242、269、250、140、77、218、103个氨基酸,与其他植物相应氨基酸序列的最高同源性均在85%以上。(2)综合3个分析软件分析内参基因表达稳定性得出,表达稳定性排名为UBQ>EF-1α>TUB-α>eIF-4A>GAPDH>CYP>act。因此,可以选取UBQ作为斑地锦RT-qPCR分析的内参基因,用于不同生长期基因组织特异性表达研究。     

无患子RT-qPCR内参基因的筛选与验证

无患子根、茎、叶、花和果皮均含有生物活性物质三萜皂苷,为了解三萜皂苷生物合成途径中相关基因的表达水平,需要筛选稳定表达的内参基因。以无患子根、茎、叶、芽、雄花、雌花和不同发育时期的果皮为材料,根据无患子转录组数据,选择Sm18S,SmACT,SmTBCC,SmEF-1α,SmRPL1,SmRPS26,SmUBC12,SmUBP等8个基因作为候选内参基因。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测这些候选内参基因的表达量,并利用geNorm、NormFider和BestKeeper三个软件及RefFinder在线分析工具评价候选内参基因的稳定性。结果表明,8个候选内参基因的表达量在所有样本间的变化幅度存在差异;geNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件筛选出的最佳内参基因略有不同;综合分析结果表明SmACT、SmRPL1和SmUBP表达较为稳定,SmEF-1α稳定性最差;以SmACT、SmACT+SmRPL1组合和SmACT+SmRPL1+SmUBP组合为内参对三萜皂苷生物合成途径中的8个候选基因进行校准所得的表达量基本上保持一致,且相对表达量结果与转录组数据基...     

草菇不同菌株RT-qPCR参考基因筛选

适合的参考基因是应用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)技术进行基因表达分析的前提。本研究以7个食用菌常用参考基因(β-TUB 1、GPD、ACTB、Ras、α-TUB、β-TUB 2和SPRYp)为候选基因,利用RT-qPCR检测其在草菇常用生产菌株(CPS)V844、V5、V971和V844继代退化菌株(SDS) T8、T12、T16、T20中的表达;用Genorm、NormFinder和BestKeeper3种软件分析候选基因的表达稳定性,并结合几何平均数法筛选出最佳参考基因。结果表明,SPRYp、α-TUB和β-TUB2基因适用于草菇常用生产菌株检测,SPRYp、GPD和α-TUB基因适用于草菇继代退化检测,SPRYp基因适用于两种条件的检测。两两差异分析表明,草菇常用生产菌株的最佳参考基因组合为SPRYp、α-TUB和β-TUB 2,继代退化菌株的最佳参考基因组合为SPRYp和GPD,两种条件混合菌株的最佳参考基因组合为SPRYp和α-TUB。     

葱鳞葡萄孢菌诱导下韭菜RT-qPCR内参基因的筛选和验证

葱鳞葡萄胞菌引起的韭菜灰霉病是影响韭菜产量和品质的主要因素之一。为了筛选出感染灰霉病后韭菜叶片中稳定表达的内参基因用于基因定量表达分析,以模拟接种和接种葱鳞葡萄孢菌24、48、72 h的韭菜叶片为材料,基于前期的转录组测序结果选取UBC1、UBC2、UBQ1、UBQ2、GAPDH3、GAPDH4、TUB、EF-1α、40S RP、DDX、eIF-1A、PABP和DnaJ共13个基因为候选内参基因,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测13个基因的表达情况,采用geNorm、NormFinder、BestKeeper软件和Reffinder在线程序对候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果表明,13个候选内参基因中UBQ1的Ct值变化范围最小,表达水平最稳定。GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件筛选出的最佳内参基因不同,RefFinder综合评估显示,UBC2和UBQ1是韭菜叶片接种葱鳞葡萄孢菌后表达稳定性较好的基因,DDX是稳定性较差的基因。为了验证所筛选内参基因的可靠性,选择6个稳定性不同的候选内参基因分别作为定量分析的内部参照,对接种葱鳞葡萄孢菌后不...     

热胁迫下棉花粉蚧内参基因的筛选

【目的】筛选出热胁迫下棉花粉蚧Phenacoccus solenopsis的实时定量PCR最适内参基因。【方法】 本研究应用实时荧光定量PCR技术测定了棉花粉蚧2龄若虫、3龄若虫和雌成虫α-tub, β-tub, rpl32, GAPDH, SDHA和TBP共6个候选内参基因在7个不同温度处理（恒温18℃和 32℃, 以及37℃, 39℃, 41℃, 43℃和45℃热激处理1 h并在26℃恢复1 h）下mRNA表达水平的稳定性;应用geNorm, Bestkeeper, Normfinder和RefFinder软件分析6个基因表达的稳定性。【结果】 在不同高温胁迫下2龄若虫6个候选内参基因的稳定值M由小到大依次为α-tub（0.579）< GAPDH（0.654)< TBP（0.663）<β-tub（0.668）< rpl32（0.675）相似文献   

低磷胁迫大豆RT-qPCR内参基因的筛选及谷胱丙肽合成代谢酶的表达

谷胱丙肽在作物耐低磷中起重要作用,而选择稳定的内参基因是保证实时荧光定量PCR(RT-q PCR)结果准确的前提。该研究检测了低磷和正常条件下两个不同磷效率的大豆品种根叶中15个内参基因的表达,Ge Norm、Norm Finder、Best Keeper、ΔCt对比和Ref Finder分析表明PSC、TUB和18sRNA的稳定性最好;同时以这3个基因为内参,检测了不同磷胁迫时期谷胱丙肽合成代谢中两个关键基因谷氨酸半胱氨酸合成酶(γ-ECS)和谷胱丙肽合成酶(hGSHS)的表达水平。结果表明:低磷胁迫下,磷低效品种桂香1号(GX1)根叶中γ-ECS和hGSHS的相对表达量(Fold change,FC)都随着胁迫时间延长而减少;磷高效品种桂夏2号(GX2)根叶γ-ECS以及根中的hGSHS的相对表达量都随着胁迫时间延长而增加,而叶片中hGSHS的相对表达量随胁迫时间增加而降低。谷胱丙肽合成酶基因表达差异可能是品种磷效率差异的原因。该研究结果为大豆低磷抗性分子机理研究提供了理论依据。     

黄芩苷铝胁迫下产肠毒素大肠杆菌内参基因的筛选

[背景]产肠毒素大肠杆菌(Enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)是导致仔猪腹泻的主要致病菌之一,黄芩苷铝对ETEC诱导的仔猪腹泻具有良好的治疗效果,但作用机制尚不明了.[目的]筛选出黄芩苷铝胁迫下ETEC中表达水平最为稳定的内参基因.[方法]采用qPCR技术测定了 12个内参基因 ...     

山羊不同组织器官的内参基因筛选

本研究通过比较9个内参基因在山羊不同组织中的表达水平进而确定最适合研究山羊组织表达的内参基因。本试验以简州大耳羊为试验材料,利用实时荧光定量PCR技术分析9个内参基因(GAPDH,PPIA,18S rRNA,PPIB,UXT,RPLP0,ACTB,EIF3K和TBP)在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、瘤胃、背最长肌和皮下脂肪等组织中的表达差异情况,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper等程序分析了它们的表达稳定性。geNorm和NormFinder程序一致显示TBP表达最稳定,其次是UXT和RPLP0;BestKeeper分析显示18S rRNA表达最为稳定,其次为TBP和ACTB;3个程序一致认为GAPDH表达稳定性最差。综合3个程序分析得出TBP最适合作为山羊组织中的内参基因,其次为UXT和RPLP0,GAPDH表达稳定性最差,不适合作为山羊组织内参,这为后续研究其他目的基因在山羊组织器官中的表达模式提供数据保障。     

柑橘大实蝇内参基因的评估

【目的】柑橘大实蝇Bactrocera minax (Enderlein)是一种危害严重的柑橘害虫。本研究旨在筛选柑橘大实蝇在特定条件下体内稳定表达的内参基因, 以确保使用实时荧光定量PCR分析目标基因表达的可靠性。【方法】选择10种候选内参基因用于进行实时荧光定量PCR（qRT-PCR）, 利用5种软件对柑橘大实蝇在不同虫态下（低龄幼虫、3龄幼虫、1日龄蛹、80日龄蛹、160日龄蛹、雄成虫、雌成虫）以及成虫不同部位（成虫头、胸、腹、整体）中候选内参基因的Ct值进行分析, 明确其表达的稳定性。【结果】在柑橘大实蝇不同虫态和成虫不同部位, 10种候选内参基因的Ct值都处于15~30之间, 各基因Ct值的不同表明各基因的表达量存在差异。 综合分析各种软件对内参基因稳定性的排名, 结合geNorm软件对最佳内参基因数量的分析结果, 推荐在不同虫态下采用UBQ, GAPDH和GST作为内参基因, 在不同成虫部位中采用TUB, GAPDH和GST作为内参基因。【结论】为了获取可信的目标基因表达分析结果, 建议根据不同条件选择使用不同的内参基因组合。本研究结果有利于进一步研究柑橘大实蝇在特定条件下的目标基因表达。     

瓜实蝇耐低温相关生理指标的测定

【目的】了解瓜实蝇Bactrocera cucurbitae(Coquillett)对低温的耐受性,分析其不同发育阶段耐寒力差异。【方法】以不同发育阶段瓜实蝇为实验材料,分别测定并比较了过冷却点、水分、脂肪、甘油和糖类含量的变化情况。【结果】其不同龄期的过冷却点差异显著,5日龄蛹的过冷却点最低,为﹣17.04℃,1日龄幼虫的过冷却点最高,为﹣11.82℃,同一日龄的雌、雄成虫之间的过冷却点无显著差异;其幼虫期和蛹期虫体的含水量随着龄期的增长而下降,从1日龄幼虫79.64%下降到5日龄蛹65.31%,5日龄蛹的含水量显著低于其他龄期瓜实蝇,成虫期各龄期雌成虫含水量均显著高于雄成虫;5日龄幼虫脂肪含量最高,为32.90%,1日龄雄成虫和14日龄雄成虫脂肪含量最低,均为15%;幼虫期甘油含量随着龄期的增长而下降,从3.32μg/mg下降到1.12μg/mg,而蛹期逐渐上升,14日龄雌成虫甘油含量最高,为5.90μg/mg;1日龄幼虫总糖、海藻糖和糖原含量均最高,分别为7.51、0.94和1.93μg/mg,显著高于其他龄期瓜实蝇,蛹期糖类含量逐渐下降,而成虫期糖类含量随龄期增长而逐渐升高。【结论】本研究结果可为正确评估瓜实蝇的地理适应性和低温检疫处理提供依据。     

瓜实蝇幼虫人工饲料设计及其优化

采用正交试验设计,对瓜实蝇幼虫人工饲料四种主要组成成分南瓜∶玉米粉=1∶1、酵母粉、蔗糖、苯甲酸钠进行优化筛选,以瓜实蝇幼虫的存活率、幼虫历期、老熟幼虫化蛹率、平均蛹重和羽化率作为试验考察指标,筛选出上述4种成分在瓜实蝇幼虫基础人工饲料中的最优量为南瓜∶玉米粉=200 g∶200 g、酵母60 g、蔗糖15 g、苯甲酸钠1.2 g。     

Competitive Interactions between Immature Stages of Bactrocera cucurbitae (Coquillett) and Bactrocera tau (Walker) (Diptera: Tephritidae) under Laboratory Conditions

The melon fly, Bactrocera cucurbitae (Coquillett), and the pumpkin fly, Bactrocera tau (Walker), are economically important pests that attack mainly cucurbitacean fruits. The two fruit fly species have similar natural distributions, host ranges, and population growth capacities. This study was designed to assess the asymmetrical competitions through resource exploitation between the larvae of B. cucurbitae and B. tau at different density levels and temperatures, and on different hosts by comparing the relative effects of interspecific and intraspecific interactions on four life history parameters: survival rate, puparial mass, puparial duration, and developmental duration. Our results showed that intraspecific and interspecific competitions occurred under some laboratory conditions, and B. cucurbitae took advantage over B. tau at the high-density level and at low and high temperatures on pumpkin, bitter gourd, and bottle gourd when interspecific competition took place. Intraspecific and interspecific competitions mainly affected the puparial mass and the survival rate of the two fruit fly species but had no marked effect on the puparial duration or development duration.     

生境及气象因子对瓜实蝇雄成虫数量动态的影响

本研究监测了不同生境下瓜实蝇雄成虫的数量动态,分析了气象因子与其数量变动的相关性。结果表明儋州地区瓜实蝇雄成虫发生低谷为每年12月和1月;从2月开始,瓜实蝇雄成虫数量逐渐增加,4-8月达到高峰,从9月开始数量逐渐下降。生境显著影响了瓜实蝇的雄成虫数量,混合菜地、园林区以及混合果园诱集的瓜实蝇雄虫数量多于住宅区、农贸市场、苦瓜地诱集的雄成虫数量。气象因子也显著影响了瓜实蝇雄虫的数量。经逐步回归分析发现瓜实蝇雄虫数量变动受月降水量、月均最高气温、月均最小湿度综合影响,其中月均最高气温是影响瓜实蝇雄虫数量变动的最重要因素。因此,瓜实蝇防控应不仅局限在其寄主园区生境,还应根据其监测的数据对多生境的瓜实蝇进行治理。     

瓜实蝇卵巢的发育阶段及分级

瓜实蝇是热带和亚热带地区最重要的经济害虫之一。本研究拟对卵巢发育进行分级,以判断田间捕获的瓜实蝇是否达到性成熟。室内饲养瓜实蝇成虫,对开始羽化至羽化后80 d的不同日龄成虫卵巢进行解剖,并记录了卵巢长度、卵巢宽度、卵巢指数（卵巢长度＆#215;卵巢宽度）和所含卵粒数。将瓜实蝇卵巢发育过程分为4期6个级别,分别为卵黄发生前期（Ⅰ级和Ⅱ级）、卵黄发生期（Ⅲ级和Ⅳ级）、抱卵期（Ⅴ级）、经产期（Ⅵ级）。随着卵巢的发育,Ⅰ～Ⅴ级卵巢长度和宽度迅速增长,卵巢发育成熟开始产卵以后,Ⅵ级卵巢长度和宽度逐渐减小。Ⅰ级和Ⅱ级卵巢长度与宽度大致相等,以后各期卵巢长度均大于宽度。Ⅲ级和Ⅳ级可见清晰的卵室,卵母细胞迅速增长,卵黄逐渐沉积。Ⅴ级可见清晰的卵粒,整个卵巢呈圆柱状。Ⅵ级开始排出卵子,所含卵粒数显著少于Ⅴ级;虽然此级卵巢长度大于Ⅳ级,但卵巢宽度、卵巢指数与Ⅳ级基本一致;Ⅵ级卵巢可见黄体,可结合黄体判定卵巢所处发育级别。本研究对评估粘虫板捕获的瓜实蝇雌虫生理日龄结构有潜在应用价值。     

Polymorphic microsatellite markers in the Melon Fruit Fly, Bactrocera cucurbitae (Coquillett) (Diptera: Tephritidae)

Bactrocera cucurbitae (Coquillett) is an important insect pest of melon fruit causing extensive losses of production in Asia and Pacific areas. Twelve polymorphic microsatellite loci were isolated from an enriched DNA library of this species and their amplification characteristics are described. Genetic parameters were estimated on 80 individual flies from four natural populations. Allele numbers per locus ranged from three to 20. These microsatellite markers have potential utility in population structure and gene flow studies of B. cucurbitae.     

Toxicity of gallic acid to melon fruit fly,Bactrocera cucurbitae (Coquillett) (Diptera: Tephritidae)

Melon fruit fly, Bactrocera cucurbitae (Coquillett) is an important pest of cucurbits and other vegetable crops. It is not only a serious pest of cucurbit crops but sometimes also attacks non-host plants. In an endeavour to explore secondary metabolites as important and safe means of pest management, we investigated the effects of gallic acid, a phenolic compound, on the growth and development of melon fruit fly, B. cucurbitae. Larval survival and emergence were severely affected by gallic acid treatment. Both decreased in a concentration dependent manner with increase in concentration. Gallic acid-treated larvae took longer duration to pupate and reach the adult stage as compared to control larvae. Inhibitory effects of gallic acid were also observed on larval weight, pupal weight, mean relative growth rate and food assimilated which decreased with treatment. The ability of gallic acid to disrupt the development of B. cucurbitae suggests that the phenolic compound might have caused oxidative stress in the body of the insect.     

三种常见实蝇的形态学、生物学和生态学比较

对瓜实蝇Bactrocera (Tetradacus) minax (Enderlein)、桔小实蝇Bactrocera (Bactrocera) dorsalis (Hendel)和桔大实蝇Bactrocera (Zeugodacus) cucurbitae (Coquillett)的形态学、生物学、生态学等方面进行了比较和分析,包括三种实蝇在国内外的分布情况,对寄主选择的差异,各种虫态的形态特征,发育历期和生活史,并对它们的危害状况和防治方法分别作了介绍,可为3种实蝇的鉴定和防治提供参考.