基于网络药理学及体外实验探究野蚕豆根抗氧化活性及其作用机制

利用网络药理学和体外实验探讨野蚕豆根抗氧化活性物质基础及作用机制。首先,采用DPPH法、ABTS法、清除羟自由基法对野蚕豆根进行体外抗氧化实验验证;通过TCMSP数据库和文献搜索筛选出野蚕豆根中的活性物质,同时收集其作用靶点;借助OMIM、GeneCards数据库获得氧化应激相关疾病靶点;将野蚕豆根成分靶点与氧化应激靶点取交集,通过STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interaction networks, PPI);利用R语言对交集靶点进行基因本体(GO,Gene Ontology)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析;借助AutoDock 1.5.7软件对核心成分及关键靶点基因进行分子对接,通过Pymol进行可视化操作;利用蛋白质免疫印迹(Western blot)检测进行机制验证。结果显示,野蚕豆根提取物对DPPH自由基、ABTS自由基和羟基自由基有一定的清除能力,其半数抑制浓度(IC₅₀)分别为0.166、0.054和0.1...     

花旗松素通过激活Nrf2/HO-1/HIF1α/Autophagy信号通路对H_2O_2所致H9C2细胞氧化应激保护作用的研究

氧化应激(oxidative stress,OS)是缺血性心肌病(ischemic cardiomyopathy,ICM)的主要发病机制之一,抗氧化应激损伤是防治缺血性心肌病的关键。为了探讨花旗松素(taxifolin,tax)对过氧化氢(hydrogen peroxide,H_2O_2)诱导的大鼠心肌细胞H9C2氧化应激的影响及其可能的分子机制,将培养的H9C2心肌细胞随机分为对照组(Control)、氧化应激组(H_2O_2)、tax预处理组(tax+H_2O_2)、tax单独处理组(tax)。通过观察细胞形态的改变,检测细胞内活性氧(reactive oxygen species,ROS)和丙二醛(malondialdehyde,MDA)的生成、自噬体自噬泡的形成,以及自噬(autophagy)相关蛋白质LC3 I/II、p62的表达,验证tax对氧化应激及自噬的影响。同时,通过检测Nrf2、HO-1、HIF1α的表达,研究可能存在的分子机制。研究发现tax可缓解H_2O_2诱导的H9C2细胞氧化应激,表现为细胞肥大形态缓解、ROS生成降低、MDA产生减少,而且Nrf2/HO-1/HIF1α蛋白的表达升高,自噬水平升高。实验结果表明:tax可能通过激活Nrf2/HO-1/HIF1α/Autophagy信号通路促进自噬及抗氧化应激,从而发挥心肌保护作用。     

基于网络药理学和分子对接探索桑白皮治疗糖尿病周围神经病变的潜在机制

本研究运用网络药理学和分子对接方法对中药桑白皮治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的活性成分、潜在作用靶点和信号通路进行研究,探索桑白皮治疗DPN的可能作用机制。首先从中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出桑白皮的活性成分及靶点基因。通过GeneCards数据库及OMIM数据库筛选出DPN的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-靶基因-疾病"中药调控网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。运用R语言对关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。其次从活性成分及靶点基因中根据degree值筛选出前3个关键成分,并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序,选择前3个核心靶点,然后从RCSB数据库下载相关蛋白的结构,使用Pymol软件去除溶剂分子与配体,使用AutoDock软件进行分子对接。最后通过酶联免疫吸附实验和荧光光谱实验验证网络药理学富集分析的结果。最终预测到31个桑白皮活性成分,312个活性成分相关靶点,120个桑白皮-糖尿病周围神经病变共同有效靶点。活性...     

基于网络药理学和实验验证探讨黄芪散治疗阿尔茨海默病的作用机制CSCD

运用网络药理学方法探讨黄芪散治疗阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的作用机制。通过TCMSP数据库检索黄芪散的有效成分及相关靶点;采用DisGeNET和GeneCards数据库搜集AD靶点,通过String在线数据库构建靶蛋白相互作用网络,采用R语言对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。采用Aβ25-35诱导PC12细胞损伤作为AD细胞模型,通过MTT法检测细胞存活率,采用显微镜观察细胞形态和突触生长,通过透射电镜观察PC12细胞自噬小体,利用试剂盒检测活性氧(reactive oxygen species,ROS)含量;最后采用ELISA法和Western blot实验对网络药理学主要预测的生物过程与信号通路进行验证。结果共获得黄芪散44个有效成分,对应靶点134个,与AD相关靶点共102个,KEGG相关信号通路前20条,GO分析前20个生物学过程。细胞实验证实了黄芪散能有效增加PC12细胞的存活率和突触长度,有效促进Aβ_(25-35)诱导的PC12细胞自噬小体包裹受损线粒体,降低其炎症因子IL-1β、IL-18、TNF-α的含量,降低ROS水平,升高LC3Ⅱ/Ⅰ比值,上调PINK1、parkin、BDNF蛋白表达,下调p62、NLRP3蛋白表达。黄芪散可能是通过激活PINK1/parkin通路促进线粒体自噬,降低ROS水平进而抑制NLRP3炎症小体的活化和改善突触可塑性而发挥治疗AD作用。     

基于网络药理学的益母草治疗产后腹痛的潜在分子机制研究

本文通过网络药理学方法探讨益母草治疗产后腹痛的潜在分子机制。首先根据TCMSP数据库和文献挖掘益母草的活性成分,在TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach平台上检索活性成分靶点,在OMIM、GeneCards上检索产后腹痛靶点,得到益母草-产后腹痛交集靶点。利用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,接着利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析,并对拓扑分析筛选出的核心靶点进行基因本体论(Gene Ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。最后利用免疫组化实验验证益母草对流产大鼠模型子宫组织中PGF2αR、MMP9、TIMP1、VEGFA、VEGFR2蛋白表达水平的影响。最终得到益母草活性成分10种,与产后腹痛相关靶点144个;通过PPI网络分析筛选出118个靶点,进一步拓扑分析后得到98个节点;然后对这98个节点进行GO和KEGG注释。GO分析得到1151个生物过程(BP)条目,97个细胞组成(CC)条目,122个分子功能(MF)条目;KEGG分析得到41条通路,主要涉及雌激素、PI3K-Akt、MAPK、HIF-1信号通路等。最后免疫组化实验证明益母草可显著抑制流产模型大鼠子宫组织中PGF2αR、MMP9蛋白上调和TIMP1、VEGFR2蛋白下调。本研究通过网络药理学和免疫组化实验验证,显示益母草治疗产后腹痛是多成分、多靶点、多途径相互作用的结果,为益母草的临床应用提供了一定的理论依据。     

基于网络药理学探究芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的机制

本研究通过体外实验与网络药理学相结合的方法分析芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的相关作用机制。制备高糖环境下视网膜血管内皮细胞的体外模型,探究芍药苷对糖尿病视网膜病变的保护作用;从TCMSP、 UniProt、 PubChem、 PharmMapper、 SwisstargetPrediction、 GeneCards、 OMIM、 DrugBank、 TTD数据库获取芍药苷和糖尿病视网膜病变的作用靶点,使用韦恩图获取核心靶点;基于STRING数据库,采用Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用网络和“药物-靶点-疾病”网络;应用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,并用AutoDock软件将芍药苷与核心靶点进行分子对接验证。体外实验结果显示,芍药苷能显著抑制视网膜血管内皮细胞的增殖,降低其迁移能力并减少管腔形成长度。网络药理学结果显示共获取芍药苷治疗糖尿病视网膜病变的核心靶点154个,其中度值较高的靶点包括VEGFA、 IL6等。GO功能共富集到705个GO条目,主要涉及细胞对药物的反应、血管内皮细胞迁移的调节、细胞增殖的调节等生物过程;KEGG通路富集...     

哈蟆油通过激活PI3K/Akt/NF-κB途径保护氧化应激损伤的大鼠卵巢颗粒细胞

本文探讨哈蟆油含药血清对H_2O_2致大鼠卵巢颗粒细胞氧化应激损伤的保护作用与分子机制。将大鼠原代卵巢颗粒细胞分为6组:正常对照组、H_2O_2模型组、阳性药对照组、哈蟆油含药血清低、中、高剂量组。CCK-8法检测哈蟆油含药血清对H_2O_2致颗粒细胞氧化应激损伤细胞活力的影响;实时荧光RT-PCR法检测PI3K、AKT3 mRNA的表达水平;Western blot检测p-Akt(Ser473)、NF-κB信号通路相关蛋白的表达。结果发现与正常对照组相比,H_2O_2刺激后细胞活性明显下降,哈蟆油含药血清能够提高颗粒细胞存活率。机制研究发现,哈蟆油含药血清通过恢复H_2O_2诱导细胞增殖相关PI3K、AKT3 mRNA水平,上调p-Akt(Ser473)、IKKβ、NF-κB(p65)蛋白的表达,下调IκBα蛋白的表达。以上结果表明,哈蟆油对H_2O_2诱导卵巢颗粒细胞氧化应激损伤具有保护作用,其作用机制可能与调控PI3K/Akt/NF-κB信号通路密切相关。这可能是其抗氧化的作用机制之一。     

基于网络药理学和体外实验探讨附子-干姜抗心肌缺血再灌注损伤的作用机制CSCD

运用网络药理学方法探讨附子-干姜(Aconiti Lateralis Radix Preparata-Zingiberis Rhizoma,AZ)抗心肌缺血再灌注损伤(myocardial ischemia-reperfusion injury,MI/RI)的潜在机制。通过中药系统药理数据库TCMSP筛选AZ的活性成分;Disgenet数据库获得MI/RI靶点;STITCH数据库获得蛋白互作;用DAVID数据库获得GO功能富集与KEGG信号通路并利用Cytoscape 3.8.0进行绘图;细胞实验验证网络药理学预测的结果。结果共获得AZ活性成分16个、治疗靶点171个;作图分析发现AKT1、IL6、TNF为潜在靶点;GO富集分析发现AZ可能通过凋亡、炎症、血管舒张发挥治疗作用;KEGG分析发现AZ可能通过PI3K-AKT信号通路、TNF信号通路、HIF信号通路发挥治疗作用;体外研究发AZ可使缺氧复氧损伤的大鼠血管内皮细胞存活率提高、降低凋亡率、氧化损伤;提高HIF-α、VEGF、eNOS蛋白的表达。附子-干姜激活HIF/VEGF/eNOS信号通路,降低血管内皮细胞氧化损伤、凋亡率发挥抗心肌缺血再灌注损伤的作用。     

基于网络药理学与分子对接探究黄芩有效成分对酒精性肝病的作用机制及效果验证

通过网络药理学和分子对接技术探究中药黄芩治疗酒精性肝病的作用机制，并通过体外细胞实验验证黄芩有效成分对酒精性肝病的治疗效果。在TCMSP、Swiss ADME和Swiss Target Prediction数据库中检索获得黄芩有效成分及其作用靶点；在GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD和PharmGKB数据库中检索获得酒精性肝病相关的疾病靶点；利用String数据库构建靶点相互作用网络；通过Metascape数据库对关键靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析、基因本体(GO)富集分析。采用Cytoscape 3.8.0软件构建黄芩治疗酒精性肝病的“有效成分-靶点-通路”互作网络，并筛选出黄芩有效成分和关键靶点进行分子对接。基于网络药理学和分子对接结果，采用体外细胞实验初步验证预测结果。将黄芩有效成分进行ADME筛选后共获得27个，且这27个有效成分可以通过257个基因靶点对酒精性肝病起到治疗作用，其中关键核心靶点有SRC、AKT1、PIK3R1、STAT3、PIK3CA等。KEGG信号通路富集分析结果显示，黄芩治疗酒精性肝病的主要信号通路包括癌症的途...     

基于网络药理学及实验验证探讨益气温阳活血利水中药组分配伍防治慢性心力衰竭作用机制CSCD

利用网络药理学及分子对接预测益气温阳活血利水中药组分配伍防治慢性心力衰竭(chronic heart failure)潜在靶向作用机制。通过文献检索及课题组前期经验,确定黄芪、桂枝、丹参、葶苈子四味益气温阳活血利水代表药物。采用TCMSP、BATMAN-TCM平台筛选四种药物的活性成分并预测相关作用靶点;利用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选CHF相关靶点;通过String数据库构建蛋白互作PPI网络;利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG通路分析;通过Cytoscape 3.8.0软件构建网络关系图;通过Autodock vina进行分子对接。共收集得到化合物21个,CHF靶点共10759个,其中黄芪总皂苷、丹参总酚酸、葶苈子水提物及桂皮醛与疾病的交集靶点分别为75、56、163、27个,根据degree值筛选核心靶点40个;GO分析和KEGG通路分析分别将排名靠前的条目可视化;分子对接结果显示四种中药活性成分与核心靶点结合能稳定。动物实验结果显示,组分配伍能改善心功能,降低血浆中B型钠尿肽前体(NT-proBNP)、心肌肌钙蛋白I(cTnI)、升高血清中超氧化物歧化酶(SOD)、降低丙二醛(MDA),改善心肌细胞凋亡。本研究初步揭示了黄芪总皂苷、丹参总酚酸、桂皮醛与葶苈子水提物组分配伍多成分、多靶点、多途径治疗CHF的机制,作用机制可能与细胞凋亡、氧化应激、炎症反应及能量代谢有关。     

基于网络药理学和实验验证探究糖肾宝复方治疗糖尿病肾病的作用机制

网络药理学方法结合分子生物学实验探究糖肾宝复方（Tangshenbao compound,TSB）治疗糖尿病肾病（diabetic nephropathy, DN）的作用机制。使用TCMSP、Pubchem、Swiss Target Prediction数据库,结合相关文献,得到TSB相关活性成分与靶点;通过GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库,获得TSB治疗DN候选靶点;利用在线作图软件绘制“TSB-DN”候选靶点Venn图,并结合Cytoscape 3.7.2软件进行GO和KEGG富集分析;然后使用PyMOL、AutoDock Tools和AutoDock Vina软件完成活性成分配体与靶蛋白晶体结构对接;再通过体外培养小鼠肾小球系膜细胞Mcs进行细胞实验验证,实时荧光定量PCR检测各组细胞中STAT3、PIK3CD、PIK3R1、MAPK8及关联性靶点Ets-1 mRNA表达水平,CCK-8法检测24 h后的细胞活性。结果发现,Swiss Target Prediction数据库合并处理后共获得TSB作用靶点835个,联合GeneCards、DisGeNET、OM...     

基于网络药理学的杜仲-山茱萸配伍治疗糖尿病的作用机制

为探讨杜仲-山茱萸治疗糖尿病的作用机制。研究利用网络药理学的方法,首先通过中药系统药理学数据库筛选出杜仲和山茱萸的活性成分和相关靶点,再利用DisGeNET、DrugBank等数据库筛选出糖尿病的潜在靶点。以STRING数据库对活性靶点构建蛋白互作网络(PPI)分析,采用Cytoscape3.7.0软件绘制其“成分-靶点-通路”的相互作用网络,通过CludterProfiler对靶蛋白进行生物过程、细胞组分及分子功能分析;京都基因与基因组(KEGG)的代谢通路分析。实验结果筛选得到杜仲-山茱萸有效成分30个,其中槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇等成分对PTGS2、DPP4、ADRB2、PPARG等相关靶点通过IL-17信号通路、钙信号通路、脂肪细胞脂解的调控等参与氮化合物代谢过程、血液循环、脂肪细胞分化和血压调节等过程。综上,杜仲-山茱萸配伍治疗糖尿病存在多成分和多重药理作用机制,为进一步研究其治疗糖尿病药理实验提供了参考,也为其他中药的相关研究提供借鉴和参考。     

基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨黄柏治疗痛风的作用机制CSCD

采用网络药理学、分子对接和体外细胞实验探讨黄柏抗痛风(gout)的物质基础与潜在作用机制。首先通过TCMSP数据库获得黄柏主要活性成分及其对应作用靶点信息;通过GeneCards、OMIM、TTD数据库获得痛风相关疾病靶点;将黄柏有效成分对应靶点与痛风靶点取交集,借助STRING平台及Cytoscape3.9.0软件,绘制交集基因蛋白互作(PPI)网络图;利用基因注释与分析平台(Metascape)数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,通过微生信云平台对富集结果可视化;借助AutoDock Tools软件对核心成分及关键靶点基因进行分子对接,并对核心化学成分抗痛风炎症作用进行实验验证。共筛选出25个黄柏抗痛风活性成分和70个关键交集靶点,PPI网络分析获得5个关键靶点包括蛋白激酶B1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARγ)、白介素6(IL-6)、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS 2);GO功能和KEGG通路富集显示,黄柏作用于细胞迁移的正向调控、细胞分化的负调控、炎症反应等生物学过程,调控PI3K-Akt、MAPK等信号通路,进而发挥抗痛风作用。分子对接结果显示,黄柏的5个主要活性成分与关键靶点间存在分子结合位点且结合能较强,均小于-5 kcal/mol;体外实验显示核心化学成分对尿酸钠诱导的炎症反应有较好的抑制作用,本研究初步揭示了黄柏具有多种潜在的抗痛风活性成分,其作用机理可能是通过作用于多靶点和多通路来实现的。     

基于网络药理学方法研究丹参-葛根配伍治疗冠心病的作用机制

为探讨丹参-葛根治疗冠心病的作用机制。利用网络药理学,首先在中药系统药理学分析平台获取丹参-葛根活性成分和作用靶点,然后在TTD、DrugBank和Disgenet数据库获取冠心病作用靶点,最后利用网络药理学分析软件及相关数据库进行靶蛋白相互作用网络(PPI)构建、靶点富集分析和活性成分-靶点-通路网络构建。结果显示筛选出61个活性成分和68个共有靶点。GO分析结果显示丹参-葛根参与RNA聚合酶II启动子的转录和炎症等多种生物学过程,靶标主要集中于细胞外空间、质膜和核等部位。KEGG分析结果显示丹参-葛根配伍调节包括HIF-10、PI3K-Akt、TNF和Jak-STAT等信号通路。综上所述,丹参-葛根中的活性成分丹参酮ⅡA、木犀草素和葛根素等通过HIF-10、PI3K-Akt、TNF和Jak-STAT等信号通路对TNF、VEGFA、TP53和IL6等相关靶点发挥血压调节、血管生成和炎症反应等作用。本研究结果为进一步研究丹参-葛根的药理作用提供了参考。     

NODs信号通路在RAW264.7细胞抗烟曲霉菌刺激中的作用

【目的】通过培养RAW264.7细胞,并运用siRNA沉默NOD2基因来研究NODs信号通路在体外抗烟曲霉中的作用。【方法】体外培养RAW264.7细胞,接种2×105个/孔细胞于六孔板中,分为正常对照组(N)和正常沉默组[NOD2(RNAi),正常+烟曲霉孢子刺激组(N+Af)和正常沉默+烟曲霉孢子刺激组[NOD2(RNAi)+Af],每组三复孔。通过RT-PCR法检测细胞中NOD1、NOD2、RIP2 mRNA表达;Western blot法检测细胞中分泌蛋白TNF-α表达。【结果】与N组比较,N+Af组NOD1、NOD2 mRNA和TNF-α蛋白表达显著上升。与阴性对照组(Nctrol)相比,NOD2(RNAi)组NOD2 mRNA表达明显受到抑制,沉默效果达到80%以上,说明RAW264.7细胞中NOD2基因被成功沉默。与NOD2(RNAi)组比较,NOD2(RNAi)+Af组NOD1、RIP2 mRNA和TNF-α蛋白表达小幅上升,但无显著性差异(P>0.05)。与NOD2基因沉默前比较发现:与N组比较,NOD2(RNAi)组,TNF-α蛋白表达显著性升高(P<0.05)。与N+Af组比较,NOD2(RNAi)+Af组,TNF-α蛋白显著性降低(P<0.05);NOD1、RIP2 mRNA在各组中表达均未见显著性差异。【结论】NODs信号通路在RAW264.7细胞抗烟曲霉中发挥作用,尤以NOD2的作用较突出。     

基于网络药理学研究6-姜辣素改善L6成肌细胞糖脂代谢紊乱的作用机制

运用网络药理学研究6-姜辣素改善糖脂代谢紊乱的作用机制,并通过高果糖高油酸培养的L6大鼠成肌细胞模型进行验证。借助TCMSP数据库、SwissTargetPrediction数据库、GeneCards数据库,对6-姜辣素作用糖脂代谢紊乱的靶点进行预测,运用软件Cytoscape 3.7.1构建化合物靶点-疾病网络关系,采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析,利用R包进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;运用KEGG Mapper对富集基因进行基因映射。结合GO富集分析、KEGG通路分析和基因映射结果,该研究选择PI3K-AKT信号通路、mTOR、NF-κB-p65、ERK分子进一步进行体外实验验证。通过高果糖高油酸构建L6大鼠成肌细胞糖脂代谢紊乱模型,对细胞进行甘油三酯(TG)测定和油红染色,蛋白免疫印迹法(Western blot)检测炎症相关蛋白IL-1β、TNF-α的表达,实时荧光定量聚合酶链式反应(real time polymerase chain reaction, RT-PCR)和蛋白免疫...     

基于网络药理学分析芪贞元丹治疗动脉粥样硬化的作用机制*

目的: 基于网络药理学方法,探究中药复方芪贞元丹治疗动脉粥样硬化(AS)潜在的作用靶点和分子机制。方法: 查找TCMSP数据库,获得中药复方芪贞元丹中黄芪、女贞子、延胡索、丹参的活性成分和靶点,在OMIM等数据库中检索AS的靶点,使用Cytoscape绘图工具构建分子网络;检索STRING数据库并绘制PPI网络图,获取芪贞元丹治疗AS的关键靶点;并上传至Metascape数据平台对其进行GO和KEGG分析。结果: 芪贞元丹与AS有交集靶点118个,作为干预AS的作用靶点。芪贞元丹对抗AS可能与细胞因子介导、细胞因子受体结合等GO过程相关。KEGG富集结果显示155条通路与AS相关,主要涉及PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB通路和炎症性肠病相关通路。结论: 通过网络药理学实验初步揭示芪贞元丹复方治疗AS的作用机制,复方中的槲皮素、山奈酚等活性成分作用于IL-6、PI3K-Akt等靶点,通过抗细胞凋亡、抑制氧化应激、抑制炎症反应等发挥抗AS作用,证明芪贞元丹复方治疗AS是多成分、多靶点、多途径协同作用的过程。     

基于网络药理学和实验验证探讨光甘草定治疗去势抵抗性前列腺癌的作用机制

本研究结合网络药理学、分子对接和体外细胞实验探讨光甘草定治疗去势抵抗性前列腺癌的作用机制。利用中药数据库HERB、TCMIO、TCMSP、PharmMapper和BATMAN-TCM、Swiss Target Prediction数据库共筛选出248个药物靶点,利用DisGeNET数据库收集到683个疾病靶点,通过韦恩图工具获取药物-疾病靶点55个。通过PPI分析以及拓扑学分析得到AKT1、TP53、ESR1、EGFR等10个核心靶点蛋白。使用R studio软件的“clusterProfiler”包进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,GO富集分析分析得到847个条目(P<0.01),涉及对类固醇激素的反应、蛋白激酶B信号、对营养水平的反应等,KEGG富集分析得到PI3K/AKT信号通路、蛋白聚糖在癌症中的作用、前列腺癌等105个相关信号通路(P<0.01)。运用AutoDock软件进行分子对接,结果表明光甘草定与核心靶点具有较好的结合性。CCK8法检测细胞增殖发现光甘草定可抑制PC-3细胞增殖(P<0.05),流式细胞术和DAPI染色镜下观察发现光甘草定可促...     

基于网络药理学的枇杷叶抗肺纤维化机制研究

目的:基于网络药理学和分子对接方法,分析枇杷叶治疗肺纤维化机理和分子靶点.方法:本研究通过对TCMSP数据库、Uniprot数据库、Stitch数据库以及GeneGards等多个数据库的数据挖掘,筛选枇杷叶主要活性成分及其靶点并获得肺纤维化相关交集靶标基因,利用Cytoscape 3.7.2软件构建靶蛋白互作网络图和药...     

基于体外细胞实验和网络药理学探讨槐定碱治疗前列腺癌的作用机制

基于体外细胞实验、网络药理学和分子对接探讨槐定碱(sophoridine, SRI)对DU-145前列腺癌细胞增殖、凋亡的影响及其作用机制。MTT、克隆形成以及免疫荧光实验检测SRI对DU-145细胞增殖的影响,流式细胞术检测细胞凋亡情况。qPCR检测Ki67、PCNA、Caspase-3/7、Bcl-2、Bax以及p38MAPK mRNA表达。Western blot检测PCNA、Caspase-3、Bcl-2、Bax、p38MAPK以及p-p38MAPK蛋白表达。利用TCMSP、HERB、Swiss Target Prediction和PharmMapper数据库获得SRI靶点,利用OMIM、GeneCards数据库收集前列腺癌靶点,并通过Venny2.1.0筛选两者的共同靶点。利用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络,采用Cytoscape3.9.0软件进行网络拓扑学分析以及PPI网络可视化。通过DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路分析。采用AutoDock1.5.6软件进行分子对接。细胞实验结果表明S...