基于科研反哺教学的生物分离工程实验教学改革研究

基于科研团队最近几年关于微生物产灵菌红素的科研成果,以灵菌红素系列产品为主线,引入分离纯化所涉及的不同单元操作,辅以其影响因素,尝试构建一套符合国家对应用型创新型生物工程技术人才要求的生物分离工程实验教学体系。     

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。     

谈生物课堂中学生科研素质的培养

科学研究是一项很有规律的活动 ,科研人员需要经过专门的培养和训练从而具备科研素质。中学时期是科研思想的启蒙阶段 ,在学习过程中 ,学生会接触到一些生物学实验和生物学现象 ,了解一些生物学家的事例 ,如果我们在教学过程中能抓住这些契机 ,适当地引导学生建立起初步的科研思想 ,相信会对他们今后进行真正的科学研究有相当的益处。1　科学的研究方法新教材的绪论在讲到“学习高中生物课的要求和方法”时 ,明确指出 :“要重视理解科学研究的过程 ,学习科学研究的方法”。教师在课堂教学中 ,如能结合具体教学内容 ,介绍科学家们研究一些生…     

镇江东方公司为广大的科研工作者和生物发酵工程项目提供系统、配套的服务

公司多年来。一直致力于生物发酵工程的液体、固体及特殊新型生化反应设备的研究与制造，以优质的产品、周到的服务提供从实验室到中试、生产用的各类发酵设备。体积从3L到300KL，公司产品广泛应用于现代教学、科研、制药、食品、农业、环保、生物工程等各个领域。并承接从淀粉制糖到发酵工程的全套交钥匙项目。     

生物教师运用CAI应注意的问题

随着以计算机技术和网络技术为核心的现代科技的开发和应用在教育领域的日渐渗透,传统的教学手段教学形式发生了重大变化。CAI(计算机辅助教学的简称)是近年兴起的一种较先进的教学手段,利用计算机可以创设符合学习主题的学习情境,创设出为理解主题所需要的但又是学生所欠缺的接近真实的经验情境,创设有利于发展联想思维和建立新旧概念联系的情境;利用计算机可以对事物内部变化规律和微观过程作动态的模拟和再现,这是其他教学媒体无法做到的。CAI能更好地帮助教师解决生物教学中的重点和难点,将抽象难理解的知识直观展示给学生,所谓“百…     

微生物学教学中一个重要的辅助环节——本科生科研训练

为提高学生实验技能 ,在大学本科生 3年级阶段 ,实施了科研训练计划。从该计划实施的必要性、实施内容与结果等方面作了介绍。实践证明 ,这是一项重要的教学辅助环节 ,不仅可增进师生间的交流 ,有利于改进教学效果 ,同时也提高了学生的兴趣 ,并锻炼了他们的思维和动手能力。     

试论生物教学中信息活动的策略

本文主要从教学结构的导入、展开、整理三阶段,论述了生物教学中信息活动的策略。     

四种常用的生物序列比对软件比较

随着高通量测序技术的快速发展,下一代测序技术也迅速发展为生物领域中的主流技术,而理解下一代测序数据最重要的一步是比对。比对是进行后续生物信息分析的基石,也因此催生了很多比对软件。本文主要选取了四种常用的比对软件Bowtie2、BWA、MAQ和SOAP2,对这四种软件及算法进行综述,并通过实际测序数据对四种软件进行比较和评估,为生物学研究者选择最佳的短序列比对软件提供理论和实践依据。     

基于专利分析的3D生物打印产业发展态势研究

目的:揭示3D生物打印产业技术研发态势和专利布局,以期为相关机构提供竞争情报,为行业发展提供数据支撑。方法:基于3D生物打印领域产业调研和技术分解,构造检索式获取数据,多维度量化分析领域专利。结果:3D生物打印产业发展可分为孕育期、萌芽期和高速发展期;该产业集中度较低,处于分散竞争阶段;申请人多依据地缘因素选择合作对象,合作方之间多为不同类型的机构;中国申请人的专利申请量占全球的比重已接近50%,但美国申请人的专利篇均被引频次仍远超中国;美国申请人更关注海外市场。结论:3D生物打印产业尚未形成规模效应,有必要整合业内资源,打造产业集群;中、美两国在该产业都具有优势地位,中国亟待加强海外专利布局;综合权衡专利数量和质量,美国申请人的专利竞争力仍高于中国,中国需培育更多核心专利。     

生物催化剂研发及生物催化技术的产业化

资源危机与环境压力已经成为现代人类社会实现可持续发展的主要瓶颈,着眼于发展环境友好、过程高效的工业生物技术,有望对社会发展产生巨大的引领和带动作用,工业生物技术的发展将成为解决能源、环境和资源问题的关键,而生物催化是工业生物技术的核心技术.本文介绍了生物催化在工业可持续发展中的地位,国内外研究进展及其影响,并对新型生物催化剂的发现与新的催化功能的开发应用实例进行了介绍.     

DipoCoup: A versatile program for 3D-structure homology comparison based on residual dipolar couplings and pseudocontact shifts

A program, DipoCoup, is presented that allows to search the protein data bank for proteins which have a three dimensional fold that is at least partially homologous to a protein under investigation. The three dimensional homology search uses secondary structure alignment based on chemical shifts and dipolar couplings or pseudocontact shifts for the three dimensional orientation of secondary structure elements. Moreover, the program offers additional tools for handling and analyzing dipolar couplings.     

组织学与胚胎学数字化教学及考评模式的建立及应用

随着现代技术和信息技术的发展及其在高等学校教学领域中的广泛应用,利用现代网络技术,构建数字化网络多媒体教学平台已经成为新的教学理念。本文对建设适用于以学生自主学习为主导的数字化教学及考评模式进行了初步探讨。     

基于生态系统服务理论的生态福祉内涵表征与评价

当前中国积极倡导生态文明建设,深入研究生态系统服务与人类福祉的关系具有理论和实践意义.本文界定了基于生态系统服务理论的生态福祉概念及其内涵,参考有关国民经济核算理论及相关研究成果构建了生态福祉供给与消费的评价指标,借鉴区位熵理论提出了区域生态福祉红线的刻画方法,在此基础上以2012年中国大陆省区生态福祉评价为例进行实证.结果表明: 2012年,中国大陆地区耕地、林地、牧草地、湿地、水域以及未利用地等6类生态系统生产净值分别为14819.25、81948.06、41762.77、42457.60、31770.84和1337.62亿元;省际生态系统生产净值的空间异质性明显;从供给水平来看,东部和中部省区林地、牧草地、湿地、耕地以及未利用地等5类人均生态福祉多在红线之下,整体低于全国平均水平;从消费水平来看,人均9种生态福祉的空间分布以“胡焕庸线”为界呈现“西北高-东南低”的分布格局.人口密度因素、土地资源禀赋共同导致中国大陆生态福祉的空间分布不均衡特征.     

组织学与胚胎学虚拟仿真实验教学平台的构建

虚拟仿真实验课程建设,是推进现代信息技术与实验教学项目深度融合、拓展实验教学内容广度和深度、延伸实验教学时间和空间、提升实验教学质量和水平的重要举措。开展虚拟仿真实验教学能够强化学生实验基本技能、激发学生求知欲、培养学生创造性、提高学生专业技能,在组织学与胚胎学实验教学中具有重要意义。     

Ramanome technology platform for label-free screening and sorting of microbial cell factories at single-cell resolution

Phenotypic profiling of natural, engineered or synthetic cells has increasingly become a bottleneck in the mining and engineering of cell factories. Single-cell phenotyping technologies are highly promising for tackling this hurdle, yet ideally they should allow non-invasive live-cell probing, be label-free, provide landscape-like phenotyping capability, distinguish complex functions, operate with high speed, sufficient throughput and low cost, and finally, couple with cell sorting so as to enable downstream omics analysis. This review focuses on recent progress in Ramanome Technology Platform (RTP), which consists of Raman spectroscopy based phenotyping, sorting and sequencing of single cells, and discuss the key challenges and emerging trends. In addition, we propose ramanome, a collection of single-cell Raman spectra (SCRS) acquired from individual cells within a cellular population or consortium, as a new type of biological phenome datatype at the single-cell resolution. By establishing the phenome-genome links in a label-free, single-cell manner, RTP should find wide applications in functional screening and strain development of live microbial, plant and animal cell factories.     

BiNChE: A web tool and library for chemical enrichment analysis based on the ChEBI ontology

Background

Ontology-based enrichment analysis aids in the interpretation and understanding of large-scale biological data. Ontologies are hierarchies of biologically relevant groupings. Using ontology annotations, which link ontology classes to biological entities, enrichment analysis methods assess whether there is a significant over or under representation of entities for ontology classes. While many tools exist that run enrichment analysis for protein sets annotated with the Gene Ontology, there are only a few that can be used for small molecules enrichment analysis.

Results

We describe BiNChE, an enrichment analysis tool for small molecules based on the ChEBI Ontology. BiNChE displays an interactive graph that can be exported as a high-resolution image or in network formats. The tool provides plain, weighted and fragment analysis based on either the ChEBI Role Ontology or the ChEBI Structural Ontology.

Conclusions

BiNChE aids in the exploration of large sets of small molecules produced within Metabolomics or other Systems Biology research contexts. The open-source tool provides easy and highly interactive web access to enrichment analysis with the ChEBI ontology tool and is additionally available as a standalone library.

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.1186/s12859-015-0486-3) contains supplementary material, which is available to authorized users.     

研究生细胞分子生物学教学探索

为了培养具有科研思雏、德才兼备的研究生,在细胞分子生物学的教学中,从与人类生活及疾病相关的问题入手,以近年诺贝尔生理学或医学奖获奖相关工作为主线,要求学生阅读指定文献并自己查阅相关文献,采用启发式或讨论式等多种方式开展教学,让学生在学习过程中经历了文献查阅、综述撰写、会议报告的制作等过程,使学生掌握了基础理论,增强了发现问题的意识,培养了解决问题的能力,提高了学术交流的技能。从而使学生的道德修养和综合素质有了显著提高,为今后从事科学研究工作奠定了良好的基础。