IBM PC机上的核酸顺序数据库及其检索方法

我们在微型电脑IBM PC机上开发了一个核酸顺序数据库及其管理和分析系统。该库数据丰富且能更新,管理和分析软件系统功能强,结构设计合理、灵活,检索和管理比较方便。本文介绍了该库的作用及其各种检索方法。分析程序系统NASA(Nucleic Acid Sequence Analysis)将另文发表。     

核酸顺序的计算机辅助分析系统

本文介绍了一个在微机(IBM PC)上实现的、用于核酸顺序分析的计算机程序系统.该系统由三个层次和18个功能块构成,菜单及人机对话使得用户能较快地掌握和使用它.在编程中,采用了树结构、先进后出栈和稀疏矩阵等数据结构技巧,运用了Bayes法等统计分析方法,Kruskal算法和Floyd算法等一系列图论方法也被得到应用,这个软件系统的推出对于分子生物学研究具有一定的积极作用.     

核酸适配体及其亲和力的表征方法

介绍核酸适配体及体外指数富集配体系统进化技术的原理,着重介绍核酸适配体不同靶标的亲和力表征方法,并对这些方法的优、缺点进行比较,建议未来可以联合多种互补的检测技术进行亲和力的相互印证。     

鸡dbSNP数据库的检索与应用

dbSNP数据库为广大研究者提供了丰富的SNPs信息,充分地利用dbSNP数据库中的资源将大幅度降低研究成本提高研究效率。结合本实验室的研究工作,对鸡dbSNP数据库的检索和应用进行了一些探索。认为根据研究目的的不同,dbSNP数据库的检索和应用有必要同其它的数据库相结合。     

《动物学记录》及其检索方法

《动物学记录》及其检索方法胡俊荣（河北大学图书馆保定０７１００２）关键词动物学文献检索２１世纪是生物学世纪,为了使科研工作者及时全面地了解有关动物学的文献,现介绍一种报道性的动物学检索刊物———《动物学记录》。《动物学记录》（ＴｈｅＺｏｏｌｏｇｉｃａ...     

聚丙烯酰胺凝胶固定核酸方法及其应用

固相核酸已被广泛用于DNA/cDNA微阵列、固相PCR及其它核酸与生物分子检测的传感技术中.和硬质玻璃载片相比,三维聚丙烯酰胺凝胶作为固定核酸的载体具有结合核酸容量高、利于反应的类似液相环境和较少的空间效应等优点.综述了丙烯酰胺凝胶作为固定核酸载体的发展历史.着重介绍了丙烯酰胺修饰核酸直接聚合固定的方法以及在DNA芯片、焦测序、固相PCR(克隆)、及全基因组测序等核酸分析中的应用.     

核酸提取方法进展

核酸提取是分子生物学的基本方法,也是核酸诊断中最关键的方法,它是下游诊断、分析和制备的前提。过去的核酸提取方法繁琐费时且有限。目前,核酸提取方法已经取得了较大进步。本文综述了核酸提取方法的进展情况,包括传统的基于溶液的抽提方法、现在常用的柱提取法、正兴起的多效生物分子抽提法和自动化抽提系统等。多效生物分子抽提法、自动抽提系统的微型化和完全自动化或者它们的组合是核酸提取技术未来发展的方向。     

核酸及其生物学作用

核酸和蛋白貭一样是具有高度特异性的大分子物貭,它不仅参与原生质和細胞器的建造,而且对物貭代謝的各个环节都有最直接的关系。它与生长、发育、繁殖、遺传、形态建成等基本的生命活动机能也有密切的关系。核酸早在1868年就由麦什尔(Friedrich Miescher)从包裹伤口绷带上的脓細胞中发現了,但直到最近十多年来,确定了核酸的重要性以后,核酸的研究才得到迅速的发展,并且所取得的成就是惊人的,对了解生命的本质問題很有帮助。本文着重介紹核酸的結构及其生物学意义的一些主要方面,列述如下。     

限制性核酸内切酶BamH1的识别顺序 dG_pG_pA_pT_pC_pC 的化学合成

本文报道用硅胶柱层析分离二酯法合成产物的新方法及限制性核酸内切酶BamH 1接头dG_pG_pA_pT_pC_pC 的化学合成。其合成路线是:(1)以溶剂抽提法制备MMTrG_p~(Bz)G_p~(Bz)A~(Bz)-OH,其3'-OH 以磷酸氰乙酯和MSCl 反应磷酸化得到MMTrG_p~(Bz)G_p~(Bz)A_p~(Bz)(Ⅰ);(2)用硅胶分离法制备MMTrT_pC_p~(An)C~(An)-OAC,脱去5'-MMTr 保护基后得HO-T_pC_p~(An)-OAC(Ⅱ);(3)Ⅰ与Ⅱ缩合,脱去保护基后制得dG_pG_pA_pT_pC_pC(图2)。硅胶层析法与抽提法比较,前者有较高的分离效力和速度,并且产品中所含色素较少。硅胶层析法和3'-OH 磷酸化方法的应用,加快了DNA 短片段的合成。     

限制性核酸内切酶BamH1真的识别顺序dG_pG_pA_pT_pC_pC的化学合成

本文报道用硅胶柱层析分离二酯法合成产物的新方法及限制性核酸内切酶BamH1接头dG_pG_pA_pT_pC_pC的化学合成。其合成路线是:(1)以溶剂抽提法制备MMTrG_p~(Bz)G_p~(Bz)A~(Bz)-OH,其3'-OH以磷酸氰乙酯和MSCl反应磷酸化得到MMTrG_p~(Bz)G_p~(Bz)A_p~(Bz)(Ⅰ);(2)用硅胶分离法制备MMTrT_pC_p~(An)C~(An)-OAC,脱去5'-MMTr保护基后得HO-T_pC_p~(An)C~(An)-OAC(Ⅱ);(3)Ⅰ与Ⅱ缩合,脱去保护基后制得dG_pG_pA_pT_pC_pC(图2)。硅胶层析法与抽提法比较,前者有较高的分离效力和速度,并且产品中所含色素较少。硅胶层析法和3'-OH磷酸化方法的应用,加快了DNA短片段的合成。     

eSNPdb,人类增强子区域单核酸多态性数据库

增强子控制着多能性相关基因的转录,在细胞分化中起重要作用。数以千计的GWAS研究结果表明,一定数量疾病相关的SNP位于增强子区域,且近来的研究发现SNP通过影响增强子的功能引起对疾病的易感性,因此有必要对增强子区域的SNP进行整合和分析。我们建立了e SNPdb数据库,收集了增强子注释、SNP以及相关GWAS数据,将疾病与增强子建立联系。数据库收集了67 268个增强子,在这些区域上有826 350个SNP,其中8 521个与疾病相关。数据库还收集了位于增强子区域的转录因子结合位点信息,以便预测SNP对增强子区域转录因子的结合亲和性的影响。作为目前唯一收集增强子区域SNP信息的数据库,e SNPdb将会是研究增强子在人类疾病中的作用与机制重要的数据资源。     

懒猴高重复顺序DNA的核苷酸顺序分析及其与类α-DNA顺序的比较

为确知懒猴高重复顺序与灵长类类α顺序间的相互关系,我们将懒猴DNA经EcoRI酶切所得到的高重复顺序DNA的最小片段重组到质粒pUC~(12)上,经转化、筛选、鉴定得到含有懒猴高重复顺序片段的克隆,命名为pLS(EcoR Ⅰ)-1,测定其全部核苷酸顺序为641bp,发现该顺序有与类α顺序的相似性,但变异性较大,我们对此进行了讨论。     

间接核酸杂交方法的建立

建立了一种新的核酸杂交手段一间接核酸杂交方法,其突出的优点是用一种共同的核酸标记物就可检查不同的基因组或不同的基因。我们重组乙型肝炎病毒或EB病毒的核酸片段于噬菌体M_(13)mp8载体,以此重组的单链DNA为第一夹心层,用~(32)P标记的双链噬菌体DNA作为共同探针,检查乙型肝炎病毒和EB病毒的核酸,获得满意的结果。应用该法进行细胞内的原位杂交,检查细胞内存在的EB病毒基因效果亦佳。     

核酸生物传感器及其研究进展

核酸生物传感器在涉及分子生物学的研究领域具有重要意义.为适应分子生物学及其相关学科的发展需要,其研究正成为90年代生物传感技术研究热点.文章对核酸生物传感器的工作原理、分类、研究现状以及发展趋势作了较详细的介绍.     

锁核酸的特点及其应用

近期 ,锁核酸 (lockednucleicacid ,LNA)作为一种新颖的核苷酸衍生物在药学研究领域引起了人们的广泛关注 ,有希望成为分子水平治疗各种疾病的新突破口 .它是一种特殊的双环状核苷酸衍生物 ,结构中含有一个或多个2′ O ,4′ C 亚甲基 β D 呋喃核糖核酸单体 ,核糖的 2′ O位和 4′ C位通过不同的缩水作用形成氧亚甲基桥、硫亚甲基桥或胺亚甲基桥 ,并连接成环形 ,这个环形桥锁定了呋喃糖C3′ 内型的N构型 ,降低了核糖结构的柔韧性 ,增加了磷酸盐骨架局部结构的稳定性 .由于LNA与DNA/RNA在结构上具有相同的磷酸盐骨架 ,故其对DNA、…     

大鼠高重复顺序DNA的核苷酸顺序分析及其与灵长类类α-DNA顺序的比较

 啮齿目动物高重复顺序DNA的结构特征,虽已有人进行过分析,并提出大鼠DNA中有酶切位点分布独特的高重复顺序,也有人认为在Sprague-Dawlay大鼠中有类似于α-DNA大小的高重复顺序,并命名为α型(α-type),是否大鼠中也含有类α顺序,并没有人讨论过。我们对Wistar大鼠高重复顺序DNA进行了分离、纯化、分子克隆及核苷酸序列分析,测定了全序列为370bp,它也是具有酶切点分布独特的高重复顺序,但与前者存在着18％的差异性。我们对此顺序与灵长类类α-DNA进行了比较分析,发现二者在几方面都不存在相似之处,如此序列G-C含量占全部碱基组成的37.3％,而类α顺序的G-C含量约在40％以上,一些酶切位点也与类α-DNA完全不相同,另外在此序列的相应位置上也不具有灵长类类α-DNA的三个“冷点区”等等,由此得出大鼠这一高重复顺序并非类α顺序,而类α顺序只是灵长类动物所特有的。     

检索生物学文献的工具──RU软盘数据库评介

检索生物学文献的工具──ＲＵ软盘数据库评介陈贤钦（北京师范大学生物学系１００８７５）生物学是当今自然科学中最为活跃的学科之一，其文献数量增长十分迅速。据统计，美国生物学文摘（ＢＡ及ＢＡ／ＲＲＭ）收录报道的生物学文献，近年来每年都在５０万篇以上。面对如...     

基于Ovid平台的BIOSIS Preview数据库检索应用初探

本文详细介绍了Ovid平台的BIOSIS Preview数据库检索途径、方法以及特色,并应用实例进行了检索示范.