基于细胞色素b基因的中国岩羊不同地理种群遗传差异分析

为了揭示中国岩羊不同地理种群的遗传差异,探讨岩羊亚种分化的分子机制,采用中国岩羊不同地理种群的细胞色素b(Cyt b)基因的全序列,分析了碱基变异情况、遗传距离以及核苷酸序列差异。用最大似然法和贝叶斯法构建分子系统树并对获得的拓扑结构进行分析。结果发现,西藏亚种与四川亚种Cyt b基因平均序列差异为4.2%(±0.007),处于偶蹄目亚种的序列差异范围内,支持了目前对岩羊西藏亚种的分类地位。四川亚种内部各地理种群之间的遗传距离(0.033±0.0 111)与它们分别到西藏种群的遗传距离(0.042±0.007)差异不显著(t=1.824,P=0.084),说明四川亚种内部各地理种群间已经发生较显著的遗传分化。其中,四川、甘肃和青海种群亲缘关系较近,并与四川亚种内部的其它种群已产生了显著的遗传分化。因此认为四川亚种内部各地理种群的种下分化需要深入研究。     

从细胞色素b基因全序列差异分析岩羊和矮岩羊的系统进化关系

矮岩羊的分类地位从它被发现后就一直存在着争议。本文测定了分别来自四川和青海的岩羊(Pseudois nayaur)和矮岩羊(Pseudois schaeferi)共7个个体的Cyt b基因全序列(1140bp)，结合山羊(Capra hircus)、北山羊(Capra ibex)、绵羊(Ovis aries)和盘羊(Ovis ammon)同源DNA序列进行比较，分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。用简约法和距离距阵法构建了分子系统树，得到了相同的拓扑结构。结果显示：岩羊和矮岩羊互为单系群，有着较山羊、北山羊、绵羊和盘羊间更近的亲缘关系，它们之间的序列差异(Cyt b＝3．2％)低于牛科不同种间的序列差异水平(8．3％-12．1％)，明显高于种内个体的序列差异，而处于牛科亚种的序列差异范围内。因此，推测矮岩羊与岩羊之间的差异可能已经达到了亚种的水平。它们的分歧时间为l-3百万年[动物学报49(2)：198—204，2003]。     

从细胞色素b 基因全序列分析岩羊和山羊、绵羊的系统发生关系

本文测定了来自四川和青海岩羊的细胞色素b 基因全序列(1 140 bp) , 结合从GenBank 中检索获得的山羊、北山羊、绵羊和盘羊4 个近缘种细胞色素b 核苷酸同源区序列进行比较, 分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。分别采用简约法和距离矩阵法构建分子系统树, 得到了基本相同的拓扑结构, 从分子水平初步探讨了岩羊的系统起源问题。岩羊与山羊属的山羊、北山羊有着比绵羊属的绵羊、盘羊更近的亲缘关系。岩羊与山羊、北山羊的分歧时间大约在3～6 百万年, 而与盘羊、绵羊的分歧时间大约在6～8 百万年。     

星豹蛛不同地理种群COⅠ基因序列差异初步分析

星豹蛛广泛分布于我国南北各省的农田、果园、菜田及森林等生态系统中,是农林害虫的重要天敌。本文测定了采自山西临汾、运城、晋中和忻州4个地区的星豹蛛地理种群细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(932bp),并对此序列及从NCBI网站GenBank上下载的采自国内10个省市星豹蛛相应序列一并进行遗传多样性研究,分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异,采用距离矩阵邻接法和最大简约法构建了不同的分子系统树,得到了相似的拓扑结构,从分子水平初步探讨了星豹蛛不同地理种群的遗传结构。结果表明,星豹蛛地理种群间的COⅠ序列同源性达98%～100%,显示出较大的遗传差异。序列比对后从供试14个COⅠ序列中共检测出41个变异位点和6个单倍型,系统发育分析结果表明种群间存在一定的遗传分化。综合分析,星豹蛛不同地理种群之间的遗传差异较大,遗传多样性水平较高,进一步从分子遗传学角度证明了星豹蛛成为我国广布种的原因。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的版纳鱼螈四个种群遗传多样性与遗传结构研究

版纳鱼螈Ichthyophis bannanicus 是蚓螈类在我国分布的唯一物种,目前已知分布在云南、广西和广东的部分地区.本研究获得4个版纳鱼螈种群的87个个体的线粒体DNA细胞色素6基因1 000 bp序列,对序列变异、遗传多样性、种群结构和种群动态进行了分析.经比对后87个序列发现39个(3.9%)多态性位点,共定义了22个单倍型.序列分析结果显示版纳鱼螈种群单倍型多样性和核苷酸多样性与其它两栖动物接近,说明版纳鱼螈各种群仍保持一定的遗传多样性水平.单倍型网络关系图和系统发生分析均显示来自云南和两广地区的版纳鱼螈分歧明显,已形成了不同的进化谱系.种群遗传结构分析也显示来自云南的勐腊种群与两广各种群之间显著的遗传差异,这提示分布在云南与两广地区的版纳鱼螈应作为不同的管理单元(MU)进行保护.综合两种中性检验(Fu's Fs=9.44,P=0;Tajima's D=1.88,P=0.013)和种群增长指数(g=5415.03±297.55)分析的结果表明,两广地区的版纳鱼螈可能经历近期的种群扩张事件.     

从线粒体细胞色素b基因探讨矮岩羊物种地位的有效性

用采自四川省的岩羊和矮岩羊共18个头骨或皮张标本，分析了线粒体Cyt6基因1140bp的全序列(其中一个样品只测到802bp的基因片段)。用NJ、MP、ML等系统发育分析法分别重建的系统发育树的拓扑结构完全一致，均不支持矮岩羊是单系群。结果提示：所研究的全部样品都属于同一个物种，即岩羊P．nayaur，不支持矮岩羊的物种地位。根据基于17个样品Cyt6基因全序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布，这些岩羊样品聚为5支，根据地理区划和本文分析结果，四川的岩羊可分为摩天岭、川西、川西北、川西南和川北5个种群。基于17个样品Cyt6基因1137bp的编码区，共定义了岩羊的16种单元型，在5个种群间未发现共享的单元型。     

乔氏新银鱼基于细胞色素b序列的种群遗传结构和种群历史

为促进乔氏新银鱼(Neosalanx jordani)种质资源的保护, 采集了长江流域和淮河流域5个乔氏新银鱼地理种群计129个样本, 利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)全序列作为分子标记, 初步分析了乔氏新银鱼种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态。研究结果共检测到18个Cyt b单倍型, 发现和其他鱼类相比, 乔氏新银鱼具有较高的单倍型多样性(h, 0.590±0.047), 但核苷酸多样性较低(π, 0.00088±0.00011)。分子变异分析(AMOVA)表明, 乔氏新银鱼5个地理种群内个体间和流域内种群间均存在显著的遗传差异, 而长江流域与淮河流域之间遗传分化不明显, 显示乔氏新银鱼遗传分化与当前水系的分布格局不吻合。结果表明乔氏新银鱼目前的遗传格局主要是由于长距离独立的建群事件、基因流限制以及种群的持续扩张的共同作用而形成的。种群历史动态分析结果显示乔氏新银鱼种群为近期扩张种群, 其大部分变异发生在1.897万年之内, 与最后一次冰期全面消退、海平面上升、长江流域及淮河流域中下游大量湖泊(适宜生境)形成的时间相吻合。建议对现存的乔氏新银鱼种群, 特别是遗传多样性较高的那些种群(如鄱阳湖、太湖及洪泽湖种群)分别保护。     

中国大鲵五地理种群Cyt b基因全序列及其遗传关系分析

中国大鲵(Andrias davidianus)为特有的珍稀有尾两栖动物,是世界上体形最大的两栖类物种[1]。该物种在中国分布范围非常广,遍及长江、黄河和珠江三大水系,涉及17个省市。大鲵栖息在不同纬度,不同气候带和不同的水系之中,并且由于多方面的原因,使该物种的栖息环境呈现出严重的片断化[2];同时,大鲵对水环境的依赖程度很大,其扩散能力较差,这样大鲵很可能出现不同地理种群的遗传分化和形态变异。在两栖类有尾目中有许多动物存在着由于地理分化引起的遗传差异。mtDNA已被广泛地用于解决种群差异与生物地理的关系,而Cytb基因在线粒体基因组中进化速度适中,较短的一个片段就能包含从种下水平到属水平的系统发育信息;Kenneth等的研究也表明了Cytb基因可以作为研究亚种和种群的生物地理分布的标记基因。国内有学者对中国大鲵进行了形态学、解剖学等方面的深入研究,并与日本大鲵进行了比较,确认了中国大鲵为有效种,但Murphy等用同工酶、ATPase6基因片段和长为306bp的Cytb基因片段对中国的6个大鲵地理种群遗传差异的研究只表明了安徽种群具有独特的遗传特征[3]。同时,Graziano等认为,较短的序列对于系统树基...     

从细胞色素b基因序列差异分析神农架白熊的系统进化关系

神农架白熊的分类地位从它被发现后就一直存在着争议。文章测定了神农架白熊一个个体的Cyt b基因从423~1 140共718 bp的序列, 结合亚洲黑熊(Selenarctos thibetanus)、美洲黑熊(Euarctos americanus)、马来熊(Helarctos malayanus)、棕熊(Ursus arctos)、北极熊(Thalarctos maritimus)、懒熊(Melursus ursinus)、眼镜熊(Tremarctos ornatus)、大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)、小熊猫(Ailurus fulgens)、浣熊(Procyon lotor)同源DNA序列进行比较, 分析了碱基组成频率、替代数、变异位点、简约信息位点数、转换/颠换比率、相似指数和分化指数。用邻接法( NJ)和最大节约法(MP)构建了分子系统树, 得到了基本相同的拓扑结构。结果显示, 神农架白熊与亚洲黑熊的亲缘关系最近, 与大熊猫的亲缘关系较远。     

细胞色素b基因序列与11种熊蜂的系统进化

通过比较一段357b的细胞色素b的序列,分析了熊蜂属5亚属11种熊蜂系统发育关系。5亚属包括Bombus( 5种）,Thoracobombus(3种）,Mendacibombus(1种）,Fervidobombus(1种）和Pyrobombus(1种）,该序列有65个单变异态位点和71个简约信息多态位点,翻译成119个氨基酸序列后有45个氨基酸变异位点。根据P－距离构建的邻接树（NJ tree)和最大简约树（MP tree)都显示同样的结果：Mendacibombus (B.avinovielllus)分化最早;Fervidobombus(B.pensylvanicus)次之;Pyrobombus(B.impatiens)和Bombus形成姊妹群;Bombus亚属是单系群,其中B.ignitus在所研究的5个种中分化最早。     

贺兰山岩羊的生命表和春夏季节社群结构的研究

利用６２架自然死亡的雄性岩羊角,初步探讨了贺兰山岩羊种群的生命表、年龄结构和存活曲线：贺兰山岩羊５．５龄和９．５龄死亡率明显增大,为两个死亡高峰;有一半以上的雄性个体年龄超过８岁;存活曲线基本接近Ａ型．此外,将春季调查的１３９群８０８只岩羊和夏季调查的６７群４４８只岩羊的社群结构进行比较,发现春季与夏季的雌幼比相似,雌雄比都是雄性大于雌性;春、夏季社群大小变化不显（Ｐ＞０．０５）,并且贺兰山岩羊     

菱角萤叶甲不同地理种群及近缘种rDNA-ITS1基因序列初步分析

通过对我国菱角萤叶甲Galerucella birmanica Jacoby 6个地理种群和褐背小萤叶甲Galerucella grisescens Joannis扬州种群的核糖体DNA第1内转录间隔区（rDNA-ITS1）的测序,并调用GenBank中该属其它4种昆虫的同源序列,运用软件DNAStar的MegAlign程序对小萤叶甲属种间、同种不同地理种群之间的ITS1序列的遗传分歧及相似性进行了分析,运用Mega3.0软件建立系统发育关系.序列分析结果表明,rDNA-ITS1基因在小萤叶甲属昆虫中进化速度较快,种下具有一定的差异,种间差异明显.该基因适合小萤叶甲属种间和种下的分类鉴定研究.进化树显示,菱角萤叶甲泰安种群和扬州种群形成一个分支,益阳种群和新余种群形成一个分支,苏州种群和上海青浦种群形成一个分支,这一现象说明6个地理种群的菱角萤叶甲分化与寄主和地理距离之间具有较高的相关性.     

基于线粒体Cyt b 基因的黄海南部和东海银鲳群体遗传结构分析

采用线粒体DNA 细胞色素b 基因片段为遗传标记, 对黄海南部和东海银鲳(Pampus argenteus)群体的遗传结构进行了分析。在所分析的6 个采样点116 个个体中, 共检测到40 种单倍型。6 个群体均呈现出高单倍性多样性(0.647-0.895)和低核苷酸多样性(0.0008-0.0026)的特点。单倍型邻接关系树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构。分子方差分析和Fst 显示银鲳的遗传变异来自群体内个体间, 而群体间无显著遗传分化。Exact 检验表明单倍型在两两群体间分布频率的差异不显著。研究结果表明, 黄海南部、东海银鲳群体间具有高度的基因交流, 是一个随机交配群体。较强的扩散能力, 黄海、东海的海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成黄海南部、东海银鲳群体间遗传同质性较高的原因。       

贺兰山雄性岩羊种群两个时期生命表的比较

2004年4—5月,利用102架自然死亡的雄性岩羊角,分析了贺兰山雄性岩羊种群的生命表、年龄 结构和存活曲线,并与1995年的研究做了比较。结果表明,1．5-4．5龄的死亡率为0％～7．4％,5．5～10．5龄 的死亡率为14．9％～25．0％,11．5-15．5龄的死亡率为40．7％～100％;与1995年相比,第一死亡高峰出现的 年龄段基本相同,而第二死亡高峰出现的年龄段则明显推迟;有64．7％的个体可以活到8龄以上,有7．8％的 个体可以活到13龄以上,与1995年也存在一定差异;1．5～4．5龄的期望寿命与1995年基本一致,但从5．5龄 以后,期望寿命明显提高;与1995年相比,4．5龄以下的死亡率差异不显著;5．5～9．5龄的死亡率差异显著, 而10．5龄以上的死亡率差异极显著。贺兰山岩羊种群虽经10年发展变化,但雄性岩羊的存活曲线依然接近A 型。     

甘肃东大山自然保护区夏季岩羊种群的初步调查

2004年7月和8月,通过样线调查、野外直接跟踪观察和瞬间取样的方法,首次对东大山自然保护区的岩羊种群进行了初步调查。东大山自然保护区夏季岩羊以小群为主,在观察到的720只岩羊中,719只组成了50个群,最大群82只,最小群2只,平均为14.38只,2～10只群占总群数的66%;雌性群占30%,雄性群占26%,混合群占44%,整个东大山的岩羊密度为34.8±19.2只/km2;岩羊的雌雄性比为1∶0.63,成年雌体、亚成体和幼体之比是1∶0.4∶0.24。研究结果表明,东大山近几年的狩猎对岩羊的种群并未造成大的影响。     

发情交配期贺兰山岩羊的集群特征

2003 年和2004 年的11 ～12 月,采用样线法和全事件取样法研究了贺兰山岩羊的集群特征。共观察到岩羊715 群,共计2 473只。发情前期平均群大小3.5±2.8 只(n = 241),发情期平均群大小3.4±3.2 只(n =297)。发情前期与发情期雄性群、雌性群、雌雄群、混合群及母子群大小间均无显著差异。发情前期到发情期群类型组成差异极显著,发情期雌雄群、混合群和独羊比例显著上升;雄性群、雌性群和母子群比例显著下降。发情前期到发情期,雄性岩羊在雄性群、雌雄群、混合群和独羊中的分布差异极显著,成年雌性岩羊在雌性群、雌雄群、混合群、母子群和独羊中的分布差异极显著。发情期4 个年龄等级雄性在雄性群、雌雄群、混合群和独羊中分布差异极显著,4 个年龄等级雄性岩羊都倾向分布于混合群。