双重数字PCR在转基因大豆检测中的应用

利用微滴式数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)平台建立针对MON87705、MON87769、DP356043三种转基因大豆中外源基因的双重PCR检测方法。利用双重数字PCR方法检测特异性、定量范围等参数,优化所用引物探针组合及实验体系程序,检测外源基因与内标准基因的拷贝数。结果表明,所用引物探针组合在数字PCR方法中仅对目标大豆品系有荧光信号,具有特异性,可用于转基因大豆品系的筛选与鉴别。检测了大豆的转基因成分含量,结果与材料标准品参数基本一致,并根据结果设定定量检测限为0.5%,定性检测限为0.05%,可满足低纯度样品检测的需求。双重数字PCR体系能够准确且稳定的满足实际检测需要,在实际应用上具有良好的发展前景。     

一步法双重RT—PCR检测SARS冠状病毒技术研究

参照WHO公布的PCR检测SARS相关冠状病毒的引物序列,我们合成了4对引物,建立了一步法RT-PCR检测SARS相关冠状病毒的方法。利用该方法,对武汉市非典型肺炎疑似病例喉澈液进行了SARS相关冠状病毒检测,其中w20用4对引物检测均在相应的位置出现了DNA条带,W1只有BNIin-s／as引物出现预期产物。同时我们将样品W20的RT-PCR扩增产物进行了序列测定,结果显示该片段序列与其他地区和国家分离的SARS冠状病毒基因高度同源性,这进一步说明RT-PCR扩增的产物是SARS冠状病毒基因片段。在此基础上我们又建立了四种SARS冠状病毒一步法双重RT-PCR检测方法,在一个RT-PCR反应中用两套引物同时对SARS冠状病毒基因两个不同的片段进行检测,检测结果具有更高的特异性。     

食品中克罗诺杆菌属双重PCR检测试剂盒的评价

【背景】在食品安全领域,克罗诺杆菌属于需要重点监测的致病菌,当前随着分子检测相关技术的不断发展,研制有关食品中克罗诺杆菌简便、高效的检测产品至关重要。【目的】研制克罗诺杆菌检测的双重PCR检测试剂盒并评价其用于食品中克罗诺杆菌检测的实效性。【方法】优化双重PCR反应体系,反应试剂采用冻干工艺,确立了试剂盒组成,并评价其特异性、灵敏度、重复性、保质期等性能指标。【结果】克罗诺杆菌标准菌株和分离菌株均在目标位置出现两条明显条带,非克罗诺杆菌标准菌株和分离菌株均检测为阴性,纯基因组DNA检测灵敏度为2.3×10-1 ng/μL,纯培养菌检验限为3.2×104CFU/mL;对65份食品样品进行克罗诺杆菌检测,该试剂盒检测结果与标准方法检测结果一致性较高;批内、批间检测重复率均为100%,可在42°C环境放置120 h且其检测效力不受影响,4°C保质期可长达12个月。【结论】该试剂盒性能好,检测结果稳定、可靠,适用于食品中克罗诺杆菌的快速检测。     

大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR检测方法的建立与应用

目的建立快速检测实验大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR方法。方法根据大鼠冠状病毒N基因、仙台病毒L基因设计特异性引物;经过双重PCR优化,特异性和敏感性的检测,建立双重PCR体系。应用该PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本和实验动物组织样本,并与ELISA方法比对。结果双重PCR扩增出大鼠冠状病毒(168 bp)和仙台病毒(262 bp)目的条带,PCR扩增产物测序结果利用核酸BLAST功能进行同源序列对比,仙台病毒和大鼠冠状病毒同源性分别为100%和99%。仙台病毒和大鼠冠状病毒的检测下限为1.56×10~2 copies/μL。特异性检测对小鼠肝炎病毒扩增,产生片段大小近似大鼠冠状病毒产物。应用建立的双重PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本,30份DNA标本均被检出;检测94份实验动物肺组织样本,结果均阴性。结论建立的双重PCR方法操作简单、快速、特异性强、灵敏度高,能够实现对实验动物仙台病毒和大鼠冠状病毒病原体的快速检测。     

嗜肺军团菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

目的：建立针对嗜肺军团菌Mip基因的实时荧光定量TaqMan PCR检测方法,并进行自来水和空调冷却水模拟标本的检测评价。方法：根据嗜肺军团菌Mip基因的特异性序列设计引物和TaqMan探针,建立嗜肺军团菌的实时荧光定量TaqMan PCR快速检测方法,对方法进行灵敏度及特异性评价,并对自来水和空调冷却水模拟标本中的嗜肺军团菌进行检测。结果：建立的方法对嗜肺军团菌的检测具有高度特异性,与3种非嗜肺军团菌和6种其他呼吸道病原均没有交叉反应;基因组DNA的检测灵敏度为1.6pg／μL,模拟自来水和空调冷却水标本的检测灵敏度为10CFU／mL。结论：建立的TaqMan荧光定量PCR方法特异、灵敏、快速,适于嗜肺军团菌的日常监测和暴发疫情的应急诊断。     

军团菌研究进展

军团菌是一种革兰阴性致病菌,常污染水环境,引起人呼吸道急性感染,可作为生物战剂使用。由于军团菌病暴发范围广,且对人类健康构成了严重威胁,因此越来越受到人们的关注。我们简要综述其病原学、致病机制、实验室检测方法、流行病学和预防控制等方面的进展。     

多重PCR检测技术在食品微生物检测中的应用

现代食品行业,有很多有害的微生物严重危害食品的品质和人们的健康,甚至会引起一些严重的疾病。食品安全是对食品按其原定用途进行制作和(或)食用时不会使消费者受到伤害的一种担保。食品安全急需一些快速、敏感、特异的检测方法,以及时发现致病菌,控制污染及其可能对人体健康产生的危害。多重PCR检测技术具有快速、简便微量等优点,克服了传统检测方法操作繁琐,检测时间较长等缺点,目前正在被应用于微生物致病菌,转基因产品以及肉类品种的鉴定上,具有广阔的发展前景。本文主要是介绍了多重PCR检测技术在食品微生物检测中的原理和应用,以期望在食品微生物检测方面做出贡献。     

珊瑚病原菌株XSBZ03和XSBZ14双重PCR检测方法的建立

【目的】建立珊瑚病原菌株XSBZ03和XSBZ14的双重PCR检测方法。【方法】以XSBZ03和XSBZ14的特异靶序列为对象,开展引物设计和双重PCR检测方法的构建,并确定该双重PCR方法的特异性、敏感性及可靠性。【结果】该检测方法可特异识别菌株XSBZ03和XSBZ14,对XSBZ03和XSBZ14基因组DNA样品的检测极限分别为1.7pg/μL和2.0pg/μL;对XSBZ03和XSBZ14在海水样品中的检测极限分别为6×10~3 CFU/mL和8×10~3 CFU/mL。【结论】该方法具有特异性强、灵敏度高等优点,可对由菌株XSBZ03和XSBZ14引起的珊瑚疾病进行准确快速的诊断,为今后开展珊瑚疾病防控和无特定病原的珊瑚移植提供了可靠手段。     

双重实时荧光PCR法检测食品和饲料中的鸡源性成分

根据鸡线粒体DNA细胞色素b基因序列和内参照基因PUC18质粒基因序列设计特异性引物和以不同荧光素标记的TaqMan探针。通过对反应条件的优化筛选,建立能同时扩增鸡源性成分和内参照基因成分的双重实时荧光PCR检测方法。设置内参照反应是为了监控反应体系中是否含有PCR反应的抑制物,避免出现假阴性结果。分别以鸡、鸭、鹅、火鸡、牛、羊、猪、鱼、兔、驴、鹿、狗、马、鸽子、大豆、玉米、小麦、大米、马铃薯及番茄的线粒体DNA作为模板进行特异性试验,结果表明该方法仅能特异性扩增鸡源性成分,而对其它物种未见有效扩增。通过灵敏度测试,该方法检出限达0.01%。所制定的方法特异性高,灵敏度好,可以作为食品和饲料中鸡源性成分的高效检测方法。     

通用引物双重PCR在节肢动物物种鉴定中的应用

【目的】本研究旨在使用基于线粒体基因通用引物的双重PCR技术同时扩增单一样本中两条标记基因,从而达到简化节肢动物物种鉴定流程的目的。【方法】在一次PCR实验中同时加入可扩增线粒体COI基因和16S rDNA两个不同分子标记的引物,对3纲8目14科的14种节肢动物物种标本的基因组DNA进行扩增;扩增产物经电泳和胶回收后测序,并BLAST在线搜索相似序列,验证基于通用引物的双重PCR在不同的动物类群中用于物种鉴定的有效性。【结果】应用基于COI和16S rDNA的引物从分属于3纲8目14科的14种节肢动物基因组DNA中均可成功扩增目的基因;扩增产物测序结果进一步证实了扩增的准确性。【结论】通过本方法进行物种的分子鉴定,不仅可以保证物种鉴定的高准确率,还可以明显减少时间与DNA样本量的消耗,这对需要快速准确鉴定物种或珍稀的材料样本十分重要。     

A new duplex PCR assay for the rapid screening of mating-type idiomorphs of pathogenic Sporothrix species

Sporothrix schenckii and allied species are thermodimorphic fungi widely distributed in nature which causes human and animal sporotrichosis, the most common subcutaneous mycosis globally. Sporotrichosis is acquired after a traumatic inoculation of soil or plant material contaminated with Sporothrix propagules or through bites and scratches from diseased cats. In Ascomycota, the master regulators of sex are MAT genes that lie in a single mating-type locus, in Sporothrix these are determined by two nonhomologous alleles, MAT1-1 and MAT1-2. We assessed the whole-genome sequences of medically relevant Sporothrix to develop a single-tube duplex PCR assay to screen S. brasiliensis, S. schenckii, S. globosa, and S. luriei idiomorphs (MAT1-1 or MAT1-2) and understand the distribution and incidence of mating-type strains from natural populations. Using our duplex PCR assay, a 673 bp amplicon (α-box protein) was consistently amplified from all MAT1-1 isolates, while a 291 bp fragment was only amplified from the isolates harboring MAT1-2 (HMG box). Molecular evidence suggests heterothallism (self-sterility) as the unique mating strategy among the species evaluated. The mating-type identity of 93 isolates revealed a nearly equal distribution (1:1 ratio) of mating type alleles within species but deviating between different outbreak areas. Remarkably, for S. brasiliensis in Rio de Janeiro, we report an overwhelming occurrence of MAT1-2 (1:13 ratio; χ² = 10.286, P = 0.0013) opposing the high prevalence MAT1-1 in the Rio Grande do Sul (10:1 ratio; χ² = 7.364, P = 0.0067). Therefore, the population structure of Sporothrix species refers from paucity to regular cycles of sexual recombination in most of the studied regions. Our PCR-based mating-type diagnostic assay is proposed here as an important marker to track the geographical expansion during the long-lasting outbreak of cat-transmitted sporotrichosis driven by S. brasiliensis.     

Development of a novel PCR assay specific for Riemerella anatipestifer

AIMS: Riemerella anatipestifer is a significant pathogen of waterfowl and turkeys. Due to their similar ecology and morphological and cultural characteristics it is important to differentiate R. anatipestifer infections from those caused by Pasteurella multocida. Present study describes a novel PCR assay that is capable of rapid and species-specific identification of R. anatipestifer from bacterial cultures. METHODS AND RESULTS: An ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus)-PCR fragment common to all tested isolates was used as a target for primer design. After optimization, the assay was tested on 72 R. anatipestifer strains isolated from clinical samples and identified using biochemical tests. All of these gave positive results, while heterologous pathogens, including different serotypes of P. multocida, proved to be negative. The assay was also capable of demonstrating R. anatipestifer directly from five clinical samples. CONCLUSIONS: The presented PCR is suitable for proper identification of R. anatipestifer from culture. Preliminary investigation showed that the test could be suitable for detection of the pathogen from clinical samples as well. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: The described PCR assay will improve the fast and proper identification of R. anatipestifer.     

Molecular epidemiology of Legionella pneumophilia serogroup 1 by ribotyping with a non-radioactive probe and PCR fingerprinting

Abstract Hybridization with acetylaminofluorene-labelled 16 + 23 S rRNA from Escherichia coli was used to detect DNA polymorphism among Legionella pneumophila serogroup 1 isolates. Isolates from unrelated patients showed at least four different rRNA restriction patterns, whereas those from related patients showed a single pattern. Amplification of genomic regions with an arbitrary primer by polymerase chain reaction was used to further analyze the isolates. Related isolates showed closely related patterns while unrelated isolates displayed six distinct patterns. We could differentiate the majority of unrelated isolates with the combination of the patterns obtained with the ribotyping and the PCR fingerprinting, while strains from the same outbreak remained highly related. The ribotyping and the PCR fingerprinting are proposed as useful and easy to perform epidemiological markers of L. pneumophila serogroup 1 infection.     

PCR-酶切技术快速鉴定军团菌

[目的]建立一种新型的军团菌鉴定方法,并探讨该法在鉴定环境水源和临床标本军团菌菌株中的应用价值.[方法]根据军团菌16S rRNA基因保守序列设计引物,以分离培养得到的可疑军团菌菌株作为模板,采用PCR法对模板扩增,并用限制性内切酶对PCR产物进行酶切分析,建立一种嗜肺军团菌及非嗜肺军团菌的鉴定方法.对16株嗜肺军团菌、22株非嗜肺军团菌及12株其他细菌标准菌株进行检测,验证该方法的可靠性,最后用该法检测广州地区分离的169株可疑军团菌菌株并进行基因测序.[结果]该PCR方法检测嗜肺军团菌及非嗜肺军团菌所有标准菌株均为阳性,非军团菌检测结果均为阴性;进一步的Hinf Ⅰ酶切分析可准确的区分嗜肺军团菌标准菌株;广州地区分离的169株可疑军团菌菌株经该法检测发现160株为军团菌,其中79株为嗜肺军团菌,与基因测序检测结果一致.[结论]PCR-酶切技术可快速、特异地检测军团菌及嗜肺军团菌,适用于环境水源和临床标本可疑军团菌菌株的检测.     

聚合酶链反应-酶切分型鉴定广州地区环境水源军团菌

【目的】探讨聚合酶链反应-酶切分型在快速鉴定环境水源军团菌方面的应用价值,并了解广州地区环境水源军团菌的分布状况。【方法】对广州地区采集的44份环境水样,作军团菌分离培养,再对分离菌株进行16Sr DNA PCR-酶切分型鉴定、16S rDNA基因测序和mip基因测序鉴定。【结果】在广州地区环境水源分离的112株军团菌,经聚合酶链反应-酶切分型鉴定、16S rDNA基因测序和mip基因测序鉴定,检出嗜肺军团菌66株,非嗜肺军团菌46株,其中菲氏军团菌20株,戈氏军团菌17株,橡树岭军团菌7株,长滩军团菌2株。【结论】聚合酶链反应-酶切分型检测环境水源军团菌是一种简便、快速、特异的鉴定方法;在广州地区环境水源中普遍存在军团菌,主要是嗜肺军团菌,其次是菲氏军团菌,戈氏军团菌,橡树岭军团菌和长滩军团菌。     

水产品中创伤弧菌和副溶血弧菌双重PCR检测方法的建立

目的 建立一种同步检测创伤弧菌和副溶血弧菌的双重PCR方法。方法 选择副溶血弧菌tlh基因和创伤弧菌vvhA基因作为靶序列各设计一对引物。用合成的引物对副溶血弧菌和创伤弧菌进行双重PCR扩增,确定特异性和最低检出限。然后用此方法对53株副溶血弧菌和7株创伤弧菌进行检测。结果 确定了双重PCR检测创伤弧菌和副溶血弧菌的最优反应条件,其中退火温度为60 ℃,方法具有较好的特异性。对副溶血弧菌的最低限为1.0×102 CFU/mL,创伤弧菌最低限为4.2×104 CFU/mL。双重PCR对分离株检测符合率达100%。结论 建立的双重PCR方法简便、快速、特异性好,可同时检测副溶血弧菌和创伤弧菌,为水产品中病原菌的基层检测提供解决方案。     

Development of a duplex PCR assay for detecting Theileria luwenshuni and Anaplasma phagocytophilum in sheep and goats

Experimental and Applied Acarology - Coinfections with the tick-borne pathogens Theileria luwenshuni and Anaplasma phagocytophilum can cause significant economic losses in sheep and goat farming....