云南古蚖属六新种(原尾纲:古蚖目)

描述了采自云南的 6个古新种 :高黎贡古Eosentomongaoligongense、怒江古E nujiangense、紫溪古E zixiensis、禄劝古E luquanense、盈江古E yingjiangense和瑞丽古E ruiliense。     

嗜盐古菌分类学研究进展

嗜盐古菌是一类需要高盐维持生长的古菌。到目前为止,已发现的嗜盐古菌都属于古菌域的广古菌门,主要包括:嗜盐甲烷古菌类群、嗜盐古菌纲的全部成员以及尚不能培养的纳米嗜盐古菌类群。嗜盐古菌是盐环境的土著类群,驱动着盐环境生态系统的生物地球化学循环。作为极端微生物,嗜盐古菌在理论研究和应用领域具有重要的研究价值。本文从嗜盐古菌分类学地位的变迁、分类学方法、分类学研究现状及我国的嗜盐古菌分类学研究等方面综述了嗜盐古菌分类学的最新研究进展。     

云南古Yuan属六新种（原尾纲：古Yuan目）

描述了采自云南的６个古Ｙｕａｎ新种：高黎贡古ＹｕａｎＥｏｓｅｎｔｏｍｏｎ ｇａｏｌｉｇｏｎｇｅｎｓｅ、怒江古ＹｕａｎＥ．ｎｕｊｉａｎｇｅｎｓｅ、紫溪古ＹｕａｎＥ．ｚｉｘｉｅｎｓｉｓ、初劝古ＹｕａｎＥ．ｌｕｑｕａｎｅｎｓｅ、盈江古ＹｕａｎＥ．ｙｉｎｇｊｉａｎｇｅｎｓ和瑞丽古ＹｕａｎＥ．ｒｎｉｌｉｅｎｓｅ。     

绰墩山遗址古水稻土细菌与古菌群落的PCR-DGGE分析

在江苏苏州绰墩山遗址考古发掘中,发现了在剖面不同深度埋藏的距今约6280 a的新石器时期灌溉古水稻田土层和距今约3320 a的商周时期的古水稻田土层.为了解古代水稻种植活动对土壤中细菌、古菌及产甲烷古菌群落多样性的影响,以土壤剖面P-01(包含100～116 cm新石器时期水稻土,42～57 cm商周时期水稻土,0～15 cm现代水稻土和174～200 cm土壤母质)为对象, 利用细菌、古菌及产甲烷古菌群落16S rDNA的高可变区V3区的PCR-DGGE分析技术,研究了不同土层细菌、古菌及产甲烷古菌群落多样性.结果表明:利用PCR-DGGE技术成功获得了古水稻土细菌、古菌及产甲烷古菌群落的分子指纹图谱.现代水稻土、商周时期古水稻土和新石器时期古水稻土中细菌、古菌及产甲烷古菌群落的DGGE条带类型各不相同, 并且DGGE条带类型都较母质层丰富多样.UPGAMA聚类分析可以将不同时期水稻土及母质层的细菌、古菌及产甲烷古菌群落区分开来.埋藏古水稻土中仍有较多的细菌、古菌与产甲烷古菌存活.与母质层相比,不同时期水稻种植活动均增加了细菌、古菌与产甲烷古菌群落多样性.不同时期水稻种植活动可以引起特异性的细菌、古菌与产甲烷古菌群落发育,而且不同的栽培措施可能导致不同的优势种群.     

海洋沉积物中几类常见古菌类群的分布与代谢特征

古菌作为海洋微生物的重要组分广泛分布于各种海洋环境,在碳、氮、硫等元素的生物地球化学循环和地球生命演化过程中扮演着极为重要的角色。目前古菌主要分为4个超级门(广古菌、TACK古菌、阿斯加德古菌和DPANN古菌),近30个门类。本文综述了广泛分布于近岸或深渊等海洋沉积环境中的四类常见的古菌类群[深古菌门(Bathyarchaeota)、乌斯古菌门(Woesearchaeota)、阿斯加德(Asgard)古菌超门和底栖古菌目(Thermoprofundales,Marine Benthic Group D)]的分布与代谢特征的研究进展,以期为进一步开展这几类古菌方面的研究提供线索和启示。     

中国古动物馆改造完毕重新开馆——科学前沿与科学普及完美结合,全面复原古脊椎动物及古人类演化的宏伟历程

正中国古动物馆重新开馆啦!中国古动物馆是介绍古脊椎动物及古人类演化知识的自然科学类专题博物馆,由中国科学院古脊椎动物与古人类研究所于1994年创建,今年恰逢建馆二十周年。馆内按照古脊椎动物的演化序列划分为两馆(古脊椎动物馆和树华古人类馆)五厅(古鱼形动物和古两栖动物展厅、古爬行动物和古鸟类展厅、古哺乳动物展厅、古人类与旧石器展厅、特展展厅),依托研究所近百年收藏的20余万件标本,展出了自5亿多前的寒武纪至距今1万年前史前时代地层中产出的各门类化石标本和旧石器标本及模型,系     

嗜盐古菌启动子的研究及应用

嗜盐古菌是古菌域的一个重要代表类群,在遗传与代谢、进化与适应、前沿生物技术及合成生物学领域都显示了其重要的研究价值。嗜盐古菌启动子的认识和利用,可以为嗜盐古菌的基础和应用研究提供必要的条件。本文从古菌启动子的结构与功能出发,就启动子的研究方法、嗜盐古菌启动子的特征及嗜盐古菌启动子的应用3个方面综述了嗜盐古菌启动子的研究现状,并对嗜盐古菌启动子未来研究的重点和方向进行了展望。     

云南古蚖属四新种(原尾纲：古蚖目)

本文报道了在云南新发现的 4种古蚖:热海古蚖Eosentomonrehaiense、腾冲古蚖E tengchongense、大孔古蚖E megastigma和古永古蚖E guyongense。它们的腹板Ⅳ～Ⅶ节毛序都是 6 /9型的。     

古菌细胞膜脂在古菌群落组成及其对环境响应研究中的应用

古菌作为区别于细菌和真核生物的第3种生命形式广泛分布于各种生境,与碳、氮等元素的生物地球化学循环密切相关,在整个生态系统中具有重要作用.古菌细胞膜脂作为古菌重要的生物标志物,在其群落组成和对环境变化响应的研究中具有重要指示作用.本文介绍了古菌细胞膜脂的结构特征及不同古菌类群间细胞膜脂结构差异,用以表征古菌群落的组成特征.环境中细胞膜脂丰度可反映古菌生物量,并可与基于DNA的分子生物学手段在结果准确性、分析效率和经济成本方面互补和互证.在重点介绍应用古菌细胞膜脂分析古菌群落组成和丰度的难点和重要性的基础上,结合影响古菌群落变化的环境因子如温度和pH,进一步阐述古菌与所处生境的关系,分析古菌群落演化过程及其在地球化学和地质历史事件研究方面的应用前景.     

北美古脊椎动物学会第73届年会在美国洛杉矶举行

正北美古脊椎动物学会(Society of Vertebrate Paleontology,SVP)第73届年会于2013年10月30~11月2日在美国加利福尼亚州洛杉矶市顺利召开,来自世界各地的1000余名古脊椎动物学者参加了此次盛会。北美古脊椎动物年会由北美古脊椎动物学会主办,是全球最大的古脊椎动物专题会议,旨在交流与推动全球古脊椎动物学的研究进展。     

古DNA提取技术对比及概述

从古代原始材料中提取古DNA的方法多种多样,但是古DNA的研究受限于降解严重,内源性古DNA含量低,微生物和现生人群DNA污染严重等因素的影响。能否从古代人类遗骸中成功获取可靠且足量的内源性古DNA,一直是古DNA研究领域面临的实际困难和挑战。控制污染最直接且简便的策略就是在古DNA提取阶段的有效排除,本文整理了古DNA提取常用的去除污染的方法,对比分析了每种方法表现出来的优缺点。介绍了通常使用的骨粉裂解时间,并研究了在常温环境下,不同的裂解时间对古DNA回收效率的影响,提出了常温裂解过程中最佳孵育时间。同时对常用的古DNA纯化方法及其原理和在实际应用中的表现进行了概述与讨论。本文对古DNA提取技术的概述和实践经验,为古DNA相关领域的研究提供借鉴与参考。     

西藏米拉山土壤古茵16S rRNA及amoA基因多样性分析

[目的]本研究旨在了解西藏米拉山高寒草甸土壤中古菌及氨氧化古菌群落结构组成情况.[方法]采用未培养技术直接从土壤中提取微生物总DNA,分别利用通用引物构建古菌16S rRNA基因和氨氧化古菌amoA基因克隆文库.利用DOTUR软件将古菌和氨氧化古菌序列按照相似性97%的标准分成若干个可操作分类单元(OTUs).[结果]通过构建系统发育树,表明古菌16s rRNA基因克隆文库包括泉古菌门和未分类的古菌两大类,并且所有泉古菌均属于热变形菌纲.氨氧化古菌amoA基因克隆文库中序列均为泉古菌.古菌16s rRNA基因和古菌amoA基因克隆文库分别包括64个OTUs和75个OTUs.[结论]西藏米拉山高寒草甸土壤中古菌多样性比较丰富,表明古菌在高寒草甸土壤的氮循环中可能具有重要的作用.     

滨海深古菌的研究进展

深古菌(Bathyarchaeota),原名MCG(Miscellaneous Crenarchaeotal Group)古菌,是一类至今未被分离培养的古菌,普遍存在于海洋和陆地环境中。深古菌具有极高的种群多样性,目前已发现多达23个亚群。深古菌具有多种生理生化功能,能降解蛋白质、多聚碳水化合物、脂肪酸、芳香族化合物和甲基化合物等有机质,参与甲烷代谢循环,产乙酸,异化还原亚硝酸盐和硫酸盐,很可能是地球碳元素循环的重要驱动力之一。本文简要概述了深古菌的研究发展历史,阐述了深古菌的分子系统发育分析、分布和基于基因组的生理特征研究的最新进展,总结了滨海深古菌的研究现状,并对滨海深古菌研究的发展方向进行了分析和展望。     

古蛋白质分析在东亚古人类演化中的应用前景

东亚古人类演化是学术界关注的热点科学问题,国内外学者对此进行了多学科的相关研究,取得了很多重要进展,但仍然存在许多尚未解决的问题。古蛋白质分析近年来成为古生物演化领域的又一个前沿和热点方向,取得了一系列重要突破。较之古DNA,古蛋白质的保存优势使其可以在时间上和地域上突破古DNA的限制,在古人类演化领域大有可为。东亚古人类化石丰富且时段大致连续,但更新世或更早时期的分子证据非常缺乏。本文从古蛋白质分析的发展史、研究潜力、难点与挑战以及思考与展望等几方面,对古蛋白质分析在东亚古人类演化研究中的应用前景进行梳理与思考。相信随着更多分子证据的积累,古蛋白质分析可为东亚古人类的演化脉络提供更多关键性的线索,极大地促进人类演化研究。     

向读者推荐:《古植物学——化石植物生物学导论》

近年来我国的植物学、古植物学和地质学等学科的工作者期待着有一部具有重要参考价值的古植物学专著问世。目前国内唯一的一本是60年代早期工业出版社出版的苏联古植物学家A.H.克里什托弗维奇的《古植物学》译著。为了满足广大读者科研和教学的需要,科学出版社出版了美国俄亥俄大学泰勒教授80年代的古植物学新著《古植物学——化石植物生物学导论》。古植物学和植物学工作者对泰勒教授并不陌生。他现任俄亥俄大学生物系主任,任教于该校生物系、地     

中国东北第四纪晚期哺乳动物化石样品的古DNA损伤分析

二代测序技术的进步推动了古DNA研究的发展,古DNA研究在人类起源、动物演化等领域已经做出突出贡献。如何针对特定地点的古DNA样品特征,有效提取挖掘其中蕴含的古生物遗传信息,是发挥古代生物样品在诸多研究领域重要作用的前提。本研究将DNA损伤的两个主要指标(末端碱基替换率、平均片段长度)与样品的埋藏时间、所属地质时期、样品材料类型和建库方法相联系,分析不同因素对古DNA损伤的影响。结果表明:中国东北古脊椎动物样品中的古DNA分子的末端碱基替换率与埋藏点的含水量、样品埋藏时间呈正相关;不同地质时期的样品之间古DNA末端碱基替换率有显著差异;不同样品材料类型对于古DNA的末端碱基替换率未见明显影响;样品古DNA的平均片段长度与以上所研究的因素均无明显关系。研究结果为探明中国东北古脊椎动物样品的古DNA特征提供了分子依据,为有效选取不同地区的古脊椎动物样品及样品发掘后的合理保存提供了借鉴和参考。     

海洋古菌多样性研究进展

海洋古菌是海洋微生物中的一个大的类群,然而绝大多数的古菌不能分离培养.近年来分子生物学的方法广泛地应用于微生物多样性的研究中,研究发现,海洋古菌广泛地生活在各类海域环境中,而不仅仅是生活在极端的环境中.海洋古菌为海洋生态系统中主要的原核细胞成分,在海洋生态系统中的物质与能量循环中扮演着重要角色.主要阐述了生活在海洋不同环境中海洋古菌的多样性,有海洋浮游古菌的多样性、海底环境及海洋沉积物中古菌的多样性、附着或寄共生古菌多样性等的研究状况,以及研究海洋古菌多样性的分子生物学的主要方法.     

古DNA单链测序文库的建立与检测

2005年问世的第二代测序技术在古DNA领域的应用,突破了第一代测序技术在绝灭或死亡生物全基因组获取手段上的局限。借助古基因组信息,研究者能够从更为系统的实时分子证据角度,解读诸如人类起源、大型绝灭哺乳动物迁移演化、动植物家养驯化以及早期人类社会生活模式等古生物学、遗传学与演化生物学问题。引入第二代测序技术之后,传统的古DNA研究方法及流程得以改变,剔除了原有的实验流程中耗时的分子克隆步骤,引入了与第二代测序技术紧密相关的古DNA单链测序文库构建环节。古DNA单链测序文库的构建,是将古DNA双链模板变性成单链后,通过向单链古DNA两端添加人工DNA片段,将古DNA分子转变成能被测序仪识别的文库分子。针对古DNA分子微量、高度片段化以及普遍存在碱基损伤的特点,古DNA单链测序文库,能够高效获取古DNA材料中的遗传信息。本文系统介绍古DNA单链测序文库建立流程,以及对文库质量进行检测的方法,为研究者运用第二代测序技术测定绝灭或死亡生物全基因组提供方法借鉴。     

西藏米拉山土壤古菌16S rRNA及amoA基因多样性?分析

摘要：【目的】硝化作用在全球土壤氮循环中具有重要的作用,虽然细菌一度被认为单独负责催化这个过程的限速步骤,但是最近一些研究结果表明泉古菌具有氨氧化的能力。本文通过构建古菌16S rRNA 基因克隆文库和氨氧化古菌amoA基因文库,分析西藏米拉山高寒草甸土壤中古菌及氨氧化古菌群落结构组成情况,为揭示青藏高原高寒草甸土壤古菌的多样性提供理论基础。【方法】采用未培养技术直接从土壤中提取微生物总DNA,分别利用通用引物构建古菌16S rRNA 基因和氨氧化古菌amoA基因克隆文库。【结果】通过构建系统发育树,表明古菌16S rRNA 基因克隆文库包括泉古菌门和未分类的古菌两大类,并且所有泉古菌均属于热变形菌纲。氨氧化古菌amoA基因克隆文库中序列均为泉古菌。通过DOTUR软件分析,古菌16S rRNA基因和古菌amoA基因克隆文库分别包括64个OTUs和 75个OTUs。【结论】西藏米拉山高寒草甸土壤中古菌多样性比较丰富,表明古菌在高寒草甸土壤的氮循环中可能具有重要的作用。所获得的一些序列与已知环境中土壤、淡水及海洋沉积物中获得的一些序列具有很高的相似性,其古菌及氨氧化古菌来自不同环境的可能性比较大,可能与青藏高原的地质历史变迁过程有关。米拉山古菌及氨氧化古菌与陆地设施土壤中相似性最高,说明与西藏米拉山高寒草甸土壤的退化有关。     

古杯动物化石的研究现状北大核心CSCD

古杯动物分布广,种类多,演化快,是国际寒武系地层划分对比的标志性化石,对其研究具有重要意义。本文总结古杯动物化石的研究历史、目前存在的问题和分类现状,评述Debrenne等的古杯动物化石新分类方案,并指出其与旧分类方案的差异及所存在的问题,认为随着古杯动物的系统发育和个体发育深入研究,及新的研究方法和分支系统学应用,新方案有待进一步的检验和修正。评述研究古杯动物化石地层学意义,认为Atdabanian阶底部、Botoman阶底部和Toyonian阶中部的古杯化石组合能够应用在寒武纪早期洲际间地层对比上。文章还阐述中国古杯动物在系统分类学、生物地层学与其古地理分布等方面的研究现状,并分析了中国古杯动物研究中存在的问题。