藏仔猪粪便真菌菌群多样性分析

为探究西藏地区藏仔猪粪便中真菌菌群结构,本研究采用ITS1序列分析新生藏仔猪和断奶藏仔猪新鲜粪便中真菌的多样性。结果表明：从5头新生藏仔猪新鲜粪便中,共鉴定出5个门、13个纲、 25个目、33个科和38个属的真菌;从5头断奶藏仔猪新鲜粪便中,共鉴定出5个门、12个纲、20个目、24个科和28个属的真菌。子囊菌门和担子菌门为优势门,占门级分类的86.35%;布勒担菌科、虫草科、丛赤壳科、曲霉科、丝孢酵母菌科、肉杯菌科、酵母菌科和毕赤酵母菌科为优势科,占科级分类的54.38%。随着藏仔猪的生长,其粪便中真菌菌群的数量和优势真菌的相对丰度均发生变化,这说明不同生长发育阶段会影响藏仔猪粪便中真菌的多样性。     

贵州赤水桫椤自然保护区桫椤内生真菌多样性研究

桫椤Alsophila spinulosa是白垩纪时期遗留的古老孑遗蕨类植物,具有较高的药用价值和观赏价值。本研究采用形态特征和ITS序列分析方法,从250个组织块中共分离获得84个菌株,隶属于2门3纲10目18科25属。子囊菌门Ascomycota为优势菌门,其相对丰度高达92.86%,而担子菌门Basidiomycota仅为2.38%;粪壳菌纲Sordariomycetes和座囊菌纲Dothideomycetes为优势纲,其相对丰度分别为78.57%和13.10%;小丛壳目Glomerellales和炭角菌目Xylariales为优势目,其相对丰度分别为33.33%和25.00%;小丛壳科Glomerellaceae和炭角菌科Xylariaceae为优势科,其相对丰度分别为32.14%和19.05%;刺盘孢属 Colletotrichum和炭角菌属Xylaria为优势属,其相对丰度分别为32.14%和14.29%。这些菌株存在一定的组织差异,属水平上,叶轴中共获得15属,特有属9属;羽状复叶中共获得16属,特有属10属,两组织间共有属为6属,其中刺盘孢属Colletotrichum和炭角菌属Xylaria均为两组织的优势属,但其相对丰度存在一定差异。从不同组织多样性来看,桫椤叶轴的Shannon、Simpson多样性指数和Pielou均匀度均高于桫椤叶。     

可可西里藏羚羊、野牦牛、藏野驴和藏原羚冬季蠕虫卵粪检研究初报

2004年12月25日~2005年1月5日,在可可西里地区收集到藏羚羊、野牦牛、藏野驴和藏原羚的新鲜粪便各36、16、13和20份带回实验室,利用漂浮法、沉淀法对其在冬季的寄生蠕虫卵进行检查。结果显示:藏羚羊、藏原羚粪便中均存在有细颈属线虫、马歇尔属线虫和莫尼茨属绦虫虫卵,藏羚羊的感染率在19.4%~94.4%之间,感染强度EPG分别为5.58、5.11和2.86;藏原羚感染率为15%~65%,感染强度EPG各自为11.1、2.45和12.65。野牦牛粪样有古柏属和毛圆属线虫卵,感染率在75%~87.5%之间,感染强度EPG为9.06和5.93;藏野驴粪样有裸头属绦虫卵和园形科线虫卵,感染率在31%~100%之间,感染强度EPG分别为3.77和104。粪检表明:冬季藏羚羊、野牦牛、藏野驴和藏原羚的蠕虫感染率高、感染种类少和感染强度低,动物处于带虫免疫状态。     

不同产地杜仲树皮可培养内生真菌群落组成和多样性

以湖南、四川、贵州、河南、安徽、江西和陕西7个产地的杜仲Eucommia ulmoides为研究对象,采用可培养法对树皮内生真菌进行分离培养,结合形态学和分子生物学进行鉴定,并分析不同产地杜仲内生真菌群落组成和多样性差异。结果表明,不同产地杜仲树皮中共分离到真菌545株,隶属于7纲、15目、27科、43属,其中间座壳属Diaporthe为7个产地的共有属,各地优势属不同。在属水平上,四川样本中真菌群落多样性最高,河南样本真菌群落多样性最低。Margalef丰富度指数及Pielou均匀度指数表明,在河南样本中的内生真菌分布最均匀,丰富度最低;贵州样本内生真菌丰富度最高,但最不均匀。相似性分析显示不同产地杜仲树皮内生真菌组成和多样性不同。这些结果揭示了杜仲树皮中内生真菌菌群具有丰富的多样性,7个不同产地的杜仲树皮内生真菌群落组成、相对多度及优势类群皆存在差异。     

内蒙古罕山国家级自然保护区大型真菌多样性

本文对内蒙古罕山国家级自然保护区800余份大型真菌标本进行了研究,结合形态特征和ITS序列鉴定出308种,隶属于2门4纲14目45科108属。在科属组成上,优势科为红菇科Russulaceae、蘑菇科Agaricaceae、丝盖伞科Inocybaceae等共8科,含195种,分别占总科数、总种数的17.78%和63.31%;优势属为红菇属Russula、丝盖伞属Inocybe、蘑菇属Agaricus等共15属,分别占总属数、总种数的13.89%和54.87%。在地理分布上,以世界广布种和北温带分布种为主,分别含有128种和107种,占总种数的41.56%和34.74%,表现出明显的北温带区系特征,但不同植被类型中大型真菌多样性差异显著。     

抗感白粉病青稞的内生真菌群落差异分析

种子内生微生物组与种子的健康发育有着密切的关系。本研究收集对白粉病抗病和易感共11个品种的青稞种子,利用扩增子测序技术对内生真菌的群落、丰度和多样性进行研究。从不同品种的青稞种子中共鉴定4个门、17个纲、35个目、66个科、107个属的内生真菌,其中子囊菌门Ascomycota、担子菌门Basidiomycota和被孢菌门Mortierellomycota是优势菌门;链格孢属Alternaria、微座孢属Microdochium、亚隔孢壳属Didymella、镰刀菌属Fusarium和球腔菌属Mycosphaerella为优势菌属。根据生物信息学注释结果,在鉴定到的107个属中,抗病品种的青稞种子中特有的属有20个,感病品种的青稞种子中特有的属有50个;通过对两组样本的分析,发现感病品种中真菌物种多样性高于抗病品种。本研究通过扩增子测序技术初步确定了青稞抗、感白粉病两组样品中的真菌群落结构和优势菌群,为进一步研究青稞内携真菌与抗/感病的关系提供了基础,从内生菌的角度为青稞白粉病的防控提供新的策略。     

罗霄山脉大型真菌区系分析与资源评价

本文采用踏查法对罗霄山脉地区大型真菌资源进行了为期5年的调查, 共采集标本5,100多号。结合形态学与分子生物学方法, 鉴定出大型真菌2门7纲20目72科218属672种, 其中幕阜山脉115种、九岭山脉168种、武功山脉77种、万洋山脉220种、诸广山脉193种; 新增罗霄山脉新记录属37个、新记录种514种。对罗霄山脉大型真菌物种组成分析表明, 含10种以上的优势科有18科, 其物种数占物种总数的73.36%, 为多孔菌科、蘑菇科、粉褶蕈科等; 含5种以上的优势属有34属, 其物种数占物种总数的55.36%, 包括粉褶蕈属(Entoloma)、鹅膏属(Amanita)、小皮伞属(Marasmius)等; 在该山脉发现中国特有属2个, 中国特有种46个。大型真菌资源利用价值评估表明, 罗霄山脉有食用菌133种、药用菌136种、毒菌87种, 部分种类具有良好的应用前景。本研究为该地区大型真菌资源的保护、利用和管理提供了较重要的科学依据。     

西藏昆诺阿藜种子可培养内生真菌多样性

探究西藏不同地区昆诺阿藜种子内生真菌的物种组成、多样性等群落结构特征,丰富昆诺阿藜种子相关微生物的可利用资源,对于微生物资源利用和昆诺阿藜病害的生物防控具有重要意义。本研究收集西藏不同海拔3个地区(日喀则、拉萨和林芝)的昆诺阿藜种子,利用传统分离方式进行了真菌的培养。从46份昆诺阿藜种子中共分离出947株真菌,经ITS序列分析结合形态观察鉴定为1门9目12科26属77种。所有的真菌都归类为子囊菌门Ascomycota,菌株数量相对丰度最高的3个属为链格孢属Alternaria (40.2%)、镰刀菌属Fusarium (17.4%)和茎点霉属Phoma (13.9%)。按照多样性指数,日喀则地区的昆诺阿藜内生可培养真菌的多样性明显高于拉萨和林芝两个地区。     

比较形态学、聚丙酰胺凝胶电泳与二代测序在AM真菌群落研究中的应用

采集内蒙古荒漠草原沙化梁地羊柴Hedysarum laeve根围土样,采用形态学方法、聚丙酰胺凝胶电泳（denatured gradient gel electrophoresis,DGGE）技术和二代测序（next generation sequencing,NGS）技术分析羊柴根围AM真菌群落组成和多样性。结果表明,应用NGS共鉴定AM真菌3纲4目10科18属,DGGE鉴定2纲2目2科5属,形态学鉴定1纲2目2科3属。AM真菌分类等级越低,NGS、DGGE和形态学鉴定结果差异越大,尤其在属水平上差异显著。与NGS技术相比,形态学和DGGE方法所反映AM真菌种类主要为优势菌种,显著低估了AM真菌物种组成并高估其丰度,分子测序是对形态学分类的补充和完善。     

木论喀斯特常绿落叶阔叶混交林土壤真菌群落多样性特征

土壤微生物在森林生态系统中起着重要作用, 为了解喀斯特常绿落叶阔叶混交林土壤真菌多样性, 采用Illumina Hiseq高通量测序技术对木论喀斯特森林土壤真菌群落多样性进行了初步研究。研究结果表明: 在82个采样点内, 随着采样点增加, 检测出不同分类水平的土壤真菌类群逐步增多; 土壤样点数达到82个时, 检测出的土壤真菌类群达6门32纲126目336科886属和132616个种(OTU); 82个土壤样品中所检测出的真菌类群平均有5.41门22.13纲71.09目144.89科216.66属和1256.44个OTU, 其中门、纲、目分类水平上的优势类群(所占比例)分别为子囊菌门(Ascomycota)(50.09%)、接合菌纲(Zygomycota)(34.54%)、被孢霉目(Mortierellales)(22.65%)。取样数量对所检测土壤真菌类群数据有显著影响, 在门、纲、目、科的分类水平上, 1个、15个、48个、73个样品基本上可以代表82个样品检测出来不同分类水平的真菌多样性; 在属和OTU的分类水平上, 当样品数达到82个时检测出来的响应类群数仍在不断增加。该研究为进一步了解喀斯特森林土壤真菌多样性与植物多样性和生境的关系提供了基础。     

富角蛋白有机物对医院绿地真菌群落组成的影响

将富含角蛋白的无菌鸡毛粉引入一医院绿地土后,基于高通量测序技术分析真菌群落的组成及相对丰度,发现在富含角蛋白基质鸡毛粉降解过程中共有真菌6门15纲39目71科128属。加入鸡毛粉不同时期（初期3d、中期30d、后期90d）的医院土真菌群落有较大变化。添加鸡毛粉3d的医院土（YY1）中真菌群落多样性丰富,优势种是芽殖久浩酵母Guehomyces pullulans（57.42%）;加入鸡毛粉30d后（YY2）,群落组成中不少种的相对丰度明显下降,优势种为一分类地位未定属,其相对丰度是77.57%;加入鸡毛粉90d后（YY3）,一些潜在的人类病原菌的相对丰度有所上升,优势种是石膏样小孢子菌Microsporum gyseum（55.17%）,而初期的优势种芽殖久浩酵母Guehomyces pullulans的相对丰度则明显降低。研究可知富含角蛋白的鸡毛粉对医院绿地土壤中的真菌群落,尤其是一些人体潜在病原真菌的群落组成和相对丰度有明显调节作用。     

西藏黄绿卷毛菇生境土壤微生物群落组成

牧草外生菌根菌黄绿卷毛菇Floccularia luteovirens具有较高的生态和经济价值,其生境微生物对其菌丝生长、菌根化和子实体形成具有促进作用。本研究利用高通量测序技术对西藏黄绿卷毛菇菌窝土壤及其周围无菇土壤微生物群落组成进行分析,挖掘促进黄绿卷毛菇生长的有益微生物资源。结果显示,西藏黄绿卷毛菇生境土壤细菌隶属于17门22纲116目161科227属,其中酸杆菌门、变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门累计比例高达81.75%;生境土壤真菌隶属于5门17纲34目55科61属,子囊菌门和担子菌门累计比例高达80.89%。对比周围无菇土壤的微生物群落,促进黄绿卷毛菇生长的潜在细菌类群为Flavisolibacter、黄杆菌属Flavobacterium、芽单胞菌属Gemmatimonas、Haliangium、赛格特杆菌Segetibacter和鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas;促进黄绿卷毛菇生长的潜在真菌类群为斜盖伞属Clitopilus、丝膜菌属Cortinarius、被孢霉属Mortierella和毛霉属Mucor。土壤微生物促进黄绿卷毛菇生长繁殖的机制有待进一步研究。     

藏羚集群产羔与其胃肠道寄生虫传播和感染的风险

食草动物集群有利于降低被捕食的风险,同时集群也会增加感染和传播寄生物的风险。可可西里卓乃湖地区是雌性藏羚的重要产羔地,集群时间主要集中在6月上旬至7月上旬,停留时间不足30 d。区域内温度、湿度等气候因子对其粪便中的寄生虫卵发育到感染期可能存在重要影响。本研究于2018年6月9日在卓乃湖产羔地建立微气候观测仪收集当地气象数据的同时,收集新鲜藏羚粪便在当地室外分别放置0 d、10 d、15 d、20 d、25 d、30 d、35 d和约300 d,应用漂浮法检测35 d内不同时间段虫卵发育状况和放置近一年的存活幼虫数量。初步研究了卓乃湖区域内集群藏羚粪便中的优势寄生虫卵的发育及其越冬存活,探讨藏羚产羔地是否会增加藏羚胃肠道寄生虫传播和感染的风险。结果表明：(1) 6月9日至7月14日,藏羚产羔地平均温度为5℃,平均相对湿度81%;(2) 藏羚在卓乃湖产羔地集群期间,其粪便中的优势寄生虫卵不能发育到感染期 (第三期幼虫),如粪便中的优势线虫卵毛园属线虫 (Trichostrongylus sp.)、马歇尔属线虫 (Marshallagia sp.) 和细颈属线虫 (Nematodirus sp.) 在30 d内发育仅停留在第一期幼虫;优势种藏羚艾美耳球虫 (Eimeria pantholopensis) 和五道梁艾美耳球虫 (E.wudaoliangensis) 卵在25 d、30 d、35 d的孢子化率分别是0、18.9%、54.0%和0、13.5%、30.4%;(3) 很少有寄生虫卵能够越冬存活至第二年,在卓乃湖产羔地放置近一年的粪便中仅发现极少的马歇尔属线虫和细颈属线虫幼虫。研究认为藏羚在卓乃湖集群时发生胃肠道寄生虫传播和感染的风险较低,藏羚对产羔地的短时利用和迅速回迁是其避免增加胃肠道寄生虫病感染风险的重要行为策略,且产羔地的低温等气候环境利于对寄生虫的自然净化。     

不同产地杜仲根际土真菌群落结构的差异性分析

基于宏条码技术对采自贵州遵义县、湖南慈利县和四川旺苍县3个杜仲产地根际土壤的真菌群落组成进行了分析。研究获得根际土壤真菌有效序列共10 775条,聚类后OTUs对应的真菌类群涉及子囊菌门Ascomycota、担子菌门Basidiomycota、接合菌门Zygomycota、球囊菌门Glomeromycota、壶菌门Chytridiomycota、类原生动物门Rozellomycota的22纲、59目、103科、108个属的550个真菌分类单元(OTUs)。在属的水平上,湖南慈利样本(ECS)有119个属,优势属为镰刀菌属Fusarium,相对丰度为16.31%,其次是被孢霉属Mortierella(14.67%)、毛壳菌科Chaetomiaceae一未定属(13.01%)和木霉属Trichoderma(11.37%)等。四川旺苍样本(EWS)共有116个属,优势属为丝齿菌属Hyphodontia,相对丰度32.32%,其次为镰刀菌Fusarium(13.41%)等。贵州遵义样本(EZS)有110个属,优势属为被孢霉属Mortierella,相对丰度30.74%,其次是木霉属Trichoderma(25.96%)和镰刀菌属Fusarium(4.85%)等。α多样性分析表明,不同产地杜仲根际土壤真菌群落组成有明显差异。遵义样本(EZS)、慈利样本(ECS)和旺苍样本(EWS)的Shannon多样性指数从高到低为:ECS(2.7661)> EZS(2.4841)>EWS(2.1326)。不同杜仲产区土壤理化因子及4个主要活性成分(松脂醇二葡萄糖苷、绿原酸、京尼平苷酸和京尼平苷)与根际土真菌群落组成的相关性分析表明,4个主要活性成分皆为四川旺苍(EWS)产地含量最高,其次是湖南慈利,贵州遵义最低甚至不含京尼平苷。杜仲根际土壤样品真菌物种组成丰富,不同地区杜仲根际土壤真菌群落组成、分类单元的相对丰度及优势分类单元皆存在不同程度差异。杜仲根际土真菌群落结构的多样性与土壤理化因子及杜仲主要有效成分含量具有一定相关性。杜仲根际土真菌群落组成的结构谱是杜仲道地性的重要特征。     

红花尔基不同龄级天然樟子松外生菌根真菌群落结构特征

红花尔基被誉为樟子松Pinus sylvestris var. mongolica的故乡,樟子松是我国北方主要的造林树种之一,也是典型的菌根依赖型树种。研究樟子松根围外生菌根真菌（ectomycorrhizal fungi,ECMF）群落结构特征对红花尔基沙地樟子松生态系统的保护具有重要意义。本研究以红花尔基天然樟子松根围土壤为研究对象,采用Illumina MiSeq测序技术研究了4个龄级（<10、11-20、21-30和31-40年,分别称作Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ龄级）天然樟子松根围土壤ECMF群落结构特征。结果表明：（1）测序共获得87 516条ECMF序列,划分为177个OTUs（operational taxonomic units,OTU）,隶属于2个门,4个纲,12个目,26个科,43个属。（2）Ⅳ龄级中Ace丰富度指数和Shannon-Wiener多样性指数均显著高于Ⅰ龄级（P<0.05）。（3）不同龄级根围ECMF优势属占比不同,Ⅰ龄级中占比最大的为Inocybe（42.55%）;Ⅱ和Ⅲ龄级中占比最大的均为Tricholoma,分别为31.64%和27.69%;Ⅳ龄级中占比最大的为Cortinarius（28.80%）。（4）冗余分析表明,土壤pH值对ECMF的影响程度最大,其次为速效钾和碱解氮;同时,不同理化因子对群落中优势属的影响也存在差异。     

海拔对乌拉山油松根围真菌群落结构的影响

为了解海拔对油松Pinus tabulaeformis根围土壤真菌多样性及群落结构的影响及探究真菌群落结构对土壤理化性质变化的响应,采用Illumina Miseq高通量测序平台对内蒙古乌拉山国家森林公园油松根围土壤真菌群落组成进行了研究。结果表明,4个海拔的土壤样本测序得到油松根围真菌有效序列共256 991条,划分为1 026个OTU,分属于13门、37纲、84目、145科、192属。在门水平上,油松根围优势真菌主要分布于子囊菌门Ascomycota、担子菌门Basidiomycota和被孢霉门Mortierellomycota;在属水平上,主要归属于青霉属Penicillium（14.4%）、被孢霉属Mortierella（7.6%）、双担菌属Geminibasidium（5.3%）、丝盖伞属Inocybe（1.8%）、枝孢霉属Cladosporium（1.6%）、棉革菌属Tomentella（1.6%）、异多棒菌属Xenopolyscytalum（1.4%）、镰刀菌属Fusarium（1.3%）、蜡蚧菌属Lecanicillium（1.3%）、土赤壳属Ilyonectria（1.1%）、热子囊菌属Thermoascus（1.0%）、蜡壳耳属Sebacina（1.0%）和一些未定名属。对油松根围土壤真菌的α多样性指数分析以及NMDS聚类结果的分析表明,海拔1 700m和1 800m的油松根围土壤真菌群落结构相似,而与1 500m的真菌群落结构差异显著,在海拔相对较高的1 700m-1 800m的真菌多样性及丰度显著高于海拔较低的1 500m处。对油松根围优势真菌与土壤理化性质的冗余（RDA）分析及相关性分析表明,土壤真菌的群落结构受土壤理化性质（硝态氮NN、含水量WC、速效钾AK、铵态氮AN、pH值、有效磷AP、含碳量CC和总氮TN）的显著影响,其中NN和WC对油松根围土壤真菌群落结构的影响最为显著。