基于ERIC-PCR指纹图谱技术的小鼠肠道菌群失调分析方法的建立

目的采用常规菌群分析方法和ERIC-PCR技术对正常小鼠和抗生素相关性腹泻小鼠模型分别进行肠道菌群检测,结合细菌培养和DNA指纹图谱检测结果分析小鼠肠道内主导菌群数量和种类的改变情况,建立利用ERIC-PCR技术分析小鼠肠道菌群失调的检测方法。方法先利用常规菌群分析方法鉴定正常小鼠和抗生素相关性腹泻小鼠的菌群状况,再提取其基因组DNA,最后以肠杆菌科基因间重复序列(ERIC)为模板,利用ERIC-PCR方法获得正常小鼠和模型小鼠的肠道菌群指纹图谱,与常规菌群分析结果作比较,验证ERIC-PCR技术的准确性。结果常规菌群分析结果表明四种优势菌群在数量上出现明显的变化,证实造模成功。经ERIC-PCR技术成功获得两组小鼠粪便基因组DNA图谱,两组间呈现具有一定对比性的特异性指纹图谱。结论从小鼠粪便基因组经ERIC-PCR后的图谱中特异性条带的分布、数目和亮度来看,能说明肠道菌群的分布状况存在明显差异,结合常规菌群分析方法作对比,说明ERIC-PCR技术是一种分析小鼠肠道菌群失调高效快捷的检测方法。     

ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析壳聚糖对抗生素引起肠道菌群失调小鼠的影响

目的应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增(ERIC-PCR)和聚合酶链式反应——变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)分析壳聚糖对抗生素致肠道菌群失调小鼠的影响。方法 SPF级昆明小鼠24只,每组8只,依次分为模型组(N)、壳聚糖高(CS-H)和低浓度组(CS-L),盐酸左氧氟沙星灌胃6d后使用相应药物灌胃24d,收集鼠便,提取粪便细菌DNA,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE电泳获得肠道菌群指纹图谱,主成分分析(PCA)和聚类分析(UPGMA)研究肠道菌群整体差异,并鉴定优势条带序列。结果 ERIC-PCR表明菌群失调组小鼠肠道中细菌条带减少明显,以300bp左右的条带为特征条带,PCR-DGGE显示屎肠球菌为优势菌型;壳聚糖灌胃小鼠肠道菌群结构组成发生改变,乳酸菌成为优势菌型。结论壳聚糖扶持乳酸菌等益生菌、抑制肠球菌等病原菌的增殖,起到益生元的作用进而调节肠道微生态均衡。     

基于肠道菌群防治高尿酸血症的研究进展

高尿酸血症是由嘌呤代谢异常引起尿酸生成过多和(或)排泄减少导致血尿酸超出正常范围的代谢性疾病.目前研究已证实,促进尿酸合成的酶在肠道中高表达,人体1/3的尿酸经肠道排泄.随着微生物学研究的快速发展,肠道菌群的研究也逐渐深入,发现高尿酸血症患者肠道菌群的结构和数量均发生变化,肠道菌群可能是高尿酸血症的肠道触发因素.肠道菌...     

玉米须水提物对糖尿病大鼠肠道菌群的调节作用

目的考察玉米须水提物对糖尿病大鼠肠道菌群的调节作用,探讨其作用机制。方法利用高脂饲料联合链脲佐菌素诱导建立糖尿病大鼠模型,收集正常组、高脂组、模型组及给药组大鼠粪便,采用ERIC-PCR指纹图谱技术和气相色谱法分析不同组大鼠粪便的菌群多态性结构及短链脂肪酸含量的变化。结果 ERIC-PCR指纹图谱显示,正常组在250~750bp间显示两条特征条带,而高脂组与模型组则在100~250bp间出现多条特征条带,250~750bp间的条带变浅或消失,给药组的指纹图谱接近正常组;高脂组和模型组大鼠粪便的乙酸、丙酸、丁酸含量与正常组相比均显著下降(P0.05),模型组大鼠降低尤为显著,给药组三种短链脂肪酸含量相对于模型组及高脂组明显升高(P0.05)。结论玉米须水提物可能通过调节糖尿病大鼠肠道菌群的结构而使短链脂肪酸的含量增加进而发挥降糖作用。     

运动对小鼠肠道菌群的影响

目的利用PCR-DGGE方法比较运动小鼠和正常小鼠肠道菌群的结构和数量变化,研究运动对肠道菌群的影响。方法从5只正常Balb/c小鼠和5只运动C57BL/6J小鼠的粪便中提取细菌基因组总DNA,用聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)的方法获得小鼠肠道菌群分布图谱,对图谱进行相似性、多样性以及优势条带的序列分析。结果 PCR-DGGE结果图显示运动小鼠肠道菌群的多样性明显增加,优势菌群发生转变,序列分析表明变形菌门明显减少,厚壁菌门成为优势菌型。结论运动会对小鼠肠道菌群产生影响。     

大蒜素对急性酒精性肝损伤小鼠肠道菌群失调的预防作用

目的应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增(ERIC-PCR)和聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)研究大蒜素对急性酒精性肝损伤小鼠肠道菌群失调的预防作用。方法 SPF级昆明小鼠40只,分为正常对照组、急性酒精性肝损伤组、护肝片组、大蒜素高和低浓度组,每组8只。灌服相应药物30d,除正常对照组,其他组灌胃14 mL/kg红星二锅头,12h后收集鼠便,提取粪便细菌DNA,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE电泳获得肠道菌群指纹图谱,主成分分析(PCA)和聚类分析(UPGMA)研究肠道菌群整体差异并鉴定优势条带序列。结果 ERIC-PCR表明急性酒精性肝损伤小鼠肠道中细菌条带较少,以300bp和500bp左右的条带为特征条带,PCR-DGGE显示肠球菌为优势菌型;大蒜素灌胃小鼠肠道菌群结构组成发生改变,优杆菌属为优势菌型。结论大蒜素预防给药可以扶持肠道中优杆菌属等益生菌生长,抑制肠球菌等病原菌的增殖,调节急性酒精性肝损伤伴有的肠道菌群失调。     

大蒜素对急性酒精性肝损伤小鼠 肠道菌群失调的预防作用研究

目的应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增(ERIC-PCR)和聚合酶链式反应—变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)研究大蒜素对急性酒精性肝损伤小鼠肠道菌群失调的预防作用。方法 SPF级昆明小鼠40只,分为正常对照组、急性酒精性肝损伤组、护肝片组、大蒜素高和低浓度组,每组8只。灌服相应药物30d,除正常对照组,其他组灌胃14 mL/kg红星二锅头,12h后收集鼠便,提取粪便细菌DNA,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE电泳获得肠道菌群指纹图谱,主成分分析(PCA)和聚类分析(UPGMA)研究肠道菌群整体差异并鉴定优势条带序列。结果 ERIC-PCR表明急性酒精性肝损伤小鼠肠道中细菌条带较少,以300bp和500bp左右的条带为特征条带,PCR-DGGE显示肠球菌为优势菌型;大蒜素灌胃小鼠肠道菌群结构组成发生改变,优杆菌属为优势菌型。结论大蒜素预防给药可以扶持肠道中优杆菌属等益生菌生长,抑制肠球菌等病原菌的增殖,调节急性酒精性肝损伤伴有的肠道菌群失调。     

摄食不同饵料草鱼肠道菌群PCR-DGGE指纹图谱构建及分子鉴定

采用免培养的16S rDNA梯度凝胶电泳技术(DGGE)对摄食不同饵料(非膨化饲料组、膨化饲料组和蚕豆组)的草鱼肠道内容物细菌分析建立指纹图谱,并对主要优势条带进行了切胶克隆和测序。PCR-DGGE指纹图谱初步分析发现,非膨化饲料组、膨化饲料组和蚕豆组分别产生了19条、16条和15条可以鉴别的条带,且均有2-3条优势菌条带;非膨化饲料组样品和蚕豆组样品的DGGE指纹图谱的相似性系数为53.6%,非膨化饲料组菌群和膨化饲料组的相似性为39.4%。对PCR-DGGE指纹图谱主要条带进一步回收、克隆和测序,结果共得到25条序列,将所得到的序列在NCBI数据库中同源性分析,发现草鱼肠道内容物细菌群落主要为弧菌科、肠杆菌科和气单胞菌属细菌,其中包括14条不可培养细菌。     

昂立植物乳杆菌对腹腔感染大鼠肠道微生态的影响

目的探讨经肠道补充昂立植物乳杆菌(LP-Onlly)对腹腔感染大鼠肠道微生态的影响.方法大鼠经盲肠结扎穿孔法及颈静脉空肠置管制成腹腔感染模型后,分别给予肠外营养(PN组)和PN 昂立植物乳杆菌(LP-Onlly组)持续5 d,第6天处死,取盲肠内粪便进行肠菌群培养计数及细菌种群DNA指纹图谱分析.结果 LP-Onlly组大鼠肠道内的乳杆菌和双歧杆菌数量较单纯PN组的大鼠为多,而肠道内的潜在致病菌产气荚膜梭菌数量较单纯PN组的大鼠少,DNA指纹图谱也显示LP-Onlly组大鼠优势菌群的基因条带和正常大鼠具有较高的一致性,而PN组则差异有显著性.结论 LP-Onlly能纠正腹腔感染大鼠PN时的肠道菌群紊乱, 调理肠道微生态平衡.     

益肾壮骨汤对糖皮质激素性骨质疏松小鼠肾组织Osterix mRNA和肠道菌群的影响

目的研究益肾壮骨汤对糖皮质激素性骨质疏松小鼠肾组织成骨细胞特异基因(Osterix)mRNA和肠道菌群的影响。方法 SPF级昆明小鼠40只,分为正常对照组(N组)、益肾壮骨汤对照组(YSZG组)、糖皮质激素性骨质疏松组(Glu组)以及益肾壮骨汤低剂量组(1 g/kg, Glu+YSZG-L组)和高剂量组(4 g/kg, Glu+YSZG-H组),每组8只。除N组和YSZG组,其余各组小鼠臀肌注射地塞米松磷酸钠注射液(2.5 mg/kg)建立糖皮质激素性骨质疏松模型,每周注射2次,连续6周,之后Glu+YSZG-L组和Glu+YSZG-H组小鼠再分别灌胃1 g/kg和4 g/kg益肾壮骨汤6周。qRT-PCR法检测肾组织Osterix mRNA水平,ERIC-PCR和PCR-DGGE电泳获得肠道菌群指纹图谱,分析肠道菌群整体差异并鉴定优势条带序列。结果与N组小鼠比较,Glu组肾组织Osterix mRNA水平显著升高;与Glu组小鼠比较,益肾壮骨汤治疗组肾组织Osterix mRNA水平明显降低。ERIC-PCR图谱显示705 bp处条带为Glu组和益肾壮骨汤治疗组小鼠肠道菌群的差异条带。PCR-DGGE分析气单胞菌为骨质疏松小鼠肠道优势菌型,益肾壮骨汤给药后小鼠肠道菌群结构发生改变,气单胞菌消失。结论益肾壮骨汤通过下调肾组织Osterix mRNA水平,抑制气单胞菌等病原菌的增殖来治疗骨质疏松症。     

西芹提取液对高脂小鼠肠道菌群平衡的影响

目的应用PCR-DGGE技术评价西芹对昆明小鼠肠道菌群平衡的影响。方法给予小鼠高脂饲料,复制高脂模型,模型复制成功后,每日给予小鼠西芹提取液灌胃,连续28 d。分别在实验的0、14和42 d,收集每只小鼠粪便,提取基因组DNA,应用PCR-DGGE(聚合酶链式反应——变性梯度凝胶电泳)技术获得肠道菌群分子指纹图谱,针对相似性、多样性分析及优势条带的序列进行分析。结果高脂饲料喂养后肠道益生菌约氏乳杆菌等趋近消失,出现了特异菌真杆菌,而西芹灌胃组和食用基础饲料组真杆菌数量显著减少,且西芹灌胃组作用大于食用基础饲料自然恢复组。结论西芹对高脂小鼠肠道菌群的平衡有显著的恢复作用。     

肠道菌群与高尿酸血症及痛风的相关性研究

高尿酸血症以及痛风的发病率持续升高,已经成为一个重大的公共卫生问题。肠道菌群的结构改变或失调可引起机体代谢紊乱,肠道微生态尤其与代谢性疾病的发生发展关系密切。目前研究发现高尿酸血症、痛风患者存在肠道菌群失调,降尿酸治疗后肠道菌群可发生相应改变,并且益生菌制剂具有降尿酸作用。本文概述高尿酸血症及痛风患者的肠道菌群特点,从高嘌呤及高果糖饮食对肠道菌群的影响、肠道参与嘌呤和尿酸的代谢、代谢性内毒素血症以及痛风相关炎症因子等方面探讨肠道菌群与高尿酸血症及痛风的关系,并展望肠道菌群可能成为未来诊治高尿酸血症以及痛风的一种新方法。     

维吾尔族结肠癌患者肠道菌群的分布情况研究

目的:检测新疆维吾尔族结肠癌人群肠道菌群结构,探讨维吾尔族结肠癌患者肠道菌群结构差异,以求找到肠内与结肠癌有关系的菌群。方法:使用16Sr DNA-PCR-DGGE技术对维吾尔族结肠癌患者肠道菌群分布情况制作肠道菌群指纹图谱,从图谱中的条带进行切胶回收、进行克隆、测序,与Genebank数据库提供的序列进行比对做树状图分析,对新疆维吾尔族结肠癌患者肠道细菌种群多样性进行探讨。结果:通过实验得到了维吾尔族结肠癌患者肠道菌群结构特征的DNA指纹图谱、基因序列及树状图。测序结果显示,维吾尔族结肠癌患者肠道菌群中主要分布乳酸杆菌属,拟杆菌属和梭杆菌属以及很多差异性细菌的分布情况。从维吾尔族结肠癌患者肠道菌群的分布情况来看,优势菌乳酸杆菌量甚少,拟杆菌属,梭杆菌属数量较多。结论:肠道乳酸杆菌优势菌量的减少及拟杆菌属,梭杆菌属比例的改变可能与结肠癌患者发病有一定的关系。     

饵料对鳡肠道微生物多样性的影响

通过PCR-DGGE指纹分析并结合克隆、测序对饲喂人工配合饲料和冰鲜鱼两种不同饵料的鳡肠道微生物群落结构及多样性差异进行了比较研究。摄食配合饲料和冰鲜鱼的鳡肠道样品中分别检测到21条和17条清晰的DGGE指纹条带; 进一步的克隆、测序及BLAST比对分析表明, 21条测序谱带与GenBank数据库中已知微生物的同源性为98%100%。配合饲料饲养鳡肠道微生物特有条带代表种群主要为魏斯氏菌(Weissellakoreensis)等, 冰鲜鱼饲养鳡特有条带代表种为威斯康星米勒菌(Moellerella wisconsensis)等。从PCR-DGGE指纹相似性来看, 不同饵料饲养鳡的肠道细菌组成差异较为明显, 相似性仅为11.9%42.6%。鳡肠道菌群的DGGE 指纹图谱中条带的H'指数(Shannon-Weiner 指数)最高为配合饲料饲养鳡第Ⅴ组样本, 达到2.84, 最低的为冰鲜鱼饲喂下的鳡第Ⅵ组样本, 为2.46。研究结果表明, 投喂人工配合饲料和冰鲜鱼会对鳡肠道菌落产生影响, 可为鳡饲料的开发提供一定的基础依据。此外, 两类鳡的肠道群落PCR-DGGE指纹图谱有助于这两种鳡产品的跟踪和肠道益生菌研究。     

海参多糖对小鼠肠道菌群紊乱的恢复作用

目的探究海参多糖对抗生素所致小鼠肠道菌群失衡的调整作用。方法超声浸提法提取海参多糖,硫酸-苯酚法测定多糖含量;通过抗生素连续灌胃1周,构建小鼠肠道紊乱模型;将18只昆明种小鼠随机分为正常对照、自然恢复和海参多糖干预组(每组6只),定期留取粪便,采用PCR-DGGE技术获得肠道菌群分子指纹图谱,进行相似性、多样性及主要差异条带序列的分析。结果提取海参多糖的浓度为1.92 mg/mL;正常对照组小鼠肠道菌群以有益菌,即乳杆菌属和梭菌属占主导地位;而在抗生素干预后,这两种菌的含量明显下降,并伴随检测出致病性卟啉单胞菌属;经海参多糖处理后,有益菌含量有所恢复,有害菌含量降低。结论海参多糖对抗生素所致实验小鼠肠道菌群紊乱有一定的恢复作用。     

膳食诱导肥胖大鼠模型的肠道菌群结构及其特异分子标识物

目的通过对膳食诱导肥胖（Diet Induced Obesity,DIO）大鼠与健康对照组大鼠的肠道菌群结构的分析比较,寻找造成2组大鼠菌群结构差异的分子标识物,探讨肠道菌群的组成和结构与宿主肥胖之间的关系。方法ERIC—PCR结合Southern-blot得到肠道菌群基因组指纹图谱,利用Southem-blot与多元统计方法（PCA、PLS等）找出差异条带,回收差异条带进行测序,根据序列设计特异性引物,以定量PCR法对结果进行验证。结果ERIC-PCR图谱表明膳食诱导肥胖大鼠在肠道菌群结构上与正常大鼠存在着较大的区别;根据杂交结果找到一段基因组DNA片段为膳食诱导肥胖大鼠组所特有,定量分析表明该DNA片段在2组大鼠间区别明显。结论膳食诱导肥胖大鼠所特有的一段基因组DNA片段可作为肥胖大鼠肠道的特征分子标识物,该标识物有望用于膳食诱导肥胖的机制研究中。     

维吾尔族正常黑胆质人群肠道菌群的分布情况分析

目的：了解维吾尔医学正常黑胆质人群肠道菌群分布情况、多样性并优势菌。方法：对健康人进行维吾尔医学体液分型并挑 取其中正常黑胆质人群,采集受检者粪便样品,提取总DNA,设计一对通用引物扩增16S rDNA 的V6～V8 可变区,扩增出来的 PCR产物稀释并进行变形梯度凝胶电泳DGGE,从DGGE 指纹图谱中选择条带,切胶回收、克隆、序列测定。结果：通过实验得到 了反映肠道菌群结构特征的DNA指纹图谱,从指纹图谱上选择一些特异性条带切下来回收,重新纯化扩增出来并测序,测出来 的基因序列在基因库进行比对检测相似性程度。最终用相似性程度大于95%以上的序列比对做出进化树了解菌群之间的亲缘 性。结论：正常黑胆质人群肠道菌群基因序列的亲缘性结果显示黑胆质人群肠道菌群具有丰富的多样性,其中肠道优势细菌乳酸 杆菌属GU269544.1 占优势。     

益生菌Lactobacillus amylovorus S1对仔猪后肠菌群的影响

结合PCR/DGGE(Denaturinggradientgelelectrophoresis,变性梯度凝胶电泳)和16SrDNA序列分析技术,研究添加益生菌LactobacillusamylovorusS1后仔猪从7至35日龄(断奶后两周)后肠菌群的变化。6窝新生仔猪被随机分成两组:对照组和处理组,处理组仔猪于7、9和11日龄口服L.amylovorusS1菌液(活菌数5×109CFU/mL)。分别于7、14、21、24和35日龄,每窝随机屠宰一头仔猪,收集肠道样品。比较不同日龄仔猪后肠菌群DGGE图谱表明,断奶后图谱中多数高GC含量细菌条带消失,至断奶后两周又逐渐出现。序列分析显示,这些高GC含量细菌主要为乳酸杆菌。统计分析表明,仔猪口服益生菌S1对其盲肠和结肠菌群的多样性指数无显著影响。通过比较处理组和对照组图谱发现,处理组14日龄出现一特异条带,与其匹配的序列的最相似已知菌为Clostridiumdisporicum,相似性为95%;而35日龄对照组有一特异优势条带,该条带被鉴定为猪链球菌(Streptococcussuis),相似性为99%。     

基于高通量测序的树鼩不同肠道部位菌群结构分析

目的观察树鼩不同肠道部位菌群的多样性及构成。方法采集3只雄性树鼩回肠、盲肠、结肠内容物,提取DNA,利用Illumina PE250高通量测序平台扩增肠道菌16S rDNA V4区域,分析菌群结构和丰富度。结果树鼩回肠、盲肠、结肠菌群的优化序列数差异无统计学意义。α多样性分析,树鼩肠道3个部位菌群的Chao1指数、PD指数、Simpson指数、Shannon-Wiener指数差异无统计学意义,相对于回肠,盲肠与结肠菌群多样性的相似性较高。Rank-Abundance曲线显示,回肠菌群的丰富度较高且分布较均匀。β多样性分析,树鼩回肠菌群结构差异性较小,盲肠与结肠菌群结构差异较大。树鼩肠道菌群共检出26个门,17个门在3个组共存。互养菌门(Synergistetes)、Rokubacteria门、奇古菌门(Thaumarchaeota)、TA06门仅见于回肠;衣原体门(Chlamydiae)为盲肠中特有;迷踪菌门(Elusimicrobia)仅在结肠中发现。共获得414个属,结肠、盲肠、回肠中独有属分别为15个、7个、3个。共发现530个种,其中唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)丰富度最高。Random Forest分析结果显示,在树鼩回肠、盲肠、结肠中发现7个生物标记物。结论树鼩回肠、盲肠、结肠肠道菌群多样性差异无显著性,但相对于结肠与盲肠,回肠菌群丰富度较高且分布较均匀。树鼩3个肠道部位具有各自独特的菌群。     

砂仁对抗生素所致肠道菌群失调小鼠调节作用的探讨

【摘要】 目的 通过建立抗生素诱导小鼠肠道菌群失调模型,应用PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术分析小鼠肠道菌群失调前后经服用中药砂仁调理后肠道菌群指纹图谱的变化。方法 选用10只昆明种小鼠,正常培养7 d,适应环境后每天取粪便1次,连续3 d;菌群稳定后按100 mg/kg的头孢拉啶灌胃,每天灌胃2次,连续5 d,每天取粪便1次;上述小鼠随机分为两个组,自然恢复组(饲喂基础饲料)和砂仁处理组,每组5只。3 d后每天取粪便1次,连续3 d,提取细菌总DNA,以16S rRNA基因V3区通用引物扩增,对扩增的PCR产物进行DGGE电泳及指纹图谱分析并切胶测序比对。结果 抗生素处理后小鼠肠道菌群与正常小鼠差异有统计学意义,致病菌增加,砂仁处理组小鼠与正常小鼠的肠道菌群指纹图谱有很大的相似性,但与自然恢复组差异有统计学意义。结论 抗生素可导致小鼠肠道菌群失调,而中药砂仁对肠道菌群失调有明显的恢复作用。