鼻咽癌中差异表达基因的分析和克隆

为了验证通过ＣＤＮＡ代表性差性分析法（ｃＤＮＡ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎａｌ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ,ｃＤＮＡ ＲＤＡ）分离的ＣＤＮＡ序列在鼻咽癌活给组织中的差异表达,并进一不克隆鼻咽癌差异表达基因,采用ＲＴ－ＰＣＲ方法并结合Ｎｏｔｔｈｅｒｎ杂交确定其转录本的大小,进而充分利用生物信息学对有差异表达ＣＤＮＡ全长进行克隆,并对其基因产物进行了结构和功能预测。结果显示,ＡＦ０９１５     

利用GenMAPP筛查鼻咽癌差异表达基因

利用GenMAPP软件对鼻咽癌和正常鼻咽上皮基因微阵列表达谱结果进行分析,筛查鼻咽癌差异表达基因. 结果显示：在17 000个基因中,与正常鼻咽上皮相比,在鼻咽癌中发生2倍以上差异表达的基因共有339个,其中有160个基因在鼻咽癌中表达上调,179个表达下调. 这些基因分别与细胞增殖、基因转录、凋亡、信号转导、DNA损伤修复、肿瘤分化和浸润转移及细胞周期调节等相关. 鼻咽癌的发生发展存在多基因表达调控的改变,对其差异表达基因的研究有助于阐明鼻咽癌发生发展机制.     

鼻咽癌上皮细胞株HNE1差异表达基因的分离与鉴定

为了分离鼻咽癌差异表达基因 ,应用抑制性扣除杂交技术 ,在正向抑制性扣除杂交中 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为检测子 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为驱赶子 ;在反向抑制性扣除杂交中 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为检测子 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为驱赶子 ,分别通过抑制性扣除杂交 ,构建了鼻咽癌上皮细胞株HNE1表达下调和表达上调的两个扣除cDNA文库 .从鼻咽癌相关的扣除cDNA文库中随机挑取 1 2 0 0个克隆 ,采用菌落PCR扩增其插入cDNA片段 ,自动点膜制备成cDNA微阵列膜 ,分别用鼻咽癌上皮细胞株HNE1、人胚鼻咽上皮mRNA经逆转录标记cDNA探针 ,分别与cDNA微阵列膜杂交 ,通过杂交信号的自动扫描分析 ,对杂交信号存在 5倍差异的克隆进行测序 ,获得了 1 0个鼻咽癌差异表达基因的cDNA片段 ,其中 3个为新基因序列 ,其GenBank登录号为 :AF5 1 0 1 88、AF5 1 0 1 89和AF5 1 0 1 90 ,7个代表已知基因序列 .采用RT PCR证实S1 0 0A8,CK1 9和RBP1基因在人胚鼻咽上皮中高表达而在鼻咽癌细胞株HNE1中低表达 .这些结果显示上述基因可能是鼻咽癌发生的重要因素     

利用表达谱基因芯片筛选溃疡性结肠炎差异表达基因

目的:利用人类全基因组表达谱芯片技术,分析溃疡性结肠炎患者和健康者基因表达谱差异,筛选出溃疡性结肠炎相关基因。方法:采用Trizol法提取8例溃疡性结肠炎患者和8例健康对照者结肠粘膜组织总RNA并纯化,逆转录合成c DNA,利用荧光染料Cy3标记aa UTP,转录合成标记的c RNA,并与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据进行归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选出相关差异表达基因,采用DAVID在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能,并对部分差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。结果:筛查出溃疡性结肠炎结肠粘膜组织差异表达基因4132个,其中上调基因2004个,下调基因2128个。选取6条差异表达基因进行PCR验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论:溃疡性结肠炎患者与健康对照者基因表达存在明显差异,分析这些差异表达基因有助于我们探索溃疡性结肠炎的发病机制,为疾病的治疗提供理论依据。     

草菇菌丝体与原基差异表达基因分析

采用Solexa测序技术,对草菇菌丝体和原基进行了数字基因表达谱(DGE)测序,在菌丝体和原基文库中分别得到5701781个和5659262个高质量测序标签(cleantags),对应的标签种数(distinct clean tags)分别为85626和95363。将所有高质量测序标签与参考基因库进行比对,在菌丝体和原基文库中,占标签种数的43.32%和52.57%的标签可以唯一定位(map)到参考序列上,占标签种数的21.65%和21.47%的标签可以被定位到基因组序列上。最终,被菌丝体和原基标签唯一定位的基因数(unambiguous tag-mapped genes)分别为14794和15534。差异基因分析显示,两个文库中共有显著性差异表达的基因4163个,其中在原基中上调、下调的基因数分别为2486和1677,只在原基中表达的基因321个。经过Blastnr比对,在原基中特异表达的基因,涉及蛋白质(氨基酸)合成与代谢、糖代谢、脂类代谢和抗逆反应等多个代谢途径。GO功能富集分析结果表明,葡萄糖、己糖和乙醇等代谢途径大部分基因下调表达。Pathway功能富集分析结果表明,合成核糖体蛋白的基因均下调表达,表明原基形成时细胞代谢减弱,蛋白质合成量减小。     

鼻咽癌相关基因TP53、COL1A1、FN1的表达及意义

鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma, NPC)是我国发病率较高的头颈部恶性肿瘤,但其发病机制仍不清楚。本文采用生物信息学方法筛选NPC差异基因,通过免疫组化进一步分析其在NPC组织和慢性鼻咽炎(chronic nasopharyngitis, CN)组织中的表达及意义。首先,使用R语言从基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)和人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)中筛选出NPC差异基因,对这些基因进行基因本体论(gene ontology, GO)分析、京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析及蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析,利用免疫组化实验检测相关基因在NPC组织和CN组织中的表达情况。结果显示,从GEO数据库中共筛选出257个NPC差异表达基因,其中上调基因50个,下调基因207个;从OMIM数据库检索到了2...     

cDNA芯片中重复检测值的处理方法对差异表达基因选择的影响

采用六套cDNA数据,两种常用的方法处理表达谱中对应同一条Unigene的多条克隆的表达值,分析对利用SAM和T-test筛选差异基因的影响。结果显示：表达谱中对应同一条Unigene的多个克隆之间的相关性不高,并存在许多负相关;两种处理重复检测值的方法对差异表达基因的选择有很大的影响。     

用表达性差异显示分析技术分离人胎肝组织选择性表达基因

目的：建立4月龄人胎肝组织选择性表达基因EST库,为研究胚胎肝组织特异表达基因提供有力的工具。方法：采用表达性差异显示分析（representational difference analysis,RDA) 技术建立4月龄人胎肝组织选择性表达基因EST库,并测定部分克隆核苷酸序列,以竞争PCR检测代表性基因的差异表达。结果与结论：以珠蛋白家族基因为标志,所建差减cDNA文库中α－珠蛋白家族基因的表达频率较未差减cDNA文库增高7倍,同时该文库也含有多种与肝生长密切相关的基因,表明RDA技术确是研究差异表达基因的有效手段,所建EST库富集胎肝特异表达基因。部分克隆序列分析获得2种未报道序列,其中一株含有丝／苏氨酸激酶结构域,表明可望从此库中分离具有重要未知功能的新基因。     

对鼻咽癌恶性转化基因Tx表达的初步研究

运用杂交组化及Ｎｏｒｔｈｅｒｎ法,对中国人鼻咽癌细胞株恶性转化基因Ｔｘ的表达进行了初步研究。结果表明该基因在鼻咽癌细胞株中表达１．３ｋｂｍＲＮＡ,但表达强度较低,在ＨＰＶ阳性或阴性人宫颈癌细胞中均无表达,ＥＢＶ阴性的Ｂ淋巴细胞系及ＨＴＬＶ－１阳性的Ｔ细胞系中为阴性,而在ＥＢＶ阳性的Ｂ９５－８及Ｒａｊｉ细胞中Ｔｘ基因表达强烈,从而提示ＨＰＶ及ＨＴＬＶ－１不增强Ｔｘ的表达水平,而ＥＢＶ可能使Ｔｘ基因活化．这为进一步研究ＥＢＶ与Ｔｘ等瘤基因协同作用提供了新的依据。     

筛选差异表达基因和蛋白质的方法进展

分离和鉴定差异表达基因和蛋白质不仅有助于发现基因和蛋白质的功能,更有助于揭示某些疾病的发生机理.目前筛选差异表达基因的方法主要有差异显示PCR方法(differential display RT-PCR,DDRT-PCR)、消减杂交法(subtractive hybridization,SH)、基因芯片技术(DNA chip technique)和基因表达的系统分析(serial analysis of gene expression,SAGE)等,其中消减杂交法中又先后建立了代表性差异分析技术(representational difference analysis,RDA)、抑制消减杂交法(suppression subtractive hybridization,SSH)和获得全长基因的消减杂交法(full-length-gene-obtainable subtractive hybridization).筛选差异表达蛋白质的方法主要有双向电泳技术(two-dimentional gel electrophoresis)和噬菌体全套抗体库技术(phage display antibody repertoire library technique).这些方法各有特点,各有利弊,研究者可根据自己的需要选择适合于自己的方法.     

UBAP1 基因真核表达载体的构建 及对人鼻咽癌细胞生长的影响

为研究鼻咽癌相关新基因 UBAP1 的功能,探讨其对鼻咽癌细胞生长特性的影响,构建了 UBAP1 真核表达载体并转染到鼻咽癌细胞株 HNE1 中,借助细胞生长曲线、软琼脂集落形成试验、裸鼠接种和流式细胞计数方法对转染细胞的生物学行为进行了检测 . 结果显示, UBAP1 基因转染细胞生长速度明显减慢,在软琼脂中集落形成率较对照组显著下降,裸鼠接种试验显示, UBAP1 基因转染细胞 HNE1 生长速度受到抑制,流式细胞计数分析发现, UBAP1 基因表达升高能延缓细胞由 G0-G1 期进入 S 期 . 因此, UBAP1 基因的表达有助于 HNE1 恶性表型的逆转,初步证明 UBAP1 是一个鼻咽癌相关的抑瘤基因 .     

日本血吸虫期别差异表达基因文库的构建及分析

为从期别差异表达基因分析入手研究血吸虫的生长发育机制,应用抑制性消减杂交 (suppressed subtractive hybridization , SSH) 技术首次构建了日本血吸虫尾蚴、虫卵和成虫的期别差异表达基因文库 . 经消减效率分析和三种文库克隆的 EST 的期别差异性鉴定,表明所建文库质量较高,为在整个基因组水平分离血吸虫的差异表达基因提供了重要材料 . 由三个文库选择 257 个插入片段大于 500 bp 的克隆测定了 EST 序列 . 同源性分析结果表明 257 个 EST 代表 182 种血吸虫基因,其中有 22 种为血吸虫已知基因,有 128 种为血吸虫已知 EST ,有 32 种为新发现的血吸虫基因 . 对 EST 编码蛋白的功能预测结果显示：尾蚴消减文库的基因多与运动、能量代谢、转录调节及致病性相关;虫卵消减文库的基因可能参与信号转导、细胞粘附、蛋白质和碳水化合物的代谢以及抗氧化反应;成虫消减文库的基因多参与蛋白质的合成、转运及分解代谢,参与虫体的运动等 . 大规模分离、分析血吸虫期别差异表达基因将对从分子水平去解读血吸虫的生长发育机制,筛选高效疫苗候选抗原、药物靶标及诊断制剂有重要意义 .     

一个有假基因特点的鼻咽癌相关基因的分离和克隆(英)

用定位候选克隆法克隆了一个与鼻咽癌相关的基因,命名为NAG73基因. 结构分析显示NAG73的基因序列无内含子, 无典型的启动子序列, poly A尾.与人类生长激素促分泌因子基因的第4个外显子和3′端非翻译区同源.说明NAG73可能是人类生长激素促分泌因子基因的假基因. 同时，实验证明NAG73在一些细胞和组织中活跃表达.在正常鼻咽上皮细胞，鼻咽癌上皮细胞和鼻咽癌活检组织，NAG73有表达差异.序列分析显示NAG73有编码翻译产物的可能.NAG73可能可编码产物.该产物在鼻咽癌的发病发展中发挥作用.     

WIF-1在鼻咽未分化癌中表达的研究

目的 分析WIF-1在鼻咽慢性炎性组织、鼻咽癌中表达的特点,探寻其在鼻咽未分化癌中表达与相关临床资料的关系,以及在鼻咽癌发病机制中的作用.方法 应用免疫组化技术SP法检测65例鼻咽未分化癌鼻咽癌标本、20例鼻咽部慢性炎症中WIF-1的蛋白水平.结果 ① WIF-1在正常鼻咽上皮细胞中存在表达,在鼻咽假复层纤毛柱状上皮的纤毛柱状上皮细胞中呈强阳性表达.其表达呈周期性.② 鼻咽癌标本表达的平均百分数为（31.0±8.0）%,与非癌上皮组织中WIF-1在柱状细胞中全部呈强阳性相比,有显著差异.WIF-1在部分淋巴细胞中表达阳性.在鼻咽癌和淋巴细胞中表达两者无相关性.③ WIF-1在鼻咽未分化癌细胞中的表达与患者的年龄、性别、原发灶大小（T分期）、淋巴转移、远处转移均无关系.结论 WIF-1在正常鼻咽上皮细胞中呈阳性表达;WIF-1在鼻咽未分化癌细胞中出现表达缺少和（或）下调;WIF-1表达缺少和（或）下调的出现可能是鼻咽未分化癌发生的早期事件,WIF-1表达异常可能在鼻咽未分化癌的发病机制中发挥一定作用.     

基因差异表达分析技术进展

比较了目前几种主要的基因差异表达分析技术并简要地归纳了各种基因差异表达分析方法的特点,重点介绍了经典的基因差异表达分析技术———差异显示技术及其改进与完善,最后根据差异显示技术在高等植物方面已取得的成就乐观地展现了该技术在园艺植物研究上的应用前景.     

鼻咽癌中TSG101基因的突变研究

应用PCR-SSCP方法对鼻咽癌中TSG101基因的编码区进行突变检测,以探讨该基因在鼻咽癌变过程中的作用,16例鼻咽癌标本中未发现TSG101基因编码区存在突变,以上结果可以初步排除TSG101基因在鼻咽癌中突变的可能。