单引物法扩增马尾松毛虫CPV基因组第8片段及其序列分析

本文利用T4 RNA连接酶将5'-磷酸、3'-氨基修饰的引物1连接到马尾松毛虫质型多角体病毒第8片段dsRNA的3'-OH端.经逆转录、退火、补齐形成全长双链cDNA.使用单一的互补引物2进行PCR扩增.扩增产物克隆在pMD18-T载体上.对重组子进行限制性内切酶分析及序列测定,结果表明,克隆片段全长330bp,S'端具有CPV-1型末端保守序列AGTAAA'端具有保守序列GTTAGCC.起始密码子从ATG位于38-40残基,终止密码子TAA位于1208～1210残基.推测S8片段编码390个氨基酸多肽,分子量为44kDa.与舞毒蛾质型多角体病(LdCPV)第8片段相比较,核苷酸和氨基酸同源性分别为97%和98%.与家蚕质型多角体病毒(BmCPV)第8片段相比较,核苷酸和氨基酸的同源性分别为83%和85%.与人的呼肠孤病毒第8片段比较没有明显的同源性.     

单引物法扩增马尾松毛虫CPV基因组第8片段及其序列分析

本文利用T4 RNA连接酶将5'－磷酸,3'-氨基修饰的引物1连接到马尾松毛虫质型多角体病毒第8片段dsRNA的3'-OH端,经逆转录,退火,补齐形成全长双链cDNA。使用单一的互补引物2进行PCR 增,扩增产物克隆在pMD18-T载体上,对重组子进行限制性内切酶分析及序列测定。结果表明,克隆片段全长330bp,S'端具有CPV－1型末端保守序列AGTAAA'端具有保守序列GTTAGCC。起始密码子从ATG位于38－40残基,终止密码子TAA位于1208－1210残基。推测S8片段编码390年氨基酸多肽,分子量为44kDa。与舞毒蛾质多角体病（LdCPV)第8片段相比较,核苷酸和氨基酸同源性分别为97％和98％。与家蚕质型多角体病毒（BmCPV）第8片段相比较,核苷酸和氨基酸的同源性分别为83％和85％。与人的呼肠孤病毒第8片段比较没有明显的同源性。     

棉铃虫5型质型多角体病毒RNA聚合酶的确定与功能机制研究

棉铃虫5型质型多角体病毒属于呼肠孤病毒科质型多角体病毒属,以重要农业害虫棉铃虫为其天然宿主,对棉铃虫的生物控制具有重要意义.本文对棉铃虫5型质型多角体病毒第3片段编码的蛋白的功能进行了初步研究.首先通过同源性对比,推测其所编码的蛋白可能行使RNA依赖的RNA聚合酶(RdRP)的功能.通过体外活性研究确定了该蛋白的RdRP活性,并确定了其保守活性位点GDD.随后以病毒基因组RNA和3′-OH封闭的病毒基因组RNA为模板,利用Northern blot方法研究该蛋白起始病毒基因组RNA合成的分子机制.结果表明,该病毒的RdRP主要通过引物非依赖的方式起始病毒基因组RNA的合成,并且该RdRP蛋白并不具有末端转移酶活性.最后,对RdRP行使功能的生化条件进行探索,发现RdRP功能的发挥需要二价金属离子Mg2+的存在.     

马尾松毛虫CPV基因组S7的序列分析及部分序列的原核表达

马尾松毛虫质多角体病毒(湖南株)基因组S7节段(AY180908)cDNA克隆及序列分析结果表明：S7由1501个碱基组成,编码由448个氨基酸组成的分子量为49．8kDa的多肽P50。5’末端和3’末端具有5’-AGTAA-3’和5’-GTTAGCC-3’末端保守序列。该基因组与舞毒蛾质多角体病毒1型和家蚕质多角体病毒1型s7节段有很高的同源性,核苷酸序列同源性分别为97．2％和87．0％,氨基酸序列同源性分别为98．7％和92．8％。P50多肽与人型支原体的DnaK样蛋白在C-末端有相似性。本文报道了编码P50 C259的cDNA序列的克隆并作了原核表达,当用1．0mmol／L IPTG诱导2h,分子量约为37.3kDa的融合蛋白在大肠杆菌BL21中得到大量表达。     

马尾松毛虫CPV基因组S7的序列分析及部分序列的原核表达

马尾松毛虫质多角体病毒(湖南株)基因组S7节段(AY180908)cDNA克隆及序列分析结果表明S7由1501个碱基组成,编码由448个氨基酸组成的分子量为49.8 kDa的多肽P50.5′末端和3′末端具有5′-AGTAA-3′和5′-GTTAGCC-3′末端保守序列.该基因组与舞毒蛾质多角体病毒1型和家蚕质多角体病毒1型S7节段有很高的同源性,核苷酸序列同源性分别为97.2%和87.0%,氨基酸序列同源性分别为98.7%和92.8%.P50多肽与人型支原体的 DnaK样蛋白在C-末端有相似性.本文报道了编码P50 C259的cDNA序列的克隆并作了原核表达,当用1.0 mmol/L IPTG 诱导2h,分子量约为37.3 kDa的融合蛋白在大肠杆菌BL21中得到大量表达.     

一株雀纹天蛾核型多角体病毒的鉴定及其基因组序列分析

从自然死亡的雀纹天蛾幼虫分离到一株雀纹天蛾核型多角体病毒。通过扫描及切片透射电镜发现,该病毒为单粒包埋型核型多角体病毒,命名为ThjaSNPV(Theretra japonica single nucleopolyhedrovirus)。病毒全基因组重测序后拼接显示,该病毒基因组全长134 899 bp,GC含量37.28%,与豆天蛾单粒包埋型核型多角体病毒株DZ1基因组序列相似性高达96.24%。ThjaSNPV含有131个开放阅读框（ORF）其中55个为正链基因,76个为负链基因,与宿主同为天蛾科的豆天蛾单粒包埋型核型多角体基因组相比,雀纹天蛾单粒包埋型核型多角体病毒新注释到7个基因：chitin-binding protein(ORF9),ODV-E18(ORF11),lef-11(ORF27),hypothetical protein(ORF41),lef-10(ORF42),pif-6(ORF66),P6.9(ORF88)。ThjaSNPV的DNA光裂酶基因（DNA photolyase,ORF53）中不具有豆天蛾NPV中的1bp碱基的缺失,只编码一个大的完整DNA裂合酶。3...     

马尾松毛虫质型多角体病毒多角体蛋白基因的cDNA克隆及序列分析

通过对马尾松毛虫质型多角体病毒的增殖、纯化,获得一株单一类型的质型多角体病毒.提纯的病毒粒子经SDS-酚抽提,琼脂糖凝胶电泳分离基因组dsRNDA,回收纯化第十片段S10.S10经DMSO变性,逆转录合成cDNA第一链,PCR扩增后,克隆在pGEM-T载体上.对重组子进行限制性内切酶分析及序列测定,结果表明,克隆片段全长763bp,起始密码AUG位于3～5残基,终止密码UGA位于747～749残基.推测DpGPV多角体蛋白基因编码248个氨基酸的多肽,分子量28kD.和家蚕质型多角体病毒(BmCPV)多角体蛋白基因相比较,核苷酸和编码氨基酸序列同源性分别为89.3%和97.6%.     

马尾松毛虫质型多角体病毒多角体蛋白基因的cDNA克隆及序列分析

通过对马尾松毛虫质型多角体病毒的增殖、纯化,获得一株单一类型的质型多角体病毒。提纯的病毒粒子经SDS－酚抽提,琼脂糖凝胶电泳分离基因组dsRNDA,回收纯化第十片段S10。S10经DMSO变性,逆转录合成cDNA第一链,PCR扩增后,克隆在pGEM-T载体上,对重组子进行限制性内切酶分析及序列测定。结果表明,克隆片段全长763bp,起始密码AUG位于3－5残基,终止密码UGA位于747－749残基。推测DpCPV多角体蛋白基因编码248个氨基酸的多肽,分子量28kD。和家蚕质型多角体病毒（BmCPV）多角体蛋白基因相比较,核苷酸和编码氨基酸序列同源性分别为89.3%和97.6%。     

文山松毛虫质型多角体病毒（DpwCPV）NS5蛋白基因的cDNA克隆及序列分析

通过对文山松毛虫质型多角体病毒(Dendrolimus punctatus Wenshanensis cytoplasmic polyhedrosis virus, DpwCPV)的增殖、纯化,获得一株单一类型的质型多角体病毒。提纯的病毒粒子经SDS热酚法抽提得到基因组dSRNA,使用低熔点琼脂糖凝胶电泳分离并回收纯化第九片段S9。S9 RNA双链经高温变性,逆转录合成cDNA双链。根据DpwCPV与BmCPV1的同源性设计引物,将S9进行PCR扩增后,克隆到PMD18T载体上。最终获得一个977bp的序列,其中包含一个963bp的开放阅读框(ORF)。推测DpwCPV S9基因编码一个320个氨基酸的蛋白,分子量约为35560。     

文山松毛虫质型多角体病毒S8片段cDNA克隆与原核表达

文山松毛虫质型多角体病毒(DpwCPV)S8片段被克隆和测序,该片段全长1332bp,编码390个氨基酸组成的分子量大约为43kDa的蛋白P44.根据本实验室测定出的马尾松毛虫质型多角体病毒(DpCPV)基因组全序列,设计引物,扩增出文山松毛虫质型多角体病毒S8部分片段,并亚克隆出p44基因序列,然后将p44基因序列cDNA克隆到表达载体pET-28a中,构建成表达质粒pET-S8,用IPTG诱导大肠杆菌BL21,经SDS-PAGE证明p44基因在大肠杆菌中获得成功表达,并对其编码蛋白序列进行了分析.     

文山松毛虫质型多角体病毒S8片段cDNA克隆与原核表达

文山松毛虫质型多角体病毒(DpwCPV)S8片段被克隆和测序,该片段全长1332bp,编码390个氨基酸组成的分子量大约为43kDa的蛋白P44。根据本实验室测定出的马尾松毛虫质型多角体病毒(DpCPV)基因组全序列,设计引物,扩增出文山松毛虫质型多角体病毒s8部分片段,并亚克隆出p44基因序列,然后将p44基因序列cDNA克隆到表达载体pET-28a中,构建成表达质粒pET-S8,用IPTG诱导大肠杆菌BL21,经SDS-PAGE证明p44基因在大肠杆菌中获得成功表达,并对其编码蛋白序列进行了分析。     

马尾松毛虫质型多角体病毒NS5蛋白基因的cDNA克隆及序列分析

通过对马尾松毛虫质型多角体病毒的增殖、纯化,获得一株单一类型的质型多角体病毒.提纯的病毒粒子经SDS-热酚法抽提,在使用低熔点琼脂糖凝胶电泳分离基因组dsRNA,回收纯化第九片段S9.SgRNA双链经高温变性,使用正反两种引物逆转录合成cDNA双链,使用同样的引物经PCR扩增后,克隆在pMD18-T载体上.利用两种引物组合,获得了大小两个亚克隆片段.序列测定结果表明,较小亚克隆片段长405bp,较大亚克隆片段长677bp,经过序列拼接,得到一个977bp的序列,其中包含一个963bp大的开放阅读框(ORF).推测DpCPVS9基因编码一个320个氨基酸的多肽,分子质量35.66kDa.和家蚕1型质型多角体病毒的I株(BmCPV-II strain)位于第九片段的NS5蛋白基因相比较,核苷酸和编码氨基酸序列同源性分别为86.0%和93.4%.     

马尾松毛虫质型多角体病毒NS5蛋白基因的cDNA克隆及序列分析

通过对马尾松毛虫质型多角体病毒的增殖,纯化,获得一株单一质型多角体病毒。提纯的病毒粒子经SDS－热酚法抽提,在使用低熔点琼脂凝胶电泳分离基因组dsRNA,回收纯化第九片段S9。SgRNA双链经高温变性,使用正反两种引物逆转录合成cDNA双链,使用同样的引物经PCR扩增后,克隆在pMD18-T载体上。利用两种引物组合,获得了大小两个亚克隆片段。序列测定结果表明,较小亚克隆片段长405bp,较大亚克隆片段长677bp,经过序列拼接,得到一个977bp的序列,其中包含一个963bp大的开放阅读框（ORF）。推测DpCPVS9基因编码一个320个氨基酸的多肽,分子质量35.66kDa。和家蚕1型质型多角体病毒的I株（BmCPV-I Istrain)位于第九片段的NS5蛋白基因相比较,核苷酸和编码氨基酸序列同源性分别为86．0％和93．4％。     

棉铃虫核多角体病毒lef-3基因的序列分析

在棉铃虫核多角体病毒(Helicoverpa armigera Single-nucleocapsid Nucleopolyh edrovirus,HaSNPV)基因组中发现了lef-3基因,该基因位于病毒基因组的BamHⅠ -F片段上, 全长1140bp,编码379个氨基酸,预计蛋白质分子量为44kD,启动子区具有TATAbox,位于起 始密码子ATG上游40～43nt处,在终止密码子下游具典型的poly(A)终止信号AATAAA.并且 在它的氨基酸序列的N-端也具有一个类似SSB保守序列的基元结构.     

棉铃虫核多角体病毒lef—3基因的序列分析

在棉铃虫核多角体病毒 (HelicoverpaarmigeraSingle nucleocapsidNucleopolyhedrovirus ,HaSNPV)基因组中发现了lef 3基因 ,该基因位于病毒基因组的BamHⅠ F片段上 ,全长 114 0bp ,编码 379个氨基酸 ,预计蛋白质分子量为 4 4kD ,启动子区具有TATAbox ,位于起始密码子ATG上游 4 0～ 4 3nt处 ,在终止密码子下游具典型的 poly(A)终止信号AATAAA。并且在它的氨基酸序列的N -端也具有一个类似SSB保守序列的基元结构     

棉铃虫核型多角体病毒HindⅢ—K片段的核苷酸序列及其分析

测定了棉铃虫核型多角体病毒基因组ＤＮＡ的Ｈｉｎｄ Ⅲ－Ｋ片段苷酸序列。该片段全长３２５５ｂｐ,含可编码大于４０个氨基酸残基的多肽的开放阅读框１５个,包括多体蛋白基因编码区３’端４８９ｂｐ和蛋白激酶ＨａｖＰＫ基因编码区８０１ｂｐ。     

家蚕质型多角体病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank报道的家蚕质型多角体蛋白基因的保守序列设计特异性引物扩增118bp核苷酸片段,使用含有目的基因片段的重组质粒标准品绘制标准曲线,建立家蚕质型多角体病毒的实时荧光定量PCR检测方法。结果表明,标准曲线中模板拷贝数(X)与Ct值(Y)关系为Y=-3.582lgX+38.748,相关系数R2=0.999,构建的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于家蚕质型多角体病毒病的快速检验及该病的流行性调查研究。     

昆虫质多角体病毒研究的若干新进展

质多角体病毒隶属呼肠孤病毒科质多角体病毒属,病毒粒子为二十面体球形颗粒,具有3～5种结构蛋白,基因组由10或11个节段双链RNA构成。按病毒基因组RNA片段在聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶中电泳图谱的差异,将质多角体病毒分为15个电泳型。随着RNA病毒序列测定策略的逐步成熟与完善,质多角体病毒的序列测定方面取得一定的进展,家蚕质多角体病毒1的两个毒株（H株和I株）,舞毒蛾质多角体病毒1和14,及粉纹夜蛾质多角体病毒15的基因组全序列得到了测定,但质多角体病毒的进化与起源的研究因缺乏足够的遗传信息仍受到限制。     

柯萨奇病毒B组3型基因组剪切片段的序列分析

柯萨奇病毒B组(Coxsackievirus B,CVB)感染细胞时其基因组RNA存在不稳定现象,但产生机制尚不清楚。本研究将柯萨奇病毒B组3型(CVB3)感染细胞后,利用5′ cDNA末端快速扩增技术(5′ rapid amplification of cDNA ends,5′ RACE)扩增并克隆细胞内CVB3基因组片段,并对每条序列及其5′端的二级结构进行分析。结果获得的20条CVB3基因组片段,长度为 2 067～5 547 bp,片段断端主要分布于2Apro和2C编码区。RNAfold分析显示,这些片段多数在5′断点端形成二级茎-环结构。本研究显示,CVB在宿主细胞感染时可形成大量不完整基因组RNA片段,这些片段可在5′断点端形成局部双链结构,提示片段不是随机产生,可能是RNA酶剪切产物。此发现有助于理解CVB基因组不稳定的机制。     

斜纹夜蛾核型多角体病毒BamHI—J片段序列分析

报道了斜纹夜蛾核型多角体病毒（SpltMNPV)BamHI-J片段的序列结构。该片段定位于SpltMNPV基因组25.8-29.9图单位（msp unit）,包括4个完整的开放读码框,几丁质酶基因（chiA）的3′端部分序列和一个同源区（hr）的部分序列。4个完整的读码框包括lef-8基因,杆状病毒J结构域蛋白基因（baculovirus J domain protein gene,bjdp),ORF570和ORF165。序列分离表明：ORF570与毒蛾核型多角体病毒（Lymantria dispar MNPV）的解旋酶－2基因有31％的氨基酸同源性。ORF165为SpltMNPV特有。J结构域蛋白在其他杆状病毒基因组中尚未见报道,其氨基酸序列N端存在J结构域,推断该蛋白质具有与DnaJ蛋白类似特征。lef-8基因编码的氨基酸与已报道的杆状病毒基因组中的lef-8基因编码的氨基酸具有高的同源性,且其C端具有与其他杆状病毒LEF－8类似的保守序列CIKICGIHGQKG。