一株引起严重急性呼吸道感染病例的A亚型人呼吸道合胞病毒全基因组基因特征分析

人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是导致儿童急性呼吸道感染的最重要的呼吸道病毒之一。根据对单克隆抗体的反应,HRSV分为A、B两个亚型。为探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respi-ratory infection,SARI)病例中HRSV全基因组基因特征,本研究对2017年河南省漯河市住院SARI病例中检测到的1株HRSV A亚型病毒通过Sanger测序方法对其全基因组序列进行了测定和分析。通过Sequencher 5.4.5、MEGA 5.05、BioEdit 7.0.5等生物信息学软件进行序列拼接和比对,进行了基因亲缘性关系分析、氨基酸变异和糖基化位点分析。基于HRSV全基因组序列和11个单个蛋白基因序列构建的亲缘性关系分析结果提示本研究中检测到的这株HRSVA病毒(RSVAs/Luohe.Henan/CHN/42.17)属于ON1基因型,该型是我国近年流行的优势基因型。该病毒全基因组序列与35条全球代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别为92.69%～99.82%和93.63%～99.67%;G蛋白编码区氨基酸变异最高,而F蛋白相对保守。糖基化位点分析发现,该病毒的F蛋白有6个N-糖基化位点,未发现O-糖基化位点,此结果与原型株long株相同;G蛋白N-糖基化位点有6个,O-糖基化位点为82个,而原型株long株有11个N-糖基化位点,15个O-糖基化位点。本研究对2017年河南省漯河市SARI病例中一株HRSVA病毒全基因组序列进行了测定,与世界其他地区报道的HRSVA亚型病毒全基因组序列进行了对比分析,揭示了SARI病例中我国HRSV优势流行ON1基因型病毒全基因组的核苷酸和氨基酸变异特征,以及G蛋白和F蛋白编码区糖基化情况,丰富了我国HRSV基因数据库,也为HRSV的核酸检测方法的建立、疫苗研发和预防性单克隆抗体的评价提供了核苷酸和氨基酸的基础数据。     

347例SARI病例15种常见呼吸道病原特征分析

了解新疆维吾尔自治区人民医院住院严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)病例呼吸道病原的构成及主要病原的流行规律,为SARI的防控提供线索和依据。应用多重PCR方法对2015年8月至2016年7月期间在新疆维吾尔自治区人民医院儿科、呼吸科、急诊科住院,且符合SARI病例定义的每周二、周四、周六新入院的患者进行检测。347份标本中检出14种呼吸道病原,未检测出衣原体,检出病毒阳性标本144份,阳性率为41.50%,检出前4位的病毒依次是,流感病毒72份、鼻病毒18份、呼吸道合胞病毒15份、偏肺病毒和副流感病毒各13份,阳性率分别为为20.75%,5.19%,4.32%,3.75%,3.75%,检出细菌阳性标本数为155份,阳性率为44.67%,其中肺炎链球菌阳性108份、流感嗜血杆菌阳性62份,肺炎支原体阳性13份,阳性率分别为31.12%、17.87%、3.75%;在108份肺炎链球菌阳性标本中41份标本合并病毒感染。新疆维吾尔自治区人民医院SARI病例病原主要以流感病毒,肺炎链球菌和流感嗜血杆菌为主,各年龄组均有检出,检出病原阳性高峰为冬春季;5岁及以下标本中检出腺病毒和百日咳杆菌会增加收住ICU的风险。     

肠道病毒68型新型中和试验方法的建立及其初步应用

针对肠道病毒68型(EV-D68)建立一种新型快速、高效的中和试验方法,并初步评价其在EV-D68流行病学研究中的应用价值。以灭活EV-D68病毒免疫Balb/c小鼠,利用杂交瘤技术制备其单克隆抗体;筛选反应性好、特异性强的抗EV-D68单克隆抗体作为检测抗体,基于酶联免疫斑点检测技术(ELISPOT)建立EV-D68高效中和试验方法;进一步比较该方法与传统中和试验方法 Nt-CPE的一致性,并使用该方法对临床血清样本进行检测。共获得10株分泌抗EV-D68单克隆抗体的杂交瘤细胞株,选取一株性能最优的15C5进行生产纯化,鉴定其为IgG3亚型;以15C5为检测抗体,建立了快速检测EV-D68中和抗体的Nt-ELISPOT方法;与Nt-CPE方法比较,Nt-ELISPOT方法将检测时间由5~7d缩短至1d以内,并且两种方法检测结果一致性良好;应用所建立的Nt-ELISPOT方法对厦门地区146份人群血清样本进行检测,显示血清样本EV-D68中和抗体阳性率为98.6%(144/146),提示厦门地区可能存在过EV-D68的流行。本研究基于ELISPOT建立的新型EV-D68中和试验方法快速可靠,适合通量检测,可以应用于EV-D68中和抗体水平的血清学调查,为EV-D68感染的防控工作提供帮助。     

2017–2019年我国南方地区高致病性H5N6亚型禽流感病毒血凝素蛋白分子特征分析

【背景】自2014年以来,H5N6禽流感病毒在我国家禽和活禽市场持续进化,成为人类和动物健康的重大威胁。【目的】对2017–2019年中国南方地区93株高致病性H5N6禽流感病毒的HA基因进行分子进化分析。【方法】接种9–11日龄鸡胚分离核酸检测阳性的H5N6标本,运用下一代测序平台对病毒分离物进行全基因组测序,从NCBI和GISAID数据库下载参考序列,利用BLAST、MEGA6.1及Clustal X等软件进行序列分析。【结果】2017–2019年,从189份江苏省H5亚型禽类/环境标本和1名H5N6患者咽拭子标本中共分离到43株病毒,完成了33株H5N6病毒的全基因组测序。下载网上同时期中国其他地区流行的H5N6毒株序列,对总计93株H5N6病毒的HA基因进行分子进化分析。93株H5N6病毒中有78株属于Clade 2.3.4.4h,9株病毒属于Clade 2.3.4.4e,4株H5N6病毒属于Clade 2.3.4.4b,1株属于Clade 2.3.4.4f,1株属于Clade 2.3.4.4g。所有93株病毒HA蛋白的裂解位点含有多个碱性氨基酸,表明它们都属于高致病性禽流感病...     

厦门市健康人群肠道病毒D68型血清流行病学调查

肠道病毒D68型（Enterovirus D68,EV-D68）是一种可引起急性呼吸道感染并诱发中枢神经系统疾病的小RNA病毒。开展相关血清流行病学调查，有助于了解病毒在人群中的感染水平，为制定有效防控策略提供科学依据。本研究为了解厦门市EV-D68的流行概况与流行病学特征，采用分层随机抽样的方式收集了2016年厦门市健康人群血清标本共515份，应用基于酶联免疫斑点检测技术的中和试验（Enzyme-linked immunospot assay）检测针对EV-D68流行株的血清中和抗体滴度。结果显示，血清样本中EV-D68中和抗体的总体阳性率为81.9%，中和抗体的总体几何平均滴度（Geometric Mean Titer,GMT）为248.0。<1岁组、1～3岁组、4～6岁组、7～19岁组、20～39岁组、40～59岁组和≥60岁组的EV-D68中和抗体阳性率分别为42.2%、49.3%、71.9%、94.2%、98.5%、100%和100%，各年龄组之间差异有统计学意义（P<0.0001）；各年龄组的中和抗体GMT分别为1∶39.8、1∶80.6、1∶133.2、1∶2...     

肠道病毒68型的研究进展

2014年,在美国暴发了肠道病毒68型(enterovirus D68,EV-D68)感染相关的急性呼吸道疾病,引起全球对EV-D68的广泛关注。EV-D68属于小RNA病毒科肠道病毒属,然而其某些生物学特性和流行规律却与典型肠道病毒不同。EV-D68可通过呼吸道传播,重症患者可表现与脊髓灰质炎相似的神经系统症状,且有一定的死亡率。该病原在世界多个国家和地区的流行为世界公共卫生安全提出了挑战。现对EV-D68流行概况、分子流行病学、血清中和抗体、交叉保护等方面的研究进展作一综述。     

2019-2021年广东省严重急性呼吸道感染病例中鼻病毒流行情况及其分子分型研究

分析广东省人鼻病毒（Human rhinovirus,HRV）的流行情况和型别分布情况。选取了2019年1月至2021年12月收集的1959份SARI病例的咽拭子标本，采用呼吸道多病原检测和巢式PCR的方法进行HRV的检测和分型，使用SPSS 26.0软件分析HRV的流行分布，使用MEGA11等软件对HRV进行分型和亲缘关系的研究。共收集1 959例严重急性呼吸道感染病例（Severe acute respiratory infection,SARI），其中男性为1 205例，女性为754例。婴幼儿组阳性检出率最高，随着年龄的增长，鼻病毒的阳性检出率会下降。2020年鼻病毒阳性率仅在6月份有一个高峰期，2021年鼻病毒阳性率在4月份和10月份有两个高峰期。人鼻病毒合并其他病毒检出的病例有25例，检出率为12.31%，与人副流感病毒和人冠状病毒的合并检出最为常见。203份鼻病毒阳性样本共获得114条VP4/VP2序列，分型鉴定结果显示HRV-A型68株，HRV-B型8株，HRV-C型27株，HRV-A和HRV-C是广东省HRV流行的主要型别。婴幼儿是HRV感染的高发人群，HRV-A1和H...     

急性下呼吸道感染患儿中RSV的分离鉴定及分析

目的对2015年兰州单中心急性下呼吸道感染患儿中呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)进行分离鉴定及分析。方法收集临床急性下呼吸道感染患儿痰分泌物226份,在HEP-2细胞中连续盲传培养3代,收获的培养物用半巢式RT-PCR进行检测,选取强阳性样品进行测序以确定其型别,并对其流行病学特征进行分析。结果 226份样品中RSV阳性样本为76份(阳性率为34%)。RSV阳性患儿中,男女性别比为3∶1;年龄分布6月龄患儿占45%,6月龄~2岁占35%,2~5岁的占20%。冬季为发病高峰。76例RSV阳性患儿中,临床诊断依次为毛细支气管炎31例(40.79%)、喘息性支气管炎21例(27.36%)、支气管肺炎20例(26.32%)和支气管哮喘4例(5.26%)。40份强阳性RSV样品经测序确定为B亚型。结论 RSV是引起婴幼儿急性下呼吸道感染的重要病原之一,2015年RSV的流行株主要为B亚型。     

2017-2020年河南省漯河市呼吸道合胞病毒流行特征研究

呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)是引起严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)的一个重要病原,尤其以5岁以下儿童为主.为了解河南省漯河市SARI住院患者中RSV感染的流行病学和临床特征,为RSV预防控制及临床诊疗提供科学数据,本研究采集2017年10月至2020年8月河南省漯河市SARI住院病例的咽拭子,并收集流行病学和临床信息.采用荧光定量PCR方法鉴定RSV A/B阳性病例,分析其流行病学和临床特征.结果显示,本研究共入组1335例SARI病例,其中220例(16.48％)为RSV阳性,A和B亚型分别占64.55％和30.45％.RSV感染以5岁以下儿童为主(占91.36％),2岁以下婴幼儿占RSV感染病例的一半以上(占55.37％).RSV流行高峰出现在11月-次年1月,不同年份流行季可前后相差一个月.A﹑B亚型在不同月份可单独流行也可共流行.受新型冠状病毒肺炎疫情影响,2020年2-8月SARI病例数较往年同期减少60％以上,RSV阳性率在2020年2-8月降低为0.与非RSV感染组相比,RSV更易感染2岁以下儿童,下呼吸道感染占比更高(以支气管肺炎为主).本研究通过近3年SARI病例监测,揭示河南省漯河市RSV感染以冬春季常见,以下呼吸道感染为主,主要感染5岁以下儿童,其中2岁以下婴幼儿是防控重点人群.新型冠状病毒肺炎流行期间,由于限制性防控措施的干预,RSV感染大大降低.本研究将为RSV疫苗和单克隆抗体等预防性干预手段的使用策略提供基础数据.     

湖北麻鸭乙型肝炎病毒全基因组的克隆和序列分析

为了解湖北地区This finding was also Confirmed by the phylogenetic tree analysis.麻鸭中鸭乙型肝炎病毒(Duck hepatitis B virus,DHBV)自然感染状况以及湖北麻鸭所携带DHBV的基因结构特征,采集了70份成年麻鸭血清并应用PCR技术检测DHBV DNA,对其中一份DHBV DNA阳性血清进行DHBV全基因扩增,并进行克隆与序列测定分析.结果表明,湖北麻鸭DHBV自然携带率为10%;湖北DHBV分离株(GenBank登录号DQ276978)基因组的全长为3024bp,有编码P,S和C蛋白的三个开放阅读框;与GenBank中17株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.85%～93.29%之间;S蛋白、C蛋白和P蛋白结构功能区序列均高度保守;而对P蛋白标志性氨基酸和全基因进化树的分析表明,该分离株属于DHBV中国基因型中的一个亚型.     

甘肃口岸输入性新型冠状病毒全基因组测序和基因特征分析

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）作为一种单链RNA病毒，可引起人类严重的呼吸道综合征。本研究对2020年3月至2021年1月甘肃口岸入境人员中经RT-PCR检测SARS-CoV-2核酸阳性的8份样本进行全基因组测序，并用MEGA11软件以邻接法构建系统发育树，以揭示甘肃口岸输入性SARS-CoV-2基因组特征和遗传进化关系。全基因组测序获得8条长度为29 252bp～29 833bp的SARS-CoV-2基因组序列，基因组覆盖度97.82%～99.77%。与武汉参考株（GISAID号：EPI＿ISL＿402119）相比，共检测到64个错义突变，31个同义突变，3个移码突变和5个非编码等位基因。按照Pangolin分型法，8株输入性毒株属于B.1和B.4谱系。系统发育树分析显示来自伊朗的2例毒株聚集于同一进化支，其他6例毒株分布于不同的进化支中，与目前全球流行的关注变异株和武汉参考株均位于不同进化分支。值得注意的是，一株2020年10月份从俄罗斯输入的B.1.1.523谱系毒株出现时间早于文献报道的2021年3月份，说明该谱系可能在2020年10月或更早就已在俄罗斯流行。     

一株水貂博卡病毒全基因组扩增及序列分析

本研究旨在研究水貂博卡病毒（Mink bocavirus,MBoV）在山东省的流行状况及基因特征。采用PCR对采自山东省境内水貂养殖场的85份水貂腹泻样品进行MBoV检测,挑选1份单阳性样品进行全基因扩增,使用MegAlign进行序列同源性比对分析,利用DNAMAN V6对基因组5’末端和3’末端回文结构进行预测,应用MEGA V6进行遗传进化分析。结果表明,所采集的腹泻样品中MBoV阳性率为3.5%(3/85),其中1份为MBoV单阳性,2份为MBoV与水貂肠炎病毒（Mink enteritis virus,MEV）双阳性。获得MBoV全基因序列1条（SDMBoV2020）,全长5 252 bp;经分析,5’-和3’-UTR分别由98和145 bp短回文序列组成,具有典型的细小病毒末端的茎环样结构;基因组含有3个ORFs,分别编码非结构蛋白NS1、NP1以及结构蛋白VP1和VP2;SDMBoV2020与NCBI登录的MBoV参考毒株KU950356各编码基因的推导氨基酸序列同源性较高,为98.5%～99.0%;基于MBoV全基因序列构建的系统发育进化树也显示,SDMBoV2020和参...     

犬圆环病毒全基因组克隆与序列分析

犬圆环病毒(Dog circovirus,DogCV)是近年来新发现的一种哺乳动物圆环病毒。为研究DogCV中国流行毒株基因组特性和遗传进化,以犬血清样品提取的DNA为模板,采用重叠PCR技术首次获得DogCV中国流行毒株的全基因组序列,命名为JZ98/2014。序列分析表明JZ98/2014全基因组长度为2063nt,编码3个主要开放阅读框:ORF V1(Rep蛋白,303个氨基酸)、ORF C1(Cap蛋白,270个氨基酸)和ORF C2(106个氨基酸)。同源性比较显示JZ98/2014与美国、欧洲流行毒株的全基因组序列同源性为82.1%-89.5%,而Rep和Cap基因同源性分别为82.1%-89.5%和84.6%-89.1%。遗传进化树分析显示,目前世界流行的DogCV存在多个分支,而JZ98/2014与美国、欧洲流行毒株处于不同分支。     

浙江地区呼吸道合胞病毒G基因分子特征分析

收集2004年冬季浙江省儿童医院呼吸道感染患儿的鼻咽吸引物,进行呼吸道合胞病毒(RSV)分离,对分离株用特异性RT-PCR鉴定;对鉴定阳性的RSV毒株进行G蛋白全基因序列测定,并与RSV国际标准株及各地参考株的G蛋白基因序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果表明,在4株RSV浙江分离株中,3株G蛋白基因ORF全长897bp,另1株为894bp;各分离株之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为98.05%、97.06%;与A型RSV标准株的核酸同源性为95.69%,与B型RSV标准株的同源性为78.79%;其3’端基因高变区核苷酸序列与RSVGA2亚型的同源性最高。提示2004年冬季浙江省RSV流行株属于RSVGA2亚型。     

湖北麻鸭乙型肝炎病毒全基因组的克隆和序列分析

为了解湖北地区Thisfindingwasalsoconfirmedbythephylogenetictreeanalysis.麻鸭中鸭乙型肝炎病毒(DuckhepatitisBvirus,DHBV)自然感染状况以及湖北麻鸭所携带DHBV的基因结构特征,采集了70份成年麻鸭血清并应用PCR技术检测DHBVDNA,对其中一份DHBVDNA阳性血清进行DHBV全基因扩增,并进行克隆与序列测定分析。结果表明,湖北麻鸭DHBV自然携带率为10%;湖北DHBV分离株(GenBank登录号DQ276978)基因组的全长为3024bp,有编码P,S和C蛋白的三个开放阅读框;与GenBank中17株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.85%~93.29%之间;S蛋白、C蛋白和P蛋白结构功能区序列均高度保守;而对P蛋白标志性氨基酸和全基因进化树的分析表明,该分离株属于DHBV中国基因型中的一个亚型。     

急性呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒基因组序列特征分析

为了解从北京地区急性呼吸道感染儿童中发现的WU多瘤病毒的基因组编码特征,并对其进行基因序列多样性分析,应用针对基因组5'端非编码区、衣壳蛋白VP1、VP2编码基因以及LTAg编码基因的引物对,从已确证为WU病毒阳性的来自北京地区急性呼吸道感染儿童的编号为BJF5276的临床标本中经聚合酶链反应扩增得到预期的基因片段,直接测序后将序列拼接得到全基因组序列,进而推导其基因组编码特征;随后从其它21例已确证为WU多瘤病毒阳性的急性呼吸道感染儿童标本中扩增得到衣壳蛋白VP2编码区基因,进行基因序列测定以及基因序列多样性分析。得到了WU病毒BJF5276全基因组序列。序列分析结果显示WU病毒BJF5276基因组序列全长为5229bp,共有5个主要的CDS(Coding domain sequences),分别编码衣壳蛋白VP2、VP3、VP1,并以其互补序列为模板,编码STAg和LTAg;所得到的22例VP2蛋白编码区基因序列同源性比较结果显示病毒VP2基因编码区序列与GenBank中已有的64个序列之间同源性很高;Mega4.0NJ进化树(Neighbor-joiningtree)分析显示这22个VP2基因序列分属于不同的基因进化簇,其中20个序列属于进化簇I中的Ia,另外2个序列属于进化簇III,其中的一个序列在IIIb基因进化簇中,另外一个序列独立成簇,不属于现有的IIIa或IIIb,暂时将其命名为IIIc。本研究结果提示北京地区的WU病毒具有多瘤病毒科的基因组编码特性;序列非常保守,有分属于不同基因进化簇的WU病毒在北京地区流行,与文献报道的以Ib流行为主所不同的是北京地区的WU病毒以Ia为主,且有新的基因进化簇出现。     

辽宁省首株柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

研究引起辽宁地区手足口病的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5,CV-B5）基因组特征。对2018年从辽宁省688份肠道病毒核酸阳性的标本中分离到的1株CV-B5进行高通量测序，并对其全基因组进行遗传进化分析。结果表明，CV-B5辽宁分离株与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为78.5%～97%，氨基酸序列同源性为75.3%～96.7%。基于全基因组的进化分析将CV-B5流行株分为A～D四个基因型，辽宁分离株属于D基因型。通过重组分析发现其在P3区的3D区段发生重组。首次在辽宁地区手足口病患儿中分离出CV-B5，辽宁省分离株（LN2018-23-21/CHN/2018）可能为重组株。     

人类博卡病毒HBoV1基因组克隆及启动子活性分析

人类博卡病毒 (Human bocavirus,HBoV) 是继细小病毒B19之后,第2个被发现可引起人类疾病的细小病毒。通过PCR扩增方法从患有下呼吸道感染的患儿痰液中鉴定HBoV,以鉴定的阳性样本为模板,利用分子生物学方法构建病毒基因组克隆并进行序列分析。2007年10月?2009年3月从湖北省妇幼保健院共收集941例下呼吸道感染患儿的痰液标本,检测到33份HBoV阳性样品,阳性率为3.51％ (33/941);其中1岁以下婴幼儿患者占阳性样72.7％;构建了含有HBoV中间大片段基因克隆WHL-1,     

浙江省2019年儿童腺病毒肺炎流行病学特征分析

为了解浙江地区腺病毒肺炎的流行病学和病原学特征,本研究统计分析了2019年1月至2019年12月浙江大学医学院附属儿童医院腺病毒肺炎患儿的基本临床资料;并前瞻性的通过聚合酶链式反应(PCR)随机对部分的腺病毒阳性的肺炎患儿咽拭子进行基因扩增、测序和分型鉴定;进而构建系统发育树分析其核苷酸序列进化情况。本研究共检测咽拭子标本19650份,其中腺病毒阳性标本有4032份,腺病毒检出率为20.5%;春季和夏季腺病毒肺炎的患病率相对较高,患儿年龄主要在1~7岁。本研究所检测的99株腺病毒阳性标本经与GenBank数据库比对均为HAdV-3,通过Hexon基因全长系统进化分析得出,所检出的HAdV-3腺病毒均为Clade2进化分支。2019年浙江地区存在儿童HAdV-3肺炎的暴发流行,该病毒株未发生大的变异,均为Clade2进化分支。1~7岁的儿童为主要的易感人群。     

儿童急性呼吸道博卡病毒感染

了解博卡病毒(Human Bocavirus,HBoV)在我国儿童急性呼吸道疾病中的感染情况。采用PCR扩增的方法对2005年10月~2006年1月收集的72例急性呼吸道感染的住院儿童鼻咽抽吸物(nasopharyngeal aspirates,NPA)进行了HBoV基因检测。将PCR阳性产物进行TA克隆,测序,并将所测序列与GenBank中HBoV序列进行比较分析。72份标本中共检测到6份HBoV阳性扩增产物,阳性率为8.3%(6/72),该6例HBoV阳性患儿临床均有肺炎或支气管肺炎症状。由此可以初步看出HBoV可能也是儿童急性呼吸道感染中较为重要的一个病原,且可能与儿童急性下呼吸道感染存在相关性。