近年北京人偏肺病毒基质蛋白、小疏水蛋白和粘附糖蛋白的遗传变异特征分析

为了探讨北京地区儿童中流行的人偏肺病毒(Human metapneumovirus,hMPV)结构蛋白基因特征,本研究着重对hMPV北京地区地方株的基质蛋白(Matrix protein,M)、小疏水蛋白(Small hydrophobic protein,SH)和粘附蛋白(Attachment protein,G)基因进行了基因特征的分析。本研究对2006年至2010年42株hMPV的M蛋白、49株SH蛋白和55株G蛋白基因特征进行了分析,进化分析显示北京地区流行的hMPV的这3个编码蛋白基因分别属于A2、B1和B2基因亚型。地方株M基因高度保守,A和B基因型之间存在7个氨基酸位点的变异(型内高度保守)。不同基因型(A和B)和不同基因亚型(A2和B1、A2和B2)之间的SH基因的氨基酸同源性在60.7%～64.4%之间,而同一基因亚型内的氨基酸同源性则在93.3%～100%之间;同一基因型不同基因亚型之间(B1和B2)的氨基酸同源性在84.7%～88.7%之间。不同年份不同基因亚型G蛋白具有遗传多样性,使用不同的终止密码、核苷酸缺失和插入导致其核苷酸长度不同,变异程度相当高。不同基因型和不同基因亚型之间的G基因的氨基酸同源性在34.0%～38.6%之间,同一基因亚型内的氨基酸同源性在81.5%～100%之间;同一基因型不同基因亚型之间的氨基酸同源性在64.3%～69.2%之间。2008年至2010年的B2基因亚型的毒株大多数在多个位点出现了相同的氨基酸突变,同时出现了2个氨基酸的插入或重复插入,这些毒株在B2基因亚型内形成了一个新的进化簇。抗原位点预测分析显示不同基因亚型的SH和G蛋白的抗原位点均存在差异。     

太原地区乙肝患者HBV基因分型与细胞免疫功能研究

了解太原地区乙肝病毒基因型分布情况,研究不同基因型乙肝病毒致病性与细胞免疫功能关系。选择慢性乙肝、乙肝肝硬化及乙肝病毒相关肝癌等乙肝病毒感染患者,采用PCR技术检测患者血清HBV-DNA和HBV基因型,用流式细胞仪直接免疫荧光法(FCM)检测患者外周血T淋巴细胞亚群百分率,分析不同病毒基因型与乙肝病程关系以及不同基因型病毒感染患者细胞免疫功能状态。检测136例乙肝病毒感染患者,其中B基因型感染38例,占总数27.9%;C基因型感染93例,占总数70.6%;B/C混合型感染3例,占总数2.2%;D基因型感染2例,占总数1.5%。B型与C型乙肝病毒感染患者的HBsAg水平无区别,B型患者血清HBeAg(+)%高于C型乙肝病毒感染者,慢性无症状乙肝携带者、慢性乙肝、乙肝肝硬化和乙肝病毒相关的原发性肝细胞癌各组中乙肝病毒基因型的分布无差异,但乙肝肝硬化患者与慢性无症状乙肝携带者、慢性乙肝患者的基因型有差异(P<0.01),C基因型感染者HBV-DNA水平、HBeAg阳性率、CD4+细胞和CD4+/CD8+T淋巴细胞比值低于B基因型感染者。太原地区临床乙肝病毒感染患者以C基因型为主,C基因型感染者比B基因型的肝脏功能损害严重,可能与细胞免疫功能降低HBV-DNA水平和HBeAg阳性率高有关。     

马源人巨细胞病毒的鉴定及遗传进化分析

为了解伊犁马携带病毒的类型,本研究利用高通量测序技术检测伊犁昭苏县142份伊犁马马驹鼻拭子样品。病毒组学分析显示,伊犁马马驹鼻拭子样品携带人巨细胞病毒（Human cytomegalovirus,HCMV）,根据注释到的HCMV UL126基因序列,设计特异性引物,对样品进行PCR检测。结果显示,伊犁马马驹鼻拭子样品HCMV阳性率为7%(10/142),进一步调查显示伊犁马流产胎儿肺组织样品中该病毒阳性率为57%(53/93),表明该病毒感染伊犁马。另外,研究表明马场工作人员HCMV阳性率为37.5%(15/40),且大部呈HCMV阳性马驹和流产的妊娠母马都和HCMV阳性工作人员有密切接触史,提示马源HCMV可能来源人。核苷酸同源性分析显示本研究鉴定的马源和人源HCMV UL126基因的核苷酸序列同源性为99.6%～99.8%,与国外人源HCMV UL126基因的核苷酸序列同源性为97.8%～100%。遗传进化树分析显示本研究鉴定的HCMV与美国人源HCMV亲缘关系较近。本研究首次鉴定马源HCMV,为其致伊犁马流产防控和动物源HCMV流行病学调查奠定基础。     

福建省2012-2020年麻疹野毒株分子流行病学分析

为了解2012-2020年福建省麻疹野毒株病毒核蛋白N基因及H基因的变化,探讨其流行规律,本研究收集2012年-2020年福建省各地市级麻疹风疹网络实验室检测麻疹病毒核酸阳性的麻疹疑似病例咽拭子标本开展病毒分离,应用RT-PCR方法扩增MV的N基因羧基末端450个核苷酸片段并进行序列测定,通过与WHO推荐24个麻疹病毒基因型参考株、中国S(Shanghai,上海)191疫苗株、H1a中国代表株（China93-2）进行对比分析,从2012-2020年共收到1217例麻疹核酸检测阳性的疑似麻疹病例的病原学标本中,共分离出83株麻疹病毒野毒株,其中76株为H1a亚型,5株B3基因型,2株D8基因型。H1a亚型可分为2个独立谱系Lineage1～2,MV H1a基因型毒株间核苷酸及氨基酸同源性为99.82%～99.98%和99.91%～100%。2018年及2019年福建省首次分离到B3基因型麻疹病毒及D8基因型麻疹病毒为输入性基因型,B3基因型毒株高度同源,D8基因型毒株同源性100%。H1a基因型为福建省本土野毒株优势基因亚型,不同地区不同年代存在同一野毒株持续循环,同一地区同一年份也具...     

伪狂犬病病毒Ea株基因组UL区的克隆与序列分析

从伪狂犬病病毒Ea株基因组DNA中扩增到3.76 kb的基因组片段,该片段包含UL31、UL32、UL33和UL34基因完整编码区,以及UL30和UL35基因部分序列.UL31、UL32、UL33和UL34基因G+C含量为69.5%~73.4%,偏向于使用富含GC特别是第三密码子位置上核苷酸是C或G的密码子,Ala、Leu、Arg的利用率最高,占氨基酸残基总数的36.4%.PRV Ea株UL31和UL32基因与PRV Ka株核苷酸与氨基酸序列同源性都很高,在98%以上;而UL33和UL34基因与Ka株的氨基酸序列同源性较低,分别为95.7%和94.8%.UL31基因在疱疹病毒α-亚科所有成员之间都很保守,并且UL31基因与马疱疹病毒IV型同源程度最高.UL32、UL33和UL34基因均与牛疱疹病毒I型同源程度最高.UL31、UL32、UL33与UL34基因产物均有酪蛋白激酶2磷酸化位点和蛋白激酶C磷酸化位点,表明UL31、UL32、UL33、UL34蛋白质可能都是磷酸化蛋白质.     

西藏地区儿童急性呼吸道感染中呼吸道合胞病毒的初步研究

本研究为了解西藏地区儿童急性呼吸道感染中呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)及基因型别。首先采用直接免疫荧光法检测2011年4～7月西藏自治区人民医院儿科病房因急性呼吸道感染住院患儿的鼻咽分泌物标本中7种常见的呼吸道病毒及人类偏肺病毒(Human metapneumovirus,hMPV)的抗原。然后对RSV抗原阳性的标本分别提取RNA,用逆转录-巢式聚合酶链反应法(Nest-PCR)确定RSV型别,同时用实时荧光PCR(Real-Time PCR)方法进行验证。再通过对G蛋白基因PCR扩增产物序列测定确定RSV的基因型。通过与GenBank中不同地区RSV分离株的G蛋白基因序列比对,了解西藏地区RSV G蛋白的结构特点及变异情况。结果表明,从167例标本中检测出呼吸道病毒抗原阳性的为65例,总阳性率为38.9%(65/167),其中RSV 45例,占阳性标本的69.2%(45/65),对其中42例RSV阳性标本进行了PCR分型,其中40例为A亚型,2例为B亚型。对7株A亚型RSV G蛋白基因PCR产物测序结果显示,全部为GA2基因型。西藏RSV与RSV原型株A2株核苷酸的同源性为90.7%～91.8%,氨基酸的同源性只有86.5%～87.2%。氨基酸的变异主要集中在胞外区一个高度保守序列的两端。7株西藏A亚型RSV G蛋白的核苷酸序列与GenBank中不同的RSV分离株相比同源性为90.7%～91.8%。西藏地区2011年春季小儿急性呼吸道感染的病毒病原主要为呼吸道合胞病毒,A亚型是2011年西藏地区的流行优势型别,其G蛋白胞外区基因具有较高的变异性。     

泌尿生殖道沙眼衣原体omp1基因多态性研究

从中国不同城市收集疑为沙眼衣原体(Ct)感染的泌尿生殖道标本323份,巢式PCR扩增Ctomp1基因片段(包括4个变异区),测定其中96份阳性标本omp1基因序列,根据同源性分型并分析其多态位点;根据氨基酸序列,用Mega 3软件构建进化树,分析临床株与相应参考株之间的亲缘关系。从96份沙眼衣原体阳性标本中,检出28种基因变体,其中E型最常见;同时发现Ct E、F型omp1基因高度保守,而其它基因型都显示一定的变异性。进化树分析发现,各临床株与相应参考株之间遗传距离较近。实验结果表明沙眼衣原体omp1基因呈现较大的多态性,可为其疫苗的研制及感染的防治提供重要的实验依据。     

福建省慢性HBV感染者HBV基因S区、基本核心启动子区和前C区基因变异特征分析

为研究福建省慢性HBV感染者HBV基因多样性及变异规律,了解该人群HBV-DNA的病毒学特征。收集慢性HBV感染者血清标本,通过巢式PCR法扩增其HBV基因序列,比对NCBI数据库中标准基因型序列,分析HBV基因S区,基本核心启动子区(BCP)及前C区的序列变异情况,并对这些变异可能造成的病毒抗原表达,疫苗逃逸,患者病症改变等情况进行探讨。最终成功扩增82例HBV全长基因序列,其中B基因型56例,C基因型26例。基因组特定功能区序列分析发现慢性HBV感染者HBV基因在S区(23.2%)、BCP区(61.0%)和前C区(29.3%)均出现了不同程度的变异。其中主蛋白(HBsAg)主要抗原决定簇a决定簇45.8%位点出现了变异,这些变异位点中包括与肝炎重症化及免疫逃逸密切相关的位点(aa126、aa129、aa145等)。位点G1896A(19.5%),G1764A(11.0%)和A1762T(9.8%)依然是BCP/前C区的主要突变位点。而位点A1752G(25.6%)高突变率的出现在BCP区应引起关注。此外位点G1764A(χ~2=5.742,P=0.030)、A1896G(χ~2=14.392,P=0.000)以及A1762T/G1764A(χ~2=7.289,P=0.012)的突变更容易发生在HBeAg阴性的样品中;而位点A1846T(χ~2=11.882,P=0.003)、A1762T(χ~2=6.561,P=0.038)和A1896G(χ~2=6.958,P=0.030)的突变与HBV-DNA的病毒载量存在一定相关性。总之,福建省慢性HBV感染者在HBV不同基因功能区域均存在不同程度的变异,一些与HBeAg表达情况、HBV-DNA载量、疫苗免疫逃避及肝细胞癌发生具有相关联的变异位点已经出现,BCP区A1752G位点的高频率出现应值得关注,对于这些变异位点的患者应加强监测。     

五株人冠状病毒NL63的基因型鉴定及S1domain基因特征分析

为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 do-main基因特征分析。通过对HCoV-NL63棘突蛋白(Spike glycoprotein,S)基因的S1 domain区域进行基因扩增和序列测定,同时结合GenBank数据库下载的1983～2018年其他国家74条HCoV-NL63代表株序列和2007～2010年中国流行的12条HCoV-NL63代表株序列,构建基因亲缘性关系树,并对S蛋白的S1 domain区域进行核苷酸序列比对分析。结果提示全球HCoV-NL63流行株可划分为A和B两个基因型;A基因型可进一步划分为A0,A1,A2和A3四个基因亚型,其中本研究将GenBank中2008年中国流行的2株HCoV-NL63毒株划分为新基因亚型(A3);B基因型可进一步划分为B0,B1和B2三个基因亚型。A和B基因型的HCoV-NL63代表株序列在地域分布上无明显差异,但A基因型不同基因亚型的HCoV-NL63序列在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。在我国A和B基因型HCoV-NL63均已被检测到,但主要以A基因型流行为主,且主要集中在A1和A2基因亚型。不同基因型HCoV-NL63序列在S1 domain区域核苷酸和氨基酸序列上存在特征性差异。本研究通过对五株HCoV-NL63基因型鉴定及S1 domain基因特征分析,初步阐明了我国部分地区流行的HCoV-NL63基因型/基因亚型分布情况及基因特征,丰富了我国本土流行的HCoV-NL63基因数据库,为我国HCoV-NL63分子流行病学研究及分子检测和监测技术的改进和验证提供了基础基因数据。     

我国常见乙型肝炎病毒基因型与基本核心启动子及前C区突变关系的初步研究

收集81份HBV DNA阳性血清标本,经PCR扩增和序列测定确定其中有50份属于基因型C,31份属于基因型B;C基因型的基本核心启动子BCP T1762/A1764的突变率(38%)明显高于B基因型(12.9%,P<0.05);前C区A1896的突变在B、C两基因型间无显著性差异,B基因型为9.7%,C基因型为12%,P>0.05;HBeAg的表达与否与BCP双突变或前C区A1896突变均无明显相关性。经定量PCR检测证明,HBeAg阳性组中的HBV DNA含量明显高于抗-HBe阳性组,P<0.05。组内BCP双突变株和野生株及前C1896突变株和野生株的HBV DNA含量无显著性差异。     

人巨细胞病毒pp65特异性抗体测定在原发感染诊断中的应用

目的 通过测定患者单份血清人巨细胞病毒(HCMV)pp65特异性IgM抗体和IgG亲和指数(AI),建立HCMV原发感染的临床判断标准.方法 从临床收集40份患儿血清和尿标本,以本室自制的pp65为抗原,运用间接酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清标本中HCMV pp65特异性IgM抗体;同时通过尿素变性实验,以6M尿素作为温和蛋白变性剂,测定HCMVpp65 IgG AI.尿标本常规处理后接种人胚成纤维(HF)细胞进行病毒分离,观察HCMV特异性细胞病变效应(CPE),聚合酶链反应(PCR)试验检测细胞培养物UL83基因,间接免疫荧光试验检测细胞玻片HCMV抗原.并将病毒分离结果 同血清学方法 进行比较.结果 40例标本中,IgM阳性13例,IgG阳性30例,其中,仅IgM阳性4例,病毒分离结果 亦为阳性,可诊断为原发感染;30例IgG阳性标本中,2种抗体均为阳性9例(A组),其中,5例AI＜50﹪,病毒分离结果 均为阳性,判断为原发感染;1例AI在50﹪与60﹪之间,为可疑原发感染,需要进一步鉴定;3例AI＞60﹪,判断为继发感染.IgG阳性21例(B组),其中仅3例(14.29﹪)AI＜50﹪,但病毒分离结果 为阴性,提示患者不久前曾发生HCMV原发感染,特异性IgM抗体已经转阴,病毒进入潜伏状态;余18例患者AI均＞60﹪,判断为继发感染;2种抗体均为阴性的标本有6例,病毒分离结果 亦为阴性,说明患者未被感染.统计学分析,A组与B组之间差异有统计学意义(P＜0.05).血清学方法 与病毒分离比较,一致率为75.49﹪,该方法 灵敏度为100﹪,特异度为87.10﹪,准确度为90.00﹪.结论 以HCMV pp65重组蛋白为抗原检测特异性抗体以及相应IgG AI的ELISA,可快速诊断HCMV原发感染和继发感染;该方法 具有高度特异性与敏感性,操作简便,重复性好,具有良好的临床应用前景.     

辽宁省2008～2011年流行性腮腺炎野病毒SH蛋白基因特征分析

本研究用Vero/Slam细胞从辽宁省2008～2011年流行性腮腺炎暴发和散发患者的临床标本中分离到13株流行性腮腺炎野病毒(Mumps virus,MuV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)针对MuV分离株的SH基因的316个核苷酸片段进行扩增,并对该产物进行序列测定。将这13株MuV与从GenBank下载的世界卫生组织(WHO)MuV基因型参考株一起进行分子流行病学研究。结果提示:除2011-015株外,辽宁省2008～2011年12株MuV分离株均属于F基因型,核苷酸和氨基酸同源性为94.9%～100%和83.3%～100%。与F基因型参考株序列相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为92.4%～97.2%和96.5%～84.2%。表明2008～2011年辽宁省流行的F基因型MuV发生较大的型内变异。另外还发现F基因型MuV在SH基因上存在着特异性突变(CNt65,CNt105,G Nt137,C Nt192,C Nt239,GNT262),而其它基因型MuV在这些位点上均未发生改变。F基因型MuV在SH基因编码的氨基酸保守位点也发生变化。如:第2位上由S→P,第6位上由P→L,第23位上由T→N,第48位上由L→P/R。与基因分型有关的氨基酸三联体,2008-01-007毒株也发生了改变,由IML变为TMP。2011-015株病毒与F基因型参考株平均核苷酸和氨基酸同源性分别为87.5%和79.8%,与G型参考株平均核苷酸和氨基酸同源性分别为96.8%和97.4%,属于G基因型。该基因型为中国内地首次发现。     

伪狂犬病病毒Ea株基因组UL区的克隆与序列分析

从伪狂犬病病毒Ea株基因组DNA中扩增到3．76kb的基因组片段,该片段包含UL31、UL32、UL33和UL34基因完整编码区,以及UL30和UL35基因部分序列。UL31、UL32、UL33和UL34基因G C含量为69．5％～73．4％,偏向于使用富含GC特别是第三密码子位置上核苷酸是C或G的密码子,Ala、Leu、Arg的利用率最高,占氨基酸残基总数的36．4％。PRV Ea株UL31和UL32基因与PRV Ka株核苷酸与氨基酸序列同源性都很高,在98％以上;而UL33和UL34基因与Ka株的氨基酸序列同源性较低,分别为95．7％和94．8％。UL31基因在疱疹病毒α—亚科所有成员之间都很保守,并且UL31基因与马疱疹病毒IV型同源程度最高。UL32、UL33和UL34基因均与牛疱疹病毒I型同源程度最高。UL31、UL32、UL33与UL34基因产物均有酪蛋白激酶2磷酸化位点和蛋白激酶C磷酸化位点,表明UL31、UL32、UL33、UL34蛋白质可能都是磷酸化蛋白质。     

部分肝病患者和健康人血清中HBV基因型分析

确定了内蒙古海拉尔地区乙型肝炎病毒 (HBV)感染者HBV基因型的分布情况。采用基因型特异引物的巢式聚合酶链式反应方法对 38例无症状HBV携带者 ,3例急性肝炎 ,41例慢性肝炎 ,3例肝硬化 ,3例肝癌患者和38例健康人血清中HBV基因型进行分析。结果显示 ,12 6例中有 91例检测到HBVDNA ,其中 ,HBVB型 ,C型分别为 11例 ( 12 .1% )和 6 8例 ( 74.7% ) ,同时检测到B型和C型者有 8例 ( 8.8% ) ,有 4例 ( 4.4% )尚未确定基因型别。可见 ,在海拉尔地区HBV感染同时存在HBVB型和C型 ,而且C型是这一地区流行的主要基因型。     

人类巨细胞病毒UL133基因在临床低传代株中的多态性研究

人类巨细胞病毒在多次传代后,会表现出不同的毒力水平.与临床低传代株Toledo相比,实验室高传代株AD169缺失了19个开放阅读框(ORF).这19个基因被认为是与HCMV致病性最可能相关的一组基因,研究这些基因的多态性对揭示HCMV致病性的遗传基础具有指导意义.UL133基因是这19个ORF中的一个.以临床低传代株Toledo和Merlin为对照,分析了23个临床病毒株UL133基因的遗传多态性.序列分析表明,UL133基因具有一定的多态性,Toledo株、Merlin株与我们分离到的临床株一起可分为3个基因型:G1、G2和G3.G2、G3型毒株均能导致先天性感染.没有发现UL133基因型与患儿临床疾病的必然关联.     

丽水市早期新冠肺炎无症状感染者SARS-CoV-2全基因组序列分析

对1例新型冠状病毒肺炎疫情流行早期的无症状感染者临床标本进行SARS-CoV-2实验室鉴定和全基因组测定,在分子水平了解新型病毒的基因特点和变异情况,追溯病毒潜在来源.实时荧光定量PCR扩增丽水市庆元县首例确诊患者密切接触者的痰液标本SARS-CoV-2核酸,阳性RNA逆转录为cDNA构建文库后进行基于NGS的宏基因组深度测序,生物学软件分析处理数据.该密接无任何症状及体征,痰液标本SARS-CoV-2核酸阳性.测序数据包含有足够的病毒序列,组装成功后hCoV-19/Lishui/LS556/2020长29 887bp,G+C含量37.99％,在ORF1ab和N区域发现4个SNP,对应1个错义突变和3个同义突变.LS556与SARS-CoV-2参考序列核苷酸/氨基酸同源性在99.2％/97.4％以上,不同序列之间存在4～17个核苷酸差异,与蝙蝠病毒RaTG13核苷酸差异仅3.7％,存在1141个SNP,与穿山甲病毒Guangdong/1相似性90.9％.LS556属于β冠状病毒Lineage B谱系,与LS003和ZJU-06共享完全相同的病毒,与蝙蝠/穿山甲冠状病毒进化上最相关.结合流行病学、核酸诊断、病毒溯源判定其为无症状感染者.LS556组成和结构符合SARS-CoV-2典型的基因特征,为高覆盖率序列,在流行早期与其他SARS-CoV-2基因组具有高度的同一性,突变率保持在较低水平,多数导致氨基酸位点保守置换.     

河北省儿童病毒性脑炎及脑膜炎埃可病毒30型VP1基因特征分析

为了解河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎患者中埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)流行株基因特征及进化。本研究对2013～2015年间河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎病例中151份鉴定为肠道病毒阳性的脑脊液标本进行血清型鉴定,扩增E30流行株VP1区全基因序列;并与GenBank下载的325株E30的VP1基因序列进行同源性及亲缘关系分析。共获得18条E30 VP1基因序列。亲缘性分析显示E30可分为A～H 8个基因型;我国E30流行株主要为D、E、G和H基因型;本研究中E30流行株均为H基因型。18条E30 VP1基因核苷酸同源性为93.3%～100%,氨基酸同源性为98.2%～100%,与原型株(Bastianni)核苷酸和氨基酸同源性分别为80.9%～81.1%和91.4%～92.4%。该研究中18株E30与我国浙江省和山东省的分离株核苷酸和氨基酸同源性最高。2013～2015年间引起河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎的E30流行株为H基因型,可能存在多个传播链。     

江浙沪地区乙肝病毒B、C基因型S基因突变及选择压力分析

目的系统分析江浙沪三地的乙肝病毒B、C基因型S基因突变和选择压力情况,以期为乙型肝炎的防治提供理论依据。方法采用NCBI数据库提供的乙肝病毒序列,分为B、C基因型两组,分析突变情况,同时采用Datamonkey进行选择压力分析和Bioedit进行氨基酸置换熵值分析。结果S基因226个氨基酸位点突变分析中,产生突变有位点122个,位点突变率C基因型(45.58%)高于B基因型(30.09%)(χ~2=11.523,P=0.001);总突变率C基因型(1.36%)高于B基因型(0.80%)(χ~2=46.642,P=0.000);α决定簇突变率C基因型(2.40%)高于B基因型(0.96%)(χ~2=20.524,P=0.000)。B基因型α决定簇突变率高于总突变率(χ~2=0.735,P=0.391);C基因型α决定簇突变率高于总突变率(χ~2=44.467,P=0.000)。B基因型氨基酸突变最多的位点为200、213、161和21位点,C基因型氨基酸突变最多的位点为126、68、3、53和194位点。两个基因型dN/dS均值均小于1。B基因型没有发现正向选择位点,发现8个负向选择位点。C基因型发现7个正向选择位点,17个负向选择位点。B基因型仅发现一个易突变位点(200位),C基因型也仅发现一个易突变位点(126位),大多数氨基酸位点熵值0.4。结论江浙沪地区S基因突变率水平较低,其中C基因型位点突变率、α决定簇突变率和总突变率高于B基因型,α决定簇突变率高于总突变率。C基因型经历外界环境免疫选择压力和自身进化压力双重影响,自身进化压力强于外界环境免疫选择压力;而B基因型主要遭受自身进化压力。尤其要格外关注C基因型的进化进程。     

小麦籽粒淀粉分支酶遗传多样性及对支链淀粉含量的影响

采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,对90份小麦品种的淀粉分支酶同工酶(SBE)进行检测,以分析不同基因型对支链淀粉含量的遗传效应.结果表明:(1)SBEⅠ型显现出较为丰富的变异,具有A、B、Dⅰ和Dⅱ4个等位基因位点;SBEⅡ型仅具有SBEⅡa单一等位基因位点.根据SBEⅠ型4个基因位点在不同品种中的分布,可将90个品种分为7种基因型.不同基因型对支链淀粉含量的遗传效应分析表明,含有A位点的基因型(ADⅰDⅱ和ADⅰB)所对应的支链淀粉含量较高,且与由1个基因位点组成的基因型(Dⅰ)和2个基因位点组成的基因型(DⅰB和DⅰDⅱ)的支链淀粉含量差异显著.     

慢性乙型肝炎患者血清HBV基因分型

为了解长春市慢性乙型肝炎患者血清中的乙型肝炎病毒(HBV)基因型情况及其与临床特点的相关性,应用型特异性引物进行巢式PCR方法对长春市69例慢性乙型肝炎患者血清HBV进行基因分型检测。在69例血清标本中,B型10例(占14.5%);C型41例(占59.4%);B C混合型8例(占11.6%);未分型的患者共10例(占14.5%)。C基因型患者的HBV-DNA定量、HBeAg阳性率明显高于B基因型患者(HBV-DNA:P<0.01;HBeAg:χ2=3.98,P<0.05),C基因型患者肝功检查指标谷丙转氨酶(ALT)和总胆红素(TB IL)均较B基因型患者高(P<0.01)。长春地区存在HBV B基因型、C基因型、B C混合基因型及未分型,C基因型为优势基因,引起的肝脏活动性炎症较B基因型明显。