系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。4.请严格按照下列具体要求写作[参见:微生物学报,2004,44(2):143.]     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16SrRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16SrRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法北大核心CSCD

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16SrRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16SrRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

系统发育树的构建方法北大核心CSCD

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下：1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件（如NJ法）,并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法北大核心

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下： 1.将鉴定菌的16Sr RNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。 2．采用能反应分支长度的软件（如NJ法）,并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

系统发育树的构建方法北大核心CSCD

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下：1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

一株产纤维素酶细菌的筛选、鉴定及其纤维素酶的部分特性

目的:分离堆肥中具有产纤维素酶酶活的菌株并进行鉴定,同时进行该菌株纤维素酶酶特性的研究.方法:采用刚果红平板法进行筛选得到菌株,利用16SrDNA通用引物对其基因组DNA进行扩增,测序得到CCH-1的部分16SrDNA序列,经Blastn调出与菌株16SrDNA同源的序列,用软件MEGA 4.0按照Neighbor-Joining方法构建16SrDNA系统发育树,并采用DNS法测定所产纤维素酶酶活.结果:GCH-1的生理生化指标与蜡质芽胞杆菌理化指标相符,与Bacillus cereus IAM 12605(T)处于同一分支,相似性为99.8%.CCH-1菌株发酵48h能达到最大产酶量,所产纤维素酶在40℃有最高酶活力,酶活力分别为0.581μ/mL,GCH-1菌株产生的纤维素酶酶系在pH 7.0～9.0能够保持较高的相对酶活力,超过85%相对活力.结论:GCH-1初步鉴定为蜡质芽孢杆菌(Bacillus cereus),能够产胞外纤维素酶.     

shRNA慢病毒载体稳定抑制LRP16 表达的HepG2 细胞的构建及鉴定

目的:构建LRP16基因抑制表达的Hep G2稳定细胞系,鉴定其LRP16基因抑制表达的效果。方法:构建LPP-HSH008357-LVRH1GP-200短发卡RNA(sh RNA)慢病毒表达载体,用该抑制表达慢病毒感染Hep G2细胞系,通过荧光筛选及药筛,获得LRP16基因稳定抑制表达细胞系;最终运用Q-PCR和Western blot鉴定该稳定细胞系中LRP16的表达。结果:构建了LRP16基因抑制表达及抑制表达对照的Hep G2稳定细胞系,并通过Q-PCR和Western blot进行了鉴定。Q-PCR结果显示相对于对照稳转株(LPP-CSHCTR001-LVRH1GP-100),抑制表达稳转株(LPP-HSH008357-7-LVRH1GP-200)LRP16基因的抑制效率是4组抑制表达细胞中效果最理想的一组,其抑制效率高达98%;Western blot结果也显示该抑制表达稳转株(LPP-HSH008357-7-LVRH1GP-200)的LRP16蛋白表达量明显低于野生型Hep G2细胞及对照稳转株(LPP-CSHCTR001-LVRH1GP-100),其结果与Q-PCR一致。结论:构建并鉴定了人LRP16基因抑制表达Hep G2稳定细胞系及其相应的对照稳转株。     

产甾体皂甙华重楼内生菌的筛选与鉴定

从华重楼(Paris polyphyllavar.chinensisFranch)的地下块茎中分离筛选得到2株可能产生甾体皂甙的内生菌(SS01和SS02),薄层层析检测菌株SS01、SS02的发酵产物分别有3条和2条层析带与重楼总皂甙的层析带迁移率相当。形态和生理生化特征初步表明SS01和SS02分属于肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和芽孢杆菌属(Bacillussp.)细菌。扩增、测序得到SS01和SS02的部分16S rDNA序列,GenBank接收号分别为AY842143和AY842144。用Blastn调出与菌株16SrDNA同源的序列,用Clustal W进行多重序列对比,用软件Phylip按Neighbor-Joining方法构建16SrDNA系统发育树。菌株SS01和SS02分别与Cedecea davisae DSM4568、Paenibacillus daejeonensis处于同一分支,相似性分别为98.9%和97.7%,将它们鉴定为Cedecea davisae SS01和Paenibacillus daejeonensis SS02。     

水浮莲中-株西瓜枯萎病拮抗菌的分离、筛选及鉴定

从水浮莲(Pistia stratiotes L.)的叶中分离出1株对西瓜枯萎病有明显拮抗作用的内生细菌XJPL-YB-26,其发酵液上清在280 nm处有最大紫外吸收峰.利用软件Primer 6.0设计16S rDNA引物并对其基因组DNA进行扩增并测序得到XJPL-YB-26的部分16S rDNA序列.GenBank接收号为EU251191.经 Blastn调出与菌株16S rDNA同源的序列,并用软件MEGA 3.1按Neighbor-Joining方法构建16S rDNA系统发育树.菌株XJPL-YB-26与AB271744处于同一分支,相似性为99%,最终鉴定为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis.     

白血病相关蛋白LRP16过表达HepG2稳定细胞系的构建及鉴定

目的:构建白血病相关蛋白16(LRP16)过表达的Hep G2稳定细胞系,鉴定LRP16过表达的效果。方法:把EX-Y2069-Lv201过表达质粒载体包装成LPP-Y2069-Lv201-400过表达慢病毒,感染Hep G2细胞系,通过荧光筛选及药物筛选,获得LRP16稳定过表达细胞系;应用q PCR和Western印迹鉴定该稳定细胞系中LRP16的表达。结果:q PCR结果显示过表达稳转株(LPP-Y2069-Lv201-400)中LRP16基因的表达量为对照稳转株(LPP-NEG-Lv201-100)的128.64倍;Western印迹结果显示过表达稳转株的LRP16表达量明显高于对照稳转株,结果与q PCR一致。结论:构建并鉴定了人LRP16基因过表达Hep G2稳定细胞系。