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菌种1137116S rRNA序列分析及鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
通过PCR方法扩增菌种11371的16S rRNA基因并测序,将序列提交GenBank(登录号:DQ531606),并与其他链霉菌属种进行比较,通过DNAStar软件得到菌种16S rRNA基因序列进化树。同时采用插片法、显微镜观察等方法对株菌11371进行形态特征、培养特征、生理生化特征鉴定。结果表明,11371的16S rRNA序列与其他链霉菌具有一定的同源性,结合生理、生化指标鉴定结果,进一步确定菌种为不吸水链霉菌一株新亚种(Streptomyces ahygroscopicus subsp.wuzhouensis n.sub-sp.),菌株11371 16S rRNA序列为GenBank中首例Streptomyces ahygroscopicus的16S rRNA序列。 相似文献
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目的:对从新疆实验动物研究中心饲养的封闭群灰仓鼠体内分离到的1株鞭毛虫进行形态学鉴定及基因鉴定。方法取灰仓鼠回盲部内容物进行直接涂片和常规姬姆萨染色后镜检观察,提取虫体总DNA,PCR扩增该鞭毛虫的16S rRNA基因,测序后与国外已报道的鞭毛虫进行核酸同源性分析,并应用MEGA5.22软件绘制系统发育进化树。结果形态学观察表明分离到的鞭毛虫为鼠三毛滴虫。测序后核酸同源性分析表明鼠三毛滴虫新疆灰仓鼠分离株16S rRNA序列与国外已报道的三毛滴虫高度同源。系统发育进化树表明鼠三毛滴虫新疆灰仓鼠分离株序列与已报道的鼠三毛滴虫16S rRNA(序列号AY886846.1)位于同一进化分支,与其他相关三毛滴虫亲缘关系较远。结论形态学鉴定和16 S rRNA基因分析表明,此次从新疆实验动物研究中心饲养的封闭群灰仓鼠体内分离到的鞭毛虫为鼠三毛滴虫。 相似文献
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【目的】找到适宜的16S rRNA基因通用引物应用策略,应对复杂环境微生物多样性调查,尤其目前高速发展的高通量测序技术带来的巨大挑战。【方法】用Oligocheck软件分别将两对应试的古菌16S rRNA基因通用引物与RDP(Ribosomal database project)数据库中古菌16S rRNA基因序列进行匹配比对。用两对应试引物分别构建海洋沉积物样品的古菌16S rRNA基因文库。【结果】软件匹配结果显示引物f109/r958与目的基因的匹配程度高于引物f21/r958。该结果与古菌16S rRNA基因文库RFLP分析、古菌多样性指数分析结果相吻合。数据还表明,2对引物的综合文库能更好满足该沉积物样品的古菌多样性分析。【结论】选用与数据库中目的基因匹配性高的通用引物和多个引物的联合使用,可以有效提高环境样品微生物多样性调查的分辨率。 相似文献
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粪肠、屎肠球菌及相近种部分持家基因的系统发育分析 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】利用16S rRNA、clpX和recA基因分子标记研究Enterococcus faecalis、Enterococcus faecium及相近种间的种系发育关系,并比较这些基因序列对E.faecalis、E.faecium及相近种的区分能力。【方法】以分离自传统乳制品中的9株E.faecium和1株E.durans分离株为研究对象,以clpX和recA基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,结合已公布的近缘种相应序列构建系统发育树并与16S rRNA基因进行比较。【结果】在基于clpX和recA基因的进化树中,10株试验菌株与E.faecalis始终处于同一分支。与该物种这两个基因的平均相似性为99.6%和98.6%,与另一分支的Faecium-group(E.durans和E.faecium)的平均相似性仅为61.5%和33.5%。相近种E.durans和E.hirae间这两个基因的差异性为20.3%和39.0%;在基于16S rRNA基因的进化树中,试验菌株与Faecium-group(E.lactis、E.faecium、E.durans、E.hirae)处于同一分支。与这些成员间该基因的相似性大于99.6%,与E.faecalis基因的平均相似性可达98.4%。相近种间该基因相似性无明显差异。【结论】按照10株试验菌株clpX和recA基因的分析结果可将由传统生理生化和16S rRNA基因序列鉴定的9株E.faecium和1株E.durans归类为E.faecalis,clpX和recA基因可用于部分相近种的分类鉴定。 相似文献