分类学的新理论：分支分类学

达尔文进化论为生物分类学提供了坚实的理论基础。为探讨生物之间的亲缘关系,30—40年代分类学界首先形成了进化分类学(Evolutionary Taxonomy);50年代初形成了另一分类学理论:数值分类学(NunericalTaxonomy);到了60年代分类学领域中又出现了另一新理论:分支分类学(CladisticTaxonomy),或称系统发育系统学(Phylogenetic systematics),分(?)分类学的出现随即在分类学界引起了极大反响。     

分支系统学简介

分支系统学简介樊晋江（浙江省医学科学院寄生虫病研究所杭州３１００１３），关键词分支系统学，分支分类，系统发育１９５０年诞生的分支系统学，现在已经发展成为探索生物系统发育的有效工具之一。分支系统学与现代计算机技术的结合形成了新的分支学科─—数值分支系统...     

简讯

由陈兰荪主编的《生物数学引论》将于1988年1月由科学出版社出版,该书介绍生物数学中几个主要分支的研究对象、内容、方法以及它们的实际应用。该书将使生物学工作者了解在生物学中,研究生物量数量关系的有关数学方法;也将使数学工作者了解,在近代生物学研究中所涉及的一些有意义的数学问题。书中包括了有关生态学、生物分类学、     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明, 在84%相似性水平上, 所有的菌株可分为3群：群Ⅲ为未知菌群, 群Ⅰ为慢生菌群, 群Ⅱ为快生和中慢生菌群。从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看, 在70%相似性水平上, 所有的菌株可分为5个系统发育分支：分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株, 为未知分支; 分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium, 分支Ⅲ为Mesorhizo- bium, 分支Ⅳ为Bradyrhizobium。数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致, 有2株菌与A. tumefaciens IAM13129T聚在一起。     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究.数值分类结果表明,在84%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅲ为未知菌群,群Ⅰ为慢生菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌群.从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看,在70%相似性水平上,所有的菌株可分为5个系统发育分支:分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株,为未知分支;分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Mesorhizobium,分支Ⅳ为Bradyrhizobium.数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致,有2株茵与A.tumefaciens IAM13129T聚在一起.     

生物分类学中的方法论——浅谈三大生物系统学派

<正> 60年代以来,在生物分类学坛上掀起了一场以方法论为主题的大论战,争鸣的焦点是何为自然的分类系统,如何利用特征进行分类。在争鸣中形成了表征系统学派(Phenetic Sy-stematic School)、分支系统学派(Cladistic     

分支系统学评述

本文论述了分支分类学说的主要内容及有关问题。全文包括7方面的内容：(1)分支分类学说 的哲学原理为波普尔的证伪主义科学哲学;(2)分支分析的三个基本原则是近裔共性原则、严格单系 原则及简约性原则;(3)分支分析的工作步骤包括：单系类群的确立、性状分析、分支分析运算、分支图与分类系统的建立及分支图与性状再分析;(4)本文讨论厂分支分类学派、表型分类学派与演化 分类学派;(5)由于板块构造理论及分支分析的兴起,生物地理学发生了重大变化,出现了传统的演化生物地理学、系统发育生物地理学及替代生物地理学争鸣的局面;(6)由于杂交导致性状矛盾,因 此可以由分支分析识别杂种;(7)由科学理论的三条标准来看,分支系统学属于严格意义的科学理论。     

能量生态学(一):绪论

在生态学形成和发展过程中,生态学的分科,有过三次大的分化。从形成初期起一直到现在,生态学的主要分科依据是生物类型与生物栖息地的类型。如动物生态、植物生态、微生物生态、湖沼生态、陆地生态和海洋生态等等。这实际上也清楚表明生态学源于生物学和自然地理学。只要生物学与自然地理学存在,上述生态学分支也将生存并发展下去。本世纪30年代以来,生态学的研究逐步受到人们的重视。许多生态学家注重于研究生态系统各层次的结构与功能。美国著名的生态     

革蜱幼虫的数值分类研究

数值分类学(Numerical taxonomy)是近二十年才发展起来的一门新的分类学科。从五十年代后期开始,Sneath(1957)以及Michener和Sokal(1957)等人首先运用数学理论和方法,使用电子计算机技术来解决生物分类问题,为古老的分类学科开拓了新的领域。1963年Sokal和Sneath总结了数值分类学的理论和方法写成“数值分类学原理”一书,指出数值分类学是“用数值来估算分类单位之间的亲缘性(affinity)或相似性(similarity),     

植物生态学和植物生理生态学

生态学的经典定义是:“研究生物与其环境相互关系的学科”(Haeckel 1086,Jeffers 1984)。在实践过程中,这种相互关系是可以以个体、群落和生态系统三个水平来进行研究的。本世纪五十年代之前,基本上是前面两个水平的研究,个体和其环境的相互关系的研究称为个体生态学(Autoecology),群落的定义、发展、分类、分布和其环境相互关系的研究称群体生态学(Synecology)。而且从一开始植物和动物就是平行和独立地发展的,这种状况也是在五十年代后开始改变的。植物个体生态学不可避免地与其他植物学分支如分类学、生理学、形态学(解剖学)和遗传学有相     

E. O. 威尔逊的学术生涯与蚂蚁研究成就纵览

1"蚁学巨匠"E.O.Wilson E.O.Wilson教授被誉为当代蚂蚁研究的翘楚。他的研究领域涉及蚂蚁的分类、生态和行为等各个方面,并由此衍生出岛屿生物地理学的理论和社会生物学的体系。这些研究成果对于当今的昆虫学和生物学其他分支学科均产生着深远的影响。     

Bayes判别在巨猿分类中的应用

<正> Bayes判别分析是多元分析中的方法之一。多元分析是用数理统计的理论研究多项指标问题的一种方法,它的理论在本世纪30年代就得到相当完整的发展。最早用于考古学和古生物学的研究之中,后来应用面越来越广,目前已广泛地应用于地质、医学、心理学、行为科学、标准化、经济、海洋、农业等方面,并取得了很好的效果。通过电子计算机的运算,采用数学方法进行分类,已成为当代生物分类的三个主要流派(综合学派、分支学派和表现型学派)之一,数量分类即是表现型学派据以分类的实质内容。就世界范围而言,数量分类方法已经进入了生物各大门类的分类之中,甚至于渗透到生物学的其他领域。多元分析是数量分类中目前比较理想的方法。     

昆虫行为的进化及在分类学中的应用

<正> 研究昆虫行为,目前已成为昆虫学研究中一个重要的分支。一般的行为研究是从两个大的方面着手,即生理学及生物学。近年来,应用昆虫行为研究进行分类研究的例子日愈增多,本文想就此方面的内容作一探讨,以使经典的昆虫形态分类与行为研究有机地结合起来,从而有效地客观地揭示种系的进化,且就本人所掌握的国内外利用昆虫行为研究进行分类的典型事例作一介绍,望能起到抛砖引玉的作用。     

生物数学方法

将数学知识应用于生物科学产生了生物数学的边缘科学。按研究对象和任务的不同,生物数学可分为数学生物学和生物数学两个分支。数学生物学主要是指生物各个学科应用数学方法所形成的一些新的生物学分支,例如数值分类学、数量进化论、数学生态学,数量遗传学、数量生理学、数量仿生学等等;生物数学主要是指用于生物科学研究的一些数学理论和方法,诸如生物统计学、生物概率论、生物数学模型、电子计算机     

浅评当今植物系统学中争论的三个问题——并系类群、谱系法规和系统发育种概念

一般来讲,进化学派承认分支学派对系统学的研究作出了有意义的贡献,如应用分支分析方法重建系统发育,应用共有衍征确定分类群之间的分支关系以及应用外类群方法来判断性状的极性等,都对系统学的方法有所改进。但分支学派的致命缺点是拒绝接受并系类群。我们属于进化学派,认为并系类群是可以接受的。例如,根据分子资料分析,Zabelia属可以包括于Abelia属内。Zabelia属不但在花粉上和Abelia属不同,可能由于它占有了新的生态位,获得了新的特征,如叶柄基部膨大两两联合,并宿存以保护腋芽。有理由认为它们应独立成属,并不由于Zabelia属从Abelia属分出而使后者成为一个并系类群而把它们合并。分支学派的一些学者认为生物名称作为交流的工具和生物信息储存系统应有明晰的、唯一的和稳定的特性。但具等级的林奈命名系统并不具有这些特性来命名分支和种。最后,PhyloCode被提出。PhyloCode对分支的命名方法有3种,即分支结点定义、分支基干定义和衍征定义。我们认为林奈命名系统作为传媒系统在生物学界的应用已近250年,若要废弃它而采用PhyloCode,必然会在命名方面引起一片混乱。但我们并不是说PhyloCode的拥护者所提出的建议一无是处,我们建议他们宜继续进行研究。由于应用生物学种概念于植物界产生了许多问题,因此多为植物系统学家所抛弃。分支学派的兴起,推动了系统发育种概念的提出。该概念基于3个特征,即自征、区别特征和基本排它,因此分别命名为自征种概念、特征种概念和谱系种概念。事实上,目前大多数植物系统学家仍然应用着形态–地理学种概念,但我们在划分种时,必须有尽可能多的资料,特别是要将传粉、繁育系统、分子系统学资料和形态学资料结合起来。     

《哺乳动物学概论》评介

华东师范大学盛和林副教授等几位教师,据根多年教学经验,结合中国哺乳动物研究和教学的现状,编写并出版了《哺乳动物学概论》,这是我国学者自行编著的第一本哺乳动物学教材和参考书。 纵观此书,全面而系统,涉猎了哺乳动物学的各个分支,包括哺乳动物学的形态、分类、生态、行为、生理、地理分布、起源演化及其与人类的关系等个各方面。全书共分20章,分类为重点。     

征稿启事

《生物信息学》期刊主要刊载生物信息及相关领域的研究进展、综述、研究论文、研究简报、技术与方法、专题评论等学术文章。 1.征稿范围：生物信息各分支领域及相关领域。包括基因组学、蛋白质组学、糖原组学、高通量药物筛选、组合化学、统计遗传学、生物数据挖掘、生物数据库、生物软件等。     

一类具有时滞的生化反应模型的Hopf分支

在生物化工用肺炎杆菌与甘油转化为1,3-丙二醇的过程中会出现振荡现象,本文对出现振荡的机理进行了研究,根据生物意义,在模型中引入了时滞项,经分析和计算得到了产生Hopf分支的分支值以及分支值随控制参数变化的规律,并利用时滞微分方程的数值解法绘制了周期解的图形和相图。为这一过程的振荡机理研究提供了理论依据。并可用于指导工艺控制。     

征稿启事

《生物信息学》期刊主要刊载生物信息及相关领域的研究进展、综述、研究论文、研究简报、技术与方法、专题评论等学术文章。1.征稿范围:生物信息各分支领域及相关领域。包括基因组学、蛋白质组学、糖原组学、高通量药物筛选、组合化学、统计遗传学、生物数据挖掘、生物数据库、生物软件等。     

中国植物区系地理学研究的回顾和展望

植物区系地理学是研究世界或某一地区植物种类的组成、现代和过去的分布以及它们的起源和演化历史的科学。植物区系地理学的研究内容包括广义植物地理学中的植物科属地理学、植物分布学和植物历史地理学３个部分。植物区系地理学是生物地理学的一个分支,是植物学和地理学...