文摘

010 0 2 4基因组研究中全长ｃＤＮＡ克隆的策略 [中 ]/张庆华… //生物工程进展 .- 2 0 0 0 ,2 0 (4) .- 3～ 5全长ｃＤＮＡ的克隆是目前人类基因组研究中的一个重要方面 ,与大规模基因组测序相比较 ,ｃＤＮＡ测序克隆用相对较少费用获得更多的功能基因信息 ,故也是符合我国国情的基因组研究的主要方向。如何更加高效地获得新的全长ｃＤＮＡ ,本文结合作者自己工作中的经验 ,对从全长文库的建立到全长ｃＤＮＡ的测序及克隆方法作了较为详细的介绍。(杨淑培 )0 10 0 2 5细胞培养中的程序性细胞死亡 [中 ]/高红亮… //生物工程进展 .- 2 0 0 0…     

基因组研究中全长cDNA克隆的策略

全长cDNA的克隆是目前人类基因组研究中的一个重要方面,与大规模基因组测序相比较,cDNA测序克隆用相对较少费用获得更多的功能基因信息,故也是符合我国国情的基因组研究的主要方向。如何更加高效地获得新的全长cDNA,本文结合作者自己工作中的经验,对从全长文库的建立到全长cDNA的测序及克隆方法作了较为详细的介绍。     

热休克后表达受抑基因的分子克隆及其表达特性

以人成骨肉瘤细胞株ＨＯＳ－８６０３为热休克模型,在利用ＤＤｍＲＮＡ方法筛选和克隆了一个热休克后表达受抑基因的ｃＤＮＡ片段的基础上,以该片段为探针,筛选ＨＯＳ－８６０３细胞的ｃＤＮＡ文库,获得该基因的全长ｃＤＮＡ克隆（ＨＳＳＧ－１）;ＤＮＡ序列测定表明该ｃＤＮＡ全长１４５６ｂｐ,编码２７６个氨基酸,经计算机辅助分析,该ｃＤＮＡ序列尚未被报道。经ＲＮＡ斑点杂交证实,该基因的表达于多种组织细胞之中,并且     

岸蟹（Carcinus maenas）金属硫蛋白cDNA及其基因的克隆

利用已知的Ｃ．ｍａｅｎａｓ金属硫蛋白氨基酸序列资料,用全简并的ＰＣＲ引物,从鳃组织总ＲＮＡ中扩增出两种金属硫蛋白ｃＤＮＡ片断,并将其克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体中,序列测定表明,其中一种ｃＤＮＡ片断核苷酸序列和推知的Ｃ．ｍａｅｎａｓ金属硫蛋白核苷酸序列完全吻合;另一种ｃＤＮＡ片断则在３’端有较大变异。根据前者ｃＤＮＡ片段序列设计特异性引物,扩增并克隆了其编码区全长ｃＤＮＡ和其编码基因,测序结果表明,岸蟹     

人基因组表达图谱分析和疾病相关基因搜寻──现状与展望(续前)

人基因组表达图谱分析和疾病相关基因搜寻──现状与展望（续前）康毅滨,柴建华（复旦大学遗传学研究所上海２００４３３）二、ｃＤＮＡ随机部分ｆ三、测序及ＥＳＴ的建立以上所讨论的方法均是从基因组ＤＮＡ出发寻找表达序列,与之恰好相反的另一种构建表达图的思路是随机挑选ｃＤＮＡ文库中的克隆进行测序并在染色体上定位,即ｃＤＮＡ策略。人类基因组计划的一个重要目标是获得人基因组３０亿个碱基对的顺序,而以目前的测序技术要在近期内完成这一目标还略显力不从心。     

PCR法在未知cDNA克隆与序列测定中的应用研究

 ＰＣＲ法在未知ｃＤＮＡ克隆与序列测定中的应用研究邢桂春,贺福初,杨晓明,吴祖泽（北京军事医学科学院放射医学研究所,北京１００８５０）目前,新型蛋白质克隆的最有效途径乃先构建ｃＤＮＡ文库,然后筛选、分离其ｃＤＮＡ再行亚克隆、测序。为克隆人新型肝细胞生长...     

应用大规模测序技术和生物信息学研究造血干/祖细胞的基因表达及新基因的识别和克隆

从新生儿脐血和成人骨髓中分选出造血干／祖细胞（ＨＳＣ／ＨＰＣ）,构建成ｃＤＮＡ文库,对其进行大规模表达序列标签（ＥＳＴ）测序,通过生物信息学等手段分析基因表达谱,并进行新基因的全长ｃＤＮＡ克隆。在所测的１０５１２条可分析ＥＳＴ序列中,有９８６６条来自脐血ＣＤ３４＋细胞,其中４６９７条（４７６％）为已知基因,２６０３条（２６４％）为已知ＥＳＴ,１４１５条（１４３％）代表未知ＥＳＴ。在已知基因中,８２％基因与造血相关,２２７％涉及细胞代谢、结构和迁移,１３０％与细胞分裂和防御相关,２６２％与ＲＮＡ、蛋白质的合成相关,１０６％和细胞信号传递有关。对一些已知和未知的ＥＳＴ,综合测序、生物信息学等方法,进行全长克隆,已获得２３个新基因的全长ｃＤＮＡ。     

重叠片段法克隆全长人肝细胞生长因子cDNA

通过重叠片段的ＲＴ－ＰＣＲ方法,从人胎盘组织克隆了人全长肝细胞生长因子ｃＤＮＡ片段（约２２００ｂｐ）,经酶切证实和测序分析都表明该片段确为人ＨＧＦｃＤＮＡ。本文所用方法解决了扩增较长目的基因片段时,由于ＲＮＡ酶及反转录酶的ＲＮＡ酶Ｈ活性和ｍＲＮＡ二级结构等多种因素的影响,使获取长片段ｃＤＮＡ难以成功的难点     

RT－cDNA克隆－PCR法获取犬瘟热病毒融合蛋白基因（F）

纯化鸡胚成纤维细胞培养的犬瘟热病毒（ＣａｎｉｎｅＤｉｓｔｅｍｐｅｒＶｉｒｕｓ,ＣＤＶ）,获得病毒基因组ＲＮＡ后,反转录合成双链病毒Ｆ基因ｃＤＮＡ。将此双链ｃＤＮＡ平端插入ＰＵＣ１９质粒ＳａｍⅠ位点构建重组质粒,进行ｃＤＮＡ克隆。以重组克隆质粒为模板ＰＣＲ扩增,获得ＣＤＶ全长Ｆ基因。将此Ｆ基因插入表达载体ＰＢＶ２２０,在大肠杆菌中表达,通过对表达产物的最终鉴定,可确认所获片段为ＣＤＶ全长Ｆ基因．     

应用cDNA文库快速构建法克隆高粱肌动蛋白基因

取生长一周的高粱嫩叶为材料,按照ｃＤＮＡ库快速构建法,用λｇｔ１０为载体成功地获得了含有２×１０＾０６人重组噬菌体的ｃＤＮＡ库。以水稻ＲＡｃｌ ｃＤＮＡ为探针,经噬菌体原位杂交筛选出两个阳性克隆片段,并对其中一个进行了Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交鉴定。然后将重组体中含有的ｃＤＮＡ片段亚克隆至ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ－载体上测序。     

人骨形态发生蛋白—7全长cDNA的克隆及序列测定

从人胎儿肾中提取总ＲＮＡ,反转录得ｃＤＮＡ,ＰＣＲ扩增获得１．３ｋｂ的骨形态发生蛋白－７（ＢＭＰ－７）的全长ｃＤＮＡ。克隆的ＢＭＰ－７基因编码的氨基酸序列与献报道相同。     

“电子”cDNA文库筛选指导基因的全长cDNA克隆

“电子”ｃＤＮＡ库筛选主要是指通过采用生物信息学的方法延伸表达序列标签（ＥＳＴ）序列,以获得基因的部分及至全长ｃＤＮＡ序列,避免或部分避免构建与筛选ｃＤＮＡ库等烦琐的实验室工作。该方法具体体现了ＥＳＴ数据库的迅速扩张已导致识别与克隆新基因的策略发生革命性的变化。ＥＳＴ序列ＺＡ７３为本实验室克隆到的可能参与辐射致气管上皮细胞恶性转化过程的基因片段,本研究采用“电子”ｃＤＮＡ库筛选的方法对其可能     

拟南芥LFYcDNA的克隆及转化菊花的研究

以野生型拟南芥（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ（Ｌ．）Ｈｅｙｎｈ．）为材料,克隆并测序了Ｌｅａｆｙ（ＬＦＹ）基因的全长ｃＤＮＡ;同时构建了ＬＦＹｃＤＮＡ以ＣａＭＶ３５Ｓ为启动子的植物表达载体,并转化菊花（Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ（Ｒａｍａｔ．）Ｔｚｖｅｌ．）。该ｃＤＮＡ全长１２６３ｂｐ,共编码４２０个氨基酸残基,Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交结果表明,ＬＦＹｃＤＮＡ整合到菊花染色体组中。跟正常植株相比,转基因植株中有３株分别提早６５、６７、７０ｄ开花,２株分别推迟７８、９０ｄ开花。     

甘薯叶片超氧化物歧化酶基因克隆及测序

以甘薯（Ｉｐｏｍｏｅａｂａｔａｔａｓ（Ｌ．）Ｐｏｉｒ）叶为材料提取植物总ＲＮＡ,经反转录后,利用多聚酶链式反应技术,扩增并克隆超氧化物歧化酶基因的ｃＤＮＡ,并进行测序分析。该序列全长４８２ｂｐ,其读码框编码１５２个氨基酸,与国外文献报道的甘薯块根ＳＯＤ基因的ｃＤＮＡ序列相比,具有９９％的同源性。     

鼻咽癌中差异表达基因的分析和克隆

为了验证通过ＣＤＮＡ代表性差性分析法（ｃＤＮＡ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎａｌ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ,ｃＤＮＡ ＲＤＡ）分离的ＣＤＮＡ序列在鼻咽癌活给组织中的差异表达,并进一不克隆鼻咽癌差异表达基因,采用ＲＴ－ＰＣＲ方法并结合Ｎｏｔｔｈｅｒｎ杂交确定其转录本的大小,进而充分利用生物信息学对有差异表达ＣＤＮＡ全长进行克隆,并对其基因产物进行了结构和功能预测。结果显示,ＡＦ０９１５     

可溶性CD40配体的表达及其对树突状细胞和恶性B？…

ＣＤ４０配体（ＣＤ４０Ｌ）是ＴＮＦ超家族成员,表达于人活化的ＣＤ４＾＋Ｔ细胞表面,与存在于Ｂ细胞、抗原递呈细胞表面的相就受体ＣＤ４０分子相互作用,促发并调节机体的体液免疫和细胞免疫应答。用ＰＣＲ法从ＣＤ４０Ｌ全长ｃＤＮＡ质粒中扩增ＣＤ４０Ｌ胞外段编码ｃＤＮＡ,即可溶性ＣＤ４０Ｌ（ｓＣＤ４０Ｌ）编码ｃＤＮＡ,并克隆入ｐＳＫ质粒;ｃＤＮＡ序列经测序证实后与ｐＰＩＣＺαＡ质粒重组构建成ｐＰＩＣＺαＡ－ｓ     

人IL-18 cDNA克隆及其真核表达质粒的构建

用ＲＴ－ＰＣＲ技术从健康人外周血单核细胞的总ＲＮＡ中扩增出编码白细胞介素１８的全长ｃＤＮＡ,并将此基因定向克隆入真核表达质粒载体ｐｃＤＮＡ３中,通过对转化子的筛选得到了带有ＩＬ－１８插入片段的阳性克隆,经酶切分析及核苷酸测序表明,克隆到的基因与文献报道的完全一致。把重组质粒ｐｃＤＮＡ３／ＩＬ－１８分别转染人肝癌细胞ＨｅｐＧ２和鼠肉瘤细胞Ｓ１８０,在ｍＲＮＡ水平检测到ＩＬ－１８的表达,但ＩＬ－１８ 的表达未诱导肿瘤细胞产生ＩＦＮ－γ。     

中国人β神经生长因子前体基因的克隆及其序列分析

从正常人外周血白细胞中提取基因组ＤＮＡ,用ＰＣＲ扩增神经生长因子（ＮＧＦ）β亚基前体的全长编码区序列,将其克隆到Ｔ－ｖｅｃｔｏｒ（原始质粒为ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔⅡＳＫ（＋））上,取两个独立的克隆采用自动测序仪进行双链ＤＮＡ双向测序,结果表明：两个克隆的序列完全相同,该序列与国外报道的ＮＧＦ序列有一个碱基的差别,从而导致ＮＧＦ前导肽中一个氨基酸的改变,而成熟的ＮＧＦ序列没有改变。     

一种病毒侵染性全长cDNA克隆的快速构建方法

利用ＲＴ－ＰＣＲ技术获得了含烟草花叶病毒蚕豆分离物（ＴＭＶ－Ｂ）的他长基因组ｃＤＮＡ,并克隆ｐＴ７Ｂｌｕｅ载体中。以获得的全长ｃＤＮＡ及其ＰＣＲ产物为模板分别进行体外转录,接种试验发现转录产物均具有侵染活性。比较两种方法发现以ＰＣＲ产物为模板的体外转录物的侵染效率更高。     

肝再生增强因子超家族研究进展

从断奶大鼠的肝脏中纯化得到了肝刺激物质（ＨＳＳ）的有效成份,即肝再生增强因子（ＡＬＲ）的蛋白质,酶解并对其多肽末端测序,据此推导出简并核苷酸序列,合成探针,对大鼠肝脏来源的ｃＤＮＡ文库进行筛选,首选获得了大鼠ＡＬＲ的ｃＤＮＡ克隆,随后又分别克隆了人和小鼠的ＡＬＲ的ｃＤＮＡ。与此同时,从酵母细胞中克隆了与线粒体氧化－－磷酸化功能密切相关的ＥＲＶ１基因,然后克隆了人的ＥＲＶ１同源基因,从功能上证实人