生态工程中食物链组合的环分析

本文研究了一个用于治理水体生态系统富营养化的生态工程,应用环分析方法对工程中的食物链的组合进行了分析。在这里,贝类被用于清除过量的藻类;种植水生植物改变营养的流转途径并且放养食植性鱼类,通过捕捞鱼和贝,使水体中的有机物和无机盐沿着从藻类到贝类和从水生植物到食植性鱼类两条途径由水体生态系统中输出,应用环分析的手段,可以调整生态工程中食物链的组合结构,使整个生态工程具有某种特定的功能。     

蛋白质结构成对比较的新方法

介绍一种蛋白质三维结构的快速比较方法.此方法毋需初始联配,而能自动寻找和智能迭代.利用本程序对珠蛋白、丝氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、钙结合蛋白和溶菌酶作了系统的结构比较,取得了满意的结果.本文也讨论了衡量联配结果好坏的要素问题.     

正常和反常PRION分子PrP~C和PrP~(Sc)的空间结构模建和电子结构计算

朊蛋白（ＰＲＩＯＮ）是一种不同于细菌,真菌,病毒的新的病原体。１９９６年英国“疯牛病”引起了对ＰＲＩＯＮ研究的高潮。ＰＲＩＯＮ分子生物学的关键是解释ＰＲＩＯＮ蛋白构象转换的生物不本质。本文从构象模建,量子化学整体从头算的水平上对两个构象的电子结构进行了计算比较,从中发现了ＰＲＩＯＮ蛋白分子电子结构上区别于其他分子的特异性,并对计算所得的活性部位进行了讨论。     

用染色法鉴别蛋白质晶体

本文报导了蛋白质晶体能被汞溴酚蓝、氨基黑10B和考马斯亮蓝R250或G250染色,而无机盐晶体不被染色.结晶学家可用此法鉴别蛋白质晶体.     

正常和反常PRION分子PrP~C和PrP~(Sc)的空间结构模建和电子结构计算

朊蛋白（ＰＲＩＯＮ） 是一种不同于细菌,真菌,病毒的新的病原体。１９９６ 年英国“疯牛病”引起了对ＰＲＩＯＮ 研究的高潮。ＰＲＩＯＮ 分子生物学研究的关键是解释ＰＲＩＯＮ 蛋白构象转换的生物学本质。本文从构象模建,量子化学整体从头算的水平上对两个构象的电子结构进行了计算比较,从中发现了ＰＲＩＯＮ 蛋白分子电子结构上区别于其他分子的特异性, 并对计算所得的活性部位进行了讨论。     

A METHOD FOR THE RAPID DIALYSIS OF LARGE VOLUMES OF PROTEIN SOLUTIONS

A method is described by which moderately large quantities of protein solutions can be dialyzed relatively free of salts within 12 to 24 hours. The use of "Visking" tubes instead of collodion bags is recommended, for speed of dialysis as well as ease of manipulation.     

一种研究蛋白质晶体中分子堆积的图形程序—PACKING

在蛋白质晶体结构研究中常需分析分子在晶胞内的堆积,本文介绍一种用于IRIS-4D计算机的图形软件,可显示分子在晶胞中的堆积图形、计算原子之间的距离和键角等,进行分子置换、模拟不同的分子堆积模型。     

Ab initio construction of all-atom loop conformations

In this study, a new ab initio method named CLOOP has been developed to build all-atom loop conformations. In this method, a loop main-chain conformation is generated by sampling main-chain dihedral angles from a restrained varphi/psi set, and the side-chain conformations are built randomly. The CHARMM all-atom force field was used to evaluate the loop conformations. Soft core potentials were used to treat the non-bond interactions, and a designed energy-minimization technique was used to close and optimize the loop conformations. It is shown that the two strategies improve the computational efficiency and the loop-closure rate substantially compared to normal minimization methods. CLOOP was used to construct the conformations of 4-, 8-, and 12-residue loops in Fiser's test set. The average main-chain root-mean-square deviations obtained in 1,000 trials for the 10 different loops of each size are 0.33, 1.27, and 2.77 A, respectively. CLOOP can build all-atom loop conformations with a sampling accuracy comparable with previous loop main-chain construction algorithms. [Figure: see text].     

用硝酸纤维素膜亲和法纯化抗体

介绍一种改进的纯化抗体方法。将抗原蛋白固定在硝酸纤维素膜上,然后对抗体进行亲和纯化,能快速有效获得高特异性抗体。     

用于蛋白质分子设计的环区模建方法

利用距离约束的数据库搜索方法和接触势能分析技术，提出了一种用来模建蛋白质结构环区的分子模建方法。通过对珠蛋白、丝氨酸蛋白酶、钙结合蛋白和溶菌酶中的５０个环区的模建，证明上述方法是可行的。对总区５０个环区的模建表明，８６％的环区可以模建，只有１４％的环区不能模建。研究结果表明这种方法非常适用于蛋白质工程中的环区模建。     

人骨形成蛋白－2AcDNA基因工程产物诱骨活性的形态学证明

人骨形成蛋白２Ａ（ｈｕｍａｎｂｏｎｅｍｏｒｐｈｏｇｅｎｅｔｉｃｐｒｏｔｅｉｎ２Ａ,ｈＢＭＰ２Ａ）ｃＤＮＡ３′端５６７个核苷酸插入表达载体ＰＳＧ４Ｔ－２中,在大肠杆菌中获得１５％的表达,表达产物为２１ＫＤ的蛋白质,经包涵体洗涤,尿素变性和复性后,取１ｉｎｇ表达产物,植入小鼠股四头肌中,２１天后取植入区进行组织切片观察,证实这种基因工程产物具有良好的异位骨诱导活性。     

基于生理解剖知识的入睡机制神经元群网络模型研究

以生理解剖知识为基础,在已有的丘脑网状核细胞和丘脑皮质细胞间组成的入睡机制的两细胞环路模型［１］和由此两细胞环路组成的网络模型［２］的基础上,提出了增加皮层细胞在内的三种细胞组成的环路模型和网络模型,以使模型更符合近来认为睡眠机制是皮层和丘脑环路中出现特定的同步振荡的看法［３］。并能使模型的仿真结果可以和规定人体睡眠分期的脑电特征波相对应。这一网络模型的仿真结果,在一定条件下,确能在皮层细胞处出现符合睡眠分期中规定的标志入睡的纺锤波,这一初步结果,启示我们用模型仿真方法来进一步探讨睡眠机制和用模型仿真方法来进一步探讨人脑的微观神经元的电活动是如何通过同步振荡整合到宏观功能状态的某些信息处理过程的可能性。     

家蚕核型多角体病毒蛋白组份检测方法建立

研制了兔抗家蚕核型多角体病毒蛋白组份的多克隆抗体,用间接法建立了家蚕核型多角体病毒蛋白的dot-ELISA检测方法。此法检测多角体病毒蛋白的灵敏度达10ng,与人血清和兔血清无交叉反应,可用于家蚕生物反应器生产的目的蛋白中多角体病毒蛋白组份的检测。     

A METHOD FOR DETERMINING TOTAL PROTEIN OF ISOLATED CELLULAR ELEMENTS AND CORRESPONDING TRITIUM RADIOACTIVITY

A method is described for the microanalysis of protein, obtained from isolated tissue elements, in the range of 500 µµg-500 mµg. The method entails solubilization of cellular protein with phosphoric acid and heat after extraction of acid-soluble compounds, lipids, and RNA. A procedure for the extraction and recovery of cellular RNA by the use of 40% trichloroacetic acid is presented. The solubilized protein, in the form of a microdroplet, is photomicrographed with monochromatic light at 230 mµ. Total density in the microdroplet is determined from calibrated photographic plates by microdensitometry, and is converted to protein mass by using an experimentally determined average specific absorbance value. A solubilized protein labeled with tritium can be recovered after photomicrography, combusted, and reduced to generate tritiated gas for high-efficiency tritium radiometry. Total protein was analyzed in (a) nerve cells of three different sizes from Deiters' nucleus of the rabbit; and the whole rod cell and rod cell nucleus of the rabbit retina.     

用于蛋白质同源模建及三维结构预测的结构比较方法

继前面的工作把测试蛋白从三族扩大到十一族,寻求联配参数的普适“缺省值“;比较不同的主链曲率和挠率的计算方法,进一步确认主链的折红红分几何刻划方法的有效性;寻找有效的可变缺失突变惩罚函数的形式。结果表明,编制的蛋白质多重联配软件系统是满意的,可用于蛋白质三维结构预测。     

蛋白质骨架库的构建及其在功能蛋白质设计中的应用

利用活性位点嫁接设计新的功能蛋白质的方法需要功能模体和蛋白质骨架两种构件。出于活性位点嫁接的需要,我们构建了一个蛋白质骨架库,且提供搜索与功能模体相配骨架的工具及其评估方法。并用两个活性位点的嫁接进行了检验。     

肝癌细胞特异性结合单链抗体三维结构的同源模建

用MSI公司开发的计算机辅助分子设计系统模建肝癌细胞表面抗原特异性单链抗体三维结构。先分别模建VH(variable region of the heave chain)和VL(variable region of the light chain)两个结构域,然后搭建出scFv(single chain variable fragment)片段的整体三维结构,并对模建的结构进行分子力学和动力学优化;对结构的合理性验证显示模建结构是合理的。文章可为预测该特异性单链抗体的生物活性以及研制高亲和力、高特异性的双价抗体提供结构信息。     

从非同源蛋白质的一级序列预测其结构类

对基于氨基酸组成、自相关函数和自协方差函数提取特征的蛋白质结构类预测算法进行分析比较,对氨基酸组成和自相关函数相结合的方法,以及氨基酸组成和自协放差函数相结合的方法的预测算法进行了研究。结果表明：对非同源蛋白质,因氨基酸和自相关函数相结合的方法中,采用Miyazawa和Jernigan的疏水值时,训练的自检验的总精度为95．34％,其Jackknife检验的总精度为81．92％,检验加的他检验的总精工为86．61％。在氨基酸组成和自协方差函数相结合的方法中,采用Wold等的疏水值时,训练库的自检验的总精度为96．71％,其Jackknife检验的总精度为82．18％,检验加的他检验的总精工为86．88％。这说明氨基酸组成和自相关函数相结合的方法,以及氨基酸组成和自协方差函数相结合的方法可有效提高结构类预测精度,表明提取更多有效的序列信息是提高分类精度的关键。     

合成编码蛋白质基因的设计

 本文以牛生长激素基因为例,对合成编码蛋白质基因的微机设计原理进行了探讨。微机程序的编制采用高级BASIC语言,在IBM-PC微机上完成。设计合成编码蛋白质基因的要点为:(1)按照宿主系统中高表达蛋白质基因对密码子的使用频率选用氨基酸密码子,以期合成基因得到高效表达;(2)对较大的合成基因设计有能够进行分段克隆的酶切位点,从而将一个大的基因分解成为多个基因片段的合成,减少了酶促连接化学合成DNA片段的步骤;(3)对于酶促连接化学合成DNA片段有干扰的重复顺序和互补顺序,则利用变换简并密码子的办法予以消除。     

一种快速和优质的蛋白质结构刚体叠加方法

统计了１１０族同源蛋白质的多重结构联配结果,得到了局部环境依赖的氨基酸相似分数表。按此表可实施快速和优质的蛋白质结构刚性叠加,用于蛋白质工程。跟目前最好的遗传算法比较,此法可达到相同的品质（尽可能多的拓扑等价残基对和尽可能小的均方根距离）,但ＣＰＵ时间降了１个到２个数量级,对大蛋白更为明显。