基于线粒体控制区序列探讨豹属分子系统发生关系

为探讨豹属Panthera物种间的系统发生关系,测定了虎Panthera tigris、豹Panthera pardus和雪豹Panthera uncia的线粒体控制区全序列,结合其它5种猫科动物的同源序列进行分析。分别采用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)、邻接法(Neighbor-Joining,NJ)和贝叶斯法(Bayesian Inference,BI)重建了豹属物种的分子系统发生树。结果表明:豹属除由传统的物种狮Panthera leo、虎P.tigris、豹P.pardus、及美洲虎P.onca组成外,雪豹P.uncia应并归于豹属,不支持将雪豹另立为雪豹属Uncia的观点;云豹Neofelis nebulosa与豹属具有最近的亲缘关系而构成其姊妹群物种;云豹与豹属Panthera各物种间的系统发生关系为:云豹(豹(虎(狮(美洲豹、雪豹))))。     

豹属线粒体基因组分析

采用PCR扩增方法,测定了虎、豹和雪豹线粒体基因组全序列,长度分别为16990,16964和16773bp.每个线粒体基因组包括：13个蛋白编码基因,22个tRNA,2个rRNA,一个非编码的控制区（D-loop）以及一个轻链复制起点（OLR）,其基因组结构与家猫、美洲狮和云豹具有较高的相似性.基于两组线粒体合并序列和线粒体全序列,采用最大简约法、最大似然法及贝叶斯法（Bayesian）推测豹属的分子系统关系.结果显示,豹属（Panthera）由虎、豹、雪豹、美洲虎、狮和云豹组成,云豹并归于豹属.属内物种间的系统关系为：云豹（虎（美洲虎（豹（狮,雪豹））））.基于ML最优树的枝长和4个可靠的分歧时间校正点进行了分歧时间的估算,豹属约在11.3百万年前（MYA）从猫科动物中分化出来;云豹、虎、雪豹和豹的分化时间分别为8.66,6.55,4.63和4.35MYA,比化石时间略早.尤其是雪豹这一青藏高原的特有物种,其分歧事件、演化过程、物种形成和分布模式与发生在8,3.6,2.5和1.7MYA晚新生代青藏高原的地质构造事件及气候重大转型期呈现相关性.     

虎毛色多样性的遗传演化

虎是世界上最大的猫科动物,也是豹属(虎、狮、豹、美洲豹、雪豹)中唯一具条纹而不是斑点的物种。虎以黄底黑纹的野生型标志性毛皮为世人所熟知,此外,有白虎、金虎、雪虎、黑虎等具毛色多态型,其遗传起源及科学和保育价值则长期存在疑问和争议。最近10年基因组学技术的发展,定位了Slc45a2、Corin、Taqpep等参与和调控色素通路并导致虎毛色变异的基因,揭示了其对物种生存和适应的潜在影响。虎毛色多样性遗传机制的揭示,为虎的保护及圈养繁殖提供了科学佐证,也为通过非模式生物研究动物适应性演化进行了积极探索。     

POPU金钱豹mtDNA ND5基因序列及其遗传变异

测定山西7个不同地域金钱豹9个体mtDNA ND5基因部分序列,结合GenBank下载的37条序列,进行遗传多样性分析,用豹属的狮Panthera leo和虎Panthera tigris作外群,构建其不同单倍型的NJ分子聚类关系。46条序列共产生18个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度指数表明金钱豹的遗传多样性比较丰富,AMOVA分析显示其种群间出现显著的遗传分化。单倍型聚类分析表明,亚洲和非洲种群尽管有一定的分化,但其置信度很低,不足以形成各自独立的分支。     

从12S rRNA和Cyt b基因部分序列研究13种猫科动物的分子系统关系

为探讨中国猫科动物(Felidae)的系统发生关系,本文对中国产13种猫科动物的12SrRNA基因(约371bp)和细胞色素b基因(Cytb)部分序列(约355bp)进行了分析,并采用“最大简约法”和“最大似然法”构建了分子系统树。结果表明:在Cytb基因序列中,有113个位点存在变异(约为总位点数的31.8%),高于12SrRNA基因序列的44个变异位点(约为总位点数的11.9%);构建的分子系统树显示,猞猁(Lynxlynx)可能是中国最早起源的猫科动物,与其它猫科动物之间的亲缘关系较远,支持将其立为猞猁属(Lynx)的观点;草原斑猫(Felislibyca)、丛林猫(Felischaus)、兔狲(Otocolobusmanul)和荒漠猫(Felisbieti)具有较近的亲缘关系,支持将兔狲划归于猫属(Felis)的观点;金猫(Caopumatemminckii)、云猫(Pardofelismarmorata)具有较近的亲缘关系,但它们与猫属物种之间的亲缘关系可能较远,不支持将它们划归于猫属;豹猫(Ponailurusribengalensis)、渔猫(Prionailurusviverrinus)具有较近的亲缘关系,支持将它们同归于豹猫属(Ponailurus);云豹(Neofelisnebulosa)、豹(Pantherapardus)、雪豹(Unciauncia)、虎(Pantheratigris)具有较近的亲缘关系,支持将它们同归于豹属(Panthera)的观点     

美丽而凶猛的美洲豹

<正>闲话美洲豹美洲豹(Panthera onca)也叫美洲虎,是隶属于食肉目(Carni-vora)、猫科(Feliclae)、豹属(Panthera)的哺乳动物。它的毛皮有别于豹属的其他动物:头部、腹部和四肢的皮毛上有空心的黑色斑纹。背部和身体两侧的皮毛上有环绕着深色斑点的黑色环状玫瑰花纹,底色则由黄色变至红棕色。它腹部的底色为白色,耳背为黑色,其上有白色斑点,鼻和唇之间还有细长的黑色斑纹相连。美洲豹较大的头部使     

POPULATION GENETIC DIVERSITY OF PANTHERA PARDUS BASED ON MTDNA ND5 GENE SEQUENCES

测定山西7个不同地域金钱豹9个体mtDNA ND5基因部分序列,结合GenBank 下载的37条序列,进行遗传多样性分析,用豹属的狮Panthera leo和虎Panthera tigris作外群,构建其不同单倍型的NJ分子聚类关系.46条序列共产生18个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度指数表明金钱豹的遗传多样性比较丰富,AMOVA分析显示其种群间出现显著的遗传分化.单倍型聚类分析表明,亚洲和非洲种群尽管有一定的分化,但其置信度很低,不足以形成各自独立的分支.     

三种猫科动物MHC Class Ⅱ DRB等位基因序列变异性分析

分析了云豹(Neofelisnebulosa)、豹(Pantherapardus)和东北虎(Pantheratigrisaltaica)等3种猫科动物的主要组织相容性复合物ClassⅡDRB座位的等位基因序列变异性。使用一对简并性引物扩增了DRB座位第二外元目标片段。用单链构像多态性分析方法确定不同的单倍型。每个个体挑出15个单克隆用来分离、纯化和测序。实验中从4个个体中获得了8种不同序列。237bp核苷酸序列中发现有59个变异位点。根据人类的抗原肽结合区推测79个氨基酸位点中存在21个假定的抗原肽结合位点,而且非同义替换率明显高于同义替换率,这可能说明了第二外元的较高变异性是由平衡选择作用来维持的。重建的NJ树和MP树显示豹和东北虎的亲缘关系较近,而两者与云豹的亲缘关系较远。     

雪豹保护遗传学和基因组学研究进展

雪豹(Panthera uncia)隶属于食肉目猫科豹属,是生活在青藏高原及其周边地区的旗舰物种。随着分子生物学和高通量测序技术的发展,雪豹保护遗传学和保护基因组学研究得到快速的发展,其中非损伤性遗传取样法显著推动了雪豹保护遗传学研究。本文综述了非损伤性遗传取样法在雪豹物种鉴定、个体识别和性别鉴定等研究中的应用,雪豹的系统发生地位、系统地理格局和种群遗传结构及其亚种争议、演化历史、适应性演化和基因组特征等保护遗传学和基因组学方面的研究现状和进展,并对雪豹保护遗传学和基因组学未来发展趋势进行了展望,以期促进雪豹保护生物学研究和保护对策的科学制定。     

华南虎、东北虎、孟加拉虎的D-loop和ND5序列及其在系统进化分析中的应用

本文采用PCR和质粒克隆测序方法,获得了华南虎线粒体D-loop区的480 bp序列和东北虎、孟加拉虎线粒体D-loop区的503 bp序列;同时还获得了这三个虎亚种和金钱豹线粒体ND5基因5'端309 bp的部分序列.根据D-loop序列分析,华南虎与孟加拉虎、东北虎的平均距离(p-distance)分别为0.110 88和0.110 87,而东北虎与孟加拉虎间的平均距离为0.009 94;根据ND5序列分析,华南虎与孟加拉虎、东北虎的平均距离分别为0.114 34和0.117 58,而东北虎与孟加拉虎间的平均距离为0.003 24.三个虎亚种的mtDNA D-loop和ND5序列比较表明,华南虎是这三个虎亚种中最为古老的亚种.