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枫香因其树形优美,入秋后叶色红艳或橙黄,极具观赏价值,是优良的景观生态树种。为了解枫香叶片变色及其次级代谢过程的遗传基础,该文以枫香5个叶片变色期叶片混合样品为材料,利用单分子实时测序技术(PacBio平台)对其进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得41.04 Gb的高质量数据,从中鉴定出全长非嵌合序列563 180条,通过聚类和去冗余,获得27 269条高质量全长转录本。在27 269条全长转录本中预测到2 035条长链非编码RNA(lncRNA),并检测出14 892个简单重复序列(SSR)位点和1 856个转录因子。(2)基因注释结果表明,NR、GO、COG、KEGG 等8个数据库共注释了24 857条转录本,KEGG数据库共获得了124个条代谢途径,主要有核糖体、碳代谢、氨基酸生物合成等,在类黄酮和叶绿素代谢途径中分别有49和71个转录本参与。上述结果初步揭示了枫香叶片变色期转录组信息以及功能特性,为后续研究枫香叶片变色分子机制、色素代谢合成途径和调控、相关功能基因克隆以及叶色改良提供基础数据。 相似文献
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Maeda N Kasukawa T Oyama R Gough J Frith M Engström PG Lenhard B Aturaliya RN Batalov S Beisel KW Bult CJ Fletcher CF Forrest AR Furuno M Hill D Itoh M Kanamori-Katayama M Katayama S Katoh M Kawashima T Quackenbush J Ravasi T Ring BZ Shibata K Sugiura K Takenaka Y Teasdale RD Wells CA Zhu Y Kai C Kawai J Hume DA Carninci P Hayashizaki Y 《PLoS genetics》2006,2(4):e62
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A white spruce gene catalog for conifer genome analyses 总被引:1,自引:0,他引:1
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Camilla Ugolini Logan Mulroney Adrien Leger Matteo Castelli Elena Criscuolo Maia Kavanagh Williamson Andrew D Davidson Abdulaziz Almuqrin Roberto Giambruno Miten Jain Gianmaria Frig Hugh Olsen George Tzertzinis Ira Schildkraut Madalee G Wulf Ivan R Corrêa Jr Laurence Ettwiller Nicola Clementi Massimo Clementi Nicasio Mancini Ewan Birney Mark Akeson Francesco Nicassio David
A Matthews Tommaso Leonardi 《Nucleic acids research》2022,50(6):3475
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