Training the next generation of protein scientists

Carl Brändén made significant contributions in areas of protein X‐ray crystallography and science education. As the 2011 recipient of the Protein Society award honoring Carl's contributions, I had the opportunity to reflect on the undergraduate educational activities that have been practiced in my own laboratory over the past 24 years at the University of Maryland Baltimore County, an institution that emphasizes both research and undergraduate education. A system has been developed that attempts to minimize the tension that can exist between conflicting graduate research and undergraduate mentoring goals. The outcomes, as measured not only by subsequent activities of the participating undergraduates, but also by the activities of the graduate students and postdocs that worked with the undergraduates, indicate a general overall benefit for all participants, particularly for women and underrepresented minorities who are traditionally poorly retained in the sciences. Greater participation of undergraduates in research activities of active scientists who often focus primarily on graduate and postdoctoral training could have a positive impact on the leaky undergraduate science pipeline.     

TWO NEW VARIETIES OF STAURASTRUM (DESMIDIACEAE) FROM SÃO PAULO, BRAZIL

Two new varieties of Staurastrum (Desmidiaceae) are described from Sao Paulo, southern Brazil: St. polymorphum Bréb. var. itirapinense and St. quadrangulare Bréb. var. sanctipaulense.     

3MOTIF: visualizing conserved protein sequence motifs in the protein structure database

SUMMARY: 3MOTIF is a web application that visually maps conserved sequence motifs onto three-dimensional protein structures in the Protein Data Bank (PDB; Berman et al., Nucleic Acids Res., 28, 235-242, 2000). Important properties of motifs such as conservation strength and solvent accessible surface area at each position are visually represented on the structure using a variety of color shading schemes. Users can manipulate the displayed motifs using the freely available Chime plugin. AVAILABILITY: http://motif.stanford.edu/3motif/     

Structure of glutathione S-transferase of the filarial parasite Wuchereria bancrofti: a target for drug development against adult worm

A three dimensional structural model of Glutathione-S-transferase (GST) of the lymphatic filarial parasite Wuchereria bancrofti (wb) was constructed by homology modeling. The three dimensional X-ray crystal structure of porcine -class GST with PDB ID: 2gsr-A chain protein with 42% sequential and functional homology was used as the template. The model of wbGST built by MODELLER6v2 was analyzed by the PROCHECK programs. Ramachandran plot analysis showed that 93.5% of the residues are in the core region followed by 5.4 and 1.1% residues in the allowed and generously allowed regions, respectively. None of the non-glycine residues is in disallowed regions. The PROSA II z-score and the energy graph for the final model further confirmed the quality of the modeled structure. The computationally modeled three-dimensional (3D) structure of wbGST has been submitted to the Protein Data Bank (PDB) (PDB ID: 1SFM and RCSB ID: RCSB021668). 1SFM was used for docking with GST inhibitors by Hex4.2 macromolecular docking using spherical polar Fourier correlations.Figure: A three-dimensional (3D) structure of Glutathione-S-transferase (GST) of the lymphatic filarial parasite Wuchereria bancrofti (wb) was constructed by homology modeling. This modeled 3D structure of wbGST has been submitted to the Protein Data Bank (PDB) (PDB ID: 1SFM and RCSB ID: RCSB021668).     

34. Heinz Brücher: Beitrag zur Kenntnis chilenischer Wildkartoffel-Arten

Es wird eine Revision der Section Tuberarium (Solanum) in Chile vorgenommen. Von den bisher beschriebenen 32 Species und 14 Varietäten werden nur acht Arten als gültig anerkannt. Die beiden ?Littoralkartoffeln” S. maglia Molina und S. oceanicum Brücher werden zu einer eigenen Serie: Maritima nov. ser. zusammengefaßt. Es wird festgestellt, daß Chile ausgesprochen arm an Wildkartoffeln im Vergleich zu den Nachbarländern Argentinien und Bolivien ist. Die am stärksten vertretene Gruppe ist die Serie Etuberosa, die keine Knollen ausbildet, deren ?kartoffelähnlicher” Habitus aber schon oft Anlaß zu Verwechslungen mit Kulturkartoffeln gegeben hat. So ist teilweise die wissenschaftlich nicht gerechtfertigte Behauptung zu erklären, daß man überall in Chile zwischen Chiloé und der Cordillere von Colchagua ?die Kartoffel im Wildzustand” antreffen könne. Die in der Weltliteratur mit großer Hartnäckigkeit sich erhaltende Meinung, daß Chiloé das Genzentrum der Kulturkartoffel sei, wurde bereits 1960 angegriffen und 1962 und 1963 durch zytologische und morphologische Beweise an diploiden, triploiden und tetraploiden Primitivkartoffeln, die sowohl im Altiplano als auch in Chiloé nachgewiesen wurden, endgültig widerlegt. Entgegen der von JUZEPZUK, BUKASOV, VAVILOV entwickelten Hypothese, daß der Ursprung von S. tuberosum in Chile liege und die angeblichen Wildkartoffeln S. Molinae und S. leptostigma deren Ancestralformen seien, betont der Verfasser, daß die russischen Autoren keine weiteren Beweise für deren angeblichen Wildcharakter erbringen konnten. Die von CORRELL vertretene Ansicht, daß das vom Verf. an der Pazifikküste kürzlich entdeckte Solanum oceanicum die Ancestralform von 5. tuberosum sein könne, wird aus zytogenetischen Gründen abgelehnt. Schließlich wird mit allem Nachdruck gefordert, die fast zwei Dutzend Synonyme und Fehlbezeichnungen, welche nach LINNÉ unzulässige rweise für die Kulturkartoffel eingeführt wurden, gänzlich zu eliminieren. Vor allem sollten die irreführenden Bezeichnungen S. andigenum oder S. chilotanum vermieden werden. Das von LINNÉ geschaffene Taxon Solanum tuberosum ist weit genug gefaßt, um darin alle tetraploiden Cultivare nördlich und südlich des Äquators unterzubringen.     

Aspilodemon,ein Neues Opiinen-Genus aus Brasilien [Hymenoptera,braconidae]

Résumé Aspilodemon, nouveau genre d'Opiinae découvert au Brésil est à placer dans la tribu desAdemonini en raison de l'occiput rebordé. Il se distingue de tous les autresOpiinae par le stigma non différencié du ?métacarpe? et, par ailleurs, desAdemonini connus à ce jour, par la nervure cubito-anale non rompue et par lan. par. intercalaire. 5 nouvelles espèces d'Aspilodemon sont décrites et une clef est donnée.      

Energetically unfavorable amide conformations for N6‐acetyllysine side chains in refined protein structures

The reversible acetylation of lysine to form N6‐acetyllysine in the regulation of protein function is a hallmark of epigenetics. Acetylation of the positively charged amino group of the lysine side chain generates a neutral N‐alkylacetamide moiety that serves as a molecular “switch” for the modulation of protein function and protein–protein interactions. We now report the analysis of 381 N6‐acetyllysine side chain amide conformations as found in 79 protein crystal structures and 11 protein NMR structures deposited in the Protein Data Bank (PDB) of the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics. We find that only 74.3% of N6‐acetyllysine residues in protein crystal structures and 46.5% in protein NMR structures contain amide groups with energetically preferred trans or generously trans conformations. Surprisingly, 17.6% of N6‐acetyllysine residues in protein crystal structures and 5.3% in protein NMR structures contain amide groups with energetically unfavorable cis or generously cis conformations. Even more surprisingly, 8.1% of N6‐acetyllysine residues in protein crystal structures and 48.2% in NMR structures contain amide groups with energetically prohibitive twisted conformations that approach the transition state structure for cis‐trans isomerization. In contrast, 109 unique N‐alkylacetamide groups contained in 84 highly accurate small molecule crystal structures retrieved from the Cambridge Structural Database exclusively adopt energetically preferred trans conformations. Therefore, we conclude that cis and twisted N6‐acetyllysine amides in protein structures deposited in the PDB are erroneously modeled due to their energetically unfavorable or prohibitive conformations. Proteins 2013; © 2012 Wiley Periodicals, Inc.     

Purification and Partial Amino Acid Sequence of Brevicin 27, a Bacteriocin Produced by Lactobacillus brevis SB27

Brevicin 27, a bacteriocin produced by Lactobacillus brevis SB27, is inhibitory mainly against closely related Lactobacillus brevis and Lactobacillus büchneri strains. It was purified from the culture supernatant by a four-step purification procedure including ammonium sulfate precipitation, cation exchange, hydrophobic interaction, and reverse-phase, high performance liquid chromatographies. The purified bacteriocin was subjected to mass spectrometry, amino acid composition analysis, and sequencing by Edman degradation. It was shown to be an about 5200-Da basic protein containing a high proportion of lysine and of hydrophobic amino acids. The partial N-terminal amino acid sequence (25 residues) was unique when compared with the Protein Data Bank (PDB), Swiss Prot, and Protein Information Resource (PIR) data banks and to the translated Gen Bank. Received: 24 July 1996 / Accepted: 10 September 1996     

Morphology of Cell Wall Pore Channels in the Genus <Emphasis Type="Italic">Euastrum</Emphasis> Ralfs (Desmidiales)

The study of the cell wall structure was performed for ten species of Euastrum: E. ansatum (Ehrenb.) Ralfs, E. bidentatum Näg., E. binale (Turp.) Ehrenb. ex Ralfs, E. dubium Näg., E. elegans (Bréb.) Kütz. ex Ralfs, E. germanicum (Schmidle) W. Krieger, E. oblongum (Grev.) Ralfs ex Ralfs, E. pectinatum Bréb. ex Bréb. in Ralfs, E. validum West et G.S.West, E. verrucosum (Ehrenb.) ex Ralfs. The investigation of the cell wall ultrastructure has established for the first time that the pore canal in 6 of 10 species always has a coiled form to some degree. Three species (E. germanicum, E. pectinatum, and E. verrucosum) have both coiled and straight canals, and E. ansatum has only straight ones. A new type of pores (P7), typical only for representatives of the genus Euastrum, was also noted. In addition, a simple and effective method of preparing desmidium algal cells for investigation with transmission electron microscope has been developed.     

The Diagnosis of Pneumocystis Carinii Pneumonia By Cytologic Evaluation of Papanicolaou and Leishman-Stained Bronchoalveolar Specimens In Patients With the Acquired Immunodeficiency Syndrome

The presence of foamy alveolar casts or flocculent material in Papanicolaou and Leishman-stained smears of bronchoalveolar lavage (BAL) fluid is said to be indicative of infection with Pneumocystis carinii. We have investigated the sensitivity and specificity of this method of diagnosing pneumocystis pneumonia in patients with the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). Patients (n= 114) with diffuse lung infiltrates were submitted to fibreoptic broncoscopy and BAL. Seventy of them were patients with AIDS. the other 44 individuals were not infected by the human immunodeficiency virus (HIV). Pneumocystis carinii organisms were identified on Grocott's methenamine silver (GMS)-stained BAL smears in 30 patients with AIDS. Flocculent material was present in the Papanicolaou and Leishman-stained smears from all of these cases. Conversely, P. carinii were not seen on GMS-stained smears in the remaining 84 individuals with or without AIDS. No flocculent material was observed in Papanicolaou or Leishman-stained smears in these 84 patients. We concluded that the presence of flocculent material in Papanicolaou or Leishman-stained smears of BAL fluid is indicative of P. carinii pneumonia in patients with AIDS. La présence de cylindres alvéolaires spumeux ou de matériel floculé dans les étalements de liquide de lavage bronchoalvéolaire (LBA) colorés selon Papanicolaou ou Leishman est considérée comme symptomatique d'une infection par Pneumocystis carinii. Nous avons étudié la sensibilité et la spécificité de cette méthode de diagnostic de l'infection par Pneumocystis carinii chez des patients atteints de syndrome de déficience immunitaire acquise (SIDA). Cent quatorze malades avec des infiltrats pulmonaires diffus ont subi une fibroscopie bronchique et un lavage broncho-alvéolaire. Soixante dix d'entre eux edtaient atteints de SIDA, 44 n'étaient pas infectés par le Virus de l'Immunodéficience Humaine (VIH). Le Pneumocystis carinii a été identifiié par la coloration de Grocott chez 30 patients atteints de SIDA. Chez ces patients, la présence d'un matériel floculé est constante sur les étalements colorés au Papanicolaou et au Leishman. A l'inverse, Pneumocystis carinii n'a pas été retrouvé chez les 84 autres malades, atteints ou non du SIDA et les étalements de LBA ne contenaient pas de matériel floculé. En conclusion, la présence de matériel floculé dans les étalements de LBA colorés selon Papanicolaou ou Leishmanest associée à une pneumpathie àPneumocystis carinii chez les patients atteints de SIDA. Sensitivität und Spezifität des Nachweises schaumiger oder flockiger Alveolarausgüsse bei Pneumocystis carinii wurden in 114 Fällen diffuser Lungeninfiltrate untersucht. 70 Patienten waren an AIDS erkrankt, 44 weitere waren HIV-negative. In 30 der AIDS-Fälle wurde P. carinii mit der Grocott'schen Färbung nachgewiesen. Die typischen Eiweißniederschläge waren in all diesen Fällen nachweisbar. Umgekehrt ergab die Grocottfärbung in 84 Fällen mit oder ohne AIDS ein negatives Ergebnis. In all diesen Fällen war kein Eiweißniederschlag nachweisbar. Daraus ergibt sich, daß die Eiweißniederschläge in Präparaten, die nach Papanicolaou oder Leishman gefärbt wurden, kennziechned sind für die P. carinii Pneumonie.     

50. F. Wolkinger: Zytologische Untersuchungen an Pulmonaria stiriaca Kern.;

In der Natur konnten bisher zwei aneuploide Formen von P. stiriaca gefunden werden; P. stiriaca von einem jugoslawischen Fundort an der südlichen Arealgrenze besaß 2n = 20 Chromosomen (vermutlich 2n = 3x ? 1), während alle zytologisch untersuchten Pflanzen aus dem nördlichsten Teil des Areals, aus der Steiermark, einheitlich 2n = 18 Chromosomen (vermutlich 2n = 3x ? 3) aufwiesen. Es ist sehr wahrscheinlich, daß P. stiriaca ein zur Art gewordener Bastard ist und aus der diploiden P. maculosa (2n = 14) und der tetraploiden P. mollissima (2n = 28) hervorgegangen ist, wie schon Gams 1927 annahm. Als Ergebnis solcher Kreuzungen entstehen sehr häufig Aneuploide. Durch ?non-disjunction” in der ersten meiotischen Teilung kommt es bei P. stiriaca nicht nur zur Bildung von Kernen mit neun und zehn Chromosomen, sondern auch zu Kernen mit acht, elf und zwölf Chromosomen. Ob außer den zwei bisher festgestellten vermutlich hypotriploiden Formen auch andere lebensfähig sind, ist noch zu prüfen. Die Meiose verläuft bei ungefähr 80 bis 90 % der Pollenmutterzellen normal; 10 bis 20% der Pollenmutterzellen lassen auf Grund ihrer Struktur Hybridisierung vermuten. Häufig treten Brücken- und Fragmentbildungen auf. Die Fragmente werden jedoch nicht immer in der Anaphase I frei. Bisweilen bleiben sie mit einem Chromosom verbunden und werden erst in der Anaphase II frei. In seltenen Fällen werden sie in einen Tetradenkern eingeschlossen. In der frühen Telophase I bilden die Fragmente neben den normalen Tetradenkernen Mikronuklei. Nach der simultanen Wandbildung liegen sie als zusätzliche Fragmentzellen in wechselnder Zahl in der Tetrade. Auf dem Wege der Fragmentzellenbildung werden Chromosomenbruchstücke eliminiert, die am Ende der Reduktionsteilung als kleine Körner zwischen den durchwegs fertilen Pollenkörnern zu finden sind. Translokationsringe hingegen, die auf Translokations-Hybridität deuten, sind nur selten zu beobachten.     

Ab initio modeling of small proteins by iterative TASSER simulations

Background  

Predicting 3-dimensional protein structures from amino-acid sequences is an important unsolved problem in computational structural biology. The problem becomes relatively easier if close homologous proteins have been solved, as high-resolution models can be built by aligning target sequences to the solved homologous structures. However, for sequences without similar folds in the Protein Data Bank (PDB) library, the models have to be predicted from scratch. Progress in the ab initio structure modeling is slow. The aim of this study was to extend the TASSER (threading/assembly/refinement) method for the ab initio modeling and examine systemically its ability to fold small single-domain proteins.     

Le genre Anomalocornis Carvalho & Wygodzinsky 1945 (Heteroptera: Miridae: Phylinae), revision taxonomique,description d’une espèce nouvelle et affinités avec les palmiers néotropicaux

Le genre néotropical Anomalocornis Carvalho & Wygodzinsky 1945, est révisé. Les espèces A. geijskesi Carvalho & Wygodzinsky 1945, A. ariasi Carvalho 1982, A. tucuruiensis Carvalho 1984, A. rondoniensis Carvalho 1984, A. couturieri Carvalho & Costa 1993 and A. peyreti Couturier & Costa 2002 sont redécrites, leurs femelles, ainsi qu’une nouvelle espèce de Colombie, A. gentyi n. sp. sont décrites. Les espèces se différencient entre elles par leur taille, la coloration du corps, la morphologie et la coloration des articles I et II de l’antenne du mâle et par la structure des génitalia. Les différentes espèces sont originaires du Brésil, de Colombie, de l’Equateur, du Pérou et du Surinam. Toutes les espèces, excepté A. ariasi, dont la plante-hôte n’est pas connue, vivent sur les inflorescences de palmiers.     

Aleiodes Wesmael (Hymenoptera,Braconidae, Rogadinae) species described by Brèthes: taxonomic clarification

Two species of Doryctes Haliday 1836 described by Brèthes have their taxonomic status revised, and are transferred to the genus Aleiodes Wesmael 1838. The new combination and new names are: Aleiodes bonariensis (Brèthes, 1910) comb. n., and Aleiodes argentinensis nom. nov. The identity of Aleiodes bonariensis as a species is still doubtful, due to the poor condition in which the holotype is found, in addition to its general resemblance with Aleiodes gossypii (Muesebeck, 1960). The validity of the name Aleiodes brethesi (Shenefelt, 1975) (=Rhogas nigriceps Brèthes, 1909) is discussed and confirmed.     

Die Halsäste des Nervus vagus beim Alpaka,Lama guanicoe pacos (Linné 1758)

Demmel, U. 1980. Die Halsäste des Nervus vagus beim Alpaka, Lama guanicoe pacos (Linné 1758). [The branches of the vagus nerve in the neck of Alpaka, Lama guanicoe pacos (Linné 1758).] (Anatomisches Institut der Universität Köln, Bundesrepublik Deutschland.) — Acta zool. (Stockh.) 61(3): 141–146. Dissections of two newborn and two adult alpacas have shown: that the trapezius musculature of either side is supplied by branches of seven cervical spinal nerves and not by the external ramus of truncus nervi accessorii as in mammals in general; that the nerves which innervate the inner laryngic muscles as well as the mucous membrane of the lower part of the larynx are given off from the main trunk of the vagus nerve just outside the jugular foramen; that a nerve corresponding to the n. laryngeus recurrens of other mammals is absent. It is concluded that the lack of recurvation of the inferior laryngic nerve and the absence of the spinal part of the accessory nerve are character states of tylopod artiodactyls.     

Besprechungen/Reviews

Book reviewed in this article: Hadidian, J. (1980): Yawning in an old world monkey, Macaca nigra (Primates: Cercopithecidae) (Das Gähnen des Schopfmakaken) Rothstein, S. I. (1980): The preening invitation or head-down display of parasitic cowbirds: II. Experimental analysis and evidence for behavioural mimicry (Kopfsenken als Einladung zum Putzen, ein Täuschungsmanöver von Kuhstärlingen) Borgia, G. (1980): Sexual competition in Scatophaga stercoraria: size- and density-related changes in male ability to capture females (Konkurrenz der Männchen bei Dungfliegen: Größe- und dichteabhängige Unterschiede in der Fähigkeit, Weibchen zu fangen) Slater, P. J. B., S. A. Ince und P. W. Colgan (1980): Chaffinch song types: their frequencies in the population and distribution between repertoires of different individuals (Über die Häufigkeit verschiedener Gesangsformen innerhalb einer Buchfinkenpopulation und ihr Auftreten in Repertoires verschiedener Individuen) Menzel, Ch. R., und E. W. Menzel jr. (1980): Head-cocking and visual exploration in marmosets (Saguinus fuscicollis) (Visuelles Erkunden durch Drehen des Kopfes beim Braunrückentamarin) Lindberg, W. J., und R. B. Frydenborg (1980): Resource centered agonism of Pilumnus sayi (Brachyura, Xanthidae), an associate of the Bryozoan Schizoporella pungens (Kämpfe um Besitz bei der mit Bryozoen vergesellschafteten Krabbe P. s.) Michel, R. (1980): Etude au laboratoire du développement possible de l'activité migratrice chez le criquet pélerin, Schistocerca gregaria, lors des invasions et des récessions (Laborversuche zum Wanderverhalten der Wüstenheuschrecke) Wrangham, R. W. (1980): An ecological model of female-bonded primate groups (Ein ökologisches Modell von Primatengruppen. deren Zusammenhalt auf Bindungen der Weibchen beruht) Assem, J. van den, F. Jachmann und P. Simbolotti (1980): Courtship behaviour of Nasonia vitripennis (Hym., Pteromalidae): Some qualitative, experimental evidence for the role of pheromones (Versuche zur Bedeutung von Pheromonen in der Balz der Erzwespe N. v.) Faßnacht, G. (1979): Systematische Verhaltensbeobachtung. Eine Einführung in die Methodologie und Praxis (Ethological methods; an introduction) Lehner, P. N. (1979): Handbook of ethological methods (Handbuch ethologischer Methoden)     

A two year pollen calendar for traditionally produced honey types from Gaya,southern Niger

A pollen calendar of traditionally produced honeys in Gaya/southern Niger was established for a two year period. The region is situated in the transition zone from the sahelian to the sudanian savannas. In this area honey represents an appreciated source for further income for the cultivators. Palynological investigations of the honey samples showed that the bees regularly exploit a restricted number of trees and bushes, such as Combretum, Terminalia or Guiera throughout the whole year or Lannaea, Parkia and Bombax during the winter and spring. Other Sudanian trees and bushes are only occasionally visited in addition. During the dry season Gramineae are also exploited because of the sap provided by the Aphids. In their pollen spectra the honeys reflect both the vegetation types and the agrarian systems of the region as for as can be traced from their collection time and from observations on the flowering period of the trees and bushes visited.

Ein zweijähriger Pollenkalender konnte für die Region Gaya/Südniger mit Hilfe traditionell produzierter Honige aufgestellt werden. Die Region liegt im Übergang von den sahelischen zu den sudanischen Savannen. In dieser Region ist Honig eine willkommene zusätzliche Einkommensquelle für die Bauer. Die pollenanalytischen Untersuchungen zeigen, daß nur eine begrenzte Zahl von Bäumen und Stäuchern regelmäßig von den Bienen besucht wird, Combretum, Terminalia und Guiera über das ganze Jahr und Parkia, Lannaea und Bombax innerhalb der Wintersaison. Eine größere Zahl sudanischer Elemente wird nur zufällig genutzt. Während der Trockenzeit werden auch Gräser abgesammelt, hauptsächlich wegen des Honigsaftes, der von Aphiden produziert wird.

Die Honige spiegeln die Vegetationstypen der Region und deren Agrarsysteme in ihren Pollenspektrum und können auch durch den Vergleich mit den Blühperioden der entsprechenden Bäume und Sträucher in ihrer Produktionszeit bestimmt werden.

Les études de mélissopalynologie présentées portent sur la région de Gaya au Sud du Niger. A partir des spectres polliniques obtenus par l'analyse des miels de production traditionelle il a été possible d'établir un calendrier pollinique.

La région de Gaya est située dans une zone de transition entre les savanes sahéliennes et soudaniennes. C'est dans cette partie du Niger que la production de miel est la plus élevée et fournit un surplus économique notable pour les cultivateurs.

Les investigations palynologiques ont montré que les abeilles visitent régulièrement un nombre restreint d'arbres et d'arbustres tels Combretum, Terminalia et Guiera pendant toute l'anné, ainsi Parkia, Lannaea et Bombax durant la période hivernale. A la saison sèche, les graminées sont également exploitées pour Ieurs exsudats dus aux Aphides.

Les spectres polliniques reflètent parfaitement les principaux types de végétation et des systèmes agaires de la région durant la période de production mellifère, par comparaison avec la saison de floraison des arbres et des arbustres butinés.     

Resolving the ambiguity: Making sense of intrinsic disorder when PDB structures disagree

Missing regions in X‐ray crystal structures in the Protein Data Bank (PDB) have played a foundational role in the study of intrinsically disordered protein regions (IDPRs), especially in the development of in silico predictors of intrinsic disorder. However, a missing region is only a weak indication of intrinsic disorder, and this uncertainty is compounded by the presence of ambiguous regions, where more than one structure of the same protein sequence “disagrees” in terms of the presence or absence of missing residues. The question is this: are these ambiguous regions intrinsically disordered, or are they the result of static disorder that arises from experimental conditions, ensembles of structures, or domain wobbling? A novel way of looking at ambiguous regions in terms of the pattern between multiple PDB structures has been demonstrated. It was found that the propensity for intrinsic disorder increases as the level of ambiguity decreases. However, it is also shown that ambiguity is more likely to occur as the protein region is placed within different environmental conditions, and even the most ambiguous regions as a set display compositional bias that suggests flexibility. The results suggested that ambiguity is a natural result for many IDPRs crystallized under different conditions and that static disorder and wobbling domains are relatively rare. Instead, it is more likely that ambiguity arises because many of these regions were conditionally or partially disordered.