肿瘤易感基因的克隆策略进展

定位克隆仍是当前克隆肿瘤易感基因的一条主要途径。关联分析方法和检测患ＬＯＨ,纯合性丢失的高发频率区有利于易感基因的定位,削减杂交和脉冲场凝胶电泳的方法有利于目的基因的获取;精细遗传连锁图谱和ＥＳＴ数据库的建立将加速肿瘤易感基因的克隆;从模式生物基因组的研究成果入手来寻找人业肿瘤易感基因是一条可行的途径。     

人基因组表达图谱分析和疾病相关基因搜寻──现状与展望(续前)

人基因组表达图谱分析和疾病相关基因搜寻──现状与展望（续前）康毅滨,柴建华（复旦大学遗传学研究所上海２００４３３）二、ｃＤＮＡ随机部分ｆ三、测序及ＥＳＴ的建立以上所讨论的方法均是从基因组ＤＮＡ出发寻找表达序列,与之恰好相反的另一种构建表达图的思路是随机挑选ｃＤＮＡ文库中的克隆进行测序并在染色体上定位,即ｃＤＮＡ策略。人类基因组计划的一个重要目标是获得人基因组３０亿个碱基对的顺序,而以目前的测序技术要在近期内完成这一目标还略显力不从心。     

基因组基因定位(基因DNA酶解图谱技术)的计算机方法研究

本文提出基于酶解图谱技术的基因组基因定位的计算机方法,用于连接定位从克隆分析得到的数据．我们选择了若干例子作为研究对象,尝试了该方法的有效性．结果表明,计算机方法性能良好,可望成为大基因组基因定位的有用工具．     

运用生物信息学方法快速获取与肿瘤基因同源的EST及其新基因克隆的策略

如何更多更快地克隆肿瘤基因，探索肿瘤发病机制是研究工作者努力的方向。利用人类基因组研究的现存数据，从ＥＳＴ即ｃＤＮＡ的部分序列入手，通过同源筛选，直接搜寻新基因不失为一种在“基因抢夺战”中获胜的捷径。本文通过实例综述了怎样动用生物信息资源进行ＥＳＴ筛选及其新基因克隆的策略。     

基于Internet网生物信息资源特定基因同源新基因克隆策略

随着人类基因组计划的基本完成,各类生物信息学数据库和软件层出不穷,利用Internet网上生物信息资源克隆新基因的策略也得到新的发展。作者在简单介绍网上生物信息资源以及新基因克隆策略的同时,着重对基于EST数据库和基因组数据库特定基因的同源新基因克隆策略进行了详细阐述。     

猪的基因图谱及数量性状位点定位

在人类基因组计划的带动下,猪的遗传连锁图谱和细胞遗传学图谱有了较大的进步,利用目前猪基因组图谱的研究成果,通过基因组扫描法和候选基因法,可以对猪重要经济性状的主效基因位点进行区域定位,进而图位克隆,找到主效基因,为现代遗传育种奠定理论基础。     

基因组信息的整合与植物功能基因组学研究的策略

近年来,随着许多植物基因组测序和可利用序列的增加,相继建立了一些基于靶基因诱变的“反向”遗传学研究策略,如T—DNA诱变、基因敲除、基因沉默和超表达分析等。同时,DNA微阵列和基因芯片技术的发展使得快速、定量检测植物发育不同时期和不同组织器官的基因转录时空变化成为现实。作图技术的改进和来自不同物种基因组信息的整合也正在加速图谱克隆程序的简化和发展。因此,随着生物基因组测序工作日益增多,整合不同类群植物基因组的信息和资源,在植物功能基因组学研究中的重要性日趋显著。     

比较基因组学及其应用

比较基因组学是利用某些基因组图谱和测序获得的信息推测其他生物基因组的基因数目、位置、功能、表达机制和物种进化的学科。比较基因组学的发展与序列数据的积累密切相关,目前该学科已经成为研究生物基因组的最主要手段之一。利用FASTA、BLAST和CLUSTAL W等序列比对工具,种间的比较基因组学能够让人们了解物种间在基因组结构上的差异,发现基因的功能、物种的进化关系,以及进行功能基因的克隆。种内的比较基因组学研究主要涉及个体或群体基因组内诸如SNP、CNP等变异和多态现象。比较基因组学的研究结果不但有助于深入了解生命体的遗传机制,也有助于阐明人类复杂疾病的致病机制,揭示生命的本质规律。     

人类Y染色体常染色质部分DNA YAC重叠克隆构建

人类基因组研究的目标在于人类基因组全部DNA的核苷酸顺序的测定,及在此基础上的对所有基因的编码及其生化功能的研究。全基因组DNA的完全的物理图谱构成,包括全基因组DNA的大片段克隆,及覆盖完整基因组的克隆重叠排序是达成这一目标的首要步骤。     

现代系统生物技术与图式遗传学

基因组程序化表达调控与生物体形态结构发生的相互对应是图式遗传学和系统生物技术研究复杂生物系统的核心。基因-蛋白质表达与神经-内分泌信号,构成生物系统发生演变的双向调控过程是生物信息控制系统的结构、功能和演变的基础。细胞信号传导与基因差异表达调控是从基因、细胞到器官的细胞动力学转换系统,是基因、蛋白质、脂类等生物高分子相互作用与细胞再生、分化、迁移、凋亡的程序化调控节律,也就是基因定位图谱-细胞定位图谱的基因组-蛋白质组与生物体的细胞节律-形态的发生转换过程。     

功能蛋白质组学

科学背景及意义２０世纪中期以来,随着ＤＮＡ双螺旋结构的提出和蛋白质空间结构的解析,开始了分子生物学时代,对遗传信息载体ＤＮＡ和生命功能的体现者蛋白质的研究,成为生命科学研究的主要内容。９０年代初期开始实施的人类基因组计划,在经过各国科学家８年多的努力下,已经取得了巨大的成就,第一个多细胞生物-线虫基因组的ＤＮＡ全序列测定在１９９８年年底已经完成;人类所有基因的部分序列测定（ＥＳＴ）已经完成;...     

人类YAC库PCR三维筛选体系的建立及质量考核

为了在知道某个区域、位点、基因或ＤＮＡ片段的部分信息后,能从ＣＥＰＨＹＡＣ库中筛选出与其对应的ＹＡＣ克隆,为进一步研究奠定基础,需要建立一个筛选体系。本文概述了这一筛选体系的建立过程。随后,用两对与已知基因对应的引物进行了筛选验证工作,证明了这一体系的可用性,同时提出了以后筛选的途径,即首先筛选ＹＡＣ库的ＭｅｇａＹＡＣ部分,并以５块板为一组进行筛选。另外,运用荧光原位杂交技术（ＦＢＨ）,对ＣＥＰＨＹＡＣ库的质量及其第一代人类基因组物理图谱进行了考察。我们取２６个ＹＡＣ克隆进行ＦＩＳＨ定位,结果其中嵌合体１３个,占５０％。定位错误的克隆有６个,占２３％。非嵌合体且定位正确的共９个,占３５％。     

生物信息学策略鉴定新基因

随着人类基因组计划的开展,在基因结构、定位、表达和功能研究等方面都积累了大量的数据,如何充分利用大量已有的网上数据库资源,加速人类基因克隆研究及功能初步研究,同时避免重复工作,节省开支,已成为我们面临的一个急迫而富有挑战性的课题.生物信息学是20世纪80年代末开始,随着基因组测序数据迅猛增加而逐渐兴起的一门新兴学科,它利用计算机对生命科学研究中的生物信息进行存储、检索和分析.它的产生和发展为人们提供了强大的工具,本文就生物信息学方法在识别和鉴定新基因中的应用予以综述.     

一个定位在7q32染色体区域的鼻咽癌负相关EST

为了分离和克隆定位于７ｑ３２染色体区域的与鼻咽癌发病有关的抑瘤基因,检测了鼻咽癌活检组织及配对外周血标本中７ｑ３２微卫星ＤＮＡ多态性位点的基因型,发现在７ｑ３２区域存在３０％左右的杂合性丢失,从Ｉｎｔｅｒｎｅｔ中查询到定位于７ｑ３２区域的所有不同ＥＳＴ,对其中２０个ＥＳＴ进行分析,ＲＴ－ＰＣＲ和Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交发现,ＡＡ０７０４３７,ＥＳＴ在鼻咽癌细胞株ＨＮＥ１中表达微弱,而在正常鼻咽上皮原代     

重叠群物理图谱的构建及其应用

人类对各种生物的基因组结构和功能的研究都需要确定DNA序列在染色体上的位置.与遗传图相比,物理图反映了基因或DNA标记之间在染色体上的真实距离.依其作图方法分为三类,即限制性酶切图谱、重叠群图谱和DNA序列图谱.重叠群物理图是将获得的大片段克隆,如YAC、BAC克隆,依其在染色体上的真实顺序排列而成,主要应用于基因组测序、重要基因的图位克隆、靶分子标记开发及比较基因组学研究等,特别是为那些由于缺乏合适的作图群体而不能建立遗传图的物种提供了一个重要的从事基因组学研究的平台.本文综述了近年来重叠群物理图构建研究的主要进展,比较分析了不同重叠群物理图谱构建方法的特点,提出了改进物理作图质量的建议,认为应根据基因组不同区域的特点,综合特异性探针的杂交、PCR筛选、酶切指纹分析、BAC克隆STC延伸、BAC末端测序等多种方法才能完成重叠群的构建.此外,物理图的构建还应努力整合各种基因组的资源和数据,如遗传连锁图、分子细胞遗传图、DNA序列图、EST数据等,这将有助于提高其在基因组学研究中的使用价值及应用范围.文章最后对重叠群物理图的发展趋势进行了展望.     

合成血清胸腺因子基因在大肠杆菌中的克隆和表达

将合成血清胸腺因子（ＳＴＦ）基因插入表达型大肠杆菌质粒ｐＷＲ５９０对大肠杆菌Ｃ６００进行转化,用同位素探针杂交捡出阳性克隆,以合成ＳＴＦ多肽的抗体用ＥＬＩＳＡ方法及放射免疫分析证明克隆株能表达出ＳＴＦ多肽。     

合成血清胸腺因子基因在大肠杆菌中的克隆和表达

将合成血清胸腺因子（ＳＴＦ）基因插入表达型大肠杆菌质粒ｐＷＲ５９０对大肠杆菌Ｃ６００进行转化,用同位素探针杂交捡出阳性克隆,以合成ＳＴＦ多肽的抗体用ＥＬＩＳＡ方法及放射免疫分析证明克隆株能表达出ＳＴＦ多肽。     

日本血吸虫（中国大陆株）谷胱甘肽转移酶基因扩增及克隆

以日本血吸虫成虫ＲＮＡ为模板逆转录合成ｃＤＮＡ链,设计合成引物,用ＰＣＲ法扩增谷胱甘肽转移酶（ＧＳＴ） 基因编码序列,将其克隆入ｐＧＥＭ—Ｔ载体,并进行初步鉴定。ｐＧＥＭ—Ｔ—ＧＳＴ克隆载体的成功构建,为进一步选择在不同表达系统中表达ＧＳＴ及其在血吸虫病免疫诊断、免疫预防中的作用研究提供了条件     

人类特定染色体DNA文库的建立和利用

DNA文库的建立及其应用于基因定位的可能性首先在基因组较小的生物(如果蝇)中得到证实。由于近年来原位噬菌斑和克隆杂交,改进的λ克隆载体以及体外包装系统等的发展,对于具育较复杂的基因组的生物(包括哺乳动物)也进行了墓因文库的建立和筛选工作     

生物信息学技术克隆人类神经髓鞘蛋白零家族基因

为克隆新的髓鞘蛋白相关基因,将ＭＰＺ基因编码区ｃＤＮＡ与ＥＳＴ数据库进行同源性比较,得到与ＭＰＺ显著相似的２个ＥＳＴ,构建成８０１ｂｐ的重叠群。此重叠群与定位在１ｑ２４的１２８ｋｂ ｇＤｎＡ的相似性为１００％。计算机分析有ｂｐ和重叠群可能存在一个４３５ｂｐ的阅读框架。在重叠群上设计两个引物与文库载体臂上的引物配对,扩增各种ｃＤＮＡ文库ＤＮＡ作巢式ＰＣ拓所得ｃＤＮＡ上再设计引物进行巢式ＰＣＲ,最终克