东北春大豆样本的代表性及其SSR位点的遗传多样性分析

从3226份东北春大豆总体中选择283份春大豆种质,用质量性状和数量性状进行检测,对总体的代表性为80%.利用筛选出61对SSR核心引物对具代表性的东北春大豆样本进行分析,共检测到534个等位变异,平均每个位点的等位变异为8.75个,变幅为2～16个;遗传多样性指数变化范围在0.406～0.886,平均为0.704;东北春大豆样本在大多数位点上有优势等位变异,从而降低了其遗传多样性.其中35份种质具有特异等位变异,分布在29个位点上;各个位点上分化系数均较小,遗传多样性分化程度较低.东北春大豆中3个省种质的共有等位变异较多,以吉林省和辽宁省种质的遗传多样性表现较为一致,均高于黑龙江省种质的遗传多样性.地方品种的遗传多样性高于育成品种.东北春大豆种质资源的遗传多样性分布特点为有目的选择杂交亲本拓宽遗传基础以培育新品种提供了理论依据.     

大豆重要农艺性状的QTL分析

应用栽培大豆科丰1号（♀）和南农1138-2（♂）杂交得到的F9代重组自交系（RILs）群体（201个家系）,构建了含302遗传标记、覆盖2363.8cM、由22个连锁群组成的遗传连锁图谱。采用区间作图法,对该群体的主要农艺性状的调查数据进行QTL分析,表明与开花期、成熟期、株高、主茎节数、每节荚数、倒状性、种子重、产量、蛋白质和含油量等10个重要农艺性状连锁的QTL位点34个,每个数量性状的遗传变异是由多个QTL位点决定的。与产量有关的农艺性状的一些QTL集中在几个连锁群上。     

籽用西瓜种质资源SSR分析及初级核心种质库构建

采用SSR分子标记技术对50份不同来源的籽用西瓜材料进行遗传多样性研究,并基于SSR分子标记聚类分析采用最小距离逐步抽样法构建籽瓜初级核心种质库。研究表明：（1）从106对SSR随机引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高的31对引物,共得到138条清晰可辨条带,其中多态性条带115条,占83.33%,平均Shannon’s信息指数(I）为0.419 3,平均Nei’s多样指数(h）为0.272 4,平均有效等位基因数(N_e）为1.458 0,平均等位基因数(N_a）为1.981 4,说明50份籽瓜种质具有丰富的遗传多样性。（2）用NTsys2.10e软件对种质资源聚类分析表明,种质间的遗传相似系数介于0.57~0.91之间,其中来源地相同的个别种质间遗传相似系数却很小,而来源地不同的个别种质间的遗传相似系数却很高。（3）采用最小距离逐步抽样法,按70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%的比例抽样后,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显,但各抽样比例相比,以抽样比例20%获得10份初选种质的 N_e、 h和 I达到最高值,说明抽样20%构建的初级核心种质对原始种质具有很好的代表性。     

甘蔗杂交品种核心种质重要农艺性状评价及亲缘关系分析

以107份甘蔗杂交品种核心种质为研究材料,ROC22为对照品种,通过新植和宿根2年的田间试验,对蔗茎公顷产量、甘蔗蔗糖分、公顷含糖量等性状进行最小显著差数法(LSD)两两比较和Duncan多重比较评价,筛选优异材料,利用SSR分子标记建立优异材料与我国骨干亲本的亲缘关系。结果表明36份材料在蔗茎公顷产量、甘蔗蔗糖分、公顷含糖量等指标上优于对照品种,可作为亲本进行杂交,且蔗茎公顷产量对公顷含糖量的影响远大于甘蔗蔗糖分对公顷含糖量的影响;20对SSR引物扩增得到292个标记,其中283个为多态性标记;优异材料与我国骨干亲本相似性系数范围在0.384~0.590之间,平均为0.437,存在较大的遗传差异;UPGMA聚类可将所有材料划分为5个类群,蔗茎公顷产量和公顷含糖量表现优异的材料在各类群都有分布,甘蔗蔗糖分表现优异的材料主要集中在Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ类群,Ⅲ类群更集中;本研究为甘蔗种质创新、遗传育种提供了优异亲本材料,为杂交组合的配制提供重要指导。     

不同来源大豆同名品种"满仓金"表现型及SSR标记的异同性分析

以国家种质库中保存的不同来源的大豆同名品种满仓金及与其有亲缘关系的种质共28份为实验材料,时其SSR分子标记及农艺性状进行比较分析,目的是检测种质库中保存的同名品种之间的差异程度,为大豆种质资源的保存、研究与利用以及构建大豆棱心种质提供理论依据。研究结果表明,在28份种质23个SSR位点共检测出151个等位变异,利用其中的5个位点可将28份种质区分开。通过对SSR数据及农艺性状的分析比较,发现利用两种不同类型数据对材料进行分析,既有相同的趋势又存在差异,将不同类型数据结合起来使用能比较全面地阐明品种之间的遗传关系。根据结果推测,全国统一编号分别为ZDD00078、ZDD00924的满仓金与黄宝珠和金元有密切的血缘关系,其他不同来源的满仓金之间差异较大,无遗传一致性,也具有保存价值。     

利用ISSR分子标记构建濒危植物水青树核心种质

基于全国26个居群的174份水青树Tetracentron sinense种质,利用14条ISSR引物,采用UPGMA聚类法进行多次逐步聚类,利用三种取样策略(随机取样策略、位点优先取样策略和偏离度取样策略)构建初始核心种质,并将各遗传多样性指标进行比较分析,从而确定构建水青树核心种质的最佳方法。利用14条ISSR引物扩增出180个条带,其观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)与Shannon信息指数(I)分别为1.6944、1.3912、0.2321和0.3509,说明水青树具有较低的遗传多样性。采用位点优先取样策略构建的核心种质各遗传多样性指数均大于随机取样策略和偏离度取样策略。利用位点优先取样策略构建了78 份核心种质资源,保留了44.83%原种质样品,遗传多样性指数Na、Ne、H和I的保留率分别为98.69%、100.01%、99.27%和98.67%,比较完好地保留了原种质的遗传多样性和遗传变异。因此,位点优先取样策略是构建水青树核心种质的最佳取样策略。     

贵州核桃核心种质筛选与构建研究北大核心CSCD

为了更好地构建贵州核桃核心种质,该研究以245份贵州核桃种质资源为试材,利用数量性状的遗传变异数据,对其构建方法进行了探索;采用随机取样策略、偏离度取样策略和位点优先取样策略,结合8个取样比例(5%、10%、15%、20%、25%、30%、40%和50%),进行多次聚类构建核心种质;将核心种质与原种质和保留种质进行t检验比较来评价核心种质,并用主成分分析法和表型性状对核心种质进行确认。结果表明:(1)选取偏离度取样策略,总体取样比例为50%,构建出131份贵州核桃核心种质资源。(2)对种质资源核心库13个数量性状进行主成分分析,其累计贡献率达到76.48%,主成分图中核桃核心种质与原种质的分布较为相似,表明核心种质有效地保存了核桃原种质的遗传结构,并有效避免了种质的冗余。(3)在欧氏距离结合组间联接法的聚类条件下,偏离度取样策略是构建贵州核桃核心种质的最佳方法。     

利用分子标记和数量性状基因型值构建作物核心种质库的研究

提出了一种基于分子标记数据及数量性状基因型值构建作物种质资源核心种质库的方法.采用包括基因型与环境互作的遗传模型及相应的混合线性模型统计分析方法,无偏预测各材料的基因型值,分别用基因型值和分子标记数据计算个体间的相似系数,加权得到最终的相似距离.采用不加权类平均法（UPGMA）进行系统聚类,用多次聚类随机取样法构建核心种质库.以水稻DH群体111个基因型8个农艺性状、175个分子标记位点的数据为实例,按四种抽样比率（25%,20%,15%,10%）构建了四个核心种质库,比较了核心种质库与整个群体的分子标记多样性及数量性状的遗传变异,评价了所用方法的有效性。     

利用SSR分子标记检测黄淮夏大豆(Glycine max)初选核心样本的代表性

作物核心种质是用最小的样本代表其全部遗传资源的最大遗传多样性。为了检测大豆初选核心样本取样的代表性,本研究从黄淮夏大豆初选核心样本中,随机选取两个类群,其材料数分别为20份和14份;从保留种质的相应奥群中,分别随机选取6份和5份,共计45份材料,进行14个农艺性状和20对SSR引物的分析。对两组材料进行农艺性状聚类．保菌种质与初选核心种质聚在了一起;利用SSR分子标记数据聚类,也得到了相同的结果。初选核心样本两个类群材料的等位变异数分别为129个,136个;保留种质相应类群材料的等位变异分别为76个,71个;初选核心种质两个类群材料分别包合了整个资源86.00％和86．62％的遗传多样性。本研究为大豆核心种质构建及检测提供分子水平的依据。     

基于SRAP分子标记的材用云南松种质保存库构建策略

以云南松（Pinus yunnanensis Franch.）全分布区内干形优良的780株样株作为原种质,基于SRAP分析的位点作为种质保存库构建数据,设10%、20%、30%、40% 4个抽样比例,采用改进的最小距离逐步取样法构建其种质子集。结果显示：种质子集的多态位点保留率均在90%以上且等位基因保留率皆大于95%,5个遗传多样性评价参数最小值均为10%抽样比例种质子集,且该子集居群内的遗传多样性小于原种质;在种质子集与原种质的均值t检验中,10%抽样比例种质子集有2个指标与原种质间存在显著差异;方差F检验中,20%和10%抽样比例种质子集的分别有1个和6个遗传多样性指标与原种质有显著差异且方差小于原种质;种质子集的遗传多样性均值与原种质的相关系数全部达到0.99以上,40%和30%抽样比例种质子集的遗传多样性方差与原种质的相关系数均大于0.80;30%抽样比例种质保存库的平均遗传距离较原种质提高了52.16%,保持了原种质的方差分量分配模式,以较大的遗传距离实现了与原种质相似的聚类。本研究确认30%抽样比例种质保存库可以作为材用云南松种质资源的代表性子集。     

Genetic structure and a selected core set of Brazilian soybean cultivars

Soybean is one of the most valuable and profitable oil crop species and a thorough knowledge of the genetic structure of this crop is necessary for developing the best breeding strategies. In this study, a representative collection of soybean cultivars recommended for farming in all Brazilian regions was genotyped using 27 simple sequence repeat (SSR) loci. A total of 130 alleles were detected, with an average allelic number of 4.81 per locus. These alleles determined the core set that best represented this soybean germplasm. The Bayesian analysis revealed the presence of two clusters or subgroups within the whole collection (435 soybean cultivars) and the core set (31 entries). Cultivars of similar origin (ancestral) were clustered into the same groups in both analyses. The genetic diversity parameters, based on the SSR loci, revealed high similarity between the whole collection and core set. Differences between the two clusters detected in the core set were attributed more to the frequency of their ancestors than to their genetic base. In terms of ancestry, divergent groups were presented and a panel is shown which may foster efficient breeding programs and aid soybean breeders in planning reliable crossings in the development of new varieties.     

橡胶树栽培种质农艺性状的相关性和聚类分析

以我国国家橡胶树种质资源圃保存的119份橡胶树栽培种为材料,对叶蓬形状、叶面绿色程度等21个农艺性状进行比较分析。结果表明,遗传多样性指数平均值为0.83,叶痕形状最高为1.20,蜜腺表面形态为0.27,且性状数据分布集中;各性状中变异系数最大的大叶柄形状为60.03,蜜腺表面形态最小为9.08,平均值为33.88;叶面绿色程度和叶面光泽度、叶片形状与叶片基部形状等7对性状相关性极显著;21个性状可聚为2大类,119份供试材料中,同一品种来源地、亲本和子代、具有类似品种特性(抗寒性)等类型的品种聚为一类。分析结果可供橡胶树种质资源鉴定和杂交亲本选配参考。     

小豆种质资源农艺性状综合鉴定与评价

通过田间观测和室内分析,对来自全国各生态区的262份小豆优异种质资源连续2年进行了农艺性状鉴定及综合评价。结果表明:262份小豆微核心种质资源在考察的16个形态学性状中均具有丰富的遗传变异类型;不同年份间生态环境尤其是光照条件对小豆农艺性状影响较大;主成分分析确定了3类影响因子,表明小豆资源的选育要集中在生长势良好(生育日数较短、株高较矮),单株荚数和单荚粒数多的地方品种;聚类分析结果显示在相似系数为0.40时可将参试材料分为5大类群,各类群间性状差异明显;群体性状表现与地理来源之间没有直接的关系。     

基于SSR标记对33份烟草材料的聚类分析

利用与烟草赤星病抗性连锁的6对SSR标记和随机选取的21对SSR标记,对33份具有不同赤星病抗性的烟草种质资源的遗传关系进行了分析。结果表明:基于3个烟草赤星病抗性QTL两侧的6个SSR标记可以较好地将抗病品种和感病品种区分开来。在遗传相似系数（GS）为0.44的水平上,可将33个烟草品种分为4个类群:具有净叶黄（国内）和Beinhart-1000（美国）赤星病抗源的烟草品种聚为一类（Ⅰ类）;抗赤星病的CV系列烟草品种聚为一类（Ⅱ类）;长脖黄、G140、NC82等感病品种聚为一类（Ⅲ类）;香甜烟草（N.suaveolens）单独聚为一类（Ⅳ类）。基于随机选取的SSR标记的聚类结果则不能看出与赤星病抗性的联系。     

基于遗传多样性构建金针菇的核心种质群体及分子身份证

金针菇Flammulina filiformis是我国产量最高的工厂化栽培食用菌.为提高优良工厂化栽培金针菇种质的育种效率,本研究以国内外收集的105份金针菇种质为材料,开展体细胞不亲和评价,并采用SSR分子标记的方法对所有种质进行遗传多样性分析和聚类分析.20对SSR引物在105份种质中共扩增得到209个等位基因位点...     

基于表型性状和SSR分子标记的云南省水稻主要育成品种（系）的遗传相似性分析

为了揭示云南省水稻主要育成品种（系）的遗传相似性。本文利用株高等17个表型性状和48个微卫星（SSR）分子标记,对云南省18个育种部门（或课题组）60年代以来选育的40个品种（系）进行遗传相似性评价。结果显示表型遗传相似性低于DNA水平。40个品种（系）基于17个表型性状的平均遗传相似系数为0.244,籼型为0.289,粳型为0.309,籼粳亚种间为0.162;基于48个SSR分子标记的平均遗传相似系数为0.383,籼型为0.318,粳型为0.478,籼粳亚种间为0.267。48个SSR分子标记共检测到等位基因214个,每个标记2～8,平均4.458个;平均有效等位基因数为2.8336,变幅为1.1515～5.2981;多态性信息含量（PIC）平均值为0.6058,变幅为0.2118～0.8816;基因型多样性指数（H′）平均值为1.1328,变幅为0.3768～1.8087。RM84、RM249、RM152、RM222和RM528是评价云南省水稻选育品种（系）遗传相似性比较理想的SSR分子标记。聚类分析显示,云南省水稻主要选育品种（系）表现为亚种间遗传差异明显,亚种内遗传差异较小,粳型遗传相似性高于籼型。表明云南省选育的粳型品种（系）遗传多样性低,且同一育种部门（或育种人）选育的品种遗传相似度高。     

Genetic diversity in a world germplasm collection of tall fescue

Festuca arundinacea Schreb., commonly known as tall fescue, is a major forage crop in temperate regions. Recently, a molecular analysis of different accessions of a world germplasm collection of tall fescue has demonstrated that it contains different species from the genus Festuca and allowed their rapid classification into the three major morphotypes (Continental, Mediterranean and Rhizomatous). In this study, we explored the genetic diversity of 161 accessions of Festuca species from 29 countries, including 28 accessions of INTA (Argentina), by analyzing 15 polymorphic SSR markers by capillary electrophoresis. These molecular markers allowed us to detect a total of 214 alleles. The number of alleles per locus varied between 5 and 24, and the values of polymorphic information content ranged from 0.627 to 0.840. In addition, the accessions analyzed by flow cytometry showed different ploidy levels (diploid, tetraploid, hexaploid and octaploid), placing in evidence that the world germplasm collection consisted of multiple species, as previously suggested. Interestingly, almost all accessions of INTA germplasm collection were true hexaploid tall fescue, belonging to two eco-geographic races (Continental and Mediterranean). Finally, the data presented revealed an ample genetic diversity of tall fescue showing the importance of preserving the INTA collection for future breeding programs.     

玉米SSR遗传图谱的构建及产量性状基因定位

利用中国农大培育的高产,多抗性玉米杂交组合农大3138的F2：3家系为材料,构建了具有80对SSR标记的玉米遗传图谱,标记间平均距离25．42,覆盖玉米基因组的2033.4cm,采用随机区组田间设计,考察了230个家系的穗长,秃尖长,穗粗,穗行数,千粒重,穗重,单株粒重,利用区间作图法分析了影响各性状的数量性状基因座位（QTL）,共检测到30个QTLs,单个性状的QTLs为3－5个,QTLs解释变异量占总变异量的比例变化范围为9．5％－55．3％。     

Genetic diversity in a collection of old and new bread wheat cultivars from Iran as revealed by simple sequence repeat-based analysis

Genetic diversity in a collection of 70 bread wheat ( Triticum aestivum ) genotypes was studied using 73 microsatellite [simple sequence repeat (SSR)] loci evenly spaced on wheat chromosomes. A total of 592 alleles with an average of 8.53 allele/locus were detected, of which 185 (31.25%) occurred only in a specific group of genotypes. A set of SSR markers consisted of 22 loci with polymorphic information content values of 0.80 or higher were selected for rapid fingerprinting of many genotypes. Average of gene diversity was 0.74 ± 0.017, and significant difference between observed and maximum theoretical values of gene diversity in the analysed SSR loci was obtained using a paired t -test. Genetic distance-based clustering methods including unweighted pair group method with arithmetic average and neighbour joining (NJ) were used for grouping of genotypes. The resulted dendrogram based on NJ and number of differences coefficient hinted of the existence of three groups. This grouping was in agreement with the pedigree information and confirmed by high within-group bootstrap value. A comparatively higher genetic diversity in the studied wheat collection as revealed by presence of high allelic diversity and large number of specific alleles could be utilised in development of new cultivars with desired characteristics.