微量全血快速检测乙肝病毒基因亚型

选用特殊血液标本裂解液,可有效除去血液中对Taq酶有抑制作用的物质血叶啉,微量指尖全血标本即可满足检测需要,可取代血清检测HBV基因亚型．     

人感染H7亚型禽流感事件

本研究综述了自1959年以来国内外发生的人感染H7亚型禽流感事件。大多数是在家禽爆发禽流感期间,农场工人在处置感染鸡群过程中被暴露而感染;也有曾接触活禽或曾到过活禽市场而感染;有经禽流感病毒致病的哺乳动物（海豹）感染于人或实验室感染（事故）所致。引起人感染的H7亚型中已知有H7N2、H7N3、H7N7以及2013年在中国发现的新的致病亚型H7N9。H7N2、H7N3、H7N7感染以结膜炎为主,大多为轻症;而H7N9感染以严重的呼吸道感染为特征,表现为重症肺炎,呼吸窘迫综合症,病死率高达33.6%。     

乙肝病毒表面抗原基因在人参细胞中的表达

为获得表达乙肝病毒表面抗原(HBsAg)的人参细胞系,构建携带HBsAg基因的植物细胞表达载体pBIBSa,采用以农杆菌LBA4404感染的方法,经G418筛选后得到13株具有抗性的人参细胞.提取基因组DNA进行PCR反应,其中8株得到约700bp的HBsAg基因片段;提取mRNA进行RT-PCR反应,其中6株得到约700bp的HBsAg基因片段;用ELISA方法检测HBsAg,6株均为阳性.每克人参细胞中最高含HBsAg184 ng,占细胞可溶性蛋白的0.009%.免疫组化切片染色显示HBsAg主要分布在细胞膜上,少量位于细胞核中.这些结果表明人参细胞整合了HBsAg基因,并能稳定表达HBsAg.     

马铃薯class I patatin基因家族的一个新亚型

马铃薯ｃｌａｓｓⅠ与ｃｌａｓｓⅡｐａｔａｔｉｎ基因是具有不同组织表达专一性的一个多基因家族。用马铃薯ｃｌａｓｓⅡｐａｔａｔｉｎ启动子为探针,从中国马铃薯栽培品种“东农３０３”基因文库中筛选到一个ｃｌａｓｓⅠｐａｔａｔｉｎ基因。测定其ＤＮＡ顺序１．８ｋｂ;它包括ｐａｔａｔｉｎ基因５＇侧翼区１４０７ｂｐ、结构基因３６３ｂｐ。根据５＇端非翻译区顺序,它属ｃｌａｓｓⅠｐａｔａｔｉｎ基因。该基因的５＇侧翼区     

乙肝病毒突变核心蛋白基因的克隆及序列分析

目的克隆发生长片段缺失的乙肝病毒核心蛋白基因（HBV-C）,并对其进行DNA序列和蛋白质结构分析。方法通过PCR从1株乙型肝炎病毒中扩增得到发生长片段缺失的HBV-C基因,利用TA克隆将PCR产物克隆人pUCm—T载体并进行测序、同源性比较和蛋白质结构分析。结果PCR扩增出的HBV-C基因经序列分析表明长度为454bp,其核苷酸序列缺失了220—317bp之间的98个碱基,造成从74个氨基酸起发生移码突变。结论成功克隆发生长片段缺失的HBV-C基因,为表达及功能研究奠定了基础。     

Adr亚型乙型肝炎病毒核心抗原基因的全顺序分析

采用定点克隆与随机克隆相结合的实验设计,用α~(35)S-dATP标记,以末端终止法测定了adr亚型乙型肝炎病毒DNA核心抗原基因的全顺序,包括终止密码子在内基因全长552核苷酸,编码由183氨基酸组成的多肽,计算分子量21000dlt。与日本及上海等实验室报道的adr亚型HBcAg基因比较,核苷酸点突变1.3—1.8％,由点突变导致的错义氨基酸突变有一处,占全部编码氨基酸的0.5％。与adw及ayw亚型比较,核苷酸点突变占全部核苷酸的9.8—10.9％,导致的错义突变占全部编码氨基酸的3.3—4.4％,并对eAg基因的定位进行了讨论。     

上海地区HIV毒株基因亚型分布及原发基因耐药的分子流行病学研究

本文通过对未经抗病毒治疗患者的人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）毒株进行检测,了解上海地区HIV-1的亚型分布及原发耐药基因变异现状。对118例未经治疗的HIV感染者其标本中HIV蛋白酶全长和部分反转录酶基因进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增,经DNA测序后进行系统进化树分析和重组分析,以确定HIV-1基因亚型和重组体,并与斯坦福耐药数据库比对,了解耐药性突变位点。使用斯坦福REGA HIV亚型分型工具和美国国立生物技术信息中心（NCBI）HIV亚型分析工具分析亚型,获得118例患者的HIV基因序列,基因分型分别为CRF01_AE重组体57例(48.3%)、B亚型36例(30.5%)、CRF07_BC 15例 (12.7%)、CRF08_BC 7例(5.9%)、C亚型2例(1.7%),亚型间或重组体间二重重组体(B/CRF01_A E)1例(0.8%)。蛋白酶抑制剂(PI)和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率达54.2%（64/118）,其中2例（1.7%）发生PI耐药,基因突变位点：M46L、Q58E。5例(4.1%)对反转录酶抑制剂产生耐药,其中对核苷类反转录酶抑制剂（NRTI）和非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）的耐药率分别为3例(2.4%)和5例(4.1%)。基因突变位点：NRTI为M41L、D67N、T69I/N/S、K70L、L74V、V75L、V118I、M184V、L210W/F/M/S和T215F;NNRTI为V90I、L100V、K103R/N、V106M/P/I/G、E138G/A、V179E/D/T、Y181C、G190A、H221Y、F227L、K238S和Y318F。结果提示,上海地区HIV毒株以CRF01_AE重组亚型为主,且发现新的重组体,可能出现新重组体流行的趋势。PI和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率较高,且存在高度原发耐药毒株,应加强HIV-1耐药基因变异监测,科学、合理地给予抗病毒治疗。     

2009～2010年北京儿童腹泻中轮状病毒新VP4基因亚型的研究

P[8]b基因亚型是国内外新近发现的A组人轮状病毒(HRV)VP4基因的一种新亚型,本研究旨在建立有效鉴别HRV P[8]a和P[8]b基因亚型及P[4]和P[6]基因型的VP4基因打点杂交分型方法,并运用此方法对2009～2010年首都儿科研究所附属儿童医院门诊及住院腹泻患儿中P[8]b基因亚型HRV的流行情况及其G/P基因组合情况进行研究。通过对GenBank序列数据库可检索到的国内外HRV各种P基因型及亚型的VP4基因序列应用相关软件进行基因分析,在不同基因型别间核苷酸变异密集而相同P基因型内核苷酸高度保守的的位置设计各型别探针,并分别以本实验室上传GenBank的北京HRV地方株P[4]和P[6]基因型及P[8]a和P[8]b亚型的VP4基因作为相应型别探针的合成引物的设计模板及探针经PCR合成的合成模板,合成地高辛素标记的DNA探针。经测序验证所建立的VP4基因杂交分型方法结果可靠。对门诊88例(55%,88/160)及住院79例(70.5%,79/112)HRV腹泻患儿的P分型结果显示P[8]a亚型仍为主要型别,前者为96.6%(85/88),而后者为62.0%(49/79);P[8]b亚型在住院HRV感染腹泻患儿中占较高比例(27.9%,22/79),虽然其在门诊HRV感染患儿中也存在,但仅占2.3%(2/88);另外单纯P[4]基因型HRV感染仅在住院腹泻患儿中检测到1例(1.3%,1/79),而P[6]基因型在门诊及住院HRV感染腹泻患儿中均未检测到;本组标本中HRV P[8]b亚型主要与G9基因型组合。本研究表明G9P[8]b型HRV在北京腹泻儿童中有流行。     

鲤浮肿病毒Ⅱb基因亚型的鉴定

2018年6月,河南某鲤养殖场部分池塘暴发鲤急性烂鳃病疫情,发病水温25℃,死亡率为50％.从该养殖场分别采集发病鲤和无症状鲤共4个样品进行鱼体解剖、细菌和寄生虫检测、病理组织观察、PCR检测和系统进化分析.结果显示,发病鲤鱼体出血、头萎缩变形、吻端与鼻之间凹陷、头部骨骼不平整、体色发黑、鳃边发白坏死,肾脏肿大至鳔间隔;组织病理学检查可见鳃小片间隙及鳃小片顶端大量细胞增生,鳃丝呈棒状;病鱼体表和鳃中并未见任何寄生虫,细菌学检测也未分离到任何与鲤烂鳃病相关的病原菌;Real-time PCR和nested PCR方法从发病鲤和无症状鲤中检出鲤浮肿病毒(Carp edema virus,CEV)核酸阳性;基于CEV P4a的357 bp基因片段的遗传进化分析结果表明,本次试验检测到两种基因亚型CEV,从发病鲤中检出Ⅱa基因亚型CEV,从无症状鲤中检出Ⅱb基因亚型CEV,这是中国首次报道检出Ⅱb基因亚型CEV.     

苍白螺旋体基因亚型研究及其意义

苍白螺旋体(Treponema pallidum,Tp)是引起梅毒的病原体,几乎可侵犯全身各个组织和器官,导致组织器官损伤,甚至引起感染者死亡.梅毒在许多发展中国家高度流行,在发达国家社会经济地位较低人群中仍为一重要的公共卫生问题.有关研究肯定梅毒是增加人类免疫缺陷病毒(humanimmunodeficiency virus,HIV)传播的危险因素,因而对Tp的研究愈加受到重视.     

雌激素受体亚型及其配体调节基因转录机制的研究

本文综述雌激素受体亚型（ERα和ERβ）的结构,功能,组织分布,生理作用及雌激素受体配体调节基因转录的机制,目的是深入系统地了解植物雌激素和选择性雌激素受体调节剂的作用路径及其组织特异性的发生机制,最终为提高雌激素类药物的选择性,优化以临床为基础的药物设计提供一条较为系统的思路。结果表明,ERα和ERβ对不同雌激素类化合物产生不同应答,配体的结构不同,调节基因转录的路径不同和募集的辅调节蛋白的不同是雌激素受体两种亚型组织特异性激活或抑制的主要原因。     

马铃薯classⅠpatatin基因家族的一个新亚型

马铃薯class Ⅰ与classⅡ patatin基因是具有不同组织表达专一性的一个多基因家族。用马铃薯classⅡ patatin启动子为探针,从中国马铃薯(Solanum tuberosum)栽培品种“东农303”基因文库中筛选到一个classⅠpatatin基因。测定其DNA顺序1.8kb;它包括patatin基因5′侧翼区1407bD、结构基因363bp。根据5′端非翻译区顺序,它属classⅠpatatin基因。该基因的5′侧翼区同已报道6种classⅠpatatin基因亚型5′侧翼区之间存在较大片段的缺失与插入,它可能是一新的classⅠpatatin亚型。     

乙肝病毒感染与肝细胞癌

原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是严重威胁人类健康的恶性肿瘤之一.HCC患者中1/3有慢性乙肝病史.目前研究已经证实,乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)感染是HCC发生的最危险因素.HBV致癌机制尚未明确,可能涉及病毒与宿主及环境的多阶段、多机制复杂过程.目前研究认为一些HBV相关的因素可能与HCC发生有关,如HBsAg状态、HBV DNA载量、HBV DNA基因型、前核心区和核心启动子区突变等.本文就目前一些流行病学因素及分子因素研究阐述如下.     

张家口地区献血者隐匿性乙肝病毒感染研究

目的:对张家口地区无偿献血者中隐匿性乙肝病毒感染情况进行流行病学调查,为当地血液安全筛查提供指导意义.方法:应用HBsAg ELISA检测试剂盒对回库无偿献血者标本进行检测;对血浆标本采用nested-PCR技术进行HBV核酸检测;对阳性标本进行HBVDNA序列分析.结果:在总计5498例次标本的检测中,共有5417例为HBsAg阴性;HBsAg阴性标本中nested-PCR方法检出13例HBV DNA阳性(0.24％,13/5417);测序结果显示隐匿性HBV感染者中C基因型所占的比例为61.5％(10/16),明显高于HBsAg阳性的HBV感染者(28.2％,11/39,P＜0.01).结论:张家口地区无偿献血者中存在较高比例的隐匿性乙肝病毒感染.     

湖南湖北两省H6亚型禽流感病毒表面基因的序列分析

2008年至2009年间,在湖南和湖北两省的活禽市场中分离到了14株H6亚型禽流感病毒,为了解这14株病毒之间的分子特征和差异,我们运用PCR和测序鉴定对这14株病毒的NA基因进行了分型,并对其表面基因HA和NA进行序列测定及序列分析.14株H6亚型病毒中,H6N2亚型12株,H6N6亚型2株.序列测定和进化分析结果显示:DK/HN/284的HA基因与其它13株的HA差异性较大,差异性达到19.4%～20.2%,其余13株毒同源性在94.2%～99.9%;N2亚型NA基因的同源性在91.1%～99.9%,差异性比较大;两株N6亚型NA基因同源性为89.5%,差异明显.这些数据表明:不同毒株呈现一定的地域性差异.与我国周边其它地区的H6亚型禽流感毒株序列进行比较发现,只有DK/HN/284的HA基因与香港早期的毒株可能有着共同的来源,其余都与香港和韩国等的毒株有着较大的差异性,并且各个毒株的HA基因上潜在的糖基化位点和受体结合位点也有所不同,这些数据表明,这些毒株表现出明显的异源性.     

HBV新亚型中C基因片段的B/C型结构分析

乙型肝炎是严重威胁人类健康的疾病之一。分析乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)的进化过程,可以获得HBV序列间的亲疏进化关系,进而为乙型肝炎的预测、治疗等方面研究提供依据。为了研究乙肝病毒样本的基因亚型,本文使用序列分析方法对采集到的临床HBV序列和公共核酸数据库的HBV数据集进行系统进化树构建和序列结构分析。结果显示,样本中有一条克隆序列的C基因区域是一种新的HBV B/C混合亚型。并且,实验结果还验证了云南省西双版纳州HBV新亚型HBV/B6的存在。本文的实验结论对云南省少数民族聚居地区乙型肝炎病毒的系统进化研究具有一定的价值。     

我国汉坦病毒基因型和基因亚型的分布研究

为了搞清全国汉坦病毒的基因型和亚型的分布情况,广泛收集了全国各地汉坦病毒毒株、阳性病人血清和阳性鼠肺,并应用RT-PCR的方法,应用汉坦病毒型特异性引物,对这些不同来源的阳性标本中汉坦病毒型特异性M和S片段进行扩增和测序,并与其它已知病毒序列进行比较,以明确其型别和亚型及其在全国的分布情况.结果表明:我国HFRS各疫区仍然为HTNV和SEOV两型病毒,但亚型分布差异较大,其中HTNV可分为9个亚型,SEOV则有4～6个亚型.Q32株的部分M和S片段分属于H9和H2亚型,是一个基因重排病毒,而Nc167株在系统发生上与其它HTNV明显不同,比较核苷酸序列发现,其M片段与其它HTNV的同源性在71.3%～76.7%之间,S片段与其它HTNV的同源性只有52.3%～57.8%,可能是一个新型病毒.     

2020年银川市HIV-1感染者基因亚型及耐药分析

为了解银川市接受抗病毒治疗的HIV-1感染者基因亚型和耐药突变特征。收集2020年银川市接受抗病毒治疗的HIV-1感染者血样,其中病毒载量大于400拷贝/mL的样本进行基因型耐药检测,通过巢式聚合酶链反应（PCR）扩增HIV-1 pol基因区片段并测序,对所得序列进行基因分型和耐药突变分析。收集642例血浆样本,50例病毒载量大于400拷贝/mL,基因型耐药检测后获得29例pol区基因序列。17例耐药,3例潜在耐药,总体耐药率为2.65%(17/642)。CRF07＿BC和CRF01＿AE是耐药株的主要基因亚型。NRTIs类耐药突变中,M184V/I(31.03%)突变发生率最高,其次为K65R(17.24%)。3TC、FTC和ABC耐药发生率最高,均为37.93%(11/29)。NNRTIs类耐药突变中,G190A/S/E、V179D/DE/E突变发生率最高,均为24.14%;K103N/KN(17.24%)次之。EFV和NVP耐药发生率最高,均为58.62%(17/29)。2020年银川市新型重组亚型增加,首次检出CRF79＿0107。总体耐药率处于低水平,以NNRTIs耐药为主,...