构建分子标记连锁图谱的图论构图方法

结合统计学、遗传学和图论原理,建立了一种新的分子标记连锁图谱构建的方法,即图论构图法．应用这种方法,从７７个家蚕ＲＡＰＤ标记位点中构建了７个标记位点的两个连锁群．与ＭＡＰＭＡＲＫＥＲ程序所构建的结果相比表明,图论构图法具有更为可靠的构图效果．     

中国明对虾AFLP分子标记遗传连锁图谱的构建

以中国明对虾抗WSSV(白斑综合症病毒,WhiteSpotSyndromeVirus)选育群体第四代为母本,野生中国明对虾为父本,采用单对杂交方式产生F1代,F1代个体姊妹交产生F2代共42个个体为做图群体。62对AFLP选择性引物组合共产生529个分离位点,符合1∶1孟德尔分离类型位点共253个,3∶1孟德尔分离类型位点共276个。利用拟测交理论分别构建中国明对虾雌虾、雄虾的遗传连锁图谱,利用F2自交模型构建共同的AFLP分子标记连锁图谱。三张连锁图上分别有31、25和44个连锁群,图谱分辨率为分别为2.4cM、2.4cM和2.1cM。标记间隔距离分别为12.20cM、11.45cM和11.12cM图谱覆盖率分别达到50.21%、51.93%和48.08%。能够基本满足进行QTL(数量性状位点,QuantitativeTraitLocus)定位的需要。将该图谱和其他对虾类遗传连锁图谱进行了比较分析,探讨了利用相关分子标记将已有图谱进行整合的可能。     

DNA分子标记和基因定位

总结了现代分子生物学所发展出来的各类分子标记,并对分子标记应用的一个重要方面－－基因定位进行了详细阐述。     

分子标记在烟草性状连锁基因定位中的应用进展简

简要综述了分子标记在烟草性状连锁基因定位中的应用进展,包括烟草化学、普通农艺和抗病性等性状,讨论了其存在的问题及应用前景,以期为分子标记应用于烟草性状连锁基因定位和特色优质烟叶育种分子标记辅助选择研究的进一步发展提供借鉴。     

利用RAPD标记构建美洲黑杨×欧美杨分子标记连锁图谱

本文利用RAPD标记和美洲黑杨(Populusdeltoides)×欧美杨(P.euramericana)的F1 群体 ,构建了美洲黑杨×欧美杨的分子标记连锁图谱。实验过程中对1040个寡核苷酸随机引物进行了重复筛选 ,共选出127个引物用于作图群体(包括双亲共92个无性系)的随机扩增 ,这127个引物产生229个多态基因座 ,其中符合“拟测交”1∶1分离的有214个。利用多点连锁分析 ,形成19个连锁群及6个三连体和14个连锁对。由19个连锁群构成的图谱含标记129个 ,总图距为1914 2cM ,覆盖杨树基因组约73 62 %。标记间的平均间距为14 84cM。本研究获得了中等密度的美洲黑杨×欧美杨的一个连锁框架。     

利用RAPD标记构建响叶杨和银白杨分子标记连锁图谱

利用ＲＡＰＤ标记响叶杨（ Ｐｏｐｕｌｕｓ ａｄｅｎｏｐｏｄａ Ｍａｘｉｍ ．） ×银白杨（ Ｐ． ａｌｂａ Ｌ．） 的Ｆ１ 群体,按照拟测交的作图策略,分别构建了响叶杨和银白杨的分子标记连锁图谱。实验过程中对６００ 个随机的寡核苷酸引物进行了重复筛选,共选出１２８ 个引物用于作图群体的随机扩增,选择符合１∶１ 分离的拟测交位点。作图群体大小为８２ 个单株（ 包括双亲） 。结果获得了３２６ 个拟测交分离位点和７ 个３∶１ 分离位点。拟测交位点中有２３８ 个位点来源于银白杨,有８８个位点来源于响叶杨。经偏分离检测,用于银白杨作图的位点共计２１２ 个（２６ 个位点偏分离） ,用于响叶杨作图的位点共计７８ 个（１０ 个位点偏分离） 。利用多点连锁分析,银白杨中有１８９ 个连锁标记构成了２０ 个不同的连锁群（４个以上标记）,６ 个三连体和１６ 个连锁对,连锁标记覆盖的总图距为２４０２ ．４ ｃＭ（ｃｅｎｔｉｍｏｒｇａｎ） 。而响叶杨有４１ 个连锁标记分属于１２ 个不同的连锁群（２ 个以上标记） ,标记覆盖的总图距为４７９ ．４ ｃＭ。获得了中等密度的银白杨连锁图谱和响叶杨图谱的一个连锁框架     

家蚕AFLP分子连锁图谱的构建及绿茧基因定位

利用改进的AFLP技术,对家蚕品系C100和大造的回交一代BC,群体进行连锁图谱的构建。经28对引物组合的选择性扩增,共获得了3956条带,平均每对引物产生141．3条带,获得多态性带只有1018条,多态性带的比率为25．7％。其中693(68．1％)个多态性位点符合1：1孟德尔分离比例。利用Mapmaker／Exp3．0软件进行连锁分析,构建了一张含有408个标记位点、33个连锁群、总图距为3676．7cM的连锁图谱,并将绿茧基因定位在该图谱的22连锁群上,表明该连锁群与家蚕经典遗传学的第15染色体相对应。     

利用RAPD标记和单株树大配子体构建马尾松的分子标记连锁图谱

利用300个随机的寡核苷酸引物和马尾松(Pinus massoniana Lamb.)种子的胚乳(大配子体)产生的随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记,进行马尾松标记连锁图谱的构建。经筛选共获得64个稳定的RAPD标记,利用多点连锁分析,其中的48个标记分属于13个不同的连锁群(连锁对),该图谱覆盖的基因组总长度约为692.5cM(centimorgan),标记间平均距离约为14.7cM,它为马尾松连锁图谱的构建提供了一个连锁框架。     

不同作图群体对显隐性分子标记位点的作图效率

根据位点组合和位点的有效性,发展了一种对使用３种不同的作用图群体作图显隐性分子标记的作图效率评价方法,应用该方法所评价的结果是,双单倍体（ＤＨ）群体的作图效率最高,自交群体（Ｆ２群体）与回交群体的作图效率相同,因此使用双单倍体群体作图不仅所用费用低,而且作图速度快,但只有在极少数植物中能获得双单倍体群体,对于那些不能获得双单倍体的动植物物种而言,可使用自交群体或回交群体作图。如果作高密度的分子标记     

Construction of a Genetic Linkage Map and Genetic Analysis of Domestication Related Traits in Mungbean (Vigna radiata)

The genetic differences between mungbean and its presumed wild ancestor were analyzed for domestication related traits by QTL mapping. A genetic linkage map of mungbean was constructed using 430 SSR and EST-SSR markers from mungbean and its related species, and all these markers were mapped onto 11 linkage groups spanning a total of 727.6 cM. The present mungbean map is the first map where the number of linkage groups coincided with the haploid chromosome number of mungbean. In total 105 QTLs and genes for 38 domestication related traits were identified. Compared with the situation in other Vigna crops, many linkage groups have played an important role in the domestication of mungbean. In particular the QTLs with high contribution were distributed on seven out of 11 linkage groups. In addition, a large number of QTLs with small contribution were found. The accumulation of many mutations with large and/or small contribution has contributed to the differentiation between wild and cultivated mungbean. The useful QTLs for seed size, pod dehiscence and pod maturity that have not been found in other Asian Vigna species were identified in mungbean, and these QTLs may play the important role as new gene resources for other Asian Vigna species. The results provide the foundation that will be useful for improvement of mungbean and related legumes.     

RAPD标记构建家蚕分子连锁图

以大造、Ｃ１０８及其Ｆ２群体构建了１个家蚕的ＲＡＰＤ连锁框架图,该图含ＲＡＰＤ标记位点１８２个,来自大造的１０３个标记分属前２３个连锁群,来自Ｃ１０８的７９个标记分属后１６个连锁群,覆盖基因组的总长度为１１４８．３ｃＭ（ｃｅｎｔｉｍｏｒｇａｎ）,它能与本室用同一群体构建的ＳＡＤＦ图谱相整合,亦可与相应的ＲＦＬＰ图谱相互补充。     

中国白菜RAPD分子遗传图谱的构建

以芜菁（Ｂｒａｓｓｉｃａ ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ Ｌ．ｓｓｐ．ｒａｐｉｆｅｒａ Ｍｅｔｚｇ）和结球白菜（Ｂ．ｃａｒｎｐｅｓｔｒｉｓ Ｌ．ｓｓｐ ．Ｐｌｋｉｎｅｎｓｉｓ（Ｌｏｕｒ．）Ｏｉｓｓｏｎ）杂交的Ｆ２群体为试材,采用ＲＡＰＤ标记,用８４个１０核苷酸随机引物构建了白菜的ＲＡＰＤ遗传图谱。该图谱覆盖基因组的１６３２．４ｃＭ（ｃｅｒｔｉ Ｍｏｒｇａｎ）标记间的平均间隔为１６．５ｃＭ。其中最长的连锁群为     

中国白菜RAPD分子遗传图谱的构建

A molecular genetic map of Brassica campestris L. (syn. B. rapa) was constructed based on the segregation of 99 RAPDs (random amplified polymorphic DNAs) markers from eighty-four 10-base random primers using DNA samples extracted from F2 population of turnip (B． campestris L. ssp. rapifera Metzg) × Chinese cabbage (B． campestris L. ssp. pekinensis Lour. Olsson). This genetic map covered 1 632.4 cM (centiMorgan) genome (Kosambi Function) with 16.5 cM mean intervals between flanking markers and defined thirteen linkage groups, in which the longest linkage group is 267.5 cM with 20.6 cM mean interval and the shortest linkage group is 62.2 cM with 15.6 cM mean interval. The size and distribution of linkage groups in this map is similar to other RFLP maps and karyotype data in B. campestris.     

林木遗传连锁图谱构建研究进展与发展方向

本文就目前国内外林木连锁遗传图谱领域的研究进展进行了综述,指出了该领域研究中存在的主要问题,即一方面是作图个体的数量有限,另一方面是采用的标记以随机标记为主,导致了建成的图谱以及利用图谱获得的数量性状基因位点（QTLs）信息具有杂交组合特异性,造成了QTLs的可信度和在林木遗传改良以及标记辅助选择中的实用性降低等现象。针对存在的问题,讨论了根据林木生物学特点选择合适遗传标记的意义,指出进行林木比较作图研究的重要性和必要性。文中接着较为详尽地介绍了国外重要林木表达序列标签（EST）测序项目的研究进展,论述了功能已知和种间高度保守的表达序列标签多态性（ESTP）标记的由来,阐述了获得ESTP标记的主要方法,并指出应当利用ESTP标记进行林木遗传图谱构建、QTL定位和比较作图的研究。文中最后讨论了未来林木遗传图谱构建和QTL定位研究的发展方向,并探讨了我国在该领域取得重大进展的突破口,指出我国应首先进行杨树尤其是中国乡土杨树树种该方面的研究。 Abstract:The research progress in genetic linkage map construction of forest tree species both at home and abroad were reviewed in the paper.Two main problems involved in the field were discussed.One was the limitation of the number of individuals of mapping populations and the other was the random markers mostly employed by the majority of studies.These problems have resulted in crossing combination specificity in the constructed maps and the QTLs located on the basis of the maps.As a result,the QTLs discovered up to now have low credibility and poor practicability in marker-assisted selection.Therefore considering the biological characteristics of forest tree species,the selection of the most suitable genetic markers is crucial to obtain a high quality genetic linkage map,and it is both important and necessary to carry out comparative genetic mapping.Progress in the ongoing expressed sequence tag (EST) sequencing projects were summarized and EST polymorphism (ESTP),the most informative and highly conservative marker with known function,as well as the main ESTP detection techniques were elaborated.It was pointed out that ESTP markers should be integrated into the present studies of genetic linkage map construction,QTL mapping and genome comparative mapping.Finally the future prospects in the fields of genetic linkage map and QTL mapping were discussed.In China,Such studies around Populus,especially in the local Populus species should make a breakthrough in the related fields.     

用AFLP标记快速构建遗传连锁图谱并定位一个新基因tms5

报导了一个分子标记连锁图的快速构建方法。通过对水稻(Oryza sativa L．)“安农S-1”和“南京11”的F2分离群体的AFLP分析找到了142个AFLP标记,用这142个AFLP标记以及已定位的25个SSR标记和5个RFIP标记构建了水稻12个染色体的分子标记连锁图,该图覆盖水稻基因组的1537．4cM,相邻标记间的平均间距为9．0cM,这是在国内建立的第一张AFLP标记连锁图。在建立连锁图谱的同时把一个新基因tms5(水稻温敏核不育基因)定位在第2染色体上。     

用AFLP标记快速构建遗传连锁图谱并定位一个新基因tms5

报导了一个分子标记连锁图的快速构建方法.通过对水稻(Oryza sativa L.)"安农S-1"和"南京11"的F2分离群体的AFLP分析找到了142个AFLP标记,用这142个AFLP标记以及已定位的25个SSR标记和5个RFLP标记构建了水稻12个染色体的分子标记连锁图,该图覆盖水稻基因组的1 537.4 cM,相邻标记间的平均间距为9.0 cM,这是在国内建立的第一张AFLP标记连锁图.在建立连锁图谱的同时把一个新基因tms5 (水稻温敏核不育基因)定位在第2染色体上.     

油菜分子标记图谱构建及抗菌核病性状的QTL定位

以油菜品种０８５（抗菌核病）与湘油１３号杂交得到的Ｆ２代作为作图群体,以ＲＡＰＤ标记来构建油菜连锁图谱。通过对３００个１０－ｍｅｒ随机引物的筛选,共获得２００个多态性ＲＡＰＤ位点。经Ｍａｐｍａｋｅｒ／ＥＸＰ３．０软件处理,构建了１张含１９３个标记位点、１９个连锁群、覆盖长度为１３２４ｃＭ的连锁图谱。在此基础上利用Ｍａｐｍａｋｅｒ／ＱＴＬ １．１将抗菌核病基因定位在第四、八和十四３个连锁群上,即：Ｓ