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宏基因组学诞生于上世纪90年代,是指不经过微生物培养阶段,采用直接提取环境中总DNA的方法,对微生物基因总和进行研究的一门新学科.宏基因组技术的出现,使得人们对占微生物总体99%以上不可培养微生物的研究成为现实,微生物基因的可探测空间显著增大.总的来说,目前宏基因组技术的应用主要分为两个方面:一方面是筛选功能基因,开发具有所需功能的蛋白;另一方面是通过对宏基因组文库进行分析,探讨在各种环境下微生物间相互作用和微生物与周围环境间相互影响的规律,以便我们能更加客观、全面地认识微生物世界.在宏基因组技术的应用范围被不断扩展的同时,围绕着宏基因组文库的构建和筛选、测序和分析等方面的研究已成为宏基因组学发展的主要推动力,宏基因组技术的进步将不断提升其应用价值. 相似文献
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【背景】温度在塑造大尺度的土壤微生物群落方面发挥了重要作用,但目前针对全球不同温度带大尺度土壤微生物多样性方面的研究十分缺乏。【目的】明确不同温度带大尺度土壤微生物组成和功能的差异变化。【方法】从宏观的角度运用宏基因组技术对不同温度带土壤微生物群落的组成和功能进行分析。【结果】细菌的物种多样性随着温度带纬度的升高而增多,真菌的物种多样性在温带最多,在寒带最小且假丝酵母属(Candida)占绝对优势。3个温度带间除物种多样性存在差异外,微生物群落中物种丰度差异也较大,优势属和特殊属各有不同。其中值得注意的是,假单胞菌属(Pseudomonas)和芽孢杆菌属(Bacillus)的丰度在不同温度带间存在显著差异,且随着温度带纬度的升高而增多,而链霉菌属(Streptomyces)、地嗜皮菌属(Geodermatophilus)、红色杆菌属(Rubrobacter)和小单孢菌属(Micromonospora)的丰度随温度带纬度的升高而降低。在功能方面,发现与翻译后修饰、蛋白质周转、伴侣(posttranslational modification, protein turnover, chap... 相似文献
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目前,基于计算机数学方法对基因的功能注释已成为热点及挑战,其中以机器学习方法应用最为广泛。生物信息学家不断提出有效、快速、准确的机器学习方法用于基因功能的注释,极大促进了生物医学的发展。本文就关于机器学习方法在基因功能注释的应用与进展作一综述。主要介绍几种常用的方法,包括支持向量机、k近邻算法、决策树、随机森林、神经网络、马尔科夫随机场、logistic回归、聚类算法和贝叶斯分类器,并对目前机器学习方法应用于基因功能注释时如何选择数据源、如何改进算法以及如何提高预测性能上进行讨论。 相似文献
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基因芯片实验要得到可靠的生物学结论,必须基于优化的实验设计和科学的数据分析。讨论了与基因芯片数据分析方法相关的实验设计方面的几个问题,简述了差异表达分析、聚类分析及功能富集分析等分析方法及其进展,并介绍了部分软件及应用。 相似文献
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Mavromatis K Ivanova NN Chen IM Szeto E Markowitz VM Kyrpides NC 《Standards in genomic sciences》2009,1(1):63-67
The DOE-JGI Microbial Annotation Pipeline (DOE-JGI MAP) supports gene prediction and/or functional annotation of microbial genomes towards comparative analysis with the Integrated Microbial Genome (IMG) system. DOE-JGI MAP annotation is applied on nucleotide sequence datasets included in the IMG-ER (Expert Review) version of IMG via the IMG ER submission site. Users can submit the sequence datasets consisting of one or more contigs in a multi-fasta file. DOE-JGI MAP annotation includes prediction of protein coding and RNA genes, as well as repeats and assignment of product names to these genes. 相似文献
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文化遗产的生物退化与生物降解问题普遍存在。从方法学的角度回顾了针对不同类型文化遗产微生物病害与防治研究中常用的方法和技术,总结了国内外当前所取得的主要研究进展,提出了该领域研究中未来面临的问题和挑战,并展望了应对策略和今后发展趋势。文化遗产微生物研究方法经历了传统培养、显微镜分析、分子生物学技术、酶活性和代谢产物分析以及快速发展的多组学及生物信息学分析等多个阶段,在微生物多样性、群落特征、生理生态学及其退化机理方面的认识已逐渐深入,以文化遗产保护为目标的病害微生物防治技术不断发展。近年来通过新一代测序和宏基因组学技术获得了文化遗产微生物的诸多重要信息,但其作用机理和影响因素的研究还不够。本综述突出了结合传统与现代方法技术开展研究的重要性,旨在为文化遗产微生物学领域研究提供参考和借鉴。 相似文献
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开展雨生红球藻基因组测序研究,对于解读绿藻起源与进化及生物逆境胁迫响应机制,以及推动雨生红球藻产业发展都具有重要意义。利用Illumina Hiseq 2500对雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)进行高通量测序,获得低覆盖度全基因组草图。通过计算k-mer分布预测该基因组草图大小约为547Mb,GC含量为59.2%,为纯合或单倍体。共得到11 059个预测基因,平均基因长度为1 711bp,平均CDS长度为681bp;平均每个基因包含3.2个外显子,外显子的平均长度为353bp。代谢通路分析表明,具有完整的糖酵解、三羧酸循环、磷酸戊糖途径、嘌呤和嘧啶合成等基本代谢通路。 相似文献
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miRNA研究方法进展 总被引:4,自引:0,他引:4
miRNA(microRNA)是一类长约22个核苷酸的小分子非编码RNA。miRNA可以通过与靶基因mRNA的特定位点结合,抑制该蛋白的合成或诱导该mRNA的降解,从而参与基因的表达调控。miRNA在各种生物中普遍存在,近年来利用直接克隆和生物信息学方法已从动物、植物、培养细胞和病毒中克隆及预测了数百种miRNA,并通过正反向遗传学技术、碱基互补靶标基因鉴定技术等,确定了少数miRNA基因的生理功能:然而在不同生物中仍有大量的miRNA基因尚未鉴定,它们的靶标及功能也有待进一步探索。由于miRNA序列短小,而且与靶标互作机理所知甚少,因此研究难度较大。本文总结了miRNA基因鉴定、功能鉴定等所采用的研究方法和策略,试图为miRNA研究提供一些思路和启发。 相似文献
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D. A. Triant J. J. Le Tourneau C. M. Diesh D. R. Unni M. Shamimuzzaman A. T. Walsh J. Gardiner A. K. Goldkamp Y. Li H. N. Nguyen C. Roberts Z. Zhao L. J. Alexander J. E. Decker R. D. Schnabel S. G. Schroeder T. S. Sonstegard J. F. Taylor R. M. Rivera D. E. Hagen C. G. Elsik 《Animal genetics》2020,51(5):675-682
With the availability of a new highly contiguous Bos taurus reference genome assembly (ARS-UCD1.2), it is the opportune time to upgrade the bovine gene set by seeking input from researchers. Furthermore, advances in graphical genome annotation tools now make it possible for researchers to leverage sequence data generated with the latest technologies to collaboratively curate genes. For many years the Bovine Genome Database (BGD) has provided tools such as the Apollo genome annotation editor to support manual bovine gene curation. The goal of this paper is to explain the reasoning behind the decisions made in the manual gene curation process while providing examples using the existing BGD tools. We will describe the sources of gene annotation evidence provided at the BGD, including RNA-seq and Iso-Seq data. We will also explain how to interpret various data visualizations when curating gene models, and will demonstrate the value of manual gene annotation. The process described here can be applied to manual gene curation for other species with similar tools. With a better understanding of manual gene annotation, researchers will be encouraged to edit gene models and contribute to the enhancement of livestock gene sets. 相似文献