土壤中立枯丝核菌AG3菌核的荧光定量PCR快速检测

立枯丝核菌Rhizoctonia solani融合群3(anastomosis group 3,AG3)是引发马铃薯黑痣病的主要病原菌,严重威胁着马铃薯产业的发展。菌核是马铃薯黑痣病菌在土壤中的主要存活结构,是马铃薯黑痣病的初侵染源,其密度直接影响马铃薯黑痣病的发病率和严重程度。为快速准确地检测出土壤中菌核的密度,本研究以立枯丝核菌AG3转录间区(ITS)特异性引物RsTqF1/RsTqR1扩增产物的重组质粒为标准品,构建SYBR Green I实时定量PCR(q PCR)检测体系,结合水筛法与Fast DNA?Spin Kit for Soil土壤DNA提取试剂盒对土壤样品进行DNA提取,建立了循环域值(Ct)与土壤中立枯丝核菌AG3菌核密度的关系,并与传统选择性培养基筛选法进行比较。结果表明,实时定量PCR检测灵敏度比常规PCR高10倍,土壤中菌核密度n(g/g土)和Ct值之间的关系为:n=10(9.6917‐Ct)/3.4558。相比较于选择性培养基筛选法,水筛q PCR法能够更加快速准确地检测出土壤中立枯丝核菌的菌核密度。     

中国北方马铃薯黑痣病立枯丝核菌的融合群鉴定

从山东、甘肃、青海、内蒙古、河北和黑龙江6省采集马铃薯黑痣病标本300余份,分离获得251个立枯丝核菌Rhizoctonia solani菌株。融合群测定结果表明,这些菌株分别属于多核的丝核菌AG‐3、AG1‐IB、AG4‐HG‐Ⅰ、AG4‐HG‐Ⅱ、AG4‐HG‐Ⅲ、AG‐5和AG‐11融合群。其中AG‐3是优势致病群,占分离菌株总数的71.31%;其次是AG4‐HG‐Ⅰ,占15.14%;AG‐11融合群菌株是国内首次从罹病马铃薯植株上分离得到。从各融合群中选取代表性的菌株进行5.8S rDNA‐ITS区序列分析,结果表明,隶属不同融合群或亚群菌株的5.8S rDNA‐ITS区序列存在较大的差异,而相同融合群(亚群)不同菌株的序列具有较高一致性。     

立枯丝核菌营养菌丝多型性观察

采用了2种不同的方法对立枯丝核菌营养菌丝的形态进行了观察和比较,观察到2种不同的营养菌丝的形态,即菌核类和假分生孢子类。为以后进一步研究立枯丝核菌营养菌丝的多型性奠定了一定的基础。     

核酸技术在立枯丝核菌分类与生态学研究中的应用

立枯丝核菌是一种传播广、危害大的土传病原菌,对其展开的研究已涉及各个方面并逐渐深入,近几年借助于核酸技术对其所展开的研究更成为热点。对核酸技术在立枯丝核菌的分类学研究(主要包括G Cmol%含量测定、核酸杂交、各种DNA指纹技术、特异PCR扩增、测序DNA的序列分析)、监测群体动态变化的生态学研究(实时荧光PCR技术)中的应用作一简要的介绍。     

棉立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)中的一个dsDNA病毒

自从1962年Hollings在栽培蘑菇(Agaricus bisporus)中发现第一例真菌病毒以来,迄今已在100多种真菌中发现了病毒,多数含双链RNA基因组。1972年Bozarth报道在R.solani中发现病毒,但未报道该病毒的理化性质。1975年Finlker在R.solani的一个强致病力菌株中分离到双链RNA病毒,它含3个组分dsRNA。     

马铃薯根系分泌物成分鉴别及其对立枯丝核菌的影响

采用自制根盒收集了苗期和现蕾期连作5年和轮作马铃薯的根系分泌物,并用GCMS进行了鉴定.结果表明:在苗期和现蕾期,马铃薯根系分泌物中糖类物质含量最高,其次为有机酸类,且有连作马铃薯根系分泌物中糖含量下降、有机酸含量升高的趋势.连作马铃薯苗期和现蕾期根系分泌物中棕榈酸相对含量分别为0.94%和1.4%,邻苯二甲酸二丁酯相对含量均为0.15%;轮作马铃薯苗期和现蕾期根系分泌物中棕榈酸相对含量仅为0.15%和0.2%,邻苯二甲酸二丁酯未检出.轮作和连作马铃薯根系分泌物都可促进立枯丝核菌的生长,连作马铃薯根系分泌物的作用更显著.模拟试验表明:棕榈酸和邻苯二甲酸二丁酯均可明显促进立枯丝核菌生长,说明马铃薯根系分泌物对立枯丝核菌的促进作用与分泌物中含有棕榈酸和邻苯二甲酸二丁酯有关.     

河西走廊盐碱土壤中抗立枯丝核菌的放线菌筛选

从甘肃省河西走廊盐碱土中分离所得50株放线菌中,筛选出对立枯丝核菌有生防潜能的放线菌,旨在为生物防治作物病害提供新的菌种资源。通过平板对峙法、生长速率法及活体组织法筛选拮抗菌,并对其进行形态及分子鉴定。经过平板初筛,有4株菌株对立枯丝核菌有拮抗作用,编号Ⅰ18-5-2、Ⅲ22-3-12、Ⅳ16-3-2、DC009-1-23,其中Ⅳ16-3-2和DC009-1-23有较高的拮抗性,抑菌圈直径分别为20.5 mm和15.5 mm;进而对这2菌株进行发酵液复筛,菌丝的生长抑制率分别为89.02%和80.49%;活体组织试验表明,Ⅳ16-3-2和DC009-1-23对立枯丝核菌的防治效果分别达54.29%和45.71%;通过形态培养特征和16S rDNA序列鉴定,将菌株Ⅳ16-3-2初步鉴定为变异链霉菌,DC009-1-23为丁香链霉菌。     

实时定量PCR法预测禾谷丝核菌Rhizoctonia cerealis基因组大小

【目的】准确测定基因组大小是进行禾谷丝核菌Rhizoctonia cerealis全基因组序列测定和拼接的基础,本研究旨在利用实时定量PCR方法预测禾谷丝核菌的基因组大小。【方法】首先克隆了禾谷丝核菌R0301菌株翻译延伸因子A基因(tef A)的部分序列,Southern杂交明确该基因在该病菌基因组中为单拷贝。以已测序立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)AG1-IA融合群菌株GD118为对照,采用实时定量PCR的方法进行了禾谷丝核菌基因组大小的预测。【结果】实时定量PCR的方法可以比较准确的测定立枯丝核菌基因组的大小,研究首次预测了禾谷丝核菌的基因组大小位于32.2–36.6 Mb之间。【结论】实时定量PCR法是一种快速和简便的预测丝核菌基因组大小的方法。     

立枯丝核菌蛋白质电泳图谱研究 Ⅰ.融合群与图谱的相关性

用来自日本和美国的立枯丝核菌8个融合群11个类群代表菌株进行可溶性蛋白质电泳,其结果表明,各融合群及亚群之间电泳图谱有显著差异,而同一类群菌株的电泳图谱则相似。分析来源于华东等地已鉴定的融合类群117个菌株的电泳图谱显示,同一融合群内菌株,虽然采集地区、寄主植物或致病力不同,其蛋白质图谱仍十分相似;而不同融合类群的菌株,即使在同一田块中同一种寄主植物上引起相似病害,其图谱也显示出明显差异。本文就上述可溶性蛋白质图谱显示的结果与其它研究者在血清学、DNA同源性.酯酶等生化水平上对融合群的研究结果进行了比较和探讨。     

一株水稻纹枯菌拮抗细菌的分离与鉴定

【目的】从土壤中分离并鉴定水稻纹枯菌拮抗细菌,测定其体外抑菌和温室防治效果。【方法】采用系列稀释法和平板对峙法筛选拮抗细菌,基于形态、生理特征及16S rDNA序列鉴定其分类地位,采用种子细菌化温室试验测定其防效。【结果】从蔬菜根际土壤中筛选出一株纹枯菌拮抗细菌,命名为kwkjT4。菌株具有明显的体外抑菌活性,对水稻纹枯病的温室防效与井冈霉素相当,初步鉴定为假紫色色杆菌(Chromobacterium pseudoviolaceum)。最适生长条件为pH 7.0,温度32°C,培养时间为36 h;抑菌活性物质产生的最适培养条件为pH 6.0,温度28°C,培养时间为48 h;表明两者并不一致。【结论】kwkjT4菌株在水稻纹枯病的生物防治中具有潜在的应用价值。这是C.pseudoviolaceum拮抗纹枯菌的首次报道。     

牙菌斑形成早期微生物定植规律的定量PCR研究

目的观察牙面彻底清洁后24 h内牙面上定植的变异链球菌、伴放线放线杆菌和总微生物的数量变化。方法 8名健康成人接受全口洁治后,分别于6、12和24 h收集龈上菌斑,提取菌斑内细菌的基因组DNA。设计变异链球菌、伴放线放线杆菌和总菌特异性引物,获得目的基因,克隆于大肠埃希菌DH5α感受态细胞,测序后获得质粒标准品。将样本和梯度稀释的质粒标准品进行SYBR Green I实时荧光定量PCR检测,绘制标准曲线,确定样本中变异链球菌、伴放线放线杆菌和总菌DNA拷贝数。结果牙面彻底清洁6 h后即有大量变异链球菌定植,变异链球菌拷贝数占总菌的0.32%,24 h后增加到0.67%。12 h时定植的变异链球菌拷贝数高于6 h,差异有统计学意义（P=0.031）,24 h后继续增加（P=0.024）。12 h时定植的总菌拷贝数高于6 h,差异有统计学意义（P=0.004）,24 h后继续增加（P=0.042）。牙菌斑中伴放线放线杆菌的拷贝数低于103。结论早期牙菌斑中12 h定植的变异链球菌和总菌数量高于6 h,且24 h内不断增加,仅有少量伴放线放线杆菌定植。     

早晚牙菌斑变异链球菌定植差异的定量PCR检测

目的 采用实时荧光定量PCR检测白天和晚上所形成牙菌斑生物膜中变异链球菌的数量,比较早晚牙菌斑中变异链球菌定植的差异.方法 收集30名健康成人全口口腔洁治后白天和晚上形成的龈上菌斑,提取细菌基因组DNA.合成变异链球菌特异性引物,纯化PCR产物获得目的基因连接于pTA-TA载体,克隆于大肠埃希菌DH5 α感受态细胞.选取阳性克隆测序后纯化质粒DNA,获得质粒标准品.将样本和梯度稀释的质粒标准品进行SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测,确定标准曲线,定量样本中变异链球菌DNA的拷贝数.结果 早晚牙菌斑细菌基因组DNA样本的扩增曲线均在标准品的扩增曲线范围内.晚上所形成牙菌斑中定植的变异链球菌数量(对数值7.67 ±0.77)高于白天定植的变异链球菌数量(对数值7.25±0.62)(P =0.007).结论 牙菌斑的微生物定植存在日夜节奏变化,晚上所形成牙菌斑中变异链球菌数量多于白天.     

TaqMan探针双重荧光定量PCR同时检测解脲支原体和巨细胞病毒

目的探讨双重荧光定量PCR技术的优化条件,建立基于TaqMan探针技术荧光定量法检测同时检测解脲支原体和巨细胞病毒的新方法。方法分别采用普通定性PCR扩增母婴垂直传播常见的病原体（解脲支原体和巨细胞病毒）测序鉴定,然后分别采用TaqMan探针的单重和双重定量PCR技术对解脲支原体和巨细胞病毒同时定性定量检测。结果解脲支原体和巨细胞病毒单种定性PCR检测均为阳性,TaqMan探针单重和双重定量PCR检测解脲支原体和巨细胞病毒阳性率和特异性均为100％,相同样品TaqMan探针单重、双重定量PCR分别检测的结果符合率100％。结论TaqMan探针双重荧光定量PCR技术可同时检测两种靶分子,结果可靠,应用前景广阔。     

马铃薯疮痂病拮抗菌YN-2-2的分离与鉴定

【背景】近年来,疮痂病在全国马铃薯各主要产区普遍发生,危害呈逐年加重趋势,有效防控手段匮乏,给种植者造成严重的经济损失。利用拮抗微生物抑制病原菌繁殖,降低其危害程度,已成为马铃薯植保领域的研究热点。【目的】筛选对疮痂病原菌具有拮抗作用的菌株,为研制高效复合功能菌剂、有效防控马铃薯疮痂病提供菌种资源。【方法】从疮痂病发生严重的云南昭通马铃薯大田采集近根际土壤,分离、筛选代谢产物具有明显拮抗效果的菌株,通过形态学观察、生理生化特征分析和16SrRNA基因序列测定等方法进行菌种鉴定,并对其代谢产物的稳定性和抑菌效果进行分析。【结果】获得一株拮抗效果明显的细菌YN-2-2,其菌落圆形,淡黄色,边缘整齐、光滑、干燥,中间有凹陷,菌体杆状,大小为(2.51-4.09)μm×(1.09-1.68)μm,革兰氏染色阳性,16SrRNA基因序列与Bacillus thuringiensis ATCC 10792T (ACNF01000156)的相似性达到99.79%。YN-2-2的代谢产物热稳定性较好,pH耐受范围广(3.0-13.0),对蛋白酶K敏感度较低,对疮痂链霉菌的抑菌圈直径最大为22.8 mm。盆栽试验结果表明:浇施100 mL浓度为1×107 CFU/mL的培养液,可显著降低马铃薯微型薯疮痂病病情指数,防效达36.11%。【结论】菌株YN-2-2经鉴定为苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis),可以作为高效复合功能菌剂的候选菌株。     

山羊痘病毒TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立与应用

利用DNAStar分析了GenBank中所有8株羊痘病毒全基因序列,选取位于山羊痘病毒(AY077835)基因组gp064区域约64bp的基因片段,设计并合成了一对PCR引物和一条TaqMan-MGB探针,建立了FQ-PCR和标准曲线,并利用该方法对山羊痘临床皮肤痘疹材料和人工感染动物材料进行GPV核酸检测。结果表明,构建的FQ-PCR具有良好的敏感性、特异性、稳定性和临床应用性。该方法的建立为山羊痘临床快速高效地诊断和山羊痘病毒感染羊只的发生、发展及转归研究提供了一种有效的手段。     

亚麻立枯病拮抗菌的筛选、生防效果及发酵条件优化

【目的】从健康亚麻植株的根际土壤中筛选对亚麻立枯病菌具有较强抑菌作用的拮抗菌,优化其产生抑菌活性物质的发酵条件,为其生防利用奠定基础。【方法】采用稀释平板涂布法和对峙培养法进行拮抗菌的筛选;根据菌株形态学特征、生理生化特性以及16S r RNA基因序列分析对其进行鉴定;利用温室抗病实验确定其生防效果;通过单因素实验和均匀设计实验优化其发酵条件。【结果】分离筛选到一株对亚麻立枯病菌具有显著拮抗作用的细菌HXP-5,且其对另外7种植物病菌真菌均有拮抗作用;鉴定菌株HXP-5为枯草芽孢杆菌;温室抗病实验结果表明其生防效果可达71.22%;其产生抑菌活性物质的最佳发酵条件为:葡萄糖为2.3%,胰蛋白胨+酵母粉(3:1)为0.25%,Na Cl为0.18%,发酵时间为72 h,发酵温度为27°C,转速为210 r/min,250 m L摇瓶装液100 m L,接种量为1.7%。【结论】经鉴定,对亚麻立枯病病菌具拮抗作用的菌株HXP-5为枯草芽孢杆菌,且对亚麻立枯病具有较强的防治效果,发酵条件进行优化后其对亚麻立枯病病原菌显示出更强的拮抗作用。