安徽部分地区动物源弯曲菌的分离鉴定及多位点序列分型

【背景】弯曲菌是一种重要的食源性人兽共患病原菌,革兰氏阴性、微需氧、弯曲螺旋状。【目的】为了解安徽地区弯曲菌流行状况和分子遗传特征,对安徽6个不同地区动物源的弯曲菌进行分离鉴定,并研究分离株分子分型。【方法】通过形态学及培养特性观察、生化试验、PCR方法对菌株进行鉴定。以弯曲菌7个管家基因asp A、gln A、glt A、gly A、pgm、tkt和unc A为目的基因对分离株进行多位点序列分型,并制成遗传进化树。【结果】共分离到42株弯曲菌菌株,源自6个地区的分离株具有较为一致的形态特性和相似的生化特性。多位点序列分型结果显示,本研究中共获得32种ST型,共发现9种新的ST型(8190、8222、8223、8831、8833、8841、8832、8834和8843)和6个新的等位基因(gln A606、gln A607、glt A518、gly A680、pgm863和unc A541)。进化树结果显示,空肠弯曲菌与结肠弯曲菌遗传关系相差甚远,聚集归为两个大群,分别有5个分支和3个分支。【结论】安徽6个地区不同来源的空肠弯曲菌与结肠弯曲菌均有丰富的基因型,且没有明显优势的基因型。从遗传变异的角度来看,空肠弯曲菌复杂多样,结肠弯曲菌相对保守。     

47株空肠弯曲菌湖北禽源株的多位点序列分型

【目的】为了解湖北地区家禽空肠弯曲菌的流行状况及其分子特征,应用多位点序列分型方法对2013–2014年的47株禽源空肠弯曲菌湖北分离株进行分子分型研究。【方法】以空肠弯曲菌的7个管家基因aspA、glnA、gltA、glyA、pgm、tkt和uncA为目的基因,提取样本基因组后PCR扩增,测序和分析。将测序结果上传数据库进行比对,制作成多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)遗传进化树。【结果】分离株共有38个ST型,10个克隆群,其中最多的克隆群为ST-353CC和ST-464CC,发现2个新的等位基因编号和25个新的ST型。遗传进化树显示,不同家禽宿主中空肠弯曲菌序列型存在一定的差异,不同地区和来源的空肠弯曲菌呈现出遗传多样性。【结论】本研究对湖北分离的47株禽源空肠弯曲菌进行了MLST分析,其结果显示菌株多样性较为丰富,将为我国家禽空肠弯曲菌的流行病学调查提供科学的数据。     

辽宁部分地区生肉制品中小肠结肠炎耶尔森菌多位点序列分型及耐药分析

【背景】小肠结肠炎耶尔森菌(Yersinia enterocolitica)是一种人兽共患病原细菌,在我国分布广泛,可引起多种肠道症状以及全身性疾病,对人类和动物的健康造成威胁。【目的】了解辽宁省内部分地区不同畜禽生肉来源的小肠结肠炎耶尔森菌耐药表型、耐药基因、毒力基因及多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)特征。【方法】对辽宁省2018−2021年分离自市售生鸡肉、生猪肉和生牛肉三类食品样品的26株小肠结肠炎耶尔森菌进行药物敏感性试验和血清型鉴定,并通过全基因组测序技术进行遗传相关信息的分析。【结果】26株小肠结肠炎耶尔森菌对头孢唑啉(cefazolin, CFZ)的耐药程度最高,对多黏菌素E (polymyxin E, CT)全部中介耐药,对氯霉素(chloramphenicol, CHL)和庆大霉素(gentamicin, GEN)两种抗生素均为敏感。26株菌的毒力基因以ail⁻virF⁻yadA⁻ystA⁻ystB⁺型为主,存在一株ail⁺virF⁻yadA⁻ystA⁺ystB⁻基因型,来自猪肉样品。血清型以O:5为主,占比为84.6%,O:8和未分型的菌株占比均为7.7%。26株菌均携带CRP、rosA和rosB这3种相同的耐药基因,有14株携带vat(F)和blaA基因,2株携带qnrD基因。经MLST分析共获得21种ST型,其中ST150型、ST726型、ST848型、ST143型、ST820型各有2株,其余ST型各1株,同一聚类簇的ST型别,其毒力基因和耐药基因较一致。【结论】辽宁省不同生肉来源的小肠结肠炎耶尔森菌ST型分布较分散,携带多种耐药基因,存在一定的耐药风险。     

多位点序列分型分析空肠弯曲菌华东动物源分离株

【目的】研究空肠弯曲菌菌株间的分子特征,对不同宿主来源的空肠弯曲菌进行分子分型研究。【方法】选择空肠弯曲菌的7个看家基因gltA、aspA、glnA、glyA、pgm、tkt和uncA作为目的基因,对2006-2008年间华东地区分离的42株空肠弯曲菌样本进行PCR扩增后测序。将测序结果软件分析并上传到数据库进行比对,将结果制作多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)遗传进化树并进行分析。【结果】与数据库已有类型比对,发现了24个新的ST型,通过进化树得到其遗传关系。【结论】MLST方法对于研究空肠弯曲菌的菌株群体基因差异与进化趋势具有重要意义。     

基于全基因组序列的弯曲菌特征分析

空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)和结肠弯曲菌(Campylobacter coli)是引起人类腹泻的主要致病菌。传统生化方法在鉴定弯曲菌时存在步骤多、耗时长、通量低等问题。本研究通过利用生物信息学方法对弯曲菌全基因组进行序列、基因注释、耐药基因、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等分析,挖掘能够有效区分空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的高分辨力特征。实验结果表明,空肠弯曲菌和结肠弯曲菌在基因组序列长度、GC含量、基因数量、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等方面存在显著差异。同时,研究还发现了一段在空肠弯曲菌基因组中广泛存在的高分辨力CRISPR重复序列。这些特征可用于构建能够准确鉴别空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的生物信息学方法。     

139株空肠弯曲菌耐药性分析

空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)是最常见的食源性病原菌之一。本研究采用微量肉汤稀释法对分离得到的139株空肠弯曲菌(117株为禽源样本分离株,22株为人源样本分离株)进行耐药性检测。通过对最小抑菌浓度(MIC)的判定结果得出:120株(86. 33%)空肠弯曲菌分离株对6类9组临床常用的抗生素表现出不同程度的耐药,其中禽源空肠弯曲菌耐药率为83. 76%,22株人源空肠弯曲菌均表现出耐药性。对喹诺酮类抗生素表现出高度耐药(环丙沙星80. 58%,萘啶酸77. 70%);对四环素类表现为中等耐药(四环素53. 24%);对部分大环内酯类、氨基糖苷类、林可酰胺类表现为低耐药(庆大霉素7. 19%,阿奇霉素5. 76%,克林霉素6. 47%);对酰胺醇类、部分大环内酯类表现为敏感(氟苯尼考0%,红霉素0%、泰利霉素0%)。139株空肠弯曲菌共产生14种耐药谱型,以TET-CIP-NAL谱型最多,占比38. 13%,耐三重及以上抗生素的多重耐药菌株占比53. 24%。禽源菌株中多重耐药占比46. 15%,人源菌株中多重耐药占比90. 91%。研究结果显示空肠弯曲菌耐药现状不容乐观,尤其对喹诺酮类与四环素类抗生素耐药性较为突出,且过半数菌株为多重耐药。本研究为食源性空肠弯曲菌的防控及临床用药提供参考。     

儿童感染青霉素耐药肺炎链球菌的多位点序列分型

目的 对儿童感染的青霉素耐药肺炎链球菌进行多位点序列分型,了解厦门地区肺炎链球菌青霉素耐药菌株遗传背景。方法 采用多位点序列分型法对2012年1月至2014年12月期间分离的60株青霉素耐药肺炎链球菌进行分子分型。结果 60株青霉素耐药肺炎链球菌MLST法共检出24个ST型,其中发现6个新的ST型,分别被命名为ST10004、ST10005、ST10006、ST10007、ST10008和ST10009。存在一个优势型别ST271,占31.7%（19/60）,发现了4个克隆群和20种单一克隆,其中主要克隆群为国际流行耐药克隆群Taiwan19F-14,占41.7%（25/60）。结论 本地区分离的儿童青霉素耐药肺炎链球菌主要以ST271型为主,属国际流行耐药克隆群Taiwan19F-14,是引起儿童呼吸道感染肺炎链球菌多重耐药的主要原因。     

江苏省部分地区畜禽源弯曲菌耐药基因、毒力基因及遗传多样性分析

【背景】 弯曲菌(Campylobacter)是引起食源性疾病的主要病原菌之一,家禽和猪是其常见和重要宿主,畜禽在屠宰加工过程中易污染胴体导致人类感染,对食品安全和公共健康造成巨大威胁。【目的】 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)分析52株畜禽来源弯曲菌的耐药基因、毒力基因及遗传多样性。【方法】 采用琼脂稀释法对其最小抑菌浓度(minimal inhibitory concentration, MIC)进行测定,通过二代测序平台进行全基因组测序,应用基因组流行病学数据平台ResFinder数据库分析其耐药基因,通过毒力因子数据库(virulence factor database, VFDB)筛选毒力基因,应用PubMLST数据库分析菌株序列型(sequence type, ST)和克隆复合体(clonal complex, CC)。【结果】 52株弯曲菌对环丙沙星、四环素、萘啶酸耐药明显,对氟苯尼考敏感,多重耐药率为57.69%。WGS分析发现52株弯曲菌共有6大类16种获得性耐药基因及与喹诺酮类耐药相关的gryA基因点突变和与大环内酯类耐药相关的23S rRNA点突变。除检出常见的氨基糖苷类、β-内酰胺类、四环素类(tetO)耐药基因外,还发现ermB、ermA、fexA、optrA、tetL和lnuC等在弯曲菌新流行的耐药基因;52株弯曲菌携带120种毒力相关基因,其中细菌黏附、荚膜合成、侵袭、鞭毛及趋化蛋白等相关基因携带率较高,空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)携带毒力基因的数量普遍多于结肠弯曲菌(Campylobacter coli);多位点序列分析(multilocus sequencing typing, MLST)结果显示共得到28个ST型和14个CCs (包括4个已知的CCs和10个未知CCs,以CC-828克隆复合体为主),分离株之间具有较高的遗传多样性。【结论】 江苏畜禽源弯曲菌多重耐药现象严重,耐药基因复杂多样,毒力基因分布广泛,以克隆复合体CC-828为主,具有较高的遗传多样性。该研究结果为我国动物源性弯曲菌耐药性监测提供了基础数据。     

天津地区气单胞菌分离株的鉴定与多位点序列分型

[目的]研究气单胞菌菌株分类情况,并分析其致病性.[方法]采集环境样品和鱼类标本,分离并鉴定气单胞菌菌株,并运用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)方法进行分类研究,利用PCR和测序方法分析毒力基因Aera、Hly、Aha1、GCAT和Nuc的分布.[结果]通过对分离菌株的16S rRNA基因进行分析,确认属于4种不同气单胞菌的7个分离株.发现所有菌株至少有1种毒力基因阳性,其中3株具有4种毒力基因.药物敏感实验显示,6株分离株对3种或3种以上抗菌素具有多重耐药性.最后,对看家基因gyrB、groL、gltA、metG、ppsA和recA进行分析,与MLST数据库中的等位基因序列比对,发现7株分离株均为新的不同的序列型(Sequence type,ST).[结论]气单胞菌具有较高的遗传多样性.     

羊源粪肠球菌多位点序列分型及其耐药特性和毒力基因检测分析

【背景】粪肠球菌(Enterococcus faecalis)作为一种普遍存在的条件致病菌,能引起严重感染,并能作为高耐药/毒力因子的储存和传播者对公共安全造成严重威胁。【目的】掌握安徽地区羊源粪肠球菌ST型分布特征及耐药、毒力特性,并分析其耐药基因、毒力基因与ST型之间的相关性,评估其潜在致病性及对公共卫生的危害性。【方法】以2021−2023年采集自安徽地区的64份羊直肠棉拭子为样本对粪肠球菌进行分离鉴定,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)方法对菌株进行分型鉴定,Kirby-Bauer (K-B)纸片扩散法测定粪肠球菌对16种抗菌药物的敏感性,并检测9种耐药基因及14种毒力基因的分布。【结果】共分离得到61株粪肠球菌,鉴定为24种ST型,其中9种为新发现ST型;奈替米星(72.13%)、丁胺卡那(75.41%)、四环素(55.74%)和红霉素(63.93%)的耐药比例最高,少数对万古霉素(9.84%)、利奈唑胺(11.48%)耐药,多重耐药(multi-drug resistance, MDR)率为57.38%;耐药基因ermB (77.05%)、aac(6'')/aph(2'') (52.46%)、tem (55.74%)的携带率最高,vanC (8.20%)、mefA (1.64%)的携带率最低;毒力基因cpd (100%)、efaA (98.36%)、ebp (95.08%)和fsr (81.97%)的携带率最高,hyl (11.48%)的携带率最低;部分耐药基因、毒力基因的分布在不同ST型之间具有显著差异(P<0.05)。【结论】羊源粪便粪肠球菌中携带高耐药和高水平毒力基因,且耐药特性及毒力的分布与ST型有着较高的相关性。     

Genetic diversity and structure of Rhizobium leguminosarum populations associated with clover plants are influenced by local environmental variables

The identification and conservation of indigenous rhizobia associated with legume plants and their application as biofertilizers is becoming an agricultural worldwide priority. However, little is known about the genetic diversity and phylogeny of rhizobia in Romania. In the present study, the genetic diversity and population composition of Rhizobium leguminosarum symbiovar trifolii isolates from 12 clover plants populations located across two regions in Romania were analyzed. Red clover isolates were phenotypically evaluated and genotyped by sequencing 16S rRNA gene, 16S-23S intergenic spacer, three chromosomal genes (atpD, glnII and recA) and two plasmid genes (nifH and nodA). Multilocus sequence typing (MLST) analysis revealed that red clover plants are nodulated by a wide genetic diversity of R. leguminosarum symbiovar trifolii sequence types (STs), highly similar to the ones previously found in white clover. Rhizobial genetic variation was found mainly within the two clover populations for both chromosomal and plasmid types. Many STs appear to be unique for this region and the genetic composition of rhizobia differs significantly among the clover populations. Furthermore, our results showed that both soil pH and altitude contributed to plasmid sequence type composition while differences in chromosomal composition were affected by the altitude and were strongly correlated with distance.     

Multilocus sequence typing performed on Campylobacter coli isolates from humans, broilers, pigs and cattle originating in Denmark

AIMS: To assess whether Campylobacter coli isolated from different sources in Denmark constitute separate populations. METHODS AND RESULTS: Multilocus sequence typing (MLST) was applied to 160 C. coli isolates from animal origin, food products and human cases of gastroenteritis. The isolates were collected in Denmark over a 2-year period. In total, 84 sequence types (STs) were obtained and 57 of these STs were novel to this study. Ten per cent of the isolates possessed STs that were found in both human, poultry and pig isolates. Only 10% of the isolates from pigs shared ST with isolates from humans, and these shared STs were found in poultry isolates as well. CONCLUSIONS: Great genetic diversity was seen within the Danish C. coli population. Furthermore, we found that the C. coli types isolated from Danish pigs constitute a small fraction of the C. coli causing human disease. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: C. coli isolates from pigs is presumably not a significant source of human campylobacteriosis in Denmark. The Danish C. coli isolates include 68% STs novel to this study, showing a great diversity compared with studies from other countries.     

辽宁省市售禽肉中沙门氏菌的污染状况及其MLST分型与耐药性分析

【背景】沙门氏菌(Salmonella)是重要的人畜共患病原菌,可通过禽类及其产品传播给人类,对人类健康造成威胁。了解市售禽肉中沙门氏菌病原学特征及耐药情况,对公共卫生具有重要意义。【目的】了解2022年辽宁省市售禽肉中沙门氏菌的污染状况、血清型分布、药物敏感性及分子流行特征情况,探讨不同血清型与多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、耐药性之间的关系。【方法】依据GB 4789.4—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门氏菌检验》检验方法对收集的样品进行检测及生化实验鉴定,采用玻片凝集法进行血清学实验,用微量肉汤法对菌株进行药物敏感性试验,使用BioNumerics 7.6软件对药敏结果、MLST分型结果进行分析。【结果】53株沙门氏菌包含11种血清型,以肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis)为主。药物敏感性分析中,沙门氏菌对萘啶酸(nalidixic acid,NAL)的耐药率最高,为92.5%(49/53),共发现有25种多重耐药谱,总耐药率为66.0%(35/53),在耐药基因分析中,四环素类耐药基因tetC携带率最高为45.3%(24/53)。根据7种管家基因的序列沙门氏菌被分为10个ST型别和1个未分型型别。【结论】辽宁省市售禽肉沙门氏菌的污染率较为严重,血清型多样化,整体耐药水平较高,多重耐药情况严重,应加强对禽类规范化养殖。