长链非编码RNA研究进展

基因组计划研究表明, 在组成人类基因组的30亿个碱基对中, 仅有1.5%的核酸序列用于蛋白质编码, 其余98.5%的基因组为非蛋白质编码序列。这些序列曾被认为是在进化过程中累积的“垃圾序列”而未予以关注, 但在随后启动的ENCODE研究计划中却发现, 75%的基因组序列能够被转录成RNA, 其中近74%的转录产物为非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA)。在非编码RNA中, 绝大多数转录本的长度大于200个碱基, 这些“长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)”能够在转录及转录后水平上调节蛋白编码基因的表达, 从而广泛地参与包括细胞分化、个体发育在内的重要生命过程, 其异常表达还与多种人类重大疾病的发生密切相关。文章综述了长链非编码RNA的发现、分类、表达、作用机制以及其在个体发育和人类疾病中的作用。     

反义长链非编码RNA与基因表达调控

反义长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类与其它转录物序列互补的内源性lncRNA。它们通过转录抑制、染色质重塑、核内RNA-RNA相互作用和胞浆RNA-RNA相互作用等机制,在转录及转录后水平调控靶基因的表达。反义lncRNA参与了X染色体失活、基因组印记及一些疾病的发生和发展过程,有希望成为疾病治疗的新靶点。     

长链非编码RNA研究进展

长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200nt的非编码RNA分子,通过信号分子、诱饵分子、引导分子、支架分子等4种方式在转录水平和转录后水平调控基因的表达。lncRNAs的表达水平相对于蛋白编码基因较低,但它们在X染色体沉默、基因组印迹、染色体修饰、转录激活、转录干扰以及核内运输等方面具有重要的功能。相对于研究较多的非编码小RNA,lncRNAs的功能目前尚不完全清楚。该文从lncRNAs的起源、分类、分子机制、功能和进化等方面综述了lncRNAs的研究进展,为进一步探究lncRNAs的功能和作用机制提供依据。     

长链非编码RNA与细胞多向分化

本文重点概述LncRNA参与细胞分化的相关机制,列举了LncRNA在不同细胞系中参与调控的各种作用方式,如LncRNA参与维持胚胎干细胞多潜能状态、胚胎干细胞分化、神经细胞分化、肌肉分化、表皮细胞分化、成骨细胞分化、脂肪生成的机制等.     

植物长链非编码RNA的研究进展

长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lnc RNAs)是真核生物中一类长度大于200个核苷酸、无蛋白编码能力或编码能力极低的RNA转录本。lnc RNA种类和功能的多样性导致了对其进行研究的复杂性,特别是对植物中lnc RNA的认识相当有限。该文就近年来植物中已发现的lnc RNA的种类、相关转录酶、参与的生物学过程、发挥功能的分子机制以及其相关的研究策略等方面进行综述和展望,以期为深入认识植物lnc RNA提供借鉴。     

长链非编码RNA与感染

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是指转录本长度超过200个核苷酸的功能性RNA分子,在表观遗传、转录和转录后等水平上调控基因的表达,广泛参与机体的生理和病理过程。近年来,对lncRNA在肿瘤等疾病中的功能做了一些研究,但在感染中的功能研究较少。近些年的研究发现,一些病毒感染会普遍引起宿主lncRNA的表达变化,且病毒的一些lncRNA通过与宿主蛋白质结合而调控宿主基因的表达,以利于病毒生命周期的完成。本文对lncRNA与寄生虫和病毒感染的关系做一综述。     

非编码长链RNA与基因表达调控

近年来,在小鼠全长cDNA文库大规模测序中发现一类新的转录物——非编码长链RNA(long noncoding RNA,lncRNA),引起了科学界的关注.lncRNA长度大于200个核苷酸,无蛋白质编码功能,在真核细胞基因组中被普遍转录.lncRNA种类繁多,数量庞大,占哺乳动物基因组转录物的绝大部分.相对于研究较多的非编码小RNA,lncRNA的功能目前尚不完全清楚.但越来越多的研究发现,lncRNA在多个水平调控基因的表达,在胚胎发育、物种进化、细胞分化和某些疾病如神经退行性疾病及肿瘤的发生过程中起着重要作用.本文在简要介绍lncRNA基本概念的基础上,结合当前研究成果,就lncRNA在转录水平、转录后水平和表观遗传水平调控基因表达的机制作一综述.     

转座子来源的植物长链非编码RNA

转座子是基因组的重要组分, 影响基因组的结构与稳定。长链非编码RNA (lncRNA)在转录及转录后水平调控多个生物学过程。转座子与lncRNA是物种进化的重要驱动力。含有转座子序列的lncRNA在自然界广泛存在。该文对植物lncRNA的发掘策略和功能研究进行概述, 围绕植物转座子来源lncRNA (TE-lncRNA)的分布和功能展开综述, 并对植物TE-lncRNA的调控机制、表观修饰及育种潜势等进行探讨与展望。     

长链非编码RNA在心血管疾病发病中的研究进展

心血管疾病是一种威胁人类,特别是中老年人健康的常见疾病。每年死于心血管疾病的人数位居全球榜首。长链非编码RNA是长度大于200个核苷酸且不编码蛋白质的RNA,也是体内表达数量最多的RNA。越来越多的研究发现长链非编码RNA在心血管疾病的发生、发展中有重要的调节作用。本文将就长链非编码RNA和心血管疾病的最新研究进展进行综述。     

长链非编码RNA UCA1与肿瘤耐药

作为针对恶性肿瘤的有效治疗方式,化疗已被广泛用于治疗各种恶性肿瘤。虽然化学治疗提高了患者的存活率及预后水平,但肿瘤迅速形成的多药耐药会导致治疗失败。近年发现,作为促多药耐药基因的lncRNA UCA1介导多种肿瘤形成耐药。该文回顾了UCA1在肿瘤耐药中的研究进展,并展望了该领域未来的发展及面临的挑战。     

Identification and targeting of G-quadruplex structures in MALAT1 long non-coding RNA

RNA G-quadruplexes (rG4s) have functional roles in many cellular processes in diverse organisms. While a number of rG4 examples have been reported in coding messenger RNAs (mRNA), so far only limited works have studied rG4s in non-coding RNAs (ncRNAs), especially in long non-coding RNAs (lncRNAs) that are of emerging interest and significance in biology. Herein, we report that MALAT1 lncRNA contains conserved rG4 motifs, forming thermostable rG4 structures with parallel topology. We also show that rG4s in MALAT1 lncRNA can interact with NONO protein with high specificity and affinity in vitro and in nuclear cell lysate, and we provide cellular data to support that NONO protein recognizes MALAT1 lncRNA via rG4 motifs. Notably, we demonstrate that rG4s in MALAT1 lncRNA can be targeted by the rG4-specific small molecule, peptide, and L-aptamer, leading to the dissociation of MALAT1 rG4-NONO protein interaction. Altogether, this study uncovers new and important rG4s in MALAT1 lncRNAs, reveals their specific interactions with NONO protein, offers multiple strategies for targeting MALAT1 and its RNA–protein complex via its rG4 structure and illustrates the prevalence and significance of rG4s in ncRNAs.     

长链非编码RNA与宫颈癌

长链非编码RNA (Long non-coding RNA,lncRNAs)是RNA的其中一员,其结构类似于mRNA,但由于没有保守的开放阅读框,因此不能编码蛋白质。LncRNAs曾被认为是基因转录后的异常现象或噪音,没有任何的生物学功能。随着研究的进一步深入,发现其可作为重要的调控分子参与人类正常或异常的生物学活动过程。LncRNAs与神经系统功能、机体代谢紊乱以及肿瘤等疾病的发生发展密切相关。异常表达于宫颈癌的lncRNAs通过发挥抑制肿瘤或促进肿瘤的作用,参与调控宫颈癌的各个生物学过程。文中结合最新报道就lncRNAs在宫颈癌的异常调节、分子调节机制和潜在临床应用方面进行综述。     

长链非编码RNA AFAP1-AS1促进肿瘤侵袭转移

<正>人类基因组计划及其后续的DNA元件百科全书计划(The Encyclopedia of DNA Elements Project,ENCODE)研究成果表明,蛋白质编码基因序列仅占人类基因组序列的1%~3%,人基因组中绝大部分可转录的序列为长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNAs)[1].Lnc RNA广泛地存在于各种生物中,且随着生物复杂程度的升高,基因组中lnc RNA序列的比例也相应地增大,提示lnc RNA在生物进化过程中可能有着重要意义[2-4].随着     

Long non-coding RNA Databases in Cardiovascular Research

With the rising interest in the regulatory functions of long non-coding RNAs (lncRNAs) in complex human diseases such as cardiovascular diseases, there is an increasing need in public databases offering comprehensive and integrative data for all aspects of these versatile molecules. Recently, a variety of public data repositories that specialized in lncRNAs have been developed, which make use of huge high-throughput data particularly from next-generation sequencing (NGS) approaches. Here, we provide an overview of current lncRNA databases covering basic and functional annotation, lncRNA expression and regulation, interactions with other biomole-cules, and genomic variants influencing the structure and function of lncRNAs. The prominent lncRNA antisense noncoding RNA in the INK4 locus (ANRIL), which has been unequivocally associated with coronary artery disease through genome-wide association studies (GWAS), serves as an example to demonstrate the features of each individual database.     

Long non-coding RNA HOTAIR in carcinogenesis and metastasis

Long non-coding RNAs （lncRNAs） have gained massive attention in recent years as a potentially new and crucial layer of gene regulation. LncRNAs are prevalently transcribed in the genome, but their roles in gene regulation and disease development are largely unknown. HOX antisense intergenic RNA （HOTAIR）, a lncRNA located in the HOXC locus, has been shown to repress HOXD gene expression and promote breast cancer metastasis. Mechanistically, HOTAIR interacts with and recruits polycomb repressive complex 2 （PRC2） and regulates chromosome occupancy by EZH2 （a subunit of PRC2）, which leads to histone H3 lysine 27 trimethylation of the HOXD locus. Moreover, HOTAIR is pervasively overexpressed in most human cancers compared with noncancerous adjacent tissues. This review summarizes the studies on the HOTAIR lncRNA over the past 6 years.