非编码RNA与代谢的研究进展

非编码RNA是指不编码蛋白质的调节性RNA分子.近年来的研究发现,非编码RNA,尤其是微小RNA和长非编码RNA,可以在基因转录、RNA成熟和蛋白质翻译等水平调控基因表达,参与发育、分化和新陈代谢等几乎所有重要的生理生命过程,在人类疾病中发挥重要作用.肿瘤和糖尿病等代谢性疾病是人类健康和社会发展的重大威胁.代谢紊乱是肿瘤的主要特征之一.胰岛素抵抗是糖尿病发生发展的主要因素,它与胰岛素产生和分泌以及胰岛素信号通路密切相关.本文将从非编码RNA的产生和作用机制、非编码RNA与胰岛素信号通路及糖尿病、非编码RNA与肿瘤代谢等方面,对非编码RNA在代谢领域的研究进展进行综述.     

长链非编码RNA在头颈部肿瘤中的研究进展

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸的、缺少特异完整的开放阅读框、极少有蛋白编码功能的非编码RNA。研究表明lncRNA是参与基因表达的关键调控分子,从表观遗传、转录及转录后等多种水平调控相关靶基因的表达。近年来lncRNA在头颈部疾病中的研究开始受到关注。现就lncRNA在头颈部肿瘤中的研究进展作一综述。     

长链非编码RNA在神经退行性疾病中作用机制的研究进展

长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)是指一组在真核细胞中转录长度超过200个核苷酸的非编码RNA (non-coding RNA, ncRNA),是细胞基因调控网络的基本组成部分,具有组织特异性和条件表达特异性。以往研究证明, lncRNA在中枢神经系统(central nervous system, CNS)大量富集,显示出复杂的时空表达谱,并以多种方式参与大脑发育的调控。近年来,越来越多的研究提示, lncRNA基因位点的失调或突变与多种CNS相关的神经退行性疾病(neurodegenerative diseases, NDDs)密切相关,如阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)、帕金森病(Parkinson’s disease, PD)、多发性硬化(multiple sclerosis, MS)、亨廷顿病(Huntington disease,HD)及肌萎缩侧索硬化(amyotrophic lateral sclerosis, ALS)等。本文将介绍lncRNA在NDDs中的研究进展,为理解这一类疾病的病因、病理机制...     

拟南芥AtR8 lncRNA对盐胁迫响应及其对种子萌发的调节作用

长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸且不编码蛋白质的非编码RNA,主要由RNA聚合酶II转录生成,大量存在于生物体内并具有多种生物学功能。AtR8 lncRNA是拟南芥(Arabidopsis thaliana)中RNA聚合酶III转录的长链非编码RNA。前期研究发现,水杨酸(SA)处理诱导萌发种子中AtR8 lncRNA的表达, AtR8 lncRNA缺失抑制SA胁迫下的种子萌发。进一步研究发现, AtR8 lncRNA转录区域内存在保守的盐胁迫响应元件(TCTTCTTCTTTA); NaCl处理抑制萌发种子中AtR8 lncRNA的表达;与野生型相比,高浓度NaCl处理明显抑制了atr8 (AtR8 lncRNA部分缺失型拟南芥)种子萌发。研究结果表明, AtR8 lncRNA在拟南芥种子萌发期的盐胁迫中起重要作用。     

家猪长链非编码RNA的组织特异性表达及其对肉质的影响

长链非编码RNA(lncRNA)是一类无法编码蛋白且长度大于200 nt的RNA,lncRNA可参与生物体内多种调控与代谢过程，且在多种生物体内呈现出组织特异性的表达模式。然而，lncRNA在家猪Sus scrofa domestica体内的组织特异性表达模式和功能机制尚不明确。肌肉内脂肪（IMF）是影响猪肉品质的重要因素之一，IMF的沉积受多种机制的调控，而lncRNA对IMF的影响还有待深入研究。本研究利用GEO数据库中家猪RNA-seq数据，通过生物信息学方法共筛选23 678个lncRNA，包括14 309个新鉴定的lncRNA，其中1 218个被鉴定为组织特异性lncRNA(TS lncRNA)。与mRNA相比，lncRNA具有长度较短、表达量更低和外显子数量更少等特点。通过顺式作用与反式作用分别预测了TS lncRNA的潜在作用位点，并通过GO和KEGG分析进行功能注释，发现TS lncRNA的功能总体上与其所属组织或器官的功能相关。此外，发现了潜在影响家猪IMF含量的lncRNA MSTRG. 7256.5，并对其进行了RNA干扰与过表达实验，结果表明MSTRG. 725...     

lncRNA与miRNA相互调控作用及其与肿瘤的关系研究

长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200 bp的非编码RNA,可作为人类基因组中一类重要的调控分子通过多种方式发挥其生物学功能.近年来的研究表明,lncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA (competing endogenous RNA, ceRNA) 与miRNA相互作用,参与靶基因的表达调控,并在肿瘤的发生发展中发挥重要的作用.本综述在简要介绍lncRNA功能研究现状和主要研究方法的基础上,进一步分析了lncRNA与miRNA之间的互相调控关系及其在肿瘤发生发展中的作用,以便为后续的研究提供新的思路.     

长链非编码RNA在神经系统发育及神经性疾病中的作用北大核心CSCD

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度在200至数千个核苷酸序列,且不具有蛋白质编码潜能的非编码RNA。相较于研究较多的微小RNA(microRNA,miRNA)和干扰小RNA(small interfering,siRNA)等非编码小RNA,lncRNA的许多功能仍尚不清楚。但越来越多的研究发现,lncRNA可通过多种方式调控中枢神经系统发育,包括表观遗传组蛋白甲基化、转录辅因子调控、可变剪接调控等途经。而以上途经的异常均与多种人类重大疾病的发生密切相关,例如,阿尔兹海默症(Alzheimer’s disease,AD)、自闭症(autism spectrum disorder,ASD)、精神分裂症(schizophrenia,SZ)等。本文就lncRNA在表观遗传水平、转录水平、转录后水平和翻译水平上调控神经系统发育以及其在人类神经性疾病中的作用进行综述。     

miRNA,lncRNA与心血管疾病

近年来,心血管疾病在我国的发病率和致死率呈逐年上升趋势,已成为威胁我国公众健康的重要疾病之一.尽管长期的研究使人们对心血管疾病有了一定的了解,但是其发病机制尚未完全清楚.非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是指转录组中不编码蛋白的功能性RNA分子,包括微小RNA(microRNA,miRNA)和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)等.miRNA是一类在进化上高度保守,具有转录后调节活性的单链非编码小分子RNA.而lncRNA是一类转录本长度超过200个核苷酸的功能性非编码RNA分子.研究表明,这些功能性ncRNA不但在细胞增殖、分化和衰老过程中发挥着重要作用,还参与了癌症、神经退行性疾病和心血管疾病等疾病的病理进程.本文将着重概述miRNA和lncRNA在心血管疾病中的作用及其最新研究进展.     

植物长链非编码RNA的生物信息学预测与分析研究进展

长链非编码RNA(Long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类广泛存在于真核生物中,长度大于200个核苷酸、无蛋白编码功能,具有调控基因转录后表达的RNA转录本。新近研究表明,lncRNA在多种生物途径中起着重要调节作用。生物信息学由生物、数学、计算机科学,统计学等多学科交叉产生,能从全局和系统水平对大数据信息进行深入挖掘与分析。采用生物信息学方法预测与分析lncRNA是当前发现和鉴定植物lncRNA的重要策略之一。本文梳理和总结了近年来采用生物信息学预测植物lncRNA及其靶基因的方法策略,以期为今后深入认知植物lncRNA在植物的生长发育过程、抗逆境胁迫及系统进化等过程中的作用研究提供一定参考。     

多特征融合的植物长链非编码RNA的预测

长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是一类被定义为转录本的长度大于200 nt、没有蛋白编码能力的RNA转录本。研究表明,lncRNA在调节植物生长发育、表观遗传反应以及各种胁迫反应中起重要作用。但是与人类和动物相比,植物lncRNA的研究仍然处于起步阶段。目前,如何从大量的转录本中准确地挑选出lncRNA仍然是植物lncRNA研究领域的重要问题之一。本文构建了新的植物lncRNA和mRNA数据集,分析了数据集中植物lncRNA的序列及结构特征,提取了序列的k-mer频数信息、二级结构信息、开放阅读框信息以及序列的几何柔性等特征,基于SVM(Support Vector Machine, SVM)算法,用Jackknife检验对植物lncRNA进行了预测,并且计算了各种特征融合后对植物lncRNA预测结果的影响,准确率达到了96.14%。     

拟南芥AtR8 lncRNA对盐胁迫响应及其对种子萌发的调节作用

长链非编码RNA (lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸且不编码蛋白质的非编码RNA, 主要由RNA聚合酶II转录生成, 大量存在于生物体内并具有多种生物学功能。AtR8 lncRNA是拟南芥(Arabidopsis thaliana)中RNA聚合酶III转录的长链非编码RNA。前期研究发现, 水杨酸(SA)处理诱导萌发种子中AtR8 lncRNA的表达, AtR8 lncRNA缺失抑制SA胁迫下的种子萌发。进一步研究发现, AtR8 lncRNA转录区域内存在保守的盐胁迫响应元件(TCTTCTTCTTTA); NaCl处理抑制萌发种子中AtR8 lncRNA的表达; 与野生型相比, 高浓度NaCl处理明显抑制了atr8 (AtR8 lncRNA部分缺失型拟南芥)种子萌发。研究结果表明, AtR8 lncRNA在拟南芥种子萌发期的盐胁迫中起重要作用。     

长非编码RNA与糖尿病及其并发症

2型糖尿病是一种严重威胁人类健康的慢性非传染性代谢疾病,而胰岛素抵抗和胰岛β细胞功能衰竭被认为是其主要致病原因。在以往对糖尿病及其并发症发病机制的研究中,往往关注传统的蛋白编码基因(mRNA)。长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)是一类长度大于200bp,不编码蛋白的RNA分子。近年来,越来越多的研究发现LncRNA在表观遗传、转录及转录后水平等多个层面上参与调控基因表达及代谢过程。本综述旨在讨论LncRNA在糖脂代谢调控、糖尿病及糖尿病并发症发生中作用的最新研究进展。     

长非编码RNA与蛋白质的相互作用

长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸但缺乏蛋白质编码潜力的调控型RNA。lncRNA在真核生物基因组中广泛转录,并且能够在多种层次以灵活的方式对基因表达进行调控。lncRNA能够与染色质修饰复合物及转录因子等蛋白质相互作用,这种相互作用提高了基因表达调控的灵活性和复杂性。本文将介绍部分具有代表性的lncRNA-蛋白质相互作用及其在基因表达调控中的作用。     

长链非编码RNA在肺动脉高压中的作用

长链非编码RNA(long-chain non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度 200 nt的RNA分子,可在表观遗传、染色质修饰、转录激活、转录抑制、转录后调节、核内运输等多种途径调控病理、生理过程。近年来,随着与心血管疾病相关的新型lncRNA不断被发现,使lncRNA成为当前心血管疾病研究的新热点。lncRNA与多种心血管疾病密切相关,最新的报道发现lncRNA在肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension,PAH)的发生和发展中发挥重要作用。本文主要结合lncRNA在PAH领域的研究现状,综述其在PAH发生发展中的作用和机制。     

长链非编码RNA在雌性生殖系统中的调节作用

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类转录本长度大于200个核苷酸(nt)的非编码RNA,其可被转录但通常没有编码潜能,不能翻译成为蛋白质,故早期被认为是基因组转录过程中形成的副产物。但是,近年研究发现,lncRNA并非"垃圾",可在转录、转录后修饰、翻译、翻译后修饰及表观遗传等多种层面调控基因的表达和蛋白活性。也有研究表明,lncRNA与雌性生殖系统疾病和肿瘤息息相关,并参与配子成熟、胚胎发育、X染色体失活等生殖生物学事件。本文就lncRNA在雌性生殖系统中的调节作用进行综述。     

非编码RNA研究进展

非编码RNA是指不具备蛋白质编码能力的RNA,包括转运RNA、核糖体RNA、小核仁RNA(small nucleolar RNA, snoRNA)以及长非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)等.非编码RNA广泛参与生命活动中重要的生物功能,如生物个体的发育与分化、生殖、细胞凋亡和细胞重编程等,并且与人类疾病密切相关.近年来,随着我国经济的发展和人口老龄化,心血管疾病、肿瘤、代谢性疾病等疾病已成为威胁中国居民健康的重大慢性非传染性疾病,一些罕见病,例如小胖威利综合征(Prader-Willi syndrome, PWS)也随着人口基数的不断增大逐渐影响我国居民的身体健康.随着对这些慢性疾病及罕见疾病发生发展的相关机制研究,我国科学家发现非编码RNA与这些疾病密切相关.非编码RNA参与调控一系列的心血管疾病、肿瘤、代谢性疾病、感染免疫性疾病和PWS等疾病过程.本文对我国学者在非编码RNA领域的贡献进行综述,详细阐述了非编码RNA的加工形成和功能研究等主要进展,并对探究这些非编码RNA与PWS、心血管疾病、肿瘤、代谢性疾病和感染免疫性疾病等发生发展中的重要调控作用,以及我国科学家对该领域的贡献进行了详细的综述和总结.     

长链非编码RNA在神经系统发育及神经性疾病中的作用

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度在200至数千个核苷酸序列,且不具有蛋白质编码潜能的非编码RNA。相较于研究较多的微小RNA（microRNA,miRNA）和干扰小RNA（small interfering,siRNA）等非编码小RNA,lncRNA的许多功能仍尚不清楚。但越来越多的研究发现,lncRNA可通过多种方式调控中枢神经系统发育,包括表观遗传组蛋白甲基化、转录辅因子调控、可变剪接调控等途经。而以上途经的异常均与多种人类重大疾病的发生密切相关,例如,阿尔兹海默症（Alzheimer’s disease,AD）、自闭症（autism spectrum disorder,ASD）、精神分裂症（schizophrenia,SZ）等。本文就lncRNA在表观遗传水平、转录水平、转录后水平和翻译水平上调控神经系统发育以及其在人类神经性疾病中的作用进行综述。     

生物信息学在长非编码RNA研究中的应用

长非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度大于200个核苷酸的非编码RNA分子,它们在细胞生命活动中的许多关键过程中起到重要调控作用。近年来关于lncRNA的研究发展迅速,涌现出一批用于lncRNA的鉴定、定量、结构分析以及功能预测的生物信息学工具和数据库,本文将对这些lncRNA研究的资源进行综述。     

微小RNA和长链非编码RNA介导的昼夜节律调控

非编码RNA(ncRNA)是生物体细胞内一类重要的调控分子,其介导的昼夜节律调控日益受到研究者的重视。本文主要以黑腹果蝇Drosophila melanogaster和哺乳动物的相关研究为背景,阐述了微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)对昼夜节律的调控。miRNA介导的昼夜节律调控包括:生物体内(尤其是钟神经元中)具有节律性表达的miRNA;输入系统和miRNA存在相互调控,这主要是通过光照这个授时因子起作用;miRNA可直接调控核心振荡器,还可以调控其他基因而间接影响到核心振荡器;miRNA对输出系统的调控主要集中在代谢取食节律、运动节律、睡眠节律等。昼夜节律可调控lncRNA的表达,同时lncRNA也可调控昼夜节律,且lncRNA对基因调控范围广,作用机制复杂,这些都具有广阔的研究前景。本文将有助于进一步深入研究ncRNA对昼夜节律的调控。     

长非编码RNA与肿瘤代谢

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)通过对基因的表达调控及形成蛋白质复合体等多种机制,广泛地参与细胞的增殖、分化、凋亡、迁移、衰老及代谢等各种生命过程,其表达与机体的正常发育以及人类的重大疾病发生密切相关。对近年来lncRNA与细胞代谢,主要是糖代谢和脂代谢的最新进展作一简要综述。