多囊卵巢病人淋巴细胞的rRNA基因活性

人类的rRNA基因位于5对近端着丝点染色体短臂的次缢痕上。间期细胞中,该区域转录45S rRNA并聚集形成核仁,因此把该区域称为核仁形成区(NOR)。在中期染色体制片上,核仁形成区常常靠近,这种现象叫做随体联合。一般认为随体联合是间期细胞核仁的残余。     

真核生物rRNA基因的转录调节

核糖体RNA(rRNA）基因的转录直接决定着细胞核糖体的生物发生,而后者与细胞的生长、增殖等行为相适应.研究发现,rRNA基因转录以RNA聚合酶Ⅰ（Pol Ⅰ）为核心,有多种因子参与,并受到多种调控因子的严密调节控制;各调控因子不仅均有自己特异的作用位点,而且又彼此关联、相辅相成.本文在简要介绍真核生物rRNA基因转录基本过程与涉及的主要因子的基础上,重点阐述了rRNA基因转录的主要调节方式,包括ERK、mTOR和JNK等信号转导通路对转录因子磷酸化的影响;转录因子的乙酰化;细胞周期相关因子和其它因子的多种作用方式等. 概括起来看,真核生物rRNA基因转录调节的核心机制是调节转录因子间及转录因子与DNA间的相互作用或影响染色质结构,从而实现对rRNA基因转录的调控,以满足特定生理/病理状况下细胞对rRNA量的要求.     

从肿瘤病人少量外周血淋巴细胞克隆抗体基因

建立杂交瘤单抗亲和层析纯化抗原、体外抗原致敏淋巴细胞和RT-PCR克隆人抗体基因的技术.将亲和层析纯化的大肠癌相关抗原CA-Hb3经SDS-PAGE和免疫印迹鉴定后,与IL-2和丝裂原于体外致敏大肠癌病人10 ml外周血淋巴细胞(PBL),出现淋巴母细胞化和集落形成现象.致敏PBL的总RNA比未致敏PBL的量增加了2.5倍.致敏后RT-PCR扩增的人抗体VH-CH1(IgG)和VL-CL(κ)基因的量比未致敏者多1.3倍.该技术可将鼠源杂交瘤单抗人源化.     

玉米rRNA基因的组织和表达模式

玉米（Zea mays）只有1对45S rDNA位点并在分裂期染色体形成次缢痕,是研究植物细胞rRNA基因组织和表达模式的简单模型。采用荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization,FISH）、CPD（PI与DAPI组合）染色和银染技术,分析了玉米根尖分生细胞rRNA基因的组织和表达模式。45S rDNA探针在所有间期细胞核中显示2种杂交信号：荧光强烈地位于核仁周边的纽,而相对较弱地分布于核仁内的点。在部分细胞中可观察到点与纽相连或从纽发出;点的数目越多,纽变得越小;点的数目多少与细胞的活性呈正相关。研究结果表明,纽代表了处于凝缩状态的非活性的rDNA染色质,纽解凝缩形成的点是rRNA基因活跃转录的细胞学表现;不同阶段间期核的点的数目变化反映了被活化的rRNA基因数目不同。间期和前期细胞的CPD染色和相继的银染结果显示,大部分rDNA染色质没有参与核仁的形成。rDNA FISH显示,同一间期细胞的2个同源rDNA位点的表达水平存在差异,同源染色体次缢痕的长度差异以及Ag-NOR和银染核仁的异态性进一步证实了这种差异的存在。FISH结果显示,早中期细胞的rDNA染色质相对解凝缩,银染在所有早中期细胞和部分中期细胞显示了明显的核仁,表明玉米的rRNA基因在有丝分裂早中期有较活跃的转录,其转录在晚中期才停止。     

水稻基因组中的tRNA和rRNA基因

在最近完成测序的水稻籼稻和粳稻两个亚种基因组中,各找到564和519个较为可靠的tRNA基因,进一步证实了于2002年发表的基于基因组序列草图的分析结果。修正的摆动假设,即至少需要46种tRNA基因才能译出61种可能的反密码子,在这两个亚种中均准确成立。在这46种tRNA中,有些在籼稻和粳稻中的序列均全同。有18种水稻tRNA与拟南芥中的相应序列全同。在籼稻基因组序列中还发现了384个5S rRNA基因,一批17S和5．8S rRNA基因以及一个25S rRNA基因。这些rRNA基因的不完备是由于它们通常以串接阵列形式存在于异染色质区域,而后者在全基因组霰弹法测序中不易完整测出。在tRNA和rRNA基因序列之间发现了多处互补片段,这将有助于研究它们的进化和相互作用。     

蓖麻蚕5.8S rRNA基因的结构特点

利用计算机分析已知的蓖麻蚕(Attacus ricini)5.8S rRNA顺序,发现其上有一个PstⅠ位点。因此,将rDNA上PstⅠ位点两侧的DNA片段分别克隆在pWR 13质粒上。用末端终止法测定了蓖麻蚕5.8S rRNA基因全顺序及与之相邻的上、下游部分核苷酸顺序。发现5.8SrRNA基因3′端为pGGGCCGGCT_(OH)。这个结果与Feng,Y.X.等报道的蓖麻蚕5.8S rRNA顺序3′端是pGGGCCGAUUAA_(OH)有两个明显不同:第一,从共同顺序pGGGCCG算起,5.8S rRNA基因的3′端有九个核苷酸,比Feng Y.X.等报道的rRNA顺序3′端少两个核苷酸;第二,两者在3′末端共同顺序以后的两个核苷酸是不一样的。此外,还发现在蓖麻蚕5.8S rRNA基因上游有一个约30个核苷酸的poly(A)区。     

玉米rRNA基因的组织和表达模式

玉米(Zea mays)只有1对45S rDNA位点并在分裂期染色体形成次缢痕, 是研究植物细胞rRNA基因组织和表达模式的简单模型。采用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization, FISH)、CPD(PI与DAPI组合)染色和银染技术, 分析了玉米根尖分生细胞rRNA基因的组织和表达模式。45S rDNA探针在所有间期细胞核中显示2种杂交信号: 荧光强烈地位于核仁周边的纽, 而相对较弱地分布于核仁内的点。在部分细胞中可观察到点与纽相连或从纽发出; 点的数目越多, 纽变得越小; 点的数目多少与细胞的活性呈正相关。研究结果表明, 纽代表了处于凝缩状态的非活性的rDNA染色质, 纽解凝缩形成的点是rRNA基因活跃转录的细胞学表现; 不同阶段间期核的点的数目变化反映了被活化的rRNA基因数目不同。间期和前期细胞的CPD染色和相继的银染结果显示, 大部分rDNA染色质没有参与核仁的形成。rDNA FISH显示, 同一间期细胞的2个同源rDNA位点的表达水平存在差异, 同源染色体次缢痕的长度差异以及Ag-NOR和银染核仁的异态性进一步证实了这种差异的存在。FISH结果显示, 早中期细胞的rDNA染色质相对解凝缩, 银染在所有早中期细胞和部分中期细胞显示了明显的核仁, 表明玉米的rRNA基因在有丝分裂早中期有较活跃的转录, 其转录在晚中期才停止。     

大鼠多囊卵巢颗粒细胞凋亡时MDA含量及SOD活性的变化

目的和方法以大鼠多囊卵巢（PCO）为动物模型,观察了PCO大鼠卵泡颗粒细胞凋亡的发生率,并检测了颗粒细胞凋亡时丙二醛（MDA）的含量及超氧化物歧化酶（SOD）活性的变化。结果①PCO颗粒细胞凋亡发生率明显高于正常（P<0．001）;②PCO颗粒细胞发生凋亡时,细胞内MDA含量增加而SOD活性降低。结论大鼠PCO颗粒细胞的凋亡可能与细胞内MDA含量增加和SOD活性降低有关。     

维吾尔,哈萨克及汉三民族rRNA基因活性及随体联合的比较研究

应用核仁组织区银染技术对维吾尔、哈萨克及汉族共90人的染色体银染核仁形成区(Ag-Nucleolar Organizing Region,Ag-NOR)频率和近端着丝粒染色体随体联合频率的研究发现:维吾尔、哈萨克群体Ag-NOR及随体联合的细胞数与次数均高于汉族群体(P＜0.01),具有显著性差异。维吾尔、哈萨克群体间上述的频率无显著性差异(P＞0.05),支持了两民族遗传上的相近性。这与民族起源和过去用民族学、人类学研究结果是一致的。     

烟曲霉rRNA基因ITS区的克隆测序分析

对烟曲霉ｒＲＮＡ基因内转录间区（ＩＴＳ区）进行了克隆测序,并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较。发现３株烟曲霉的ＩＴＳⅠ区完全相同,而其中１株烟曲霉的ＩＴＳⅡ区与一条已知相应序列仅有２个碱基的变异。提示烟曲霉ｒＲＮＡ基因的两个ＩＴＳ区序列均十分保守,而且与黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉的相应序列相比较,均有一定程度的变异。     

中国钩端螺旋体rRNA基因多态性分析

以ＤｉｇｄＵＴＰ标记的１６ＳｒＲＮＡ及２３ＳｒＲＮＡ基因为探针,分析了八个血清群５４个血清型６４株国内外致病性钩端螺旋体参考株和２７株野生株染色体经限制性内切酶ＥｃｏＲⅠ消化后的ｒＲＮＡ基因限制性图谱。结果发现,９１株菌中共有５６个核糖核酸型（Ｒｉｂｏｔｙｐｅ,简称ＲＴ）,除部分血清群中少数不同的血清型有相同的ＲＴ型外,大部分血清型都有独特的ＲＴ型,同一血清群往往拥有共同的核心片段;除黄疸出血群的黄疸出血型外,同一血清型的国内和国际参考株的ＲＴ型不相同;大多数野生株的ＲＴ和相应血清型国内参考株相同,差异也只表现为谱形上个别带型的缺少和增加,所研究的波摩那型野生株的ＲＴ型和国际参考株相同而和国内参考株不同     

蜜蜂及熊蜂微孢子虫rRNA基因研究

核糖体RNA(rRNA)是一种理想的进化计时器,已广泛地应用于研究微生物的系统发育和进化关系。蜜蜂和熊蜂都被微孢子虫感染,关于蜜蜂和熊蜂微孢子虫rRNA基因研究主要有rRNA基因序列的测定分析、二级结构的研究和用rRNA基因检测诊断微孢子虫等。这些对蜜蜂和熊蜂微孢子虫系统发育的研究和微孢子虫的防治等具有重要的推动作用。     

我国汉族和彝族rRNA基因多态性的研究

人类ｒＤＮＡ顺序既偏偏保守性积蓄高的转录区,又有变异性较大的不转录间隔区。随着对ｒＤＮＡ结构的不断认识,发现对不转录间隔区特征的研究在分子群体遗传学上具有重要的价值。我们运用ｒＤＮＡ基因探针和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹法对甸汉族和彝族ｒＲＮＡ基因３＇端不转录间隔区作多态性分析,ＲＦＬＰ特征揭示两个民族有广泛的共性,又有各自的特点,这一遗传标志对少数民族群体遗传学乃至我国民族的迁移和演化的研究有重要意义。     

烟曲霉rRNA基因ITS区的克隆测序分析

对烟曲霉rRNA基因内转录间区(ITS区)进行了克隆测序,并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较.发现3株烟曲霉的ITSⅠ区完全相同,而其中1株烟曲霉的ITSⅡ区与一条已知相应序列仅有2个碱基的变异.提示烟曲霉rRNA基因的两个ITS区序列均十分保守,而且与黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉的相应序列相比较,均有一定程度的变异.     

高GC含量的鳜鱼rRNA基因家族的克隆

动物rRNA基因是一种GC含量较高、结构复杂的重复序列。该研究结合亲缘生物法生物信息学技术,经反复摸索后选用LA PCR法即LA PCR Taq酶结合GC缓冲液来扩增鳜鱼复杂的rRNA基因重复序列,经测序鉴定最终克隆了鳜鱼的3个rRNA基因及其2个间隔序列。分析了鳜鱼与相关动物的rRNA基因序列的同源性和进化关系。探索了克隆复杂DNA序列时引物设计的特别规则、反应体系的改进、DNA聚合酶的选用、循环参数的调整等措施。     

真核细胞的活性基因

基因表达调控在分子生物学的研究中占中心地位。探索活性基因的结构及性质是揭露基因表达调控的必由之路。近年来的研究表明,真核细胞活性基因具有对 DNase (?)敏感及甲基化程度低的特征。     

植物rRNA基因组织模式的荧光原位杂交比较分析

采用荧光原位杂交技术,对分属5个科的10种植物的分生细胞的18S-25S rRNA基因(45S rDNA)的组织模式进行了比较分析.45S rDNA探针在所有供试植物的间期核都产生了两种杂交信号:荧光强、位于核仁周边的纽和荧光较弱分布于核仁内的点,表明不同植物间期核的rDNA染色质的组织模式相似.在每种植物的部分间期细胞都观察到点与纽相连或从纽发出的情况,而且点的数目越多纽就变得越小,点的有无和数目的多少与细胞的活性呈正相关.这些事实表明,纽代表了处于凝缩状态的非活性的rDNA染色质,点是由纽解凝缩而来,rDNA异染色质解凝缩形成点是植物rRNA基因活跃转录的细胞学表现,在同一物种中点的多少代表了间期核rDNA转录活性的强弱.我们的结果支持点是核仁内活性rRNA基因组织的结构单位及rRNA合成发生地点的推论.我们的结果还显示,不同植物间期核的rDNA染色质的组织也存在一些差异,其中核仁内点的最大数目有较大的不同.在所有供试植物的有丝分裂前中期细胞,45S rDNA探针在rDNA位点都产生了松散的信号块和许多点,表明植物的rDNA位点在有丝分裂前中期还有较活跃的转录.     

基于16S rRNA基因检测双歧杆菌的方法

本文综述了基于16S rRNA序列(16S rDNA)检测、鉴定双歧杆菌的方法。包括基因探针法、荧光原位杂交法、PCR扩特异性片段法、多重PCR法、荧光定量PCR法和PCR-DGGE/TGGE法等。     

菌群16S rRNA基因测序的聚类分析方法研究进展

16S核糖体RNA（16S rRNA）基因测序是微生物分析的重要手段。16S rRNA基因测序的原始数据复杂,存在许多误差,分析前一般需要先进行序列质量控制,即对数据进行去噪、去冗余和去嵌合,最终将质量控制后的数据分为可操作分类单元（OTU）或ASV,在OTU或ASV基础上再进行菌群的各种分析。经过多年改进,聚类方法逐渐以UPARSE、DADA2、Deblur和UNOISE3等为主流,OTU聚类已经不能满足研究的需求,而ASV聚类使得菌群分析更加准确。本文除了综述聚类方法的研究进展外,还介绍了USEARCH、MOTHUR和QIIME等多种16S基因测序分析工具软件的相关研究进展。