猩猩和狗,GO!GO!GO

我,罗斯科,身为一只拥有优良血统的布鲁泰克猎犬,我本应该在森林中寻觅狐狸,追捕浣熊,帮猎人们完成捕猎任务。可惜,老天没有给我展示高超本领的机会。在来到南卡罗来纳州濒危和稀有动物研究所,也就是我现在的家之前,我一直过着风餐露宿的流浪生活。回想起过去那段不堪回首的日子,我只能用一个字来形容——惨!     

Cardiovascular GO Annotation Initiative Year 1 Report: Why Cardiovascular GO?

Gene Ontology (GO) vocabularies are an established standard for linking functional information to genes and gene products (www.geneontology.org/). A recent collaboration between University College London and the European Bioinformatics Institute is providing GO annotation to human cardiovascular-associated genes (http://www.ucl.ac.uk/medicine/cardiovascular-genetics/geneontology.html). This report outlines the aims of this collaboration and summarizes how the cardiovascular community can help improve the quality and quantity of GO annotations. This new initiative is funded by the British Heart Foundation and fully supported by the GO Consortium.     

猴前额叶皮层内注射α_2肾上腺素能拮抗剂损害延缓GO／NO－GO任务操作

训练两只猕猴进行延缓ＧＯ／ＮＯ－ＧＯ任务操作。猴坐在定制的猴椅中，正前方４０ｃｍ处放着计算机显示器。显示器下方装有一压板。猴按压板０．５ｓ后，显示器屏幕右下角或左下角出现一白色方块信号（１．５ｃｍ×１．５ｃｍ），持续０．５ｓ。这一信号为暗示信号。暗示信号消失后，延缓０．０－４．０ｓ，然后在显示器屏幕的下方正中处出现一红色方块信号（１．５ｃｍ×１．５ｃｍ）。这一信号为反应信号。如果暗示信号出现在右边，则要求猴在０．８ｓ内放开一直按着的压板（ＧＯ反应）；如果暗示信号出现在左边，则要求猴继续按住压板１．２ｓ（ＮＯ－ＧＯ反应）。正确操作后，猴得到一滴水的奖励。在这一行为任务中，延缓期内的短时工作记忆是“非空间表象”（ｎｏｎ－ｓｐａｔｉａｌｌｙｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏａｌ）短时工作记忆。前额叶皮层背外侧部（Ｗａｌｋｅｔ４６区、９区）内注射α２受体拮抗剂ｙｏｈｉｍｂｉｎｅ（１０μｇ／２μｌ）使猴的任务操作正确率下降。延缓期越长，下降的幅度越大。注射Ｙｏｈｉｍｂｉｎｅ后，猴的操作错误率升高主要表现在“交叉”反应率升高，即应该作ＧＯ反应时作ＮＯ－ＧＯ反应，反之亦然。注射α１受体桔抗剂Ｐｒａｚｏｓｉｎ（１０μｇ／２μｌ）或     

IS IT TIME FOR BIOETHICS TO GO EMPIRICAL?

Observers who note the increasing popularity of bioethics discussions often complain that the social sciences are poorly represented in discussions about things like abortion and stem-cell research. Critics say that bioethicists should be incorporating the methods and findings of social scientists, and should move towards making the discipline more empirically oriented. This way, critics argue, bioethics will remain relevant, and truly reflect the needs of actual people. Such recommendations ignore the diversity of viewpoints in bioethics, however. Bioethics can gain much from the methods and findings from ethnographies and similar research. But it is misleading to suggest that bioethicists are unaware of this potential benefit. Not only that, bioethicists are justified in having doubts about the utility of the social science approach in some cases. This is not because there is some inherent superiority in non-empirical approaches to moral argument. Rather, the doubts concern the nature of the facts that the sciences would provide. Perhaps the larger point is that disagreements about the relationship between facts and normative arguments should be seen as part of the normal inquiry in bioethics, not evidence that reform is needed.     

整合BLAST搜索与GO注释的软件GoBlast

随着越来越多基因组测序的完成,人们可以获得大量的序列信息,如何利用这些信息对未知基因的功能进行预测是一个非常重要的问题.Blast是基本的预测新基因功能的工具,但是仅通过Blast的原始搜索结果,尚无法获得相关基因本体论(gene ontology,GO)注释信息.目前,用户为了获得新基因的GO注释信息,首先需要进行Blast搜索,然后用Blast搜索的结果到GO网站去查询相关的GO注释信息.这浪费了大量的时间,尤其是当Blast的结果数据量很大时.为此,基于GO分类系统,整合BLAST 的结果信息,结合bioperl模块,使用perl语言开发了GoBlast软件.通过GoBlast系统,对于新基因,研究人员只须1次分析运算,就可以同时获得Blast搜索结果和GO注释信息,从而有效地提高了基因功能注释的可信度,加速了功能基因组学的研究.GoBlast为B/S（Browser/Server）架构,用户客户端只要有浏览器程序,就可以通过国际互联网在http://bioq.org/goblast上使用GoBlast系统     

基于GO与基因表达谱挖掘特征基因功能类

我们研制了基于Gene Ontology与基因表达谱挖掘与实验条件相关的特征基因功能类的算法OntoFexed,它的特点是分别采用信息增益方法和Rand Index评价单个基因功能类与一组基因功能类鉴别差异表达基因与不差异表达基因的能力。算法的优点是充分利用了GO的结构信息来搜索特征功能类,并能给出各个抽象层次上的特征功能类。我们将OntoFexed应用于腺癌数据集和NCI60数据集,发现OntoFexed确能发掘与实验条件相关的功能类,且算法对主要的参数有较高的稳健性。     

螺旋藻乙醇酸氧化酶(GO)的研究

采用比色法对鄂尔多斯高原碱湖的钝顶螺旋藻(S1)与国外引进的钝顶螺旋藻(S2)和极大螺旋藻(S3)的乙醇酸氧化酶(GO)进行了比较研究。结果表明:在25℃、pH 8.0条件下,S1、S2和S3的GO活性分别为70.9 U/gFW、59.6 U/gFW和80.9 U/gFW;最适温度均为30℃;在0℃~35℃(30℃)范围内比较稳定;最适pH值分别为8.6、8.2和8.4;pH值稳定范围,S1为7.6~10.0、S2为8.0~9.0;S3为8.0~8.6。S1的GO对温度和pH适应范围最宽,且在低温、高温、强酸和强碱下的活性均比引进种的高。     

GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法

针对基因功能分类体系Gene Ontology的层次结构特点,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发“挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合”软件(RuleGO).RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入,输出组合特征功能类与基因差异表达现象的关联规则,有助于解释基因差异表达现象的本质原因,如疾病发病机制、药物作用机理等.将RuleGO 和OntoExpress应用在结肠癌和腺癌表达谱数据集上,结果显示,RuleGO比OntoExpress能发现更多的与差异表达现象关联的特征功能类,更能看到在OntoExpress上不能发现的组合特征功能类.另外,结果显示,将规则的置信度和支持度要求设置较高时,一般只有组合功能类才能满足要求,这提示在基因表达谱分析中不宜采用单个角度的单个功能分类单元,考虑功能分类单元的组合可能更有意义.     

菠菜乙醇酸氧化酶同工酶GO Ⅰ的纯化和特性

从菠菜绿叶中获得SDS-PAGE为40000±2000M     

高通量蛋白质组学研究中一种基于 GO 的蛋白质功能分析策略

挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战 . 基于等级化结构化的词汇表 GO (Gene Ontology) 和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱 (Expression profile) 进行功能分析的策略 . 在对蛋白质表达谱进行功能注释的基础上给出蛋白质表达谱中蛋白质功能的分布,同时给出感兴趣功能类别的统计信息 . 这有助于对表达谱蛋白质功能的整体理解和深入的生物信息学分析 . 该策略已经成功应用胎肝蛋白表达谱研究中,用户可以通过访问网址 http://www.hupo.org.cn/GOfact/ 使用或者下载我们的程序 .     

转GO基因棉花体内H2O2含量的时空表达

研究转GO基因棉花品系B99267-1、B99261及其受体新陆早7号和非转基因棉花品种中棉所12号内源H2O2时空变化。结果表明,在初花期、花铃期和吐絮期三个棉花生育期中,初花期H2O2含量较低,吐絮期最高;各生育期下部和中部叶片H2O2含量普遍高于顶部叶片。棉花叶片组织中GO活性、GO蛋白含量和内源H2O2含量均成正相关,酶活高的叶片GO蛋白含量高、H2O2含量也高。     

Enrichment or depletion of a GO category within a class of genes: which test?

MOTIVATION: A number of available program packages determine the significant enrichments and/or depletions of GO categories among a class of genes of interest. Whereas a correct formulation of the problem leads to a single exact null distribution, these GO tools use a large variety of statistical tests whose denominations often do not clarify the underlying P-value computations. SUMMARY: We review the different formulations of the problem and the tests they lead to: the binomial, chi2, equality of two probabilities, Fisher's exact and hypergeometric tests. We clarify the relationships existing between these tests, in particular the equivalence between the hypergeometric test and Fisher's exact test. We recall that the other tests are valid only for large samples, the test of equality of two probabilities and the chi2-test being equivalent. We discuss the appropriateness of one- and two-sided P-values, as well as some discreteness and conservatism issues. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.     

根据GO分类体系选择与实验条件相关的差异表达功能结点进行基因功能深化预测

利用有限个实验条件下的基因表达谱数据,只能对与实验条件相关的基因功能类进行有效预测,所以有必要限定可预测的基因功能类范围。据此,首先基于GeneOntology(GO)选择富集差异表达基因与实验条件相关的功能类。再通过支持向量机分类器,深化预测迄今只注释到实验条件相关功能类的父结点的基因是否属于该实验条件相关功能类。应用于一套酵母基因表达谱数据,结果显示,在剔除了高度不平衡的训练集合后,平均真阳性率(precision)与平均覆盖率(recall)都分别达到了71%与47%以上。     

利用木质纤维素类生物质产微生物絮凝剂Pseudomonas boreopolis GO2的全基因组测序及比较基因组学分析

【目的】Pseudomonas boreopolis GO2可以利用木质纤维素类生物质为唯一碳源发酵产微生物絮凝剂。解析菌株GO2的全基因组特征可为利用木质纤维素类生物质定向合成多糖型微生物絮凝剂提供分子基础。【方法】利用Illumina NovaSeq测序平台对菌株GO2进行测序,用SMRT等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释,并与4株近缘模式株进行了比较基因组分析。【结果】菌株GO2基因组大小为4 498 896 bp,GC含量为69.5%,共编码3 906个基因。菌株GO2与Pseudomonas boreopolis JCM 13306的16S r RNA基因相似性、平均核苷酸一致性(average nucleotide identity, ANI)、DNA-DNA杂交(DNA-DNA hybridization, DDH)值最高,分别为99.93%、98.36%和88.00%,将菌株GO2命名为Pseudomonas boreopolis GO2。比较基因组分析发现,GO2与4个近缘模式菌株共有2 348个直系同源核心基因,主要参与碳水化合物代谢、氨基酸代谢...